Başlamak için, dizi çeşitlendirmesi için protein peptit arayüzünü hazırlayın. PDB dosyasını kimera'da açın ve hedef alt birimlerin yapısının eksik atom veya bağ olmadan sağlam olduğundan emin olun. Esansiyel olmayan tüm molekülleri yapıdan çıkarmak için Seç'e, ardından Kalıntı'ya tıklayın ve ardından standart amino asitler dışındaki tüm molekülleri seçin.
Ardından Eylemler'e ve ardından Atomlar/Bağlar'a tıklayın ve silin. Ardından, Sık Kullanılanlar ve Sıra'ya tıklayın ve ardından ligand olarak kabul edilen zincire tıklayın. Seçilen konumlar arasındakiler dışındaki tüm kalıntıları silerek ligand zincirini tanımlanan etkileşimli segmente kırpın.
Düzenlenen yapıyı farklı bir PDB dosyasına kaydetmek için Dosya ve PDB'yi kaydet'e tıklayın. Bu dosyayı Rosetta uygulamaları tarafından erişilebilen bir Linux konumuna kopyalayın. Bu komutu çalıştırarak dizi çeşitlendirmesinden önce baz yapının tüm amino asit yan zincirlerinin yeniden paketlenmesini gerçekleştirmek için Rosetta'nın sabit PDB uygulamasını kullanın.
Ardından, aşağıdaki komutu kullanarak yeniden paketlenmiş PDB dosyasını alt çizgi yeniden paketleme sonekiyle yeniden adlandırın. Ardından, bu komutu kullanarak dizi çeşitlendirmesi gerçekleştirmek için pepspec'i tasarım modunda çalıştırın. Ardından, gen_pepspec_pwm kullanarak bir pwm oluşturun.
py betiği Rosetta Suite'e dahildir. Bu komut dosyasını çalıştırmak için aşağıdaki komutu kullanın. Bir dizi logosu oluşturmak için, önceki adımda oluşturulan peptit dizilerinin bulunduğu dosyayı tercih edilen metin düzenleyiciyle açın ve tüm dizileri kopyalayın.
Web logosu sunucusuna gidin ve dizileri çoklu dizi hizalama metin kutusuna yapıştırın. Giriş uzunluğuna göre logonun istediğiniz biçimini ve boyutunu seçin ve logo oluştur'a tıklayın. Bu protokol kullanılarak, IRF5 bağlanma yüzeyindeki korunmuş pLxIS motifi için amino asit tercihleri tahmin edildi.
Dizi çeşitlendirmesi üzerine oluşturulan pozisyon, ağırlık matrisi ve dizi logosu, 432 pozisyonunda glutamat ve 433 ve 435 pozisyonlarında lösin ve izolösin tercihi gösterdi. Tipik olarak serin tarafından işgal edilen 427, 429 ve 436 pozisyonları, aspartat ve glutamat için daha yüksek bir tercih gösterdi ve fosforilasyon ve IRF5 dimerizasyonunun rolünü vurguladı. Pozisyon 425, serin için yüksek bir tercih gösterdi, bu da fosforile edilmemiş formunda protein-protein etkileşimine dahil olduğunu düşündürdü.
