Этот метод может иметь ответы на быстрые вопросы в запланированной микрон масштаба фенотипирования методы сборки. Такие как микро-КТ сканирующие частицы, и фенотипический метод анализа для кукурузных сосудистых пучков. Основным преимуществом этого метода является предоставление новых и эффективных способов исследования фенотипических признаков сосудистого расслоения кукурузы путем подготовки образца, КТ-сканирования и анализа протоколов.
Последствия этого метода расширяют применение обычных микро-КТ сканирования и других наук о растениях. Этот протокол можно легко модифицировать для размещения других растительных материалов, таких как обезвоживание процедуры сушки. Для начала соберите стебель, листья и корень из свежих растений кукурузы.
И разделить их на три выборочных группы. Затем используйте хирургическое лезвие, чтобы сократить от одного до 1,5 сантиметра сегмента среднего ствола интерноды. Используя то же хирургическое лезвие, вырезать 1/2 до двух сантиметров сегмента от максимальной ширины листа вдоль вертикального направления с основной вены.
Используйте хирургическое лезвие, чтобы вырезать 1 /2 сантиметра сегмента от корня земли. После этого, замочить образцы сегментов в решении FAA, по крайней мере три дня. Обезвоживаемые сегменты образца в течение 30 минут в шести последовательных градиентах этанола.
Затем поместите растительные материалы в соответствующие корзины образца. Быстро перенесите корзины в выборочных клеток системы сушки критических точенок углекислого газа. Поместите высушенные растительные материалы в 50-миллилитровую центрифугу с двумя граммами твердого йода.
Затем поместите трубки в светоизоляционую комнату на четыре-пять часов. Во-первых, установите параметры сканирования КТ в соответствии с текстовым протоколом. Затем установите диапазоны сканирования в зависимости от различных размеров и объемов используемых растительных материалов.
Затем отрегулируйте размер пикселя изображения следующим образом: два микрометра для корня. 6,77 микрометров для стебля. И 10 микрометров для листа.
Чтобы реконструировать срез изображения, используйте программное обеспечение для строительства изображений для преобразования необработанных данных КТ в изображения КТ с разрешением 2K. Во-первых, укажите тип органа для инициализации различных конвейеров алгоритмов в программном обеспечении автоматической визуализации. Затем нажмите кнопку параметров метода и выберите стебель кукурузы, или лист кукурузы, в первой коробке.
Нажмите кнопку управления данными, установите рабочий каталог и импортните все изображения срезов в каталоге. Затем выберите одно- или многослойные изображения в конвейеры изображений. Затем определите размер пикселя изображения.
Выберите кнопку параметров метода и введите размер пикселя изображения в соответствующем элементе редактирования. После этого нажмите кнопку фенотипирования вычислений, чтобы автоматически извлечь фенотипические черты сосудистых пучков для всех выбранных изображений ломтика. Нажмите кнопку статистического анализа, чтобы получить результаты этого анализа в качестве текста или файла CSV.
Импорт реконструированных изображений корней кукурузы, и определить точные параметры пространства. Затем используйте рекурсивный гауссианский инструмент для сглаживания изображений и улучшения качества изображения. Отрегулируйте пороговые параметры для проведения 3D-сегментации метаксалемных сосудов.
Это создаст единую цветовую метуклею для каждого подключенного метаксилемного сосуда. Затем, улучшить и определить metaxylem судов интерактивно с помощью морфологии bitwise, и наводнения заполнения операций. Далее проведем объемную визуализацию и поверхностную реконструкцию сосудов.
Наконец, используйте инструмент статистики масок для подсчета и измерения фенотипических признаков сосуда на 2D и 3D уровнях. С помощью анализа, изложенного в протоколе, были вычислены фенотипические особенности сосудистых пучков в стеблях, листьях и корнях кукурузы. Создана 3D визуализация корневых и метаксалимовых сосудов с использованием результатов сегментации, реконструкции и визуализации объема.
Надлежащий протокол подготовки образца значительно улучшает качество сканирования микро-КТ для стебля, листьев и корней. С помощью автоматического трубопровода испускают для быстрого извлечения фенотипических признаков сосудистых пучков для стебля кукурузы и листьев. И настройка и сканирование обработки испуска для анализа 3D фенотипических признаков сосудистых пучков для корня кукурузы.
Этот метод обеспечивает практический способ точной и быстрой фенотипической квалификации и идентификации кукурузных сосудистых пучков.
