Durch seine ersten Experimente stellte Gregor Mendel fest, dass es Einheiten gibt, Gene, die dafür verantwortlich sind, Eigenschaften von Elternteil zu Nachkommen zu übertragen. Jeder Organismus hat zwei Kopien jedes Gens, die Allelen genannt werden, wobei jeweils eine Kopie von jeweils einem Elternteil vererbt wurde. In seinem nächsten Experiment benutzte Mendel dihybride Kreuzungen von Erbsenpflanzen, die sich in zwei Eigenschaften unterschieden, zum Beispiel Länge und Blütenfarbe, um herauszufinden, ob die Vererbung einer Eigenschaft die Vererbung einer anderen beeinflusst.

Wenn die Allelen für die beiden Eigenschaften in einer dihybriden Kreuzung von einer Elterngeneration als Einheit vererbt würden, wenn sich die F1-Generation fortpflanzt, dann würden die F2-Nachkommen immer entweder beide dominanten oder beide rezessiven Phänotypen aufweisen, aber nie eine Kombination aus beiden. Als Mendel die dihybriden F1-Erbsenpflanzen kreuzte, stellte er fest, dass bei 16 F2-Nachkommen etwa neun beide dominanten Phänotypen aufwiesen, drei nur einen dominanten und einen rezessiven Genotyp aufwiesen, drei weitere die umgekehrte Kombination von rezessiven und dominanten Phänotypen aufwiesen, und einer beide rezessiven Phänotyp aufwies. Das Verhältnis von dominanten zu rezessiven Phänotypen für jede gesonderte Eigenschaft ist noch immer drei zu eins in einer F2-Generation.

Alle vier Kombinationen des Phänotyps konnten nur auftreten, wenn die dominanten und rezessiven Allelen für Länge nicht mit den dominanten und rezessiven Allelen für Blütenfarbe verbunden waren. Diese Beobachtungen schafften die Grundlage für Mendels Unabhängigkeitsregel, die besagt, dass Allelen für verschiedene Gene sich unabhängig voneinander in Keimzellen verteilen.

Das neun, drei, drei, eins Phänotyp-Verhältnis deutet darauf hin, dass jeder dihybride Elternteil mit gleicher Wahrscheinlichkeit alle wahrscheinliche Kombinationen von dominanten und rezessiven Allelen vererbt. Lang, mit lilanen Blüten, lang, mit weißen Blüten, kurz, mit lilanen Blüten, oder kurz mit weißen Blüten.