Beş sütun, örnek kimliği, tür, veri kümesi, değişken ve değer içeren işlenmiş ve uyumlu hale getirilmiş giriş verileriyle başlayın. Bu veriler MOFA modelinde kullanılacaktır. Ardından, Jupyter Lab'a gidin ve klasör sembolüne tıklayın.
MOFA iş akışına, ardından komut dosyalarına ve yapılandırmalara çift tıklayın. Dosyayı 03_MOFA_Configuration.csv açın. MOFA modelinde tahmin edilecek faktörlerin sayısını girin ve bekleme ve ölçeklendirmenin uygulanıp uygulanmayacağını tanımlamak için dosyadaki değerleri ayarlayın.
Değişiklikleri kaydetmek için üst kısımdaki menüden dosyayı seçin ve CSV dosyasını kaydedin. Sol taraftaki gezinme menüsünü kullanarak, komut dosyalarına tıklayarak komut dosyaları klasörüne gidin. Ardından, not defterini 03_Run_MOFAipynb açın.
Komut dosyasını çalıştırmak için üst kısımdaki Çekirdeği Yeniden Başlat ve tüm hücreleri çalıştır düğmesine tıklayın ve ardından açılır pencerede yeniden başlat'a tıklayın. 03_figures klasörüne gitmek için şekillere çift tıklayın ve ardından 03_figures. Oluşturulan grafiği MOFA sonuç adı Figure03_Overview_Variance_Decomposition açın ve model sonucunu inceleyin.
Sol taraftaki gezinme menüsüne gidin. Klasör sembolüne tıklayın, ardından giriş verileri klasörüne gitmek için giriş verilerine çift tıklayın. Hazırlananları sürükleyip bırakın.
Oluşturulan faktörler dosyasıyla ilişkili olarak analiz edilecek örneklerin tüm meta verilerini içeren CSV, giriş verileri klasörüne eklenir. Klasör sembolüne tıklayın. Ardından, yapılandırmalar klasörüne geri dönmek için mofa_workflow ve ardından komut dosyalarına ve yapılandırmalara çift tıklayın.
Dosyayı 04_Factor_Analysis_csv açın. Sayısal değişkenler sütununa, hazırlanan örnek meta veri CSV dosyasındaki MOFA faktörleriyle ilişkili olarak araştırılacak tüm sayısal sütunların adlarını virgülle ayırarak ekleyin. Kategorik ortak değişkenler sütununda, MOFA faktörleriyle ilişkili olarak araştırılacak olan hazırlanan örnek meta veri CSV dosyasındaki tüm kategorik sütunların adlarını virgülle ayırarak ekleyin.
Üstteki menüden Dosya ve CSV dosyasını kaydet'i seçerek değişiklikleri kaydedin. Ardından, komut dosyaları klasörüne gitmek için komut dosyalarına tıklayın. Açmak için not defteri 04_Downstream_Factor_Analysis_ipynb üzerine çift tıklayın.
Komut dosyasını çalıştırmak için üst kısımdaki Çekirdeği Yeniden Başlat ve tüm satışları çalıştır düğmesine tıklayın ve ardından açılır pencerede yeniden başlat'a tıklayın. Şekillere çift tıklayarak 04_figures klasörüne gitmek için soldaki gezinme menüsünü kullanın ve ardından 04_figures. Oluşturulan grafikleri açmak için üzerlerine çift tıklayın ve ilginç desenler ve çağrışımlar için faktörleri araştırın.
