Yazarlar, tartışma ve deney yardım için ULE Luscombe ve Zupan laboratuarlarında tüm üyelerine teşekkür ediyorum. James Hadfield ve Nik Matthews, yüksek verimlilik sıralaması için teşekkür ederim. Biz hisselerinin iCLIP yöntemi burada Kirk Jensen ve JU Robert Darnell laboratuar tarafından geliştirilen orijinal CLIP protokolü ile birkaç adımda açıklanan işaret etmek istiyorum. Bu çalışma, Avrupa Araştırma Konseyi hibe 206.726-JU ve JK Uzun vadeli İnsan Frontiers Lisans Programı burs CLIP tarafından desteklenen

1. UV çapraz bağlayarak hücreleri, doku kültürü <ol><li> Ortamı çıkarın ve 10 cm plaka (üç deneyler için yeterli) yetiştirilen hücreler 6 ml buz gibi soğuk PBS ekleyin. </li><li> Kapak ve buz üzerinde yer çıkarın. 150 254 nm&#39;de mJ / cm 2 ile bir kere ışın tedavisi. </li><li> Bir hücre kaldırıcı kazıma hücreleri tarafından Hasat. </li><li> 2 ml hücre süspansiyonu, her üç mikrotüpler aktarın. 10 saniye boyunca en yüksek hızda Spin 4 ° C pelet hücrelerine, daha sonra süpernatant kaldırmak. </li><li> Snap-, donma -80, kuru buz ve mağaza hücre pelet ° C kullanana kadar. </li></ol> 2. Boncuk hazırlık <ol><li> 100 protein ul taze bir mikrotüp Deneme başına Dynabeads (Dynal 100,02) (fare veya keçi antikorları için protein G Dynabeads kullanın). </li><li> 2x boncuk lizis tamponu (100 mM NaCl,% 1 NP-40,% 0.1 SDS,% 0.5 sodyum deoksikolatın; 1 / 100 proteaz inhibitörü kokteyl III Calbiochem 50 mM Tris-HCl, pH 7.4) ile yıkayın </li><li> 2-10 mg antikor ile 100 ul lizis tamponu boncuk tekrar </li><li> Oda sıcaklığında 30-60 dk tüpler döndürün. </li><li> 900 ul lizis tamponu ile 3x yıkayın ve son yıkama 4.1 adım ilerlemek için hazır olana kadar bekletin. </li></ol> 3. Hücre parçalama ve kısmi RNA sindirim <ol><li> 1 ml lizis tamponu ve 1.5 ml mikrotüp transfer hücre pelletini tekrar. </li><li> RNaz (Ambion, AM2295) 1 / 500 dilüsyon hazırlayın. [10 ul RNaz I seyreltme yanı sıra hücre lizat 2 ul Turbo DNaz ekle (1 / 500 RNaz I dilüsyonları düşük RNaz] kütüphane hazırlanması için kullanılır; 1 / 50 dilüsyonları [yüksek RNaz] antikor özgüllüğü kontrol etmek için gerekli) . </li><li> Tam 3 dakika 37 ° ° C, 1.100 rpm&#39;de sallayarak örnekleri inkübe edin. Hemen buz transfer. </li><li> 4 Spin ° C ve lizat temizlemek için 20 dakika süreyle 22.000 gr. Dikkatle (pelet ile yaklaşık 50 ul lizat bırakın) süpernatantı toplamak. </li></ol> 4. Immunoprecipitation <ol><li> Boncuk (2.5 adım) yıkama tamponu çıkarın, daha sonra hücre lizat (3.4 adım) ekleyin. </li><li> 2 saat için 4 örnekleri Döndür ° C </li><li> Süpernatantı atın ve 900 ul yüksek tuz tamponu (50 mM Tris-HCl, pH 7.4; 1 M NaCl, 1 mM EDTA,% 1 NP-40,% 0.1 SDS,% 0.5 sodyum deoksikolatın) 2x boncuk yıkayın. </li><li> 900 ul yıkama tamponu (10 mM MgCl 2;% 0.2 Tween-20 20 mM Tris-HCl, pH 7.4) ile yıkayın 2x </li></ol> 5. RNA 3&#39;ends, Defosforilasyon <ol><li> Süpernatant atın ve 20 ul PNK karışımı boncuklar tekrar süspansiyon (15 ul su; 4 ul 5x PNK pH 6.5 tamponu [350mMTris-HCl, pH 6.5; 50mMMgCl 2 25mMdithiothreitol]; 0.5 ul PNK enzim; 0.5 ul RNasin [Promega]). </li><li> 37 20 dakika boyunca inkübe ° C. </li><li> 500 ul yıkama tamponu ekleyin ve 1x yüksek tuz tamponu ile yıkayın. </li><li> Yıkama tamponu ile 2x yıkayın. </li></ol> 6. 3 &#39;uçları RNA Linker ligasyonu <ol><li> Dikkatlice süpernatant kaldırmak ve (9 ul su 20 ul ligasyon karışımı boncuklar tekrar süspansiyon; 4 ul 4x ligasyonu tampon [200 mMTris-HCl, 40 MM GCL 2; 40 mM dithiothreitol]; 1 ul RNA ligaz [NEB]; 0.5 ul RNasin [Promega]; 1.5 ul-adenylated öncesi linker L3 [20 mcM]; 4 ul PEG400 [81.170, Sigma]). </li><li> 16 yaşında bir gece inkübe ° C </li><li> 500 ul yıkama tamponu ekleyin ve sonra 1 ml yüksek tuz tamponu ile 2x yıkayın. </li><li> Ikinci yıkama 1 ml 1 ml yıkama tamponu ile 2x ve terk yıkayın. </li></ol> 7. RNA 5 &#39;sonuna etiketleme <ol><li> Süpernatantı ve 8 ul PNK sıcak karışımı boncuklar tekrar süspansiyon (0.4 ul PNK [NEB]; 0.8 ul 32 P-γ-ATP; 0.8 ul 10x PNK tampon [NEB]; 6 ul su). </li><li> 37 5 dakika boyunca inkübe ° C. </li><li> Sıcak PNK karışımı çıkarın ve 20 ul 1x Nupage yükleme tamponu (Invitrogen) boncuk tekrar süspansiyon. </li><li> 70 ° C&#39;de 10 dakika süreyle bir Thermomixer inkübe edin. </li><li> Hemen boş boncuklar (bkz. adım 8) hızlandırabilir ve jel süpernatantı yüklemek için bir mıknatıs yer. </li></ol> 8. SDS-PAGE ve membran transferi <ol><li> % 4-12 NuPAGE üreticinin talimatlarına göre Bis-Tris jel (Invitrogen) numuneleri yükleyin. Tamponu (Invitrogen) 1x MOPS 0,5 l kullanın. Ayrıca bir ön-lekeli protein boyutu işaretleyici (örneğin SAYFA hükümdarı artı Fermentas, SM1811) 5 ul yük. </li><li> 50 dakika için 180 jel çalıştırın V. </li><li> Jel ön çıkarın ve katı atık (ücretsiz radyoaktif ATP içerir) olarak atın. </li><li> Jel (Invitrogen, transferi 1 saat 30 V), üreticinin talimatlarına göre Novex ıslak transfer aparatları kullanarak bir nitroselüloz membran protein-RNA kompleksleri aktarın. </li><li> Aktarımdan sonra, PBS membran durulama, Saran wrap sonra sarın ve -80 ° C (yerinde daha sonra t hizalamak için membran yanında bir floresan etiket Fuji film maruzo film ve membran) 30 dakika, 1 saat ve gece boyunca maruz kalma gerçekleştirmek. </li></ol> 9 - RNA izolasyonu <ol><li> , Bir maske olarak 8.5 adım autoradiograph kullanarak düşük RNaz deney protein-RNA kompleksleri izole edin. Bu parça membran birkaç küçük dilimler halinde kesin ve 1.5 ml mikrotüp içine yerleştirin. </li><li> Ve 10 ul proteinaz K (Roche, 03115828001) 200 ul PK tamponu (10 mM EDTA; 50 mM NaCl 100 mM Tris-HCl pH: 7.4), membran parçaları ekleyin. 1.100 rpm&#39;de 20 dakika süreyle 37 ° sallayarak inkübe ° C </li><li> PKurea tamponu (50 mM NaCl; 10 mM EDTA, 100 mM Tris-HCl pH: 7.4 7 M üre) 200 ul ekleyin ve 37 ° 20 dakika boyunca inkübe ° C. </li><li> Çözüm toplayın ve 2 ml Phase Lock Gel Ağır tüp (713-2536, VWR) kloroform (Ambion 9722) / fenol RNA 400 ul ile birlikte ekleyin. </li><li> 1,100 rpm hızında titreme, 5 dakika 30 ° C&#39;de inkübe edin. Oda sıcaklığında 13.000 rpm&#39;de 5 dakika boyunca iplik aşamaları ayırın. </li><li> (Jel pipet ile dokunmamaya dikkat), yeni bir tüp içine sulu aktarın. 0.5 ul glycoblue (Ambion 9510) ve 40 ul 3 M sodyum asetat, pH 5.5 ve karışımı ekleyin. Daha sonra 1 ml% 100 etanol, -20 ° C&#39;de gece boyunca tekrar karıştırın ve çökelti </li></ol> 10 Ters transkripsiyon <ol><li> Spin 20 dakika için 15,000 rpm ve 4 ° C Süpernatantı ve pelet 0.5 ml% 80 etanol ile yıkayın. </li><li> 7.25 ul RNA / astar karışımı (0.5 ul Rclip astar [0.5pmol/μl]; 0.5 ul dNTP mix [10mM] 6.25 ul su) pelletini tekrar Her deney ya da çoğaltmak için, ayrı ayrı barkod dizileri (14) içeren farklı bir Rclip astar kullanın. </li><li> 5 dakika 70 ° C&#39;de 25 ° C&#39;ye kadar soğutma önce </li><li> 2.75 ul RT karışımı (0.5 ul 0.1M DTT; 0.25 ul Üstsimge III ters transkriptaz [Invitrogen] 2 ul 5x RT tampon) ekleyin. </li><li> 5 dakika 25 ° C&#39;de 20 dakika, 42 ° C, 40 dakika 50 ° C ve 5 dakika 80 ° C 4 soğutma ° C. </li><li> 90 ul TE tampon, 0.5 ul glycoblue ve 10 ul sodyum asetat, pH 5.5 ve karışımı ekleyin. Sonra 250 ul% 100 etanol, -20 ° C&#39;de gece boyunca tekrar karıştırın ve çökelti </li></ol> 11. CDNA, Jel arıtma <ol><li> Spin ve örnekleri yıkayın (10.1), daha sonra 6 su ul pelet tekrar süspansiyon haline getirin. </li><li> 6 ul 2x TBE üre yükleme tamponu (Invitrogen) ekleyin. Isı örnekleri 80 ° C doğrudan yüklemeden önce 3 dk. </li><li> Bir prekast% 6 TBE üre jel (Invitrogen) numuneleri yükleyin ve üretici tarafından açıklandığı gibi 180 V 40 dakika çalıştırın. Ayrıca bir sonraki kesim için (aşağıya bakın) düşük molekül ağırlıklı işaretleyici yükleyin. </li><li> 120-200 nt (yüksek), 85-120 nt (orta) ve 70-85 nt (düşük) az üç bantlarını. (Bkz. Şekil 3) eksizyon kılavuzu theupper boya ve plastik jel destek işaretleri kullanın. CLIP dizisi 52 nt Rclip astar ve birlikte L3 dizisi hesabı unutmayın. </li><li> 400 ul TE ekleyin ve 1 ml şırınga pistonu kullanarak küçük parçalar halinde jel dilim ezmek. 37 az 2 saat süreyle 1.100 rpm&#39;de sallayarak inkübe ° C </li><li> Costar SpinX sütun (Corning Incorporated, 8161) içine iki adet 1 cm cam ön filtreler (whatman 1.823.010) yerleştirin. Sütun örnek sıvı kısmı aktarın. 1 dakika için 1.5 ml tüp içine 13.000 devirde dönerler. </li><li> 0.5 ul glycoblue ve 40 ul sodyum asetat pH 5.5, daha sonra örnek karıştırın. 1 ml% 100 etanol, -20 ° C&#39;de gece boyunca tekrar karıştırın ve çökelti </li></ol> 12. CDNA 5&#39;end astar ligasyonu <ol><li> Inkübe aşağı Spin ve örnekleri yıkayın (10.1), daha sonra 8 ul ligasyon karışımı (0.8 ul 10x CircLigase Tampon II; 0.4 ul 50 mM MnCl 2; 0.3 ul Circligase II [Epicentre] 6.5 ul su) pelet tekrar süspansiyon 60 ° C&#39;de 1 saat </li><li> 30 ul oligo tavlama karıştırın (26 ul su; 3 ul FastDigest Tampon [Fermentas]; 1 ul cut_oligo [10 mcM]). 1 dakika boyunca inkübe 95 ° C Sonra her 20 saniyede 1 sıcaklığını azaltmak ° C 25 kadar ° C ulaşılır. </li><li> 37 ° 2 ul BamHI (Hızlı Fermentas) ve 30 dakika boyunca inkübe ° C </li><li> 50 ul TE ve 0.5 ul glycoblue ve karışımı ekleyin. 10 ul sodyum asetat, pH 5.5 ve karışımı ekleyin, daha sonra 250 ul% 100 etanol ekleyin. -20 ° C&#39;de gece boyunca tekrar karıştırın ve çökelti </li></ol> 13. PCR <ol><li> Spin ve örnekleri yıkayın (10.1), daha sonra 19 ul su pelet tekrar süspansiyon haline getirin. </li><li> (; 1 ul astar karışımı P5/P3 solexa, her 10 mcM; 20 ul Accuprime Supermix 1 enzim [Invitrogen] 19 ul cDNA) PCR karışımı hazırlayın. </li><li> Aşağıdaki PCR programı çalıştırın: 25-35 döngüleri, 68 ° C &#39;de 3 dakika, 4 [30 saniye 15 saniye, 65 ° C - 94 ° C için 30 saniye, 68 ° C] 94 ° C&#39; de 2 dakika süreyle, ° C sonsuza dek. </li><li> 8 ul PCR ürün karması bir prekast% 6 TBE jel 5x TBE yükleme tamponu ve yük 2 ul (Invitstresin). Leke Sybrgreen I (Invitrogen) jel ve jel görüntüleme cihazı ile analiz. </li><li> Rclip primerler barkod yüksek verimlilik sıralaması için göndermeden önce multipleks farklı örnekleri izin verir. Kütüphane sıralaması için 15 ul gönderin ve geri kalanı saklamak. </li></ol> 14. Linker ve astar dizileri Ön adenylated 3 &#39;linker DNA: [20μM hacimde yapabilir sonra IDT gelen DNA bağdaştırıcısı sipariş.] <img src="/files/ftp_upload/2638/2638fig0.jpg" alt="DNA" /> 15. Temsilcisi Sonuçlar: Deneyinin başarısı için, iCLIP kütüphane sıralanması önce iki adım izlenebilir: autoradiograph membran transferinden sonra protein-RNA kompleksi (adım 8.5) ve PCR ürünlerinin jel (adım 13.4). Düşük RNaz örnekleri autoradiograph, diffüz radyoaktivite protein (Şekil 2, örnek 4) moleküler ağırlığı üzerinde görülmelidir. Yüksek RNaz örnekleri için, bu radyoaktivite yakın proteinin moleküler ağırlığı (Şekil 2, Örnek 3) odaklanmıştır. Hiçbir antikor immunoprecipitation kullanıldığında, herhangi bir sinyal (Şekil 2, 1 ve 2 örnekleri) tespit edilmelidir. Immunoprecipitation özgüllüğü için daha önemli kontrol UV ışını veya ilgi 14 protein ifade kullanımı hücrelerin atlarsanız ya. PCR ürünleri (adım 13.4) jel görüntü adım 11.4 (Şekil 4, şerit 4-6) saflaştırılmış cDNA fraksiyonu (yüksek, orta veya düşük) karşılık gelen bir boyut aralığı göstermelidir. PCR primerleri P3Solexa ve P5Solexa cDNA boyutu için ek bir 76 nt tanıtmak olduğunu unutmayın. Hiçbir antikor immunoprecipitation sırasında kullanılması durumunda, hiçbir karşılık gelen PCR ürünleri (Şekil 4, şerit 1-3) tespit edilmelidir. Primer-dimer ürün yaklaşık 140 nt az görünebilir. 14, yüksek verimlilik sıralama ve daha sonraki biyoinformatik analizleri temsilcisi sonuçlar için bkz . <img src="/files/ftp_upload/2638/2638fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1 iCLIP protokolü şematik. Protein-RNA kompleksleri UV ışını (adım 1) kullanarak in vivo kovalent çapraz bağlanır. Ilgi protein bağlı RNA (adım 2-5) ile birlikte arındırılır. Ters transkripsiyon sıra özel astar izin vermek için, sonunda radyoaktif (adım 6 ve 7) etiketli bir RNA adaptörü 5 iken, RNA sonu 3 bağlandı. Çapraz bağlı protein-RNA kompleksleri, SDS-PAGE ve membran transferi (adım 8) kullanarak ücretsiz RNA arınmış. RNA protein sindiren proteinaz K nükleotid çapraz bağ (adım 9) kalan bir polipeptid bırakarak membrandan kurtarıldı. Ters transkripsiyon (RT) kalan polipeptid keser ve iki cleavable adaptör bölgeler ve barkod dizileri (adım 10) tanıttı. Boyutu seçimi circularization önce ücretsiz RT astar kaldırır. Aşağıdaki doğrusallaştırma PCR amplifikasyonu için uygun şablonları (adım 11-15) üretir. Son olarak, yüksek verimli sıralama barkod dizileri hemen (adım 16) cDNA son nükleotid tarafından takip edilmektedir hangi okur üretir. Çapraz bağlı nükleotid upstream bu nükleotid bulur bir konum bu yana, bağlama site, yüksek çözünürlüğe sahip çıkarılabilir. <img src="/files/ftp_upload/2638/2638fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2 çapraz bağlantılı hnRNP C-RNA kompleksleri Autoradiograph denatüre jel elektroforezi ve membran transferi kullanarak. hnRNP C-RNA kompleksleri hücre özleri hnRNP C&#39;ye karşı bir antikor kullanarak immüno-saflaştırılmış (α hnRNP C, örnekleri 3 ve 4). RNA kısmen düşük (+) veya yüksek kullanılarak sindirilir (+ +) konsantrasyonu RNaz. Proteinin büyüklüğü (40 kDa) yukarı doğru kayması Kompleksleri (örnek 4) görülebilir. RNaz yüksek konsantrasyonlarda (örnek 3) kullanılan zaman kayması daha az belirgindir. Herhangi bir antikor (örnekler 1 ve 2) immunoprecipitation kullanılan radyoaktif bir sinyal kaybolur. <img src="/files/ftp_upload/2638/2638fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3 şematik% 6 TBE-üre jel (Invitrogen) iCLIP cDNA ürünleri eksizyon kılavuzu. Jel, jel cDNAs ve boyalar (mavi ışık ve karanlık) tekrarlanabilir bir göç desen önde gelen 180 V 40 dakika çalıştırın. (Kırmızı çizgi), yüksek (H), orta (M), ve düşük (L) cDNA kesirler kesmek için jilet kullanın. Ortasında açık mavi boya ve plastik jel kaset işareti hemen üzerinde keserek başlayın. Orta ve düşük kesirler Böl ve yaklaşık 1 cm yukarıda açık mavi boya yüksek bir kısmını düzeltin. Farklı şerit (Bu örnekte 1-4) ayırmak için cepler ve boya tarafından yönlendirilen dikey kesikler kullanın. Işaretleyici şeritli (m) lekeli ve kontrol görüntülü olabilirkestikten sonra boyutları. Fragment boyutları sağ tarafta gösterilir. <img src="/files/ftp_upload/2638/2638fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> Şekil 4 jel elektroforezi kullanılarak PCR-amplifiye iCLIP cDNA kütüphaneleri analizi. RNA ters transkripsiyonu ve boyut-saflaştırılmış denatüre jel elektroforezi (Şekil 2) kullanarak membran (Şekil 1) kurtarıldı. Üç boyut fraksiyonları cDNA (yüksek [H]: 120-200 nt, orta [M]: 85-120 nt ve düşük [L]: 70-85 nt) ele geçirilmiştir circularized, yeniden lineerleştirilmiş ve PCR-amplifiye. Farklı boyut dağılımı PCR ürünleri giriş fraksiyonları farklı boyutlarda bir sonucu olarak görülebilir. PCR primer cDNA 76 nt bu yana, orta ve küçük boyut fraksiyonları için 146-161 nt boyutları, yüksek, 161-196 nt, 196-276 nt arasında aralık olmalıdır. Hiçbir antikor immunoprecipitation (şerit 1-3) için kullanılan PCR ürünleri bulunmaz.

<ol>
	<li>Keene, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+regulons:+coordination+of+post-transcriptional+events.">RNA regulons: coordination of post-transcriptional events.</a> Nat Rev Genet. 8, 533-543 (2007).</li><li>Wang, Z., Burge, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Splicing+regulation:+from+a+parts+list+of+regulatory+elements+to+an+integrated+splicing+code.">Splicing regulation: from a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code.</a> RNA. 14, 802-813 (2008).</li><li>Trifillis, P., Day, N., Kiledjian, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Finding+the+right+RNA:+identification+of+cellular+mRNA+substrates+for+RNA-binding+proteins.">Finding the right RNA: identification of cellular mRNA substrates for RNA-binding proteins.</a> RNA. 5, 1071-1082 (1999).</li><li>Brooks, S. A., Rigby, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+mRNA+ligands+bound+by+the+RNA+binding+protein+hnRNP+A2+utilizing+a+novel+in+vivo+technique.">Characterization of the mRNA ligands bound by the RNA binding protein hnRNP A2 utilizing a novel in vivo technique.</a> Nucleic Acids Res. 28, E49-E49 (2000).</li><li>Tenenbaum, S. A., Carson, C. C., Lager, P. J., Keene, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+mRNA+subsets+in+messenger+ribonucleoprotein+complexes+by+using+cDNA+arrays.">Identifying mRNA subsets in messenger ribonucleoprotein complexes by using cDNA arrays.</a> Proc Natl Acad Sci. 97, 14085-14090 (2000).</li><li>Mili, S., Steitz, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+reassociation+of+RNA-binding+proteins+after+cell+lysis:+implications+for+the+interpretation+of+immunoprecipitation+analyses.">Evidence for reassociation of RNA-binding proteins after cell lysis: implications for the interpretation of immunoprecipitation analyses.</a> RNA. 10, 1692-1694 (2004).</li><li>Ule, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLIP+identifies+Nova-regulated+RNA+networks+in+the+brain.">CLIP identifies Nova-regulated RNA networks in the brain.</a> Science. 302, 1212-1215 (2003).</li><li>Ule, J., Jensen, K., Mele, A., Darnell, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLIP:+A+method+for+identifying+protein-RNA+interaction+sites+in+living+cells.">CLIP: A method for identifying protein-RNA interaction sites in living cells.</a> Methods. 37, 376-386 (2005).</li><li>Licatalosi, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HITS-CLIP+yields+genome-wide+insights+into+brain+alternative+RNA+processing.">HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing.</a> Nature. 456, 464-469 (2008).</li><li>Yeo, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+RNA+code+for+the+FOX2+splicing+regulator+revealed+by+mapping+RNA-protein+interactions+in+stem+cells.">An RNA code for the FOX2 splicing regulator revealed by mapping RNA-protein interactions in stem cells.</a> Nat Struct Mol Biol. 16, 130-137 (2009).</li><li>Urlaub, H., Hartmuth, K., L&#252;hrmann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+two-tracked+approach+to+analyze+RNA-protein+crosslinking+sites+in+native,+nonlabeled+small+nuclear+ribonucleoprotein+particles.">A two-tracked approach to analyze RNA-protein crosslinking sites in native, nonlabeled small nuclear ribonucleoprotein particles.</a> Methods. 26, 170-181 (2002).</li><li>K&#246;nig, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=iCLIP+reveals+the+function+of+hnRNP+particles+in+splicing+at+individual+nucleotide+resolution.">iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.</a> Nat Struct Mol Biol. 17, 909-915 (2010).</li></ol>

ICLIP protokolü enzimatik reaksiyonları ve saflaştırma adımları çok çeşitli içerdiğinden, bir deney başarısız bir sorun tespit etmek her zaman kolay değildir. Spesifite tespit RNA çapraz bağ siteleri kontrol etmek için, bir veya daha fazla negatif kontroller tam bir deney ve sonraki hesaplama analizleri boyunca muhafaza edilmelidir. Bu kontroller, no-antikor örnek, çapraz bağlantılı olmayan hücreler, ya da nakavt hücre veya doku gelen immunoprecipitation olabilir. İdeal olarak, bu kontrol deneyleri herhangi bir protein-RNA kompleksleri arındırmak gerekir, ve bu nedenle, SDS-PAGE jel üzerinde hiçbir sinyal ve PCR sonra saptanabilir ürün vermelidir. Bu kontrol kütüphaneler Yüksek throughput sıralama çok az benzersiz dizileri dönmelidir. Sonuçlanan dizileri hala, küçük miktarlarda demonte hücrelerden arındırılır aynı protein, çapraz bağ sitelerine karşılık beri demonte hücreleri, bir sıralama kontrolü olarak tavsiye edilmez. Önlemler de önceki deneylerden elde edilen PCR ürünleri ile kirlenmesini önlemek için alınmalıdır. Bu sorunu en aza indirmek için en iyi yolu, pre-ve post-PCR adımları mekansal ayrı. İdeal olarak, PCR ürünleri ve sonraki tüm adımları analizi ayrı bir odada yapılmalıdır. Ayrıca, laboratuvarda her üye, tamponlar ve diğer reaktifler kendi kullanmalıdır. Bu şekilde, kirlenme kaynakları daha kolay tespit edilebilir.

A correction was made to <a href="http://www.jove.com/details.php?id=2638">iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution</a>. There was an error in part 2 of step 3. One of the characters had the incorrect symbol and was corrected to: "...as well as 2 &#x03BC;l Turbo DNase..." instead of: "...as well as 2 ml Turbo DNase..."

A correction to the article iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution was made.

Erratum: iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

Jel elektroforezi ve membran transferi için biz o XCell SureLock kullanımı tavsiye t ® protokolü boyunca belirtilen farklı prekast minigels kullanımı ile uyumlu olan Mini-Hücre ve XCell II ™ Blot Modülü Kit CE İşareti (Invitrogen, EI0002) . Kullanılan tüm malzemelerin marka ve sipariş numarası, protokol sırasında söz edilmektedir. Protokolde kullanılan enzimlerin listesi aşağıdaki tabloda gösterilmiştir. <table border="1"><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog # </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Proteinler bir Dynabeads </td><td> Invitrogen </td><td> 10001D </td><td> fare veya keçi antikor için protein G kullanmak </td></tr><tr><td> RNaz I </td><td> Ambion </td><td> AM2295 </td><td> aktivite, parti toplu değiştirebilirsiniz </td></tr><tr><td> T4 RNA ligaz I </td><td> NEB </td><td> M0204S </td><td> </td></tr><tr><td> PNK </td><td> NEB </td><td> M0201S </td><td> </td></tr><tr><td> proteinaz K </td><td> Roche </td><td> 03115828001 </td><td> </td></tr><tr><td> Üstsimge III ters transkriptaz </td><td> Invitrogen </td><td> 18080044 </td><td> </td></tr><tr><td> Circligase II. </td><td> Epicentre </td><td> CL9021K </td><td> </td></tr><tr><td> FastDigest ® BamHI </td><td> Fermentas </td><td> FD0054 </td><td> </td></tr><tr><td> AccuPrime ™ Supermix I </td><td> Invitrogen </td><td> 12342010 </td><td> Bu PCR karışımı elimizde iyi sonuç verir. </td></tr></table>

iclip - transcriptome-wide mapping of protein-rna interactions with individual nucleotide resolution

Bir transkript RNA bağlayıcı proteinlerin benzersiz kompozisyon ve mekansal düzenleme (RBPs) post-transkripsiyonel yönetmelik 1 farklı yönlerini rehberlik eder. Bu nedenle, moleküler düzeyde transkript yönetmelik anlaşılması yönünde önemli bir adım RBPs 2 bağlanma yerleri konumsal bilgi elde etmektir . Protein-RNA etkileşimleri biyokimyasal yöntemler kullanılarak çalışıldı, ancak bu yaklaşımların kendi doğal hücresel bağlamında bağlayıcı RNA adresi yok. İlk girişimleri kendi hücresel ortamı RNA protein kompleksleri çalışma diferansiyel görüntülemek veya mikroarray analizi (RIP-CHIP) 3-5 ile kombine yakınlık arıtma veya immunoprecipitation çalışmaktadır. Bu yaklaşımlar, dolaylı ya da fizyolojik olmayan etkileşimleri 6 belirlenmesi eğilimli . CLIP (UV çapraz bağlama ve immunoprecipitation) 7,8 tanıtıldı özgüllük ve konumsal çözünürlüğü artırmak için, bir strateji anılacaktır. CLIP UV çapraz bağlama denatüre poliakrilamid jel elektroforez de dahil olmak üzere sıkı arıtma şemaları protein ve RNA molekülleri bir araya getiriyor. Yüksek verim sıralama teknolojileri ile birlikte, CLIP, protein-RNA genom ölçekte etkileşimler (HITS-CLIP veya CLIP-seq olarak anılacaktır) 9,10 çalışmak için güçlü bir araç olarak kanıtlamıştır . Son zamanlarda, PAR-CLIP 11,12 çapraz bağlama photoreactive ribonükleozit analogları kullanan sunuldu. Elde edilen verilerin yüksek özgüllüğü karşın, CLIP deneyler genellikle sınırlı sıra karmaşıklığı cDNA kütüphaneleri oluşturmak. Bu co-saflaştırılmış RNA kısıtlı miktarda ve kütüphane hazırlanması için gerekli olan iki verimsiz RNA ligasyonu reaksiyonlar kısmen. Buna ek olarak, astar uzatma testlerinde birçok cDNAs çapraz nükleotid 13 erken kesmek olduğunu belirtti. Bu kesilmiş cDNAs standart CLIP kütüphane hazırlık protokolü sırasında kaybolur. Biz son zamanlarda daha etkin bir molekül cDNA circularization (Şekil 1) 14 ile verimsiz intermoleküler RNA ligasyonu adımları değiştirerek kesilmiş cDNAs yakalar iCLIP (bireysel nükleotid çözünürlük CLIP) geliştirdi. Önemlisi, kesilmiş cDNAs sıralama nükleotid çözünürlükte çapraz bağ sitenin konumu içgörüler sağlar. Biz iCLIP genom ölçekte hnRNP C parçacık organizasyonun başarılı bir çalışma ve 14 ekleme düzenleme rolünü değerlendirmek için uygulanır .

Watch this Scientific Journal Video about iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution at JoVE.com

iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

Transkript RNA bağlayıcı proteinlerin mekansal düzenleme, post-transkripsiyonel regülasyonunda önemli bir belirleyicisidir. Bu nedenle, bir RNA bağlayıcı protein bağlama bölgeleri hassas genom haritalama sağlar bireysel nükleotid çözünürlük UV crosslinking ve immunoprecipitation (iCLIP) geliştirdi.

iCLIP - Bireysel Nükleotid Çözünürlük protein-RNA Etkileşimleri Transcriptome geniş Haritalama

The unique composition and spatial arrangement of RNA-binding proteins (RBPs) on a transcript guide the diverse aspects of post-transcriptional ...

iclip-transcriptome-wide-mapping-protein-rna-interactions-with

Research

JoVE Journal

Biology

58.1K Görüntüleme.  Medical Research Council - MRC. Transkript RNA bağlayıcı proteinlerin mekansal düzenleme, post-transkripsiyonel regülasyonunda önemli bir belirleyicisidir. Bu nedenle, bir RNA bağlayıcı protein bağlama bölgeleri hassas genom haritalama sağlar bireysel nükleotid çözünürlük UV crosslinking ve immunoprecipitation (iCLIP) geliştirdi.

Video: iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

Non-invasive 3D-Visualization with Sub-micron Resolution Using Synchrotron-X-ray-tomography

Little is known about the internal organization of many micro-arthropods with body sizes below 1 mm. The reasons for that are the small size and the hard cuticle which makes it difficult to use protocols of classical histology. In addition, histological sectioning destroys the sample and can therefore not be used for unique material. Hence, a non-destructive method is desirable which allows to view inside small samples without the need of sectioning.
We used synchrotron X-ray tomography at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) in Grenoble (France) to non-invasively produce 3D tomographic datasets with a pixel-resolution of 0.7&micro;m. Using volume rendering software, this allows us to reconstruct the internal organization in its natural state without the artefacts produced by histological sectioning. These date can be used for quantitative morphology, landmarks, or for the visualization of animated movies to understand the structure of hidden body parts and to follow complete organ systems or tissues through the samples.

We used synchrotron X-ray tomography at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) to non-invasively produce 3D tomographic datasets with a pixel-resolution of 0.7&micro;m. Using volume rendering software, this allows the reconstruction of internal structures in their natural state without the artefacts produced by histological sectioning.

Sinkrotron-X-ray tomografi Sub-mikron Çözünürlük ile Non-invaziv 3D Görselleştirme

Little is known about the internal organization of many micro-arthropods with body sizes below 1 mm. The reasons for that are the small size and the hard ...

Biyoloji

Dopamine Release at Individual Presynaptic Terminals Visualized with FFNs

The nervous system transmits signals between neurons via neurotransmitter release during synaptic vesicle fusion. To observe neurotransmitter uptake and release from individual presynaptic terminals directly, we designed fluorescent false neurotransmitters as substrates for the synaptic vesicle monoamine transporter. Using these probes to image dopamine release in the striatum, we made several observations pertinent to synaptic plasticity. We found that the fraction of synaptic vesicles releasing neurotransmitter per stimulus was dependent on the stimulus frequency. A kinetically distinct "reserve" synaptic vesicle population was not observed under these experimental conditions. A frequency-dependent heterogeneity of presynaptic terminals was revealed that was dependent in part on D2 dopamine receptors, indicating a mechanism for frequency-dependent coding of presynaptic selection.

Hui Zhang and Niko G. Gubernator contributed equally to this work.

A new means to measure neurotransmission optically using fluorescent dopamine analogs.

Bireysel Presinaptik Terminalleri Dopamin Yayın FFNs ile görüntülendi

The nervous system transmits signals between neurons via neurotransmitter release during synaptic vesicle fusion. To observe neurotransmitter uptake and ...

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) that are often expressed in a cell-type dependently. To understand how the interplay of these RNA-binding factors affects the regulation of individual transcripts, high resolution maps of in vivo protein-RNA interactions are necessary1.
A combination of genetic, biochemical and computational approaches are typically applied to identify RNA-RBP or RNA-RNP interactions. Microarray profiling of RNAs associated with immunopurified RBPs (RIP-Chip)2 defines targets at a transcriptome level, but its application is limited to the characterization of kinetically stable interactions and only in rare cases3,4 allows to identify the RBP recognition element (RRE) within the long target RNA. More direct RBP target site information is obtained by combining in vivo UV crosslinking5,6 with immunoprecipitation7-9 followed by the isolation of crosslinked RNA segments and cDNA sequencing (CLIP)10. CLIP was used to identify targets of a number of RBPs11-17. However, CLIP is limited by the low efficiency of UV 254 nm RNA-protein crosslinking, and the location of the crosslink is not readily identifiable within the sequenced crosslinked fragments, making it difficult to separate UV-crosslinked target RNA segments from background non-crosslinked RNA fragments also present in the sample.
We developed a powerful cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs that we term PAR-CliP (Photoactivatable-Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation) (see Fig. 1A for an outline of the method). The method relies on the incorporation of photoreactive ribonucleoside analogs, such as 4-thiouridine (4-SU) and 6-thioguanosine (6-SG) into nascent RNA transcripts by living cells. Irradiation of the cells by UV light of 365 nm induces efficient crosslinking of photoreactive nucleoside-labeled cellular RNAs to interacting RBPs. Immunoprecipitation of the RBP of interest is followed by isolation of the crosslinked and coimmunoprecipitated RNA. The isolated RNA is converted into a cDNA library and deep sequenced using Solexa technology. One characteristic feature of cDNA libraries prepared by PAR-CliP is that the precise position of crosslinking can be identified by mutations residing in the sequenced cDNA. When using 4-SU, crosslinked sequences thymidine to cytidine transition, whereas using 6-SG results in guanosine to adenosine mutations. The presence of the mutations in crosslinked sequences makes it possible to separate them from the background of sequences derived from abundant cellular RNAs.
Application of the method to a number of diverse RNA binding proteins was reported in Hafner et al.18

RNA transcripts are subject to extensive posttranscriptional regulation that is mediated by a multitude of trans-acting RNA-binding proteins (RBPs). Here we present a generalizable method to identify precisely and on a transcriptome-wide scale the RNA binding sites of RBPs.

PAR-Klip - RNA Cilt Proteinler Transcriptome geniş Cilt Siteleri Belirlemek Amacıyla Bir Yöntem

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Genomes are organized into three-dimensional structures, adopting higher-order conformations inside the micron-sized nuclear spaces 7, 2, 12. Such architectures are not random and involve interactions between gene promoters and regulatory elements 13. The binding of transcription factors to specific regulatory sequences brings about a network of transcription regulation and coordination 1, 14. 
Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) was developed to identify these higher-order chromatin structures 5,6. Cells are fixed and interacting loci are captured by covalent DNA-protein cross-links. To minimize non-specific noise and reduce complexity, as well as to increase the specificity of the chromatin interaction analysis, chromatin immunoprecipitation (ChIP) is used against specific protein factors to enrich chromatin fragments of interest before proximity ligation. Ligation involving half-linkers subsequently forms covalent links between pairs of DNA fragments tethered together within individual chromatin complexes. The flanking MmeI restriction enzyme sites in the half-linkers allow extraction of paired end tag-linker-tag constructs (PETs) upon MmeI digestion. As the half-linkers are biotinylated, these PET constructs are purified using streptavidin-magnetic beads. The purified PETs are ligated with next-generation sequencing adaptors and a catalog of interacting fragments is generated via next-generation sequencers such as the Illumina Genome Analyzer. Mapping and bioinformatics analysis is then performed to identify ChIP-enriched binding sites and ChIP-enriched chromatin interactions 8. 
We have produced a video to demonstrate critical aspects of the ChIA-PET protocol, especially the preparation of ChIP as the quality of ChIP plays a major role in the outcome of a ChIA-PET library. As the protocols are very long, only the critical steps are shown in the video.

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing ChIA-PET for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) is a method for de novo detection of chromatin interactions, for better understanding of transcriptional control.

Kromatin Etkileşimler haritalama ve Transkripsiyon Yönetmelik anlamak için paired-end Tag Dizileme (Chia-PET) ile Kromatin Etkileşim Analizi

Genomes are organized into three-dimensional structures, adopting higher-order conformations inside the micron-sized nuclear spaces 7, 2, 12. Such ...

Real-time Monitoring of Ligand-receptor Interactions with Fluorescence Resonance Energy Transfer

FRET is a process whereby energy is non-radiatively transferred from an excited donor molecule to a ground-state acceptor molecule through long-range dipole-dipole interactions1. In the present sensing assay, we utilize an interesting property of PDA: blue-shift in the UV-Vis electronic absorption spectrum of PDA (Figure 1) after an analyte interacts with receptors attached to PDA2,3,4,7. This shift in the PDA absorption spectrum provides changes in the spectral overlap (J) between PDA (acceptor) and rhodamine (donor) that leads to changes in the FRET efficiency. Thus, the interactions between analyte (ligand) and receptors are detected through FRET between donor fluorophores and PDA. In particular, we show the sensing of a model protein molecule streptavidin. We also demonstrate the covalent-binding of bovine serum albumin (BSA) to the liposome surface with FRET mechanism. These interactions between the bilayer liposomes and protein molecules can be sensed in real-time. The proposed method is a general method for sensing small chemical and large biochemical molecules. Since fluorescence is intrinsically more sensitive than colorimetry, the detection limit of the assay can be in sub-nanomolar range or lower8. Further, PDA can act as a universal acceptor in FRET, which means that multiple sensors can be developed with PDA (acceptor) functionalized with donors and different receptors attached on the surface of PDA liposomes.

We demonstrate FRET between conjugated polymer polydiacetylene (PDA) and fluorophore attached to the surface of PDA liposomes for the sensing of biomolecules. PDA liposomes also contained receptor molecules on their surfaces for biomolecules to be used as probes. Ligand-receptor interactions lead to changes in the FRET efficiency between the fluorophore and PDA which is the basis of the sensing mechanism.

Floresans Rezonans Enerji Transferi Ligand-reseptör etkileşimleri gerçek zamanlı izleme

FRET is a process  whereby energy is non-radiatively transferred from an excited donor molecule to  a ground-state acceptor molecule through long-range ...

Mapping the After-effects of Theta Burst Stimulation on the Human Auditory Cortex with Functional Imaging

Auditory cortex pertains to the processing of sound, which is at the basis of speech or music-related processing1. However, despite considerable recent progress, the functional properties and lateralization of the human auditory cortex are far from being fully understood. Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) is a non-invasive technique that can transiently or lastingly modulate cortical excitability via the application of localized magnetic field pulses, and represents a unique method of exploring plasticity and connectivity. It has only recently begun to be applied to understand auditory cortical function 2. 
An important issue in using TMS is that the physiological consequences of the stimulation are difficult to establish. Although many TMS studies make the implicit assumption that the area targeted by the coil is the area affected, this need not be the case, particularly for complex cognitive functions which depend on interactions across many brain regions 3. One solution to this problem is to combine TMS with functional Magnetic resonance imaging (fMRI). The idea here is that fMRI will provide an index of changes in brain activity associated with TMS. Thus, fMRI would give an independent means of assessing which areas are affected by TMS and how they are modulated 4. In addition, fMRI allows the assessment of functional connectivity, which represents a measure of the temporal coupling between distant regions. It can thus be useful not only to measure the net activity modulation induced by TMS in given locations, but also the degree to which the network properties are affected by TMS, via any observed changes in functional connectivity.
Different approaches exist to combine TMS and functional imaging according to the temporal order of the methods. Functional MRI can be applied before, during, after, or both before and after TMS. Recently, some studies interleaved TMS and fMRI in order to provide online mapping of the functional changes induced by TMS 5-7. However, this online combination has many technical problems, including the static artifacts resulting from the presence of the TMS coil in the scanner room, or the effects of TMS pulses on the process of MR image formation. But more importantly, the loud acoustic noise induced by TMS (increased compared with standard use because of the resonance of the scanner bore) and the increased TMS coil vibrations (caused by the strong mechanical forces due to the static magnetic field of the MR scanner) constitute a crucial problem when studying auditory processing. 
This is one reason why fMRI was carried out before and after TMS in the present study. Similar approaches have been used to target the motor cortex 8,9, premotor cortex 10, primary somatosensory cortex 11,12 and language-related areas 13, but so far no combined TMS-fMRI study has investigated the auditory cortex. The purpose of this article is to provide details concerning the protocol and considerations necessary to successfully combine these two neuroscientific tools to investigate auditory processing. 
Previously we showed that repetitive TMS (rTMS) at high and low frequencies (resp. 10 Hz and 1 Hz) applied over the auditory cortex modulated response time (RT) in a melody discrimination task 2. We also showed that RT modulation was correlated with functional connectivity in the auditory network assessed using fMRI: the higher the functional connectivity between left and right auditory cortices during task performance, the higher the facilitatory effect (i.e. decreased RT) observed with rTMS. However those findings were mainly correlational, as fMRI was performed before rTMS. Here, fMRI was carried out before and immediately after TMS to provide direct measures of the functional organization of the auditory cortex, and more specifically of the plastic reorganization of the auditory neural network occurring after the neural intervention provided by TMS. 
Combined fMRI and TMS applied over the auditory cortex should enable a better understanding of brain mechanisms of auditory processing, providing physiological information about functional effects of TMS. This knowledge could be useful for many cognitive neuroscience applications, as well as for optimizing therapeutic applications of TMS, particularly in auditory-related disorders.

Auditory processing is the basis of speech and music-related processing. Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) has been used successfully to study cognitive, sensory and motor systems but has rarely been applied to audition. Here we investigated TMS combined with functional Magnetic Resonance Imaging to understand the functional organization of auditory cortex.

Theta sonrası etkileri Haritalama Fonksiyonel Görüntüleme ile İnsan İşitsel korteks üzerine Stimülasyon Burst

Auditory cortex pertains to the processing of sound, which is at the basis of speech or music-related processing1. However, despite considerable recent ...

Rapid and Efficient Zebrafish Genotyping Using PCR with High-resolution Melt Analysis

Zebrafish is a powerful vertebrate model system for studying development, modeling disease, and performing drug screening. Recently a variety of genetic tools have been introduced, including multiple strategies for inducing mutations and generating transgenic lines. However, large-scale screening is limited by traditional genotyping methods, which are time-consuming and labor-intensive. Here we describe a technique to analyze zebrafish genotypes by PCR combined with high-resolution melting analysis (HRMA).&#160;This approach is rapid, sensitive, and inexpensive, with lower risk of contamination artifacts.&#160;Genotyping by PCR with HRMA can be used for embryos or adult fish, including in high-throughput screening protocols.

PCR combined with high-resolution melt analysis (HRMA) is demonstrated as a rapid and efficient method to genotype zebrafish.

Yüksek çözünürlüklü Melt Analizi ile PCR kullanarak hızlı ve verimli Zebra Genotiplemesi

Zebrafish is a powerful vertebrate model system for studying development, modeling disease, and performing drug screening. Recently a variety of genetic ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to dose-limiting toxicity and many adverse side effects. Targeting the genome with sequence-specific small molecules may enable molecules with increased therapeutic index and fewer off-target effects. N-methylpyrrole/N-methylimidazole polyamides are molecules that can be rationally designed to target specific DNA sequences with exquisite precision. And unlike most natural transcription factors, polyamides can bind to methylated and chromatinized DNA without a loss in affinity. The sequence specificity of polyamides has been extensively studied in vitro with cognate site identification (CSI) and with traditional biochemical and biophysical approaches, but the study of polyamide binding to genomic targets in cells remains elusive. Here we report a method, the crosslinking of small molecules to isolate chromatin (COSMIC), that identifies polyamide binding sites across the genome. COSMIC is similar to chromatin immunoprecipitation (ChIP), but differs in two important ways: (1) a photocrosslinker is employed to enable selective, temporally-controlled capture of polyamide binding events, and (2) the biotin affinity handle is used to purify polyamide&#8211;DNA conjugates under semi-denaturing conditions to decrease DNA that is non-covalently bound. COSMIC is a general strategy that can be used to reveal the genome-wide binding events of polyamides and other genome-targeting chemotherapeutic agents.

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

Identifying the direct targets of genome-targeting molecules remains a major challenge. To understand how DNA-binding molecules engage the genome, we developed a method that relies on crosslinking of small molecules to isolate chromatin (COSMIC).

COSMIC ile Hücrelerde İlaç-DNA Etkileşimlerinin genom Haritalama (Küçük moleküllerinin çapraz bağlanmasını Kromatin yalıtmak için)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...

DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is an alternative approach to chromatin immunoprecipitation (ChIP). An expressed fusion protein consisting of the protein of interest and the E. coli DNA adenine methyltransferase can methylate the adenine base in GATC motifs near the sites of protein-DNA interactions. Adenine-methylated DNA fragments can then be specifically amplified and detected. The original DamID assay detects the genomic locations of methylated DNA fragments by hybridization to DNA microarrays, which is limited by the availability of microarrays and the density of predetermined probes. In this paper, we report the detailed protocol of integrating high throughput DNA sequencing into DamID (DamID-seq). The large number of short reads generated from DamID-seq enables detecting and localizing protein-DNA interactions genome-wide with high precision and sensitivity. We have used the DamID-seq assay to study genome-nuclear lamina (NL) interactions in mammalian cells, and have noticed that DamID-seq provides a high resolution and a wide dynamic range in detecting genome-NL interactions. The DamID-seq approach enables probing NL associations within gene structures and allows comparing genome-NL interaction maps with other functional genomic data, such as ChIP-seq and RNA-seq.

We describe herein an assay by coupling DNA adenine methyltransferase identification (DamID) to high throughput sequencing (DamID-seq). This improved method provides a higher resolution and a wider dynamic range, and allows analyzing DamID-seq data in conjunction with other high throughput sequencing data such as ChIP-seq, RNA-seq, etc.

DamID seq: Adenin-metillenmiş DNA Fragments Yüksek Verimli Dizileme tarafından Protein-DNA Etkileşimleri genom Haritalama

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is ...

High-resolution Optical Mapping of the Mouse Sino-atrial Node

Sino-atrial node (SAN) dysfunctions and associated complications constitute important causes of morbidity in patients with cardiac diseases. The development of novel pharmacological therapies to cure these patients relies on the thorough understanding of both normal physiology and pathophysiology of the SAN. Among the studies of cardiac pacemaking, the mouse SAN is widely used due to its feasibility for modifications in the expression of different genes that encode SAN ion channels or calcium handling proteins. Emerging evidence from electrophysiological and histological studies has also proved the representativeness and similarity of the mouse SAN structure and functions to larger mammals, including the presence of specialized conduction pathways from the SAN to the atrium and a complex pacemakers' hierarchy within the SAN. Recently, the technique of optical mapping has greatly facilitated the exploration and investigation of the origin of excitation and conduction within and from the mouse SAN, which in turn has extended the understanding of the SAN and benefited clinical treatments of SAN dysfunction associated diseases. In this manuscript, we have described in detail how to perform the optical mapping of the mouse SAN from the intact, Langendorff-perfused heart and from the isolated atrial preparation. This protocol is a useful tool to enhance the understanding of mouse SAN physiology and pathophysiology.

Here, we present a protocol for optical mapping of electrical activity from the mouse right atrium and especially the sino-atrial node, at a high spatial and temporal resolution.