Protein-protein kompleksinin yapısını indirerek başlayın. Bunun için protein veri bankası ana sayfasına gidin ve ana arama kutusuna PDB ID'yi girin. Yapının ana sayfasında, dosyaları indir'e ve ardından dosyaları PDB-gz formatında indirmek için biyolojik montaj 1'e tıklayın.
İndirilen yapıyı UCSF Chimera'da açın. Araçlara, ardından yapılandır/düzenlemeye gidin ve zincir kimliklerini değiştir'e tıklayın. Başlangıçta A olarak etiketlenen ikinci zinciri B olarak yeniden adlandırın.Ardından, sık kullanılanlara ve ardından model paneline tıklayın.
İki zincirli modeli seçin ve her zinciri farklı bir modele ayırmak için grupla/grubu çöz düğmesine tıklayın. Ardından, iki modeli seçin ve kopyala/birleştir düğmesine tıklayın. Birleştirilmiş model için yeni bir ad girin, yakın kaynak modelleri işaretleyin ve Tamam'a tıklayın.
Seç'e, ardından zincire tıklayın ve dimerdeki zincirlerin artık A ve B olarak tanımlandığını onaylayın.Dosyaya tıklayın ve düzenlenen yapıyı yeni bir PDB dosyası olarak kaydetmek için PDB'yi kaydedin. Ligand proteinindeki hedef segmenti belirlemek için BUDE Alanine Scan sunucusuna gidin. Yapı altındaki dosya seç düğmesine tıklayın, yükleyin ve kaydedilen PDB dosyasını yükleyin.
Sonraki sayfada, yapının doğru şekilde yüklenip yüklenmediğini kontrol edin ve sunucudaki iş için bir ad girin. A zincirlerini reseptör ve B zincirlerini ligand olarak ayarlayın ve işi göndermek için taramayı başlat düğmesine tıklayın. İş bittiğinde, sonuçlar sayfasını açmak için sonuçları göster'e tıklayın.
Kalıntı listesinden, hedef bağlama yüzeyi ile daha iyi etkileşime gireceği tahmin edilen kalıntı gerginliğini seçin. Bu protokol kullanılarak, IRF5 bağlanma yüzeyi ile etkileşime giren bir amino asit segmenti tahmin edildi. Hesaplamalı alanin tarama mutajenezi kullanılarak, 424 ila 436 pozisyonlarından 13 amino asitlik bir segment tahmin edildi ve PLXIS motifi arginin 432'de başladı.
