Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Kanser araştırmalarında tek hücre diziliminin bu bibliyometrik analizi, Çin ve ABD'nin diğer ülkelerden önemli ölçüde daha fazla bilimsel makale ürettiğini göstermektedir. Patlama tespiti, gelecekteki araştırmaları etkilemesi beklenen 'tümör içi heterojenlik', 'klonal evrim' ve 'ilaç dağıtım sistemleri' gibi ortaya çıkan terimleri tanımlar.
Kanser, karmaşık biyolojik sistemleri nedeniyle insan sağlığı için önemli bir sorun teşkil etmekte ve derinlemesine analiz gerektirmektedir. Tek hücre dizilimi, bu sistemleri araştırmak için önemli bir araç haline geldi ve tek hücre düzeyinde gen ekspresyonunun ve epigenetik modifikasyonların tespit edilmesini sağladı. Bu alandaki araştırma eğilimlerini, işbirliği ağlarını ve bilgi yayılımını aydınlatmak için, 1 Ocak 2010 - 31 Aralık 2023 tarihleri arasındaki yayınları kapsayan Web of Science Core Collection veritabanı kullanılarak bibliyometrik bir analiz yapılmıştır. R'deki Bibliometrix paketi, belge türleri, ülkeler, kurumlar, yazarlar ve anahtar kelimeler dahil olmak üzere önemli yayın verilerini çıkarmak ve analiz etmek için kullanıldı. Ek olarak, veri derleme ve görselleştirme için CiteSpace, VOSviewer ve Literatür Metrolojisi Çevrimiçi Analiz Platformu kullanılmıştır. Analiz, 75 ülke ve bölgedeki 3.129 kurumdan 34.074 yazarı belirledi ve kanserde tek hücre dizilimi üzerine 788 akademik dergide yayınlanan 5.680 yayına katkıda bulundu. Çin ve Amerika Birleşik Devletleri, yayın hacminde önde gelen ülkeler olarak ortaya çıktı. Harvard Üniversitesi, Harvard'a bağlı Aviv Regev'in önemli bir katkıda bulunan kişi olarak kabul edilmesiyle en fazla sayıda yayın üretti (320). Frontiers in Immunology ve Nature Communications gibi önde gelen dergiler, bağışıklık mikroçevresi ve immünoterapi dahil olmak üzere hem yerleşik hem de gelişmekte olan araştırma alanlarını vurgulamaktadır. Gelecekteki araştırmalar için temel eğilimler ve potansiyel alanlar arasında tümör içi heterojenlik, klonal evrim ve ilaç dağıtım sistemleri yer almaktadır. Bu çalışma, onkolojideki tek hücre dizileme araştırmalarına kapsamlı bir genel bakış sunmakta ve teknolojik gelişmeler ve uluslararası işbirlikleri tarafından yönlendirilen hızlı ilerlemesini vurgulamaktadır. Küresel ortaklıkları güçlendirmek, bütünleştirici analitik araçlar geliştirmek ve veri karmaşıklıklarını ele almak, kişiselleştirilmiş kanser tedavilerini ilerletmek ve kanser biyolojisine ilişkin içgörüleri derinleştirmek için çok önemli olacaktır.
Kanser, en zararlı hastalıklardan birini temsil eder ve dünya çapında ikinci önde gelen ölüm nedeni olarak sıralanır1. 2035 yılına kadar dünya nüfusunun yaklaşık dörtte birinin kanserden doğrudan etkileneceği tahmin edilmektedir 2,3. Kanserin patogenezi esas olarak çeşitli tümörjenik faktörlerden etkilenen hücresel büyümedeki düzensizlik ile bağlantılıdır 4,5. "Kanserin Ayırt Edici Özellikleri", normal hücresel durumlardan neoplastik büyümeye geçişi kolaylaştıran bir dizi işlevsel yetenek, özellikle de kötü huylu tümörlerin oluşumu için gerekli olan yetenekler olarak kavramsallaştırıldı6. Dizileme teknolojisi, hastalık patogenezi anlayışımızı ilerletmede çok önemli bir rol oynamaktadır. Bununla birlikte, tümörlerin doğal heterojenliği nedeniyle, tümör dokularının yüksek verimli dizileme analizi yoluyla düşük bolluklu kök hücrelerin genomik özelliklerinin tanımlanması önemli zorluklar ortaya çıkarmaktadır 7,8.
Genomik, transkriptomik, epigenomik, proteomik ve metabolomiği içeren tek hücre dizilemesi, tek hücre düzeyinde hücresel ve moleküler manzaraları aydınlatmak için güçlü bir metodolojik yaklaşımı temsil eder 9,10. Kanser araştırmalarında uygulanması, neoplastik lezyonlarda bulunan biyolojik özelliklerin ve dinamiklerin anlaşılmasını önemli ölçüde geliştirmiş, böylece kanser gelişimi ve metastazı hakkında daha kapsamlı bir anlayış sağlamıştır.
Bibliyometrik analiz, bilimsel yayınların yapısal özelliklerini ve niteliklerini inceler ve bilimsel literatürün hem nitel hem de nicel değerlendirmelerinde yaygın olarak kullanılmaktadır11,12. Çeşitli ülkelerden, kurumlardan, araştırmacılardan ve yayınlardan gelen katkıları karşılaştırarak, belirli bir araştırma alanındaki potansiyel ilerlemeleri aydınlatmak ve tahmin etmek mümkündür. Kanserde tek hücreli dizileme araştırmalarına odaklanan sistematik ve anlatısal incelemelerde önemli bir artış olmasına rağmen, kantitatif değerlendirme alanındaki kapsamlı analizlerde dikkate değer bir eksiklik vardır 13,14,15. Bu çalışma, kanser alanındaki tek hücreli dizilemedeki gelişimsel eğilimlerin ve öne çıkan araştırma konularının bibliyometrik yöntemler kullanılarak kapsamlı bir analizini yapmayı amaçlamaktadır. Bulgular, araştırmacılara, klinisyenlere ve politika yapıcılara bu alandaki mevcut bilgi ve anlayış durumu hakkında ayrıntılı bir genel bakış sunacaktır.
Bu çalışmada kullanılan veriler Web of Science Core Koleksiyonu'ndan (2010-2023) elde edilmiştir.
1. Veri toplama
2. Veri ön işleme
Yayınların ve atıfların yıllık büyüme eğilimi
2010'dan 2023'e kadar WoSCC veri tabanında kanserde tek hücre dizilemesi ile ilgili toplam 6.767 yayın tespit edildi. 2010-2023 yılları arasında yayınlanan toplam 602 çalışma analizden çıkarıldı, ardından İngilizce olarak yayınlanmayan beş çalışma hariç tutuldu. Ek olarak, 361 toplantı özeti, 83 editoryal materyal ve diğer kategoriler altında sınıflandırılan 36 makaleden oluşan 480 m...
Bibliyometrik analiz, önemli yayınların özelliklerini ve bilimsel etkisini değerlendirmek için nicel bir yaklaşım olarak hizmet eder26. Bu çalışma, WoSCC veri tabanından çıkarılan ve 2010 ile 2023 yılları arasında yayınlanan, kanser araştırmalarında tek hücre dizilemesi ile ilgili 5.680 makalenin kapsamlı bir bibliyometrik analizini gerçekleştirdi. Bu analiz, araştırmacılar ve politika yapıcılar için eyleme geçirilebilir içgörül...
Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.
Hiç kimse.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
bibliometrix package | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | bibliometrix 4.3.0 | A forest plot that allows for multiple confidence intervals per row, custom fonts for each text element, custom confidence intervals, text mixed with expressions, and more. |
CiteSpace | Chaomei Chen, Drexel University | CiteSpace 6.2.R4 (64-bit) beta Basic | CiteSpace is a scientific literature analysis tool. Its main function is to analyze the underlying knowledge in scientific literature through visual means, showing the structure, rules and distribution of scientific knowledge. The main functions of CiteSpace include: research collaboration analysis , important journal judgment , core topic mining and so on. |
dplyr | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | dplyr 1.1.4 | dbplyr is the database backend for dplyr. It allows you to use remote database tables as if they are in-memory data frames by automatically converting dplyr code into SQL. |
esquisse | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | esquisse 2.0.1 | This addin allows you to interactively explore your data by visualizing it with the ggplot2 package. It allows you to draw bar plots, curves, scatter plots, histograms, boxplot and sf objects, then export the graph or retrieve the code to reproduce the graph. |
forcats | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | forcats 1.0.0 | R uses factors to handle categorical variables, variables that have a fixed and known set of possible values. Factors are also helpful for reordering character vectors to improve display. The goal of the forcats package is to provide a suite of tools that solve common problems with factors, including changing the order of levels or the values. |
ggplot2 | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | ggplot2 3.5.1 | ggplot2 is a system for declaratively creating graphics, based on The Grammar of Graphics. You provide the data, tell ggplot2 how to map variables to aesthetics, what graphical primitives to use, and it takes care of the details. |
ggpmisc | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | ggpmisc 0.6.1 | Package ‘ggpmisc’ (Miscellaneous Extensions to ‘ggplot2’) is a set of extensions to R package ‘ggplot2’ (>= 3.0.0) with emphasis on annotations and plotting related to fitted models. Estimates from model fit objects can be displayed in ggplots as text, tables or equations. Predicted values, residuals, deviations and weights can be plotted for various model fit functions. |
ggsci | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | ggsci 3.2.0 | ggsci offers a collection of ggplot2 color palettes inspired by scientific journals, data visualization libraries, science fiction movies, and TV shows. |
openxlsx | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | openxlsx 4.2.7.1 | This R package simplifies the creation of .xlsx files by providing a high level interface to writing, styling and editing worksheets. Through the use of Rcpp, read/write times are comparable to the xlsx and XLConnect packages with the added benefit of removing the dependency on Java. |
readxl | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | readxl 1.4.3 | The readxl package makes it easy to get data out of Excel and into R. Compared to many of the existing packages (e.g. gdata, xlsx, xlsReadWrite) readxl has no external dependencies, so it’s easy to install and use on all operating systems. It is designed to work with tabular data. |
reshape2 | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | reshape2 1.4.4 | Reshape2 is a reboot of the reshape package. It's been over five years since the first release of reshape, and in that time I've learned a tremendous amount about R programming, and how to work with data in R. Reshape2 uses that knowledge to make a new package for reshaping data that is much more focused and much much faster. |
stringr | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | stringr 1.5.1 | Strings are not glamorous, high-profile components of R, but they do play a big role in many data cleaning and preparation tasks. The stringr package provides a cohesive set of functions designed to make working with strings as easy as possible. |
tidytext | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | tidytext 0.4.2 | Using tidy data principles can make many text mining tasks easier, more effective, and consistent with tools already in wide use. Much of the infrastructure needed for text mining with tidy data frames already exists in packages like dplyr, broom, tidyr, and ggplot2. In this package, we provide functions and supporting data sets to allow conversion of text to and from tidy formats, and to switch seamlessly between tidy tools and existing text mining packages. Check out our book to learn more about text mining using tidy data principles |
tidyverse | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | tidyverse 2.0.0 | The tidyverse is an opinionated collection of R packages designed for data science. All packages share an underlying design philosophy, grammar, and data structures. |
VennDiagram | Comprehensive R Archive Network (CRAN) | VennDiagram 1.7.3 | VennDiagram is a R package for generating high-resolution, customizable Venn diagrams with up to four sets and Euler diagrams with up to three sets. Includes handling for several special cases including two-case scaling, and extensive customization of plot shape and structure. |
VOSviewer | Centre for Science and Technology Studies, Leiden University, The Netherlands | VOSviewer version 1.6.19 | VOSviewer is a software tool for constructing and visualizing bibliometric networks. These networks may for instance include journals, researchers, or individual publications, and they can be constructed based on citation, bibliographic coupling, co-citation, or co-authorship relations. VOSviewer also offers text mining functionality that can be used to construct and visualize co-occurrence networks of important terms extracted from a body of scientific literature. |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır