Başlamak için, paraformaldehit içine sabitlenmiş bakteri hücrelerini alın. Hücreleri 10 dakika boyunca 14.000 x g'da santrifüjleyin. Ardından süpernatanı çıkarın.
Peleti 100 mikrolitre %96 analitik dereceli etanol içinde yeniden süspanse edin ve oda sıcaklığında bir dakika inkübe edin. Santrifüjlemeyi beş dakika boyunca tekrarlayın, ardından etanolü çıkarın ve hücre peletini havayla kurutun. Şimdi hücreleri, floresan etiketli oligonükleotid içeren bir çözelti içinde üç saat boyunca 46 ila santigrat derecede hibritleştirin.
Hibridizasyondan hemen sonra, numuneleri izin verilen maksimum sıcaklıkta 15 dakika boyunca 46 santigrat derecede önceden ısıtılmış bir rotorda santrifüjleyin. Daha sonra numuneleri 48 santigrat derecede 15 dakika boyunca uygun sertlikte bir tamponda yıkayın. Numuneyi santrifüjledikten sonra, hücreleri bir kez daha 500 mikrolitre buz gibi soğuk PBS ile yıkayın.
Bunları 20 mikrolitre PBS'de tekrar süspanse edin ve daha fazla kullanana kadar dört santigrat derecede saklayın.