Вводный анализ и валидация данных секвенирования CUT&RUN

В нашем исследовании изучается роль повторяющихся элементов ДНК в инициации и прогрессировании рака. Мы задаемся вопросом, участвуют ли эти элементы непосредственно в механизмах инициации рака, и если да, то можем ли мы использовать эту информацию для улучшения результатов лечения пациентов. Многие технологии секвенирования нового поколения и аналитический конвейер были разработаны для фиксации особенностей и изменений эпигенетических факторов, таких как транскрипционные или посттрансляционные изменения хроматина и связывание в конкретной локализации на хроматине, а также последовательности ДНК или РНК, которые захватываются защитным белком как в объемном, так и в одноклеточном разрешении.

Технологии, используемые для продвижения исследований в нашей области, — это те, которые могут картировать геномные положения модифицированных гистонов или транскрипционных факторов на хроматине. Для наших целей наиболее подходящей техникой в рамках этой группы технологий является техника под названием CUT&RUN. Многие общедоступные аналитические конвейеры CUT&RUN относительно сложны для новичков в биоинформатике, которые хотят понять ход анализа и разработать свой собственный конвейер анализа для своего проекта.

Но наш конвейер анализа CUT&RUN разрабатывается шаг за шагом на одном программном языке, который гораздо проще понять и легче модифицировать для получения качественных данных и наращивания опыта в области биоинформатики. Мы сосредоточены на поиске ответа на вопрос о том, как хроническая экспрессия двухцепочечной РНК влияет на уклонение от биомимикрии и скорость иммунотерапии при развитии рака, и как белок TP53 может регулировать хроническую экспрессию двухцепочечной РНК и уклонение от биомимикрии. И, в конце концов, мы хотим понять, как мы можем вылечить устойчивый к иммунотерапии рак, понимая и нацеливаясь на хроническую экспрессию двухцепочечной РНК и процесс уклонения от биомимикрии.