Для начала откройте веб-страницу Visual Dynamics или VD и нажмите на кнопку «Войти», чтобы получить доступ к экрану входа в систему. После входа в систему можно получить доступ к области отправки симуляции, учебным пособиям и статистике использования. Чтобы отправить заявку на симуляцию ферментов APO, нажмите на новую симуляцию на боковой панели и нажмите на кнопку APO.
Загрузите бесплатный белок 4mgv. pdb и выберите поле AMBER94 Сила. Выберите модель воды TIP3P, а затем поле Кубический.
Выберите расстояние 0,5 нанометра между белком и краем коробки. Проверьте опцию запуска на наших серверах для выполнения моделирования. С помощью UCSF Chimera откройте комплекс белковых лигандов 4mgv.
pdv, нажмите на остаток и установите код на D5I. Затем в разделе «Файл» нажмите «Сохранить PDB», выберите «Сохранить только выбранные атомы», установите имя файла на лиганд. PDB и нажмите кнопку Сохранить.
Перейдите на сервер Bio2Byte ACPYPE и отправьте сгенерированный лиганд. pdb из выходных файлов. Нажмите на новую симуляцию, затем протеин лиганд.
Загрузите бесплатный белок 4mgv. pdb и выберите файлы лиганда, подготовленные в ACPYPE, а затем MBER94 Force Field. Выберите модель воды TIP3P, за которой следует Кубический блок, и выберите расстояние 0,5 нанометра между белком и краем ящика.
Проверьте опцию запуска на наших серверах для выполнения моделирования. Нажмите на «Мои симуляции» на боковой панели, а затем на «Скачать файлы MDP», чтобы загрузить используемые файлы конфигурации симуляции. Нажмите кнопку Команды, чтобы загрузить список команд, выполняемых платформой, и нажмите кнопку Журнал GROMACS, чтобы загрузить файл LOG, содержащий выходные данные команд GMX.
Нажмите на результаты, чтобы загрузить файлы, сгенерированные командами GMX, и, наконец, нажмите на графики на рисунке, чтобы загрузить графики для анализа каждого шага моделирования в формате изображения и XVG на компьютер. Белковый остов продемонстрировал среднеквадратичное отклонение менее 2,5 ангстрем, а радиус длительности показал, что белок сохранял свою компактность в координатах X, Y и Z в течение моделирования в течение пяти наносекунд. Среднее расстояние флуктуации каждой аминокислоты в структуре белка, как показано среднеквадратичной флуктуацией, оставалось неизменным на протяжении пятисекундного моделирования.
Система стабилизировалась с максимальной силой менее 1000 килоджоулей на моль на нанометр в процессе минимизации энергии.
