Başlamak için, geleneksel Çin tıbbı sistemleri farmakoloji veritabanını ve analiz platformunu açın. Jiawei Shengjiang San veya JWSJS için tıbbi bileşimi girin ve tarama kriterlerini uygulayın. Daha sonra veritabanını kullanarak, bileşenlere karşılık gelen hedefleri alın.
Bombyx batryticatus ve Cicadidae Periostracum'un aktif bileşenlerini geleneksel Çin tıbbı ve kimyasal bileşim veritabanlarında edinin. Kimyasal soyut servis numaralarına sahip bileşikleri seçtikten sonra, PubChem'den aktif bileşenlerin 2B yapı diyagramlarını indirin. SwissADME ile, iki veya daha fazla madde evet olan ilaç benzerliği olarak yüksek gastrointestinal absorpsiyona sahip bileşenleri tarayın.
Hedef protein tahmini için bunları veritabanına aktarın. UniProt'ta, durumu gözden geçirildi ve türleri insan olarak ayarlayın ve hedefleri standartlaştırın. Diyabetik nefropati veya DN'yi çeşitli veritabanlarında arayın ve hedefleri elde edin.
Birleştirdikten ve tekilleştirmeyi kaldırdıktan sonra. 4.2.0 yazılımımızı kullanarak, Venn diyagramları çizmek için JWSJS ve DN'nin ortak hedeflerini tarayın. İlaçlar, bileşenler, hedefler ve hastalıklar arasındaki bağlantıyı görselleştiren bir ilaç bileşeni hedef ağ diyagramı oluşturmak için JWSJS'nin aktif bileşenlerini ve potansiyel hedeflerini Cytoscape 3.8.0 yazılımına aktarın.
STRING platformundaki kesişen genleri analiz etmek için, türü Homo sapiens olarak ayarlayın ve çoklu protein analiz modu kullanarak ağı oluşturmak için gereken minimum etkileşim puanını 0,9'dan fazla olarak ayarlayın. Cytoscape 3.8.0'ı kullanarak, ağı topolojik olarak analiz edin ve her düğüm için aradaki merkezilik, yakınlık merkeziliği, derece merkeziliği, özvektör merkeziliği, yerel ortalama bağlantı tabanlı yöntem ve ağ merkezilik değerlerini hesaplayın. Ardından orghs.eg ile kavşak hedeflerinin kimliklerini alın.
db paketi. Küme profil oluşturucuyu kullanma org.hs.eg. DB, Enrichplot ve GGPLOT2 paketleri ile zenginleştirme analizleri gerçekleştirebilirsiniz.
Kyoto Genler ve Genomlar Analizi Ansiklopedisi için düzeltilmiş p değeri 0,05'ten düşük olan ilk 10 biyolojik isabette fonksiyonel gen ontolojisi zenginleştirme analizi için tarama yapın ve en yüksek zenginleştirmeye sahip ilk 30 yolu seçin. JWSJS çekirdek bileşenlerinin 2B yapısının SDF dosyasını elde etmek için PubChem veritabanında arama yapın. ChemBio3D Ultra 14.0 yazılımını kullanarak, 3D yapısını oluşturun ve optimize edin.
Ligand dosyası olarak kullanmak için MOL2 formatında kaydedin. Yapısal biyoinformatik protein veri bankası veritabanı için araştırma ortak laboratuvarından çekirdek hedeflerin 3B yapısının PDB formatını bulun ve indirin. PyMOL 2.4.0 yazılımını kullanarak, su moleküllerini ve ligandları protein yapısından çıkarın ve PDB reseptör dosyası olarak kaydedin.
Reseptör protein dosyasını hidrojenasyon için AutoDock Tools 1.5.7 yazılımına aktarın ve hem reseptör proteinini hem de küçük moleküllü ligandı PDBQT formatına dönüştürün. Reseptör proteini için aktif cebi, aralık katsayısı bire ayarlanmış olarak ayarlayın. Moleküler yerleştirme için AutoDock Vina 1.2.0 kullanarak bağlanma enerjisini hesaplayın.
PyMOL 2.3.0 ve LigPlot 2.2.5 yazılımını kullanarak yerleştirme sonuçlarını görselleştirin. En umut verici türetilmiş ligand komplekslerinin üçlüsü üzerinde moleküler dinamik veya MD araştırmaları yapın ve 0.15 molar sodyum klorür ile SBC sulu ortamını kullanın. Desmond varsayılan parametrelerini kullanarak 100 pikosaniye için bir enerji minimizasyonu aşaması başlatın.
Nose-Hoover zinciri ve Martyna-Tobias-Kline metodolojileri ile tüm üretim sistemlerinde 26,85 santigrat derece ve 1,01325 bar arasında sabit sıcaklık ve basınç sağlayın. MD simülasyonunu iki femtosaniyelik bir zaman adımıyla 100 nanosaniye boyunca yürütün ve atomik koordinatları her 100 pikosaniyede bir kaydedin. Simülasyon etkileşimleri diyagramını veya SID modülünü açın ve simülasyon sonucu veri dosyalarını içine yükleyin.
Analiz tamamlandıktan sonra, sonuçları SID modülü arayüzünde görüntüleyin ve yorumlayın. Model grubu hayvanına intraperitoneal streptozotosin enjeksiyonu enjekte edin. 72 saat sonra, kuyruk damarı kan örneklemesi yoluyla kan şekeri seviyelerini test edin.
Başarılı DN modelini doğrulamak için sıçan böbreğindeki histopatolojik değişiklikleri gözlemleyin. Daha sonra günde bir kez oral gavaj yoluyla sıçana uygun ilaçlar uygulayın. Anestezi uygulanmış sıçanın abdominal aortundan kan örnekleri toplayın.
Son olarak, fareye ötenazi yaptıktan sonra, biyokimyasal ve mikroskobik analizler için böbrekleri toplayın. Periyodik asit-Schiff boyaması, model grubunun normal gruba göre artmış glomerüler hacimlere, kalınlaşmış bazal membrana ve artmış mezanjiyal matrikse sahip olduğunu gösterdi. Bu patolojik belirtiler, uygulanan her ilaç grubunda önemli ölçüde hafifledi.
Transmisyon elektron mikroskobu, model grubundaki glomerüler bazal membranın normal gruba göre kalınlaştığını gösterdi. Her bir uygulama grubundaki sıçanların mikroskobik belirtileri, model grubuna göre değişen derecelerde rahatladı. Model grubuyla karşılaştırıldığında, p-EGFR, p-MAPK3 / 1 ve BAX ekspresyonunda önemli bir azalma ve her doz grubunun sıçan böbrek dokularında BCL-2 ekspresyonunun değişen derecelerde yukarı regülasyonu vardı.
