Mendel'in Ayrışma Yasası, bir gen için iki allelin farklı gametlere ayrıldığını belirtirken, farklı genlerin nasıl miras alındığı konusunda farklı bir soru kalır.   Örneğin, uzun bitkilerin genleri yeşil bezelyelerin geni ile mi miras bırakılıyordu? Mendel bu soruyu bir dihibrit çaprazlama deneyerek sordu; her iki ebeveynin de iki farklı özellik için homozigot olduğu bir çaprazlama, her iki özellik için de heterozigot olan bir F₁ nesli ile sonuçlanır.

Biri yuvarlak sarı bezelye (genotip YYRR) ve diğeri buruşuk yeşil bezelye (yyrr) içeren iki homozigot bitki düşünelim. F₁ neslinde, tüm bitkilerin her iki baskın özelliği de (sarı ve yuvarlak; YyRr) sergilediğini buldu.   Bununla birlikte, F₂ neslinde, bitkiler öngörülebilir bir oranda meydana gelen özelliklerin kombinasyonlarına sahipti: Her 16 bitki için 9'u sarı ve yuvarlak, 3'ü sarı ve buruşuk, 3'ü yeşil ve yuvarlaktı, ve biri yeşil ve buruşuktu. Bu sonuçtan Mendel, yeşil bir alelin bir gamete dahil edilmesinin, o gametin yuvarlak veya buruşuk aleli alıp almayacağı üzerinde hiçbir etkisinin olmadığını öne sürdü: her kombinasyonun eşit olasılıklı olması. Mendel'in Bağımsız Çeşitlilik Yasası, genlerin gametlere ayrılma açısından birbirlerini etkilemediğini belirtir.

Bilim insanları artık Bağımsız Çeşitliliğin, kromozomların mayoz I sırasında metafaz plakası boyunca rastgele eşleşmelerinden kaynaklandığını biliyorlar. Sonuç olarak, farklı kromozomlardaki genler bağımsız olarak sıralanır. Bu aynı zamanda, aynı kromozomda bulunan iki genin, özellikle birbirlerine çok yakın olduklarında, neredeyse her zaman birlikte miras kalacaklarından bağımsız çeşitlilik yasasını ihlal ettiği anlamına gelir. Bu fenomen “ bağlantı ” kromozom seviyesinde. Bağlı genler, bir dihibrit çaprazlamanın F₂ neslinde 9: 3: 3: 1 oranını göstermez.