FFPE dokuları üzerinde immünohistokimya yaptıktan sonra, dijital patoloji görüntüleyiciyi kullanarak kesitleri görüntüleyin. Açıklamalı görüntülerin spektral karışımını gidermek için yazılımı başlatın. Dosya'yı seçin, ardından Resmi Aç'ı tıklayın ve görüntüleri yazılıma yüklemek için QPTIFF dosyalarını seçin.
Bilgilendirilmiş projeler olarak işaretlenen damgaların projeye yüklenmesine izin verin. Otofloresan telafisi için hazırlanan QPTIFF dosyalarını yükleyin. Otofloresanı telafi etmek için lekesiz slayttan eritrositler ve kollajen gibi otofloresan yapılar boyunca görüntüye bir çizgi çizmek için görüntü aracında otofloresansı seçin.
Ardından İşaretçileri ve Renkleri Düzenle bölümüne gidin. Opal florofor ile eşleşen işaretleyici adları atayın ve renk ayarlarını tercih ettiğiniz seçeneğe göre ayarlayın. Floroforların karıştırılmasını başlatmak için arayüzün sol alt köşesinde bulunan Tümünü Hazırla'yı seçin.
Tüm sinyallerin görünürlüğünü ve karıştırma işleminin başarıyla tamamlandığını kontrol etmek için tüm görüntüleri inceleyin. Kaliteyi kontrol etmek için tüm işaretçileri tek tek kapatıp açmak için göz küresi simgesini seçin. Şimdi Dışa Aktar sekmesine gidin ve Dışa Aktar dizininin altında bulunan Gözat düğmesine tıklayarak yeni bir boş dışa aktarma dizini oluşturun.
Dışa aktarılacak görüntüler sekmesi altında kompozit görüntü ve bileşen görüntüleri çoklu görüntü TIFF'i seçin. Slaytların toplu işlenmesi için sol tarafta dikey olarak bulunan Toplu Analiz sekmesine gidin ve dışa aktarma seçeneklerinin altında her öğe için ayrı dizinler oluştur'u seçin. Analiz için slaytlar eklemek için, Slayt Ekle düğmesinin altında QPTIFF dosyalarını seçin ve bunları toplu analize yükleyin.
Slaytların toplu işlenmesini başlatmak için Çalıştır'ı seçin. Hiyerarşik klasör yapısının bozulmadan kaldığından emin olmak için yalnızca spektral karıştırmadan bileşen dosyalarını içeren yeni bir klasör oluşturun. Tüm slayt görüntüleyici yazılımını başlatın.
Sol taraftaki Proje Oluştur'a tıklayın ve uygun bir adla yeni bir boş klasör oluşturun veya seçin. Ardından Otomatikleştir'i tıklayın ve Komut dosyası düzenleyicisini göster'i seçin. Varolan komut dosyasını kopyalayıp yapıştırın ve tüm slayt bileşeni dosyalarını içeren klasöre yönlendirmek için konumu değiştirin.
Slaytları toplu birleştirme işlemine başlamak için Çalıştır'ı seçin ve ardından tamamlanmasına izin verin. Şimdi en son oluşturulan OME TIFF dosyalarını QuPath projesine taşıyın ve yeni bir proje olarak kaydedin. Yeni bir pencere göründüğünde, görüntü türünü floresan olarak ayarla'yı seçin, sonra İçe Aktar düğmesini tıklayın.
Soldaki menüye gidin, listeden bir örnek seçin ve seçilen örneği açmak için çift tıklayın. Görünürlüğü artırmak için Kontrast simgesine tıklayarak kanalların yoğunluğunu ayarlayın. Tüm kanalları seçin ve sıfırlamayı seçin.
Otofloresansın kapalı olduğundan emin olun. Tümör için bir ilgi alanı veya ROI çizmek için kontrast simgesini tekrar tıklayın ve ardından Gri tonlamayı göster'i seçin. Bundan sonra, tümör işaretleyici kanalını seçin ve optimum görünürlük için yoğunluğu ayarlayın.
Tümörün etrafına bir ROI çizmek için fırça aracını tıklayın. Bir araca tıklayın ve yatırım getirisini dışarıdan düzeltmek için alt tuşuna basarken yatırım getirisini ayarlayın. Bittiğinde, tümörün ayrılmış parçalarını aynı ROI'de birleştirin.
Soldaki listede ROI ek açıklamasına sağ tıklayın, Özellikleri Ayarla'yı seçin ve uygun bir ad girin. Örneğin, Tümör. Nesneler'i, ardından Ek Açıklamalar'ı ve ardından Ek Açıklamaları Genişlet'i seçerek tümör bölgesinden invaziv kenar boşluğunun yatırım getirisini genişletin.
Genişleme yarıçapı için istediğiniz boyutu seçin. İç kısmı kaldır ve üst öğeyle sınırla'yı seçin. Kontrast simgesine tıklayın, otomatik floresan kanalını seçin ve optimum görünürlük için yoğunluğu ayarlayın.
Yatırım getirisini dışarıdan yumuşatmak ve bu yatırım getirisinin bir parçası olmaması gereken tüm arka planları kaldırmak için alt tuşuna basarken çubuğu tıklayın ve yatırım getirisini ayarlayın. Soldaki listede ek açıklamayı sağ tıklayın. Ardından, ROI'ye istilacı marj veya anlık ileti gibi uygun bir ad atamak için Özellikleri Ayarla'yı seçin.
İstenirse rengini değiştirin. Ek açıklamaları dışa aktarmak için Dosya seçeneğine gidin, Nesne Verileri'ne tıklayın, GeoJSON Olarak Dışa Aktar'a tıklayın ve Tüm Nesneleri Dışa Aktar'ı seçin. Özellik koleksiyonu olarak dışarı aktarmada varsayılan seçimle devam edin ve tercih edilen bir konuma kaydedin.
