We would like to acknowledge the use of the clean room facility SMIF at Duke University. We also want to thank Hao Qiang for his assistance in measuring the jet velocity. The authors thank Todd Rumbaugh of Hadland Imaging for providing the Shimadzu HPV-X camera used in this study.The work was funded in part by NIH through grants 5R03EB017886-02 and 4R37DK052985-20.

1. Mikro ve NOT: Tüm mikroüretim prosedürleri bir temiz oda yapılmaktadır. Bir krom maskesi, önceki mikrofabrikasyon için tasarlanmış bakınız Şekil 2 edilir. <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/55106/55106fig2.jpg" /> Şekil 2: mikroakışkan çip kanal tasarım ve çalışma birimlerinin boyutları şematik. ) (mavi ve kırmızı cam alt tabaka üzerine hizalanmış PDMS mikro kanallarda (yeşil) ve desen) Maske tasarımı. çalışma birimi diziler temsili bir bölümünde maske tasarımı b) Genişletilmiş görüntü. hücre deseni (mavi) ve altın nokta çifti (kırmızı) gösteren bir çalışma birimine c) şematik. Tüm uzunluk ölçekleri sağ alt gösterilir. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55106/55106fig2large.jpg" target="_blank">Bir LAR görmek için buraya tıklayınız</a>Bu rakamın ger sürümü. <ol><li> Altın nokta desenleme NOT: buna yapışan tek tek hücrelerin önlemek için yeterli balon üretimi için lazer enerjisini emmek için yeterince büyük, fakat küçük olacak şekilde, her altın nokta alanı, 25-30 mikron 2 içinde olacak şekilde tasarlanmıştır. Altın nokta üretimi için bir şematik diyagramdır Şekil 3a&#39;da gösterilmektedir. <ol><li> (Kimyasal kaputu) temizlik cam slayt <ol><li> Izopropil alkol (IPA) ve ardından aseton ile cam slayt yıkayın ve daha sonra N2 akışı ile kurutulur. </li><li> 10 dakika piranha çözüm slayt (: H 2 O 2 = 4 1 H 2 SO 4) bekletin. </li><li> , Slayt dışarı atın DI su ile durulayın ve daha sonra N 2 akışı ile kurulayın. </li><li> 10 dakika boyunca 120 ° C&#39;de bir sıcak plaka üzerinde cam slayt fırında. </li><li> 90 s için 100 W bir plazma temizleyici slayt davranın. </li></ol></li><li> Spin kaplama (Spin-kaplama kaput) <ol><li> Bir ocak açmak ve sıcaklık 95 ° C&#39;de stabil hale gelene kadar bekleyin. </li><li> Kaplama işlemi uygulayın: 500 dev / s rampa ile 5 s için 1000 rpm; Daha sonra 1.000 rpm / s rampa ile 30 saniye süreyle 3,000 rpm. </li><li> Bir vakum uygulanarak sıkma kaplayıcı üzerine temizlenmiş cam slayt sabitleyin. </li><li> P-20 ile slayt yüzeyini kaplayan ve kaplama tarifi başlar. </li><li> NFR-negatif fotorezist kaplama işlemi tekrarlayın. </li><li> 60 saniye için 95 ° C de slayt fırında ve oda sıcaklığına soğuyana kadar bekleyin. </li></ol></li><li> Fotolitografi <ol><li> Maske hizalama üzerine krom maskesi takın ve desen tarafı aşağı slayt doğru baktığından emin olun. </li><li> maske ile cam alt tabakayı hizalamak hızlı UV ışınlarına maruz kalma 9 s sabit pozlama moduna fotolitografi tarifi ayarlayın. </li><li> UV maruziyetini yaptıktan sonra, 95 ° C&#39;de slayt fırında6, C, 1 dakika boyunca ve daha sonra oda sıcaklığına kadar soğumaya bırakın. </li></ol></li><li> gelişme <ol><li> 60 saniye boyunca geliştirici çözeltisi içinde slayt desen geliştirin. </li><li> , Geliştirici slayt çıkarın DI su ile yıkayın ve N2 akımı ile kurulayın. </li><li> Mikroskop altında kalıp geometrisi kontrol edin ve ölçmek ve özellik boyutunu kaydeder. </li></ol></li><li> Altın birikimi (E-ışın buharlaşma) ve havalanma <ol><li> 5 dakika boyunca 120 ° C &#39;de slayt fırında ve oda sıcaklığına soğumaya bırakın. </li><li> 500 Torr ve 100 W 90 saniye boyunca reaktif iyon aşındırma (RIE) makinede plazma ile slayt temizleyin </li><li> Depozito 5 Ti nm ve E-ışın evaporatör 17 kullanılarak slayt üzerine Au 15 nm. </li><li> karşı NFR en altın dinlenme çıkarmak için çözücü, fotorezist çıkarıcı içeren bir cam beher içinde, gece boyunca slayt bekletin. </li><li> slayt Al, floş iaseton ile T IPA ardından ve bir N2 akımı ile kurutun. </li><li> 90 s için 100 W oksijen plazma temizleyici olarak temizlemeden önce 115 ° C&#39;de sıcak bir plaka üzerinde slayt kurutun. </li></ol></li></ol></li><li> Asansör-off moleküler montaj desenlendirme (MAPL) Not: Her fibronektin kaplı ada alanı 700-900 mikron 2 ada araya birden fazla hücre şansını en aza indirirken, kare bölgede yayılan yeterli HeLa hücre kolaylaştırmak dahilinde ayarlanır. Hücre-desen adalar hazırlanması için bir şematik diyagramıdır, Şekil 3b&#39;de gösterilmiştir. <ol><li> Spin kaplama <ol><li> Adımı tekrarlayın 1.1.2, ancak S1813-pozitif ışığa ve 115 ° C sıcaklığa kullanın. </li></ol></li><li> Bağlantısızlar fotolitografi <ol><li> Maske hizalama üzerine krom maskesi takın ve desenli yan ile slayt aşağı doğru baktığından emin olunaltın nokta. </li><li> UV ışınlarına maruz 9 s sabit pozlama moduna fotolitografi tarifi ayarlayın. </li><li> mekansal bir referans olarak, maske kenarı etrafında bulunan hizalama işaretlerini kullanarak alt slayt üst maske aynı hizaya getirin. </li><li> Maskenin orta bölümünü kontrol edin ve desen özellikleri düzgün hizalanmış emin olun. </li><li> bir post-fırında olmadan UV maruziyetini tamamlayın. </li></ol></li><li> gelişme <ol><li> 1.1.3 ama gelişme 45 s bir ocak kurutma ve N2 depolama koruyarak önce adımı tekrarlayın. </li></ol></li></ol></li><li> kimyasal arıtma <ol><li> pasifleştirme çözeltisi hazırlayın: 0.5 mg / 10 mM HEPES tamponu mL PLL-g-PEG. </li><li> N 2 depodan slayt almak ve parametre ayarı ile Rie kullanarak temizleyin: 500 Torr basınç, 100-W güç ve 90 s beklemeli. </li><li> parafin film parçası üzerine çözüm pasifize Pipet bir damla. &lt;/ Li&gt; <li> desenli yan filmden aşağı doğru baktığından özellikleri emin, film ve slayt ile çözüm Sandwich; kabarcıkların oluşumunu önlemek. </li><li> filmden slayt çıkarmadan önce 45 dakika boyunca bekleyin. </li><li> fotorezist çıkarıcı, fotorezist sökücü ve Dİ su (1: 1) ardışık olarak slayt emmek ve DI suyun ve her bir sulama için 90 saniye süreyle bir ultrason banyosu içinde çalkalayın. </li><li> Bir desikatörde onu mühürleme ve buzdolabında saklamadan önce nemi ortadan kaldırmak için bir ocak slayt kurutun. </li></ol></li><li> Chip montajı <ol><li> Tekrarlayın 1.1.1-1.1.4 adımları ancak SU8-2025-negatif fotorezist ve parametre ayarı ile bir photomask bir silikon kalıp hazırlamak, Microchem protokolü 18 olarak adlandırılan başvurulmakta. </li><li> PDMS Mikrokanallı (40 mm x 25 mm x 5 mm, U x G x Y) ve yumuşak litografi kullanarak küçük bir PDMS levha (800 mikron çapında oluk yapısı) Üretiyor. </li><li> microchanne punchSıvı erişim noktaları için l ve temiz o bantla ve daha sonra IPA ile. </li><li> PDMS levha cam substratın desenli alanını koruyun ve Rie uygulamak (100 W, 500 mTorr&#39;luk, 60 ler) periferik alanından PLL-g-PEG kaldırmak için. </li><li> RIE (25 W, 500 mTor, 25 s) bir azalma dozda Mikrokanallı davranın ve daha sonra (kaldırılmış küçük PDMS levha ile) buzlu cam alt tabakaya aynı hizaya getirin Mikrokanallı ve Stereoskop altında konformal temas buzlu cam alt tabakayı getirmek. </li></ol></li></ol><img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/55106/55106fig3.jpg" /> Şekil 3: mikroüretim ve yonga montaj şematik diyagramı. Cam alt tabaka üzerinde altın noktaların) Modeli. MAPL yoluyla hücre desen için cam alt-tabaka, b) hazırlanması. c) Plazma bağı ile mikroakışkan kanal montajı. o tanımları için Malzeme Listesi görünkısaltmalar f. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55106/55106fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <ol start="5"><li> hücre eki Not: HeLa hücreleri rutin bir hücre kültürü inkübatöründe% 10 FBS ve% 1 antibiyotik / antimitotik çözeltisi ile takviye edilmiş DMEM içinde muhafaza edilir. Çip düzeneği ve hücre bağlanması için bir şematik diyagramdır Şekil 3c&#39;de gösterilmiştir. <ol><li> Prime 1 uL / ​​dakikada, 30 dakika boyunca PBS ile çip ve daha sonra süzülür fibronektin çözeltisi (PBS içinde 50 ug / mL, 1 mL / dakika) ile 45 dakika boyunca karıştırılır. </li><li> % 0.25 tripsin-EDTA ile tripsinize edin hücre kültürü beklerken, kültür ortamı, santrifüj, tek tek hücrelerin yıkayın ve 5x10 6 hücre / mL önceden ısıtılmış (37 ° C), kültür ortamı içinde hücre süspansiyonu sulandırın. </li><li> PBS ile fibronektin çözeltisi yerine ve 5 dakika boyunca 10 uL / ​​dakika çip yıkayın. </li><li> enjekte etmekçip halinde hazırlanan hücre süspansiyonu, akışını durdurmak çıkış kelepçe ve 30 dakika için bir hücre kültürü inkübatöründe çip korumak. </li><li> çıkış bırakın ve 5 dakika boyunca 10 uL / ​​dakika ile hücre kültür ortamı ile çip yıkayın. 0.75 uL / ​​dak kültür ortamı perfüzyon akış oranının azaltılması ve inkübatör içinde 2 saat boyunca hücre kültürü korumak. </li></ol></li></ol> 2. Kabarcık Üretimi ve Akış Görselleştirme NOT: deney düzeneği şematik tandem kabarcık üretimi ve bir mikroakışkan kanal yakındaki yetiştirilen tek bir hücre ile bileşke akım etkileşimi Şekil 4a gösterilmiştir. <ol><li> Tandem Nesil iki lazerler ve zamanlama kontrolü ile kabarcıklar <ol><li> ters bir mikroskop sahnede mikroakışkan çip yerleştirin ve iki darbeli Nd odakları align: desenli altın nokta ayrılmış b bir çift YAG lazer (λ = 532 nm, 5-ns darbe süresi)Y 40 um. </li><li> altın nokta başlatılan iki kabarcıklar üretmek için 2.5 us hakkında bir zaman gecikmesi ile iki lazer tetiklemek için bir dijital gecikme jeneratör kullanın. </li><li> 50 ± 2 um olan kabarcıklar maksimum çapı üretilmesi için bir lazer çıkış enerjisi (~ 10 μJ) ayarlayın. </li><li> lazerlere bir yüksek hızlı kamera (200 ns pozlama ve saniyede 2 milyon çerçeve (fps)) senkronize etmek ve kabarcık genişleme, çöküşü, kabarcık kabarcık etkileşimi ve jet oluşumu dinamiklerini. </li></ol></li><li> Jet hızının kantifikasyonu <ol><li> İlk baloncuk (B 1) ve B 1 uzak ucunun yakın ucunda püskürtme ucu (J 1) konumunu kaydedin ikinci ısıtıcıların (B 2) oluşturulması başlayan ve J gol ile biten B 1 uzak ucuna doğru 1; Şekil 5a şematik bakın. </li><li> Lineer bot için pozisyon zaman ders uygunh proksimal (jet ucu) ve distal uçları. yakın uç jet hızını belirlemek için zaman eğrisi uç pozisyon eğimini hesaplayın. iki satır kesişim jet konma zamanı gösterir. Daha fazla detay Referans 19 bulunabilir. </li></ol></li><li> Tandem kabarcık kaynaklı akış alanının görselleştirilmesi <ol><li> DI su 1 mikron polistiren (PS) boncuk süspansiyonu ve mikroakışkan çip içine boncuk enjekte (w / v% 2.6) hazırlayın. </li><li> Adım 2.1.1-2.1.3 açıklandığı gibi tandem kabarcıklar oluşturur. </li><li> 100 ns pozlama süresi ile 5 M fps çerçeve hızında bir yüksek hızlı video kamera kullanarak tandem kabarcık dinamiklerini kaydedin. </li><li> ticari bir PIV yazılımı içine elde edilen görüntü dizisi yükleyin. </li><li> % 75 örtüşme ile 16 x 16 piksel (px) küçük sorgulama pencere içine her görüntüyü bölün. </li><li> hız alanı hesaplama hataları azaltmak için multi-pass yineleme ve bölgesel filtreleri uygulayın veçıkış hız vektörü haritası sonuçları. </li></ol></li></ol><img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/55106/55106fig4.jpg" /> Şekil 4: Deney düzeneği ve görüntü kayıt şematik. tandem kabarcık üretimi için) deney düzeneği. b) Zaman dizisi görüntüleme satın almalar farklı türleri için kullanılır. FL: floresan mikroskopi, BF: Aydınlık alan, IFT: interframe zaman. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55106/55106fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> 3. Tek hücreli Analizi ve Biyolojik Etkileri Not: Tandem balonu hedef hücrelere aşağıdaki üretilir ve elde edilen biyolojik etkileri, bir uzak-durma mesafesi bağımlı bir şekilde incelenmiştir. Görüntü satın alma farklı zaman dizisi Şekil 4b&#39;de gösterilmiştir. <ol><li>Membran gözeneklendirme ve makromolekül alımı Not: hedef hücreye, hücre dışı makromoleküllerin alınması, hücre zarı üzerinde gözeneklendirme sitesi üzerinden membran geçirgen olmayan propidyum iyodür aşamalı difüzyon (PI) ile karakterize edilir. <ol><li> Aşama 1.5 takiben deney süresince 0.5 uL / dakikalık bir perfüzyon akış hızında çalışan PI çözeltisi (DMEM içinde 100 ug / mL) ile normal kültür ortamı (yani, DMEM) değiştirin. </li><li> otomatik olarak 200 ms bir pozlama süresi ile floresan görüntü yakalamak için PI floresan uyarma ile CCD kamera zamanlamasını dönen taret PI floresan küp seçin ve senkronize etmek için mikroskop kontrol yazılımı programlayın. </li><li> iki lazer odak aşağıdaki ardışık balonu tedaviden önce, bir hedef hücre, kayıt parlak saha (BF) hem de flöresanlı (FL) görüntü altın nokta bir çift hizalanmış sonra. </li><li> hemen mikroskop kontrol yazılımı kullanınkısa bir süre sonra PI alımı tarihini yakalamak için 2.1 adım hedef hücrenin bir time-lapse floresan görüntü kaydı başlatın. </li></ol></li><li> membran deformasyon <ol><li> 1 mikron boncuk (a / h,% 1 suda çözünen karbodiimid ile aktive edilmiş) hazırlanması ve Peptid-2000 (PBS içinde 100 ug / ml) ile işlevselleştirilmesi. </li><li> Aşama 1.5 ardından, 30 dakika boyunca 37 ° C&#39;de 1x10 9 boncuk / ml yoğunluğunda fonksiyonalize boncuklarla bağlı hücreler inkübe edin. </li><li> Adımı yineleyin 2.1 hedef hücreye yanında tandem kabarcıklar üretmek ve ultra yüksek hızlı kamera 5 milyon fps çerçeve hızında çalışan hücre deformasyonu kaydetmek için. </li><li> Deney boyunca görüntüleme düzleminde kalır 3 boncuk bir üçlü belirlemek ve bunların konumlarını (x 1, y 1) (x 2, y 2) derlemek ve (x 3, y 3) deneyde koordine eder. </li><li> öncesi ve af üçlüsü alanı hesaplayınformülü kullanarak tandem kabarcık tedavisi ter: <img alt="denklem 1" src="/files/ftp_upload/55106/55106eq1.jpg" /></li><li> Alan zorlanma olarak hesaplayın: <img alt="denklem 2" src="/files/ftp_upload/55106/55106eq2.jpg" /></li><li> Öncesi ve tandem kabarcık tedavi sonrası üç köşe koordinatları dayanarak kurulan protokolleri 20,21 aşağıdaki yerel ana gerilme ve alan gerginlik hesaplar. </li></ol></li><li> Canlılık ve apoptoz NOT: FITC Annexin V fosfatidilserin (yeşil floresan) haricileştirilmesinin yoluyla, apoptotik olanlar da dahil olmak üzere hücreleri, etiketler. PI nekrotik hücreler (kırmızı floresan) çekirdekleri etiketler. Aydınlık alan görüntüleme hücre morfolojisi belgelemek ve hücre canlılığı ve apoptozun tanımlamasına yardımcı olmak için kullanılır. <ol><li> Şekil 2b, bkz kanal adres etiketleri tarafından kolaylaştırılır mikroakışkan kanal (her tedavi hücrenin konumunu kaydedin </strong&gt;) adımı 3.1 tekrarlayarak ederken. </li><li> 15 dakika boyunca FITC Annexin V çözeltisi ile çip perfüze önce 2 saat daha hücre kültür ortamı içinde muamele hücreleri inkübe edin. Pozitif hücreler, yeşil floresan gösterirler. </li><li> 24 saat tandem kabarcık tedaviden sonra adımı yineleyin 3.3.2 hedeflenen hücrelerin uzun süreli biyoetkiler incelemek için. </li></ol></li><li> kalsiyum yanıtı <ol><li> W 3 uL 10 ile% fura-2:00 stok solüsyonu 3 uL (DMSO içinde 1 mg / ml) karışımı / Pluronic F-127 son etiketleme çözeltisi (6 uM) hazırlanması için düşük serum ortamı 500 mL hacim. </li><li> Aşama 1.5 ardından etiketleme çözeltisi ile hücre kültür ortamı yerine ve 40 dakika boyunca (1 mL / dakika perfüzyon oranı) boyunca karanlıkta oda sıcaklığında inkübe edin. </li><li> Hücre deney başlamadan önce düşük serum ortamında (0.75 mL / dak perfüzyon oranı) ile kanal doldurun. </li><li> oranlı metrik görüntüleme başlatın (dalga boyu: 340/380 nm, 50 ms maruz kalma)Hedef hücrenin ticari PTI sistemi kullanılarak. </li><li> dinlenme seviyesinde hücrenin oranlı metrik görüntüleme, adım 2.1 olarak tandem kabarcıkları üretmek 10 sn sonra; 1 dakika boyunca 0.1 sn interframe zamanında (IFT) ile ilk kayıt, daha sonra başka bir dakika 1 s IFT artırmak ve 2 dakika sonra 5 sn daha fazla artış. </li><li> hücre içi kalsiyum konsantrasyonu ile orantılıdır ilgili bölge (ROI) olarak oranı R = F340 / F380 hesaplamak için PTI yazılımını kullanarak. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Wang, D., Bodovitz, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+cell+analysis:+the+new+frontier+in+'omics.">Single cell analysis: the new frontier in 'omics.</a> Trends Biotechnol. 28 (6), 281-290 (2010).</li><li>Weaver, W. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+high-throughput+single-cell+microtechnologies.">Advances in high-throughput single-cell microtechnologies.</a> Curr Opin Biotechnol. 25, 114-123 (2014).</li><li>Gossett, D. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrodynamic+stretching+of+single+cells+for+large+population+mechanical+phenotyping.">Hydrodynamic stretching of single cells for large population mechanical phenotyping.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 109 (20), 7630-7635 (2012).</li><li>Spiller, D. G., Wood, C. D., Rand, D. A., White, M. R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+single-cell+dynamics.">Measurement of single-cell dynamics.</a> Nature. 465 (7299), 736-745 (2010).</li><li>Lecault, V., White, A. K., Singhal, A., Hansen, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+single+cell+analysis:+from+promise+to+practice.">Microfluidic single cell analysis: from promise to practice.</a> Curr Opin Chem Biol. 16 (3-4), 381-390 (2012).</li><li>Kennedy, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-intensity+focused+ultrasound+in+the+treatment+of+solid+tumours.">High-intensity focused ultrasound in the treatment of solid tumours.</a> Nat Rev Cancer. 5 (4), 321-327 (2005).</li><li>Zhu, S., Cocks, F. H., Preminger, G. M., Zhong, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+stress+waves+and+cavitation+in+stone+comminution+in+shock+wave+lithotripsy.">The role of stress waves and cavitation in stone comminution in shock wave lithotripsy.</a> Ultrasound Med Biol. 28 (5), 661-671 (2002).</li><li>Fan, Z., Liu, H., Mayer, M., Deng, C. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatiotemporally+controlled+single+cell+sonoporation.">Spatiotemporally controlled single cell sonoporation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (41), 16486-16491 (2012).</li><li>Itah, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrodynamic+cavitation+kills+prostate+cells+and+ablates+benign+prostatic+hyperplasia+tissue.">Hydrodynamic cavitation kills prostate cells and ablates benign prostatic hyperplasia tissue.</a> Exp Biol Med. 238 (11), 1242-1250 (2013).</li><li>Kosar, A., Sesen, M., Oral, O., Itah, Z., Gozuacik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bubbly+cavitating+flow+generation+and+investigation+of+its+erosional+nature+for+biomedical+applications.">Bubbly cavitating flow generation and investigation of its erosional nature for biomedical applications.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 58 (5), 1337-1346 (2011).</li><li>Li, Z. G., Liu, A. Q., Klaseboer, E., Zhang, J. B., Ohl, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+cell+membrane+poration+by+bubble-induced+microjets+in+a+microfluidic+chip.">Single cell membrane poration by bubble-induced microjets in a microfluidic chip.</a> Lab Chip. 13 (6), 1144-1150 (2013).</li><li>Li, F. F., Chan, C. U., Ohl, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yield+Strength+of+Human+Erythrocyte+Membranes+to+Impulsive+Stretching.">Yield Strength of Human Erythrocyte Membranes to Impulsive Stretching.</a> Biophys J. 105 (4), 872-879 (2013).</li><li>Li, F., M, M., Ohl, C. .. D. .. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shear+stress+induced+stretching+of+red+blood+cells+by+oscillating+bubbles+within+a+narrow+gap.">Shear stress induced stretching of red blood cells by oscillating bubbles within a narrow gap.</a> Bull Am Phys Soc. 58, (2013).</li><li>Sankin, G. N., Yuan, F., Zhong, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pulsating+tandem+microbubble+for+localized+and+directional+single-cell+membrane+poration.">Pulsating tandem microbubble for localized and directional single-cell membrane poration.</a> Phys. Rev. Lett. 105 (7), 078101 (2010).</li><li>Fan, Q., Hu, W., Ohta, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-induced+microbubble+poration+of+localized+single+cells.">Laser-induced microbubble poration of localized single cells.</a> Lab Chip. 14 (9), 1572-1578 (2014).</li><li>Chen, C. S., Mrksich, M., Huang, S., Whitesides, G. M., Ingber, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geometric+control+of+cell+life+and+death.">Geometric control of cell life and death.</a> Science. 276 (5317), 1425-1428 (1997).</li><li>Yuan, F., Sankin, G., Zhong, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+tandem+bubble+interaction+in+a+microfluidic+channel.">Dynamics of tandem bubble interaction in a microfluidic channel.</a> J Acoust Soc Am. 130 (5), 3339-3346 (2011).</li><li>Yang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Analysis of Tandem Bubble Interaction and Jet Formation in a Microfluidic Channel. , (2013).</li><li>Simon, S. I., Schmid-Schonbein, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoplasmic+strains+and+strain+rates+in+motile+polymorphonuclear+leukocytes.">Cytoplasmic strains and strain rates in motile polymorphonuclear leukocytes.</a> Biophys J. 58 (2), 319-332 (1990).</li><li>Barbee, K. A., Macarak, E. J., Thibault, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strain+measurements+in+cultured+vascular+smooth+muscle+cells+subjected+to+mechanical+deformation.">Strain measurements in cultured vascular smooth muscle cells subjected to mechanical deformation.</a> Ann Biomed Eng. 22 (1), 14-22 (1994).</li><li>Yuan, F., Yang, C., Zhong, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+membrane+deformation+and+bioeffects+produced+by+tandem+bubble-induced+jetting+flow.">Cell membrane deformation and bioeffects produced by tandem bubble-induced jetting flow.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112 (51), E7039-E7047 (2015).</li><li>Yin, H., Marshall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidics+for+single+cell+analysis.">Microfluidics for single cell analysis.</a> Curr Opin Biotechnol. 23 (1), 110-119 (2012).</li><li>Tay, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+NF-kappa+B+dynamics+reveal+digital+activation+and+analogue+information+processing.">Single-cell NF-kappa B dynamics reveal digital activation and analogue information processing.</a> Nature. 466 (7303), 267-271 (2010).</li><li>Rand, R. P., Burton, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+Properties+of+the+Red+Cell+Membrane:+I.+Membrane+Stiffness+and+Intracellular+Pressure.">Mechanical Properties of the Red Cell Membrane: I. Membrane Stiffness and Intracellular Pressure.</a> Biophys J. 4 (2), 115-135 (1964).</li><li>Lim, C. T., Dao, M., Suresh, S., Sow, C. H., Chew, K. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+deformation+of+living+cells+using+laser+traps.">Large deformation of living cells using laser traps.</a> Acta Mater. 52 (7), 1837-1845 (2004).</li><li>Puig-de-Morales-Marinkovic, M., Turner, K. T., Butler, J. P., Fredberg, J. J., Suresh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viscoelasticity+of+the+human+red+blood+cell.">Viscoelasticity of the human red blood cell.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 293 (2), C597-C605 (2007).</li><li>Kudo, N., Okada, K., Yamamoto, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sonoporation+by+single-shot+pulsed+ultrasound+with+microbubbles+adjacent+to+cells.">Sonoporation by single-shot pulsed ultrasound with microbubbles adjacent to cells.</a> Biophys J. 96 (12), 4866-4876 (2009).</li><li>van Wamel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vibrating+microbubbles+poking+individual+cells:+Drug+transfer+into+cells+via+sonoporation.">Vibrating microbubbles poking individual cells: Drug transfer into cells via sonoporation.</a> J Control Release. 112 (2), 149-155 (2006).</li><li>Hu, Y., Wan, J. M., Yu, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Membrane+perforation+and+recovery+dynamics+in+microbubble-mediated+sonoporation.">Membrane perforation and recovery dynamics in microbubble-mediated sonoporation.</a> Ultrasound Med Biol. 39 (12), 2393-2405 (2013).</li><li>Dijkink, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+cavitation-cell+interaction:+trans-membrane+transport+and+viability+studies.">Controlled cavitation-cell interaction: trans-membrane transport and viability studies.</a> Phys Med Biol. 53 (2), 375-390 (2008).</li><li>Rau, K. R., Quinto-Su, P. A., Hellman, A. N., Venugopalan, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pulsed+laser+microbeam-induced+cell+lysis:+Time-resolved+imaging+and+analysis+of+hydrodynamic+effects.">Pulsed laser microbeam-induced cell lysis: Time-resolved imaging and analysis of hydrodynamic effects.</a> Biophys J. 91 (1), 317-329 (2006).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

Tek hücre analizi, canlı hücre görüntüleme ile birlikte, büyük ölçüde bu tür fenotip gelişimi ve bağışıklık yanıtı 23 olarak bireysel hücrelerin, dinamik ve sık sık değişen süreçlerin anlayışımızı artırmıştır. yemekleri ya da şişelere konvansiyonel hücre kültürü tersine, mikrokanallar gerçek zamanlı olarak aşağı doğru tek hücre seviyesine mikro hassas kontrolünü, sağlar. Sonuç olarak, mikroakışkan teknolojik gelişmeler ve teknikler büyük ölçüde tek ...

Hücresel heterojenite, genler, proteinler ve metabolitleri stokastik ifadesi kaynaklanan büyük bir hücre popülasyonu içinde var ve hücre adaptasyonu ve evrim 1 olanak sağlamak için biyolojinin temel prensip olarak hizmet dair büyüyen bir fark vardır. Nedenle, sık sık bireysel hücrelerin ve bunların etkileşimleri işlevini anlamak için toplum tabanlı toplu ölçümleri kullanmak yanlış ve güvenilmez. Tek hücre analizi için yeni teknolojilerin geliştirilmesi, bu nedenle, biyolojik ve farmakolojik araştırma yüksek ilgi ve daha iyi kök hücre biyolojisi ve kanser tedavisinde 2-4 anahtar sinyal geçiş yollarından ve süreçleri, örneğin, de kullanılabilir. Son yıllarda, mikroakışkan platformların çıkması büyük ölçüde bireysel hücrelerin tepki konumlandırma, tedavi, gözlem yeni analitik stratejiler 5 ile yapılmıştır tek hücreli analizi kolaylaştırmıştır. Kavitasyon yüksek yoğunluğu kanserlerinin tedavisinde de dahil olmak üzere biyomedikal uygulamalarda, çeşitli bir yelpazede önemli bir rol ultrason (HIFU) 6 odaklı çalış, şok dalga litotripsi ile böbrek taşlarının non-invaziv parçalanma (SWL) 7, ilaç ya da gen teslimi sonoporation 8 ve hidrodinamik kavitasyon balon 9,10 hücreler ya da dokuların en son rapor tahrip edilmesi. Buna rağmen, kavitasyon kabarcığı (ler) biyolojik doku ve hücreleri ile etkileşim dinamik süreçleri iyi anlaşılmış değil. Bu ultrason, şok dalgaları ve yerel hidrolik basınç tarafından üretilen kavitasyon başlatma ve kabarcık dinamikleri rastgelelik nedeniyle; ayrıca, özellikle tek hücre düzeyinde, biyolojik hücrelerin doğal olarak karmaşık ve hızlı yanıtları çözümlemek için teknikler sağlayan bir eksikliği vardır. Bu zorlukların, şaşırtıcı değildir, çünkü çok az çalışma arı varn iyi kontrol deneysel koşullar altında kabarcık-hücre etkileşimleri araştırmak için bildirmişlerdir. Örneğin, tek tek hücrelerin membran gözeneklendirme süspansiyonu 11 sıkışıp ve insan kırmızı kan hücreleri 12 itici büyük deformasyon mikroakışkan kanal lazer tarafından oluşturulan tek kabarcıkları kullanılarak gösterilmiştir. İkinci teknik, bununla birlikte, çünkü sadece çekirdeğin 13 varlığı ökaryotik hücrelerde çok az deformasyon üretebilir. Ayrıca, süspansiyon içinde hücrelerin tedavi ederken aşağı biyoetkiler izlenmesi zordur. Diğer çalışmalarda, tek yapışık hücre membran gözeneklendirme ve / veya hücre içi kalsiyum yanıtları üretmek için bir hücreye bağlı mikro-kabarcık (ya da ultrason kontrast ajanı) ultrasonla uyarım 8 bildirilmiştir. Tek yapışan hücrelerin membran gözeneklendirme Ayrıca ışık emici Tripan mavi bir çözelti 14 ihtiva eden ince bir sıvı tabakası lazer tarafından oluşturulan ardışık kabarcıkları kullanılarak üretilen, ya damicrochambers 15 optik emici alt tabaka ile ışınlanması mikrosaniye lazer darbeleri tarafından üretilen bir salınım gaz kabarcığı ile. karşılaştırıldığında ikinci hücreler için toksik olduğu için, optik olarak emici alt-tabaka, lazer soğurucu Trypan mavi çözelti bir avantajı vardır. Daha da önemlisi, lazer tarafından oluşturulan kabarcıklar akustik heyecanlı kabarcıkların daha kabarcık boyutu ve konumu açısından daha kontrol edilebilir. Bununla birlikte, bütün bu daha önceki çalışmalarda, hücre şekli, yönlendirme ve yapışma şartları esas itibarıyla hücre yanıtı ve mekanik stresler 16 tarafından üretilen biyolojik etkileri etkileyebilecek, kontrol edilmemiştir. Önceki çalışmalarda, bu sakıncaların üstesinden gelmek için, kısa bir süre önce kabarcık üretimi, hücre desen, kabarcık kabarcıklı-hücre etkileşimleri ve gerçek zamanlı mikroimalat techn benzersiz bir kombinasyonunu kullanarak inşa mikroakışkan çipte hücre tepkisinin biyo-deneyler için deneysel bir sistem geliştirmişlerdiriques. Alanında diğerlerinden bizim deneysel sistem ayırt üç ana özellikleri şunlardır: 1) cam tabaka üzerinde mikron büyüklüğünde altın noktaların desenleme kabarcık nesil 17 için yerelleştirilmiş lazer emilimini sağlamak için; 2) aynı levha üzerine hücre yapışması için hücre dışı matrisin (ECM) mikron boyutunda adalar desen konumu ve tek tek hücrelerin geometrisini, hem kontrol etmek için; ve 3) yarı-2B uzaya 3 boyutlu kabarcık-bubble-hücre etkileşimi etki boyutunun sıkıştırma tüm yakalanan, akış alanları, hücre deformasyonu ve biyoetkiler jeti, kabarcık kabarcık etkileşimleri düzlem görselleştirme kolaylaştırmak için bir aerodinamik görüntüleme dizisi (Şekil 1d). <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/55106/55106fig1.jpg" /> Şekil 1: mikroakışkan çip ve farklı deneyleri şematik. a) kanallı bir araya mikroakışkan çip mavi mürekkeple dolu<html> görselleştirme için. b) desenli hücreleri ve altın noktalarla mikroakışkan çip içinde bir bölge (yakınlık iki altın nokta arasındaki mesafe) 40 mm. çalışma birimlerinin çoğu çifti, bir kanal düzenlenebilir. Altın noktaların bir çift ve hücre-yapıya model verme bölgesi yapıştırılmış bir HeLa hücre oluşan tek bir çalışma biriminin C) yakın çekim görüntüsü. Cihaz çalışma d) şematik. Bir tek hücre yapışır ve fibronektin ile kaplı &quot;H&quot; şeklindeki adada yayılır. Anti-faz osilasyonlu kavitasyon kabarcıkları (tandem balonu) bir çift yakın bir hedef hücreye doğru hareket eden bir hızlı ve lokalize jet oluşmasına yol (Şekil 4A), altın nokta darbeli lazer ışınları aydınlatılarak üretilir. Hücre, deforme makromoleküler alımı için gözeneklendirilmiş ve / veya ikili kabarcık hücrenin uzak-durma mesafesi (S D) bağlı olarak, bir kalsiyum tepki ile stimüle edilebilir.f = &quot;http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55106/55106fig1large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. Bu platform, daha floresan deneyleri ve kavitasyon kaynaklı Biyolojik Etkileri için hücre yüzeyi bağlı fonksiyonalize boncuklar ile birleştirilebilir. Özel olarak, bu platform, tek hücre düzeyinde güvenilir ve ölçülebilir deneyleri için yolu açar. Şimdiye kadar, bizim ikili kabarcık kaynaklı hücre membran deformasyon hücre gözeneklendirilmesi ya da hücre içi alımını, canlılığı, apoptozi, ve hücre içi kalsiyum tepkisinin analizi için cihaz kullanmıştır. Aşağıdaki protokol, çip imalat işlemi ve yukarıda belirtilen çeşitli biyolojik etkileri analiz prosedürü açıklar. Ayrıca, chip işlemleri de tarif edilmiştir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="678">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Reagent/Materials</td>
			<td style="width:171px;"></td>
			<td style="width:155px;"></td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">75x38mm Plain Microscope Slides</td>
			<td style="width:171px;">Corning</td>
			<td style="width:155px;">2947-75X38</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Acetone</td>
			<td style="width:171px;">Sigma Aldrich, Co.</td>
			<td style="width:155px;">320110</td>
			<td style="width:179px;">ACS reagent, &#8805;99.5%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Isopropyl alcohol</td>
			<td style="width:171px;">Sigma Aldrich, Co.</td>
			<td style="width:155px;">W292907</td>
			<td style="width:179px;">&#8805;99.7%, FCC, FG</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Sulfuric acid</td>
			<td style="width:171px;">Sigma Aldrich, Co.</td>
			<td style="width:155px;">320501</td>
			<td style="width:179px;">ACS reagent, 95.0-98.0%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Hydrogen peroxide</td>
			<td style="width:171px;">Sigma Aldrich, Co.</td>
			<td style="width:155px;">216763</td>
			<td style="width:179px;">30 wt.% in H2O</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Primer P-20</td>
			<td style="width:171px;">Microchem</td>
			<td style="width:155px;">MCC Primer 80/20</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">NFR photoresist</td>
			<td style="width:171px;">JSR</td>
			<td style="width:155px;">NFR016D2</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Photomask</td>
			<td style="width:171px;">Photoplotstore</td>
			<td style="width:155px;">N/A</td>
			<td style="width:179px;">4x4 Direct write mask</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">MF-319 Developer</td>
			<td style="width:171px;">Shipley (Rohm and Haas)</td>
			<td style="width:155px;">Microposit MF-319</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">1165 Photoresist Remover</td>
			<td style="width:171px;">Dow Chemical, Co.</td>
			<td style="width:155px;">DEM-10018073</td>
			<td style="width:179px;">1-methyl-2-pyrrolidinone based</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">S1813 photoresist</td>
			<td style="width:171px;">Shipley (Rohm and Haas)</td>
			<td style="width:155px;">S1813</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">PLL-g-PEG</td>
			<td style="width:171px;">SuSoS</td>
			<td style="width:155px;">PLL(20)-g[3.5]- PEG(2)</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">HEPES</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">15630080</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Paraffin film</td>
			<td style="width:171px;">HACH</td>
			<td style="width:155px;">251764</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">SU-2025 photoresist</td>
			<td style="width:171px;">Microchem</td>
			<td style="width:155px;">SU-2025</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">PDMS</td>
			<td style="width:171px;">Dow Corning</td>
			<td style="width:155px;">184 SIL ELAST KIT 0.5KG</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Microbore Tubing</td>
			<td style="width:171px;">Saint-Gobain PPL Corp.</td>
			<td style="width:155px;">S-54-HL</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:175px;">Metal pins</td>
			<td style="width:171px;">New England Small Tube</td>
			<td style="width:155px;">NE-1300-01</td>
			<td style="width:179px;">&#160;Cut Tube (straight), 0.025&#8221; OD x 0.017&#8221; ID x 0.50&#8221; Long</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">HeLa cells</td>
			<td style="width:171px;">Duke Cell Culture Facility</td>
			<td style="width:155px;">(307-CCL-2) HeLa, p.148</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">DPBS(1X) buffer</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">14190144</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">DMEM culture medium</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">11995065</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Fibronectin Bovine Protein, Plasma</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">33010018</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">0.25% Trypsin-EDTA (1X)</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">25200056</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Propidium Iodide</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">P21493</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Carboxylate Microspheres 1.00&#956;m</td>
			<td style="width:171px;">Polysciences, Inc</td>
			<td style="width:155px;">08226-15</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Carboxylate Microspheres 2.00&#956;m</td>
			<td style="width:171px;">Polysciences, Inc</td>
			<td style="width:155px;">18327-10</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:175px;">EDC (1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide hydrochloride)</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">22980</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:175px;">Sulfo-NHS</td>
			<td style="width:171px;">Sulfo-NHS (N-hydroxysulfosuccinimide)</td>
			<td style="width:155px;">24510</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Peptite-2000</td>
			<td style="width:171px;">Advanced BioMatrix</td>
			<td style="width:155px;">5020-5MG</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">FITC Annexin V</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">A13199</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Fura-2, AM</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">F1221</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">DMSO</td>
			<td style="width:171px;">Sigma Aldrich, Co.</td>
			<td style="width:155px;">D2650</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">F-127</td>
			<td style="width:171px;">invitrogen</td>
			<td style="width:155px;">P6866</td>
			<td style="width:179px;">0.2 &#181;m filtered (10% Solution in Water)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Reduced serum media&#160;</td>
			<td style="width:171px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:155px;">11058021</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Name</td>
			<td style="width:171px;">Company</td>
			<td style="width:155px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:175px;">Plasma asher</td>
			<td style="width:171px;">Emitech</td>
			<td style="width:155px;">K-1050X</td>
			<td style="width:179px;">O2 / Ar plasma ashing of photoresist and other organic materials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Mask aligner</td>
			<td style="width:171px;">SUSS MicroTec&#160;</td>
			<td style="width:155px;">Karl Suss MA6/BA6</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">E-beam evaporator</td>
			<td style="width:171px;">CHA Industries</td>
			<td style="width:155px;">CHA Industries Solution E-Beam</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">RIE</td>
			<td style="width:171px;">Trion Technology&#160;</td>
			<td style="width:155px;">Trion Technology Phantom II</td>
			<td style="width:179px;">(oxide/ nitride/ polymer) etching</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Stereoscope</td>
			<td style="width:171px;">AmScope</td>
			<td style="width:155px;">American Scope SM-4TZ-FRL</td>
			<td style="width:179px;">Stereo Microscope</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Syringe pump</td>
			<td style="width:171px;">Chemyx Inc</td>
			<td style="width:155px;">NanoJet</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="67">
			<td height="67" style="height:67px;width:175px;">Cell culture incubator</td>
			<td style="width:171px;">NuAire</td>
			<td style="width:155px;">AutoFlow NU-8500 Water Jacket CO2 Incubator</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Biological Safety Cabinets</td>
			<td style="width:171px;">NuAire</td>
			<td style="width:155px;">NU-425-400</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Water bath</td>
			<td style="width:171px;">VWR</td>
			<td style="width:155px;">1122s</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:171px;">IEC</td>
			<td style="width:155px;">Centra CL2</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Microscope</td>
			<td style="width:171px;">Zeiss</td>
			<td style="width:155px;">Axio Observer Z1</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Nd:YAG laser&#160; (laser 1)</td>
			<td style="width:171px;">New Wave Research</td>
			<td style="width:155px;">Tempest</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Nd:YAG laser&#160; (laser 2)</td>
			<td style="width:171px;">New Wave Research</td>
			<td style="width:155px;">Orion</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">Delay generator</td>
			<td style="width:171px;">Berkeley Nucleonics&#160;</td>
			<td style="width:155px;">BNC 565-8c</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:175px;">Flash lamp</td>
			<td style="width:171px;">Dyna-Lite</td>
			<td style="width:155px;">ML1000 fiber-coupled flashtube</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">high speed camera</td>
			<td style="width:171px;">DRS Hadland</td>
			<td style="width:155px;">&#160;Imacon 200</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">high speed&#160; camera</td>
			<td style="width:171px;">Shimadzu</td>
			<td style="width:155px;">HPV-X</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">high speed camera</td>
			<td style="width:171px;">Vision Research</td>
			<td style="width:155px;">Phantom V7.3</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">PIV software</td>
			<td style="width:171px;">LaVision</td>
			<td style="width:155px;">DaVis 7.2</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">camera</td>
			<td style="width:171px;">Zeiss</td>
			<td style="width:155px;">AxioCam MRc 5</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">software</td>
			<td style="width:171px;">Zeiss</td>
			<td style="width:155px;">AxioVision</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">PTI system</td>
			<td style="width:171px;">Horiba</td>
			<td style="width:155px;">S/N: 1705 RAM-X</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">EasyRatio software</td>
			<td style="width:171px;">Horiba</td>
			<td style="width:155px;">Easy Ratio Pro 2</td>
			<td style="width:179px;">version 2.3.125.86</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:175px;">63&#215; objective</td>
			<td style="width:171px;">Zeiss</td>
			<td style="width:155px;">LD Plan Neofluar</td>
			<td style="width:179px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a microfluidic system with surface patterning for investigating cavitation bubble(s)&#8211;cell interaction and the resultant bioeffects at the single-cell level

Bu yazıda, öncelikle kesin tandem kabarcıklar ve iyi tanımlanmış yerlerde ve şekillerle yakın desenli tek tek hücrelerin üretilmesini kontrol eden aynı cam alt tabaka, altın nokta ve fibronektin kaplı bölgeler ile, bir mikroakışkan çip üretim protokol açıklar. Daha sonra bir kaç-mikrosaniye zaman gecikmesi ile altın nokta bir çift aydınlatıcı iki darbeli lazer kullanarak tandem baloncuklar nesil göstermektedir. Biz yüksek hızda görüntüleme ile kabarcık kabarcık etkileşimi ve jet oluşumunu görselleştirmek ve parçacık görüntüleyerek hız ölçümü (PIV) kullanılarak bileşke akım alanını karakterize eder. Son olarak, biz makromolekül alımı ile hücre zarı poration, ekli integrin bağlayıcı boncuk değiştirmeler tarafından belirlenen lokalize membran deformasyon ve oranlı metrik görüntüleme gelen hücre içi kalsiyum yanıtı da dahil olmak üzere tek bir hücre analizi için bu tekniğin bazı uygulamaları sunuyoruz. Bizim sonuçları hızlı ve yön jeti akışı yanlısı olduğunu göstermekyakın yetişen bir hücrenin yüzeyi üzerinde yüksek ölçüde lokalize edilen kesme stresi getirebileceği ikili kabarcık etkileşimi tarafından üretilen. Ayrıca, farklı biyolojik etkileri ikili kabarcık hücreye dikme mesafe ayarlanarak püskürtme akışının gücü değiştirerek indüklenebilir.

Bu çalışmada tarif mikroakışkan platformu balonu kabarcıklı etkileşimlerini incelemek ve tek hücre düzeyinde kavitasyon kaynaklı Biyolojik Etkileri çeşitli analiz etmek için kullanılabilir. Burada, deneysel sistemde gerçekleştirilebilir deneysel çalışmalar ve biyo-tahliller, çeşitli göstermek için çok sayıda örnek sunulmuştur. Biz ilk jet oluşumu, ortaya çıkan akış alanının görselleştirme ve jet hızı (Şekil 5a) hesaplanması ile ta...

Watch this Scientific Journal Video about A Microfluidic System with Surface Patterning for Investigating Cavitation Bubblesâ€“Cell Interaction and the Resultant Bioeffects at the Single-cell Lev

A Microfluidic System with Surface Patterning for Investigating Cavitation Bubble(s)&#8211;Cell Interaction and the Resultant Bioeffects at the Single-cell Level

A microfluidic chip was fabricated to produce pairs of gold dots for tandem bubble generation and fibronectin-coated islands for single-cell patterning nearby. The resultant flow field was characterized by particle image velocimetry and was employed to study various bioeffects, including cell membrane poration, membrane deformation, and intracellular calcium response.

Tek hücreli Seviyesinde Kavitasyon Kabarcık (ler) -Hücre Etkileşim ve Sonuç biyoetkiler incelenmesi için yüzey Desenlendirme ile mikroakışkan Sistemi

In this manuscript, we first describe the fabrication protocol of a microfluidic chip, with gold dots and fibronectin-coated regions on the same glass ...

a-microfluidic-system-with-surface-patterning-for-investigating

Research

JoVE Journal

Bioengineering

11.7K Görüntüleme.  Duke University. A microfluidic chip was fabricated to produce pairs of gold dots for tandem bubble generation and fibronectin-coated islands for single-cell patterning nearby. The resultant flow field was characterized by particle image velocimetry and was employed to study various bioeffects, including cell membrane poration, membrane deformation, and intracellular calcium response.

Video: A Microfluidic System with Surface Patterning for Investigating Cavitation Bubble(s)–Cell Interaction and the Resultant Bioeffects at the Single-cell Level

Plasma Lithography Surface Patterning for Creation of Cell Networks

Systematic manipulation of a cell microenvironment with micro- and nanoscale resolution is often required for deciphering various cellular and molecular phenomena. To address this requirement, we have developed a plasma lithography technique to manipulate the cellular microenvironment by creating a patterned surface with feature sizes ranging from 100 nm to millimeters. The goal of this technique is to be able to study, in a controlled way, the behaviors of individual cells as well as groups of cells and their interactions.
This plasma lithography method is based on selective modification of the surface chemistry on a substrate by means of shielding the contact of low-temperature plasma with a physical mold. This selective shielding leaves a chemical pattern which can guide cell attachment and movement. This pattern, or surface template, can then be used to create networks of cells whose structure can mimic that found in nature and produces a controllable environment for experimental investigations. The technique is well suited to studying biological phenomenon as it produces stable surface patterns on transparent polymeric substrates in a biocompatible manner. The surface patterns last for weeks to months and can thus guide interaction with cells for long time periods which facilitates the study of long-term cellular processes, such as differentiation and adaption. The modification to the surface is primarily chemical in nature and thus does not introduce topographical or physical interference for interpretation of results. It also does not involve any harsh or toxic substances to achieve patterning and is compatible for tissue culture. Furthermore, it can be applied to modify various types of polymeric substrates, which due to the ability to tune their properties are ideal for and are widely used in biological applications. The resolution achievable is also beneficial, as isolation of specific processes such as migration, adhesion, or binding allows for discrete, clear observations at the single to multicell level.
This method has been employed to form diverse networks of different cell types for investigations involving migration, signaling, tissue formation, and the behavior and interactions of neurons arraigned in a network.

A versatile plasma lithography technique has been developed to generate stable surface patterns for guiding cellular attachment. This technique can be applied to create cell networks including those that mimic natural tissues and has been used for studying several, distinct cell types.

Plazma Litografi Yüzey Desenlendirme Hücre Ağları Oluşturma

Systematic manipulation of a cell microenvironment with micro- and nanoscale resolution is often required for deciphering various cellular and molecular ...

Biyomühendislik

Gold Nanostar Synthesis with a Silver Seed Mediated Growth Method

The physical, chemical and optical properties of nano-scale colloids depend on their material composition, size and shape 1-5. There is a great interest in using nano-colloids for photo-thermal ablation, drug delivery and many other biomedical applications 6. Gold is particularly used because of its low toxicity 7-9. A property of metal nano-colloids is that they can have a strong surface plasmon resonance 10. The peak of the surface plasmon resonance mode depends on the structure and composition of the metal nano-colloids. Since the surface plasmon resonance mode is stimulated with light there is a need to have the peak absorbance in the near infrared where biological tissue transmissivity is maximal 11, 12.
We present a method to synthesize star shaped colloidal gold, also known as star shaped nanoparticles 13-15 or nanostars 16. This method is based on a solution containing silver seeds that are used as the nucleating agent for anisotropic growth of gold colloids 17-22. Scanning electron microscopy (SEM) analysis of the resulting gold colloid showed that 70 % of the nanostructures were nanostars. The other 30 % of the particles were amorphous clusters of decahedra and rhomboids. The absorbance peak of the nanostars was detected to be in the near infrared (840 nm). Thus, our method produces gold nanostars suitable for biomedical applications, particularly for photo-thermal ablation.

We synthesized star shaped gold nanostars using a silver seed mediated growth method. The diameter of the nanostars ranges from 200 to 300 nm and the number of tips vary from 7 to 10. The nanoparticles have a broad surface plasmon resonance mode centered in the near infrared.

Gümüş Tohum aracılığı Büyüme Yöntemi ile Altın Nanostar Sentezi

The physical, chemical and optical properties of nano-scale colloids depend on their material composition, size and shape 1-5. There is a great interest ...

Microfluidic Picoliter Bioreactor for Microbial Single-cell Analysis: Fabrication, System Setup, and Operation

In this protocol the fabrication, experimental setup and basic operation of the recently introduced microfluidic picoliter bioreactor (PLBR) is described in detail. The PLBR can be utilized for the analysis of single bacteria and microcolonies to investigate biotechnological and microbiological related questions concerning, e.g.&#160;cell growth, morphology, stress response, and metabolite or protein production on single-cell level. The device features continuous media flow enabling constant environmental conditions for perturbation studies, but in addition allows fast medium changes as well as oscillating conditions to mimic any desired environmental situation. To fabricate the single use devices, a silicon wafer containing sub micrometer sized SU-8 structures served as the replication mold for rapid polydimethylsiloxane casting. Chips were cut, assembled, connected, and set up onto a high resolution and fully automated microscope suited for time-lapse imaging, a powerful tool for spatio-temporal cell analysis. Here, the biotechnological platform organism Corynebacterium glutamicum&#160;was seeded into the PLBR and cell growth and intracellular fluorescence were followed over several hours unraveling time dependent population heterogeneity on single-cell level, not possible with conventional analysis methods such as flow cytometry. Besides insights into device fabrication, furthermore, the preparation of the preculture, loading, trapping of bacteria, and the PLBR cultivation of single cells and colonies is demonstrated. These devices will add a new dimension in microbiological research to analyze time dependent phenomena of single bacteria under tight environmental control. Due to the simple and relatively short fabrication process the technology can be easily adapted at any microfluidics lab and simply tailored towards specific needs.

In this protocol the fabrication, setup and basic operation of a microfluidic picoliter bioreactor (PLBR) for single-cell analysis of prokaryotic microorganisms is introduced. Industrially relevant microorganisms were analyzed as proof of principle allowing insights into growth rate, morphology, and phenotypic heterogeneity over certain time periods, hardly possible with conventional methods.

In this protocol the fabrication, experimental setup and basic operation of the recently introduced microfluidic picoliter bioreactor (PLBR) is described ...

Quantitative and Temporal Control of Oxygen Microenvironment at the Single Islet Level

Simultaneous oxygenation and monitoring of glucose stimulus-secretion coupling factors in a single technique is critical for modeling pathophysiological states of islet hypoxia, especially in transplant environments. Standard hypoxic chamber techniques cannot modulate both stimulations at the same time nor provide real-time monitoring of glucose stimulus-secretion coupling factors. To address these difficulties, we applied a multilayered microfluidic technique to integrate both aqueous and gas phase modulations via a diffusion membrane. This creates a stimulation sandwich around the microscaled islets within the transparent polydimethylsiloxane (PDMS) device, enabling monitoring of the aforementioned coupling factors via fluorescence microscopy. Additionally, the gas input is controlled by a pair of microdispensers, providing quantitative, sub-minute modulations of oxygen between 0-21%. This intermittent hypoxia is applied to investigate a new phenomenon of islet preconditioning. Moreover, armed with multimodal microscopy, we were able to look at detailed calcium and KATP channel dynamics during these hypoxic events. We envision microfluidic hypoxia, especially this simultaneous dual phase technique, as a valuable tool in studying islets as well as many ex vivo tissues.

Microfluidic oxygen control confers more than just convenience and speed over hypoxic chambers for biological experiments. Especially when implemented via diffusion through a membrane, microfluidic oxygen can provide simultaneous liquid and gas phase modulations at the microscale-level. This technique enables dynamic multi-parametric experiments critical for studying islet pathophysiology.

Tek Adacık Düzeyde Oksijen mikroçevresinin Nicel ve Geçici Kontrol

Simultaneous oxygenation and monitoring of glucose stimulus-secretion coupling factors in a single technique is critical for modeling pathophysiological ...

Cell Patterning on Photolithographically Defined 
Parylene-C: SiO2 Substrates

Cell patterning platforms support broad research goals, such as construction of predefined in vitro neuronal networks and the exploration of certain central aspects of cellular physiology. To easily combine cell patterning with Multi-Electrode Arrays (MEAs) and silicon-based &#8216;lab on a chip&#8217; technologies, a microfabrication-compatible protocol is required. We describe a method that utilizes deposition of the polymer parylene-C on SiO2&#160;wafers. Photolithography enables accurate and reliable patterning of parylene-C at micron-level resolution. Subsequent activation by immersion in fetal bovine serum (or another specific activation solution) results in a substrate in which cultured cells adhere to, or are repulsed by, parylene or SiO2 regions respectively. This technique has allowed patterning of a broad range of cell types (including primary murine hippocampal cells, HEK 293 cell line, human neuron-like teratocarcinoma cell line, primary murine cerebellar granule cells, and primary human glioma-derived stem-like cells). Interestingly, however, the platform is not universal; reflecting the importance of cell-specific adhesion molecules. This cell patterning process is cost effective, reliable, and importantly can be incorporated into standard microfabrication (chip manufacturing) protocols, paving the way for integration of microelectronic technology.

Cell Patterning on Photolithographically Defined 
Parylene-C: SiO2 Substrates

This protocol describes a microfabrication-compatible method for cell patterning on SiO2. A predefined parylene-C design is photolithographically printed on SiO2 wafers. Following incubation with serum (or other activation solution) cells adhere specifically to (and grow according to the conformity of) underlying parylene-C, whilst being repulsed by SiO2 regions.

Photolithographically Tanımlı Parylene-C hücre Desenlendirme: SiO<sub&gt; 2</sub&gt; Yüzeyleri

Cell patterning platforms support broad research goals, such as construction of predefined in vitro neuronal networks and the exploration of certain ...

Investigating Receptor-ligand Systems of the Cellulosome with AFM-based Single-molecule Force Spectroscopy

Cellulosomes are discrete multienzyme complexes used by a subset of anaerobic bacteria and fungi to digest lignocellulosic substrates. Assembly of the enzymes onto the noncatalytic scaffold protein is directed by interactions among a family of related receptor-ligand pairs comprising interacting cohesin and dockerin modules. The extremely strong binding between cohesin and dockerin modules results in dissociation constants in the low picomolar to nanomolar range, which may hamper accurate off-rate measurements with conventional bulk methods. Single-molecule force spectroscopy (SMFS) with the atomic force microscope measures the response of individual biomolecules to force, and in contrast to other single-molecule manipulation methods (i.e.&#160;optical tweezers), is optimal for studying high-affinity receptor-ligand interactions because of its ability to probe the high-force regime (&#62;120 pN). Here we present our complete protocol for studying cellulosomal protein assemblies at the single-molecule level. Using a protein topology derived from the native cellulosome, we worked with enzyme-dockerin and carbohydrate binding module-cohesin (CBM-cohesin) fusion proteins, each with an accessible free thiol group at an engineered cysteine residue. We present our site-specific surface immobilization protocol, along with our measurement and data analysis procedure for obtaining detailed binding parameters for the high-affinity complex. We demonstrate how to quantify single subdomain unfolding forces, complex rupture forces, kinetic off-rates, and potential widths of the binding well. The successful application of these methods in characterizing the cohesin-dockerin interaction responsible for assembly of multidomain cellulolytic complexes is further described.

Cellulosomes are multienzyme complexes designed for digesting cellulose. AFM-based SMFS was used to study the mechanical properties and folding configuration of cellulosome-associated protein assemblies. We present a complete workflow for protein immobilization, data acquisition, and data analysis to study the interactions of individual receptor-ligand complexes involved in cellulosome assembly.

AFM-tabanlı Tek-molekül Kuvvetleri Spektroskopisi ile cellulosome Reseptör-ligand Sistemleri Araştırılması

Cellulosomes are discrete multienzyme complexes used by a subset of anaerobic bacteria and fungi to digest lignocellulosic substrates. Assembly of the ...

Microfluidic Fabrication of Polymeric and Biohybrid Fibers with Predesigned Size and Shape

A &#8220;sheath&#8221; fluid passing through a microfluidic channel at low Reynolds number can be directed around another &#8220;core&#8221; stream and used to dictate the shape as well as the diameter of a core stream.&#160;Grooves in the top and bottom of a microfluidic channel were designed to direct the sheath fluid and shape the core fluid.&#160;By matching the viscosity and hydrophilicity of the sheath and core fluids, the interfacial effects are minimized and complex fluid shapes can be formed.&#160;Controlling the relative flow rates of the sheath and core fluids determines the cross-sectional area of the core fluid.&#160;Fibers have been produced with sizes ranging from 300 nm to ~1 mm, and fiber cross-sections can be round, flat, square, or complex as in the case with double anchor fibers. Polymerization of the core fluid downstream from the shaping region solidifies the fibers.&#160;Photoinitiated click chemistries are well suited for rapid polymerization of the core fluid by irradiation with ultraviolet light.&#160;Fibers with a wide variety of shapes have been produced from a list of polymers including liquid crystals, poly(methylmethacrylate), thiol-ene and thiol-yne resins, polyethylene glycol, and hydrogel derivatives. Minimal shear during the shaping process and mild polymerization conditions also makes the fabrication process well suited for encapsulation of cells and other biological components.

Two adjacent fluids passing through a grooved microfluidic channel can be directed to form a sheath around a prepolymer core; thereby&#160;determining both shape and cross-section. Photoinitiated polymerization, such as thiol click chemistry, is well suited for rapidly solidifying the core fluid into a microfiber with predetermined size and shape.

Önceden Tasarlanmış Boyut ve Şekle Sahip Polimerik ve Biyohidred Elyafların Mikroakışkan İmalatı

A &#8220;sheath&#8221; fluid passing through a microfluidic channel at low Reynolds number can be directed around another &#8220;core&#8221; stream and ...

A Novel Method for Localizing Reporter Fluorescent Beads Near the Cell Culture Surface for Traction Force Microscopy

PA gels have long been used as a platform to study cell traction forces due to ease of fabrication and the ability to tune their elastic properties. When the substrate is coated with an extracellular matrix protein, cells adhere to the gel and apply forces, causing the gel to deform. The deformation depends on the cell traction and the elastic properties of the gel. If the deformation field of the surface is known, surface traction can be calculated using elasticity theory. Gel deformation is commonly measured by embedding fluorescent marker beads uniformly into the gel. The probes displace as the gel deforms. The probes near the surface of the gel are tracked. The displacements reported by these probes are considered as surface displacements. Their depths from the surface are ignored. This assumption introduces error in traction force evaluations. For precise measurement of cell forces, it is critical for the location of the beads to be known. We have developed a technique that utilizes simple chemistry to confine fluorescent marker beads, 0.1 and 1 &#181;m in diameter, in PA gels, within 1.6 &#956;m of the surface. We coat a coverslip with poly-D-lysine (PDL) and fluorescent beads. PA gel solution is then sandwiched between the coverslip and an adherent surface. The fluorescent beads transfer to the gel solution during curing. After polymerization, the PA gel contains fluorescent beads on a plane close to the gel surface.

Traditional techniques for fabricating polyacrylamide (PA) gels containing fluorescent probes involve sandwiching a gel between an adherent surface and a glass slide. Here, we show that coating this slide with poly-D-lysine (PDL) and fluorescent probes localizes the probes to within 1.6 &#181;m from the gel surface.

Çekme Kuvveti Mikroskopi Hücre Kültürü Yüzey civarında yerelleştirme raportör flöresan Beads için Yeni Bir Yöntem

PA gels have long been used as a platform to study cell traction forces due to ease of fabrication and the ability to tune their elastic properties. When ...

A Microfluidic Platform for High-throughput Single-cell Isolation and Culture

Studying the heterogeneity of single cells is crucial for many biological questions, but is technically difficult. Thus, there is a need for a simple, yet high-throughput, method to perform single-cell culture experiments. Here, we report a microfluidic chip-based strategy for high-efficiency single-cell isolation (~77%) and demonstrate its capability of performing long-term single-cell culture (up to 7 d) and cellular heterogeneity analysis using clonogenic assay. These applications were demonstrated with KT98 mouse neural stem cells, and A549 and MDA-MB-435 human cancer cells. High single-cell isolation efficiency and long-term culture capability are achieved by using different sizes of microwells on the top and bottom of the microfluidic channel. The small microwell array is designed for precisely isolating single-cells, and the large microwell array is used for single-cell clonal culture in the microfluidic chip. This microfluidic platform constitutes an attractive approach for single-cell culture applications, due to its flexibility of adjustable cell culture spaces for different culture strategies, without decreasing isolation efficiency.

Here, we present a protocol for isolating and culturing single cells with a microfluidic platform, which utilizes a new microwell design concept to allow for high-efficiency single cell isolation and long-term clonal culture.

Yüksek verim Tek hücreli İzolasyonu ve Kültür mikroakışkan Platformu

Studying the heterogeneity of single cells is crucial for many biological questions, but is technically difficult. Thus, there is a need for a simple, yet ...

Co-culture of Living Microbiome with Microengineered Human Intestinal Villi in a Gut-on-a-Chip Microfluidic Device

Here, we describe a protocol to perform long-term co-culture of multi-species human gut microbiome with microengineered intestinal villi in a human gut-on-a-chip microphysiological device. We recapitulate the intestinal lumen-capillary tissue interface in a microfluidic device, where physiological mechanical deformations and fluid shear flow are constantly applied to mimic peristalsis. In the lumen microchannel, human intestinal epithelial Caco-2 cells are cultured to form a &#39;germ-free&#39; villus epithelium and regenerate small intestinal villi. Pre-cultured microbial cells are inoculated into the lumen side to establish a host-microbe ecosystem. After microbial cells adhere to the apical surface of the villi, fluid flow and mechanical deformations are resumed to produce a steady-state microenvironment in which fresh culture medium is constantly supplied and unbound bacteria (as well as bacterial wastes) are continuously removed. After extended co-culture from days to weeks, multiple microcolonies are found to be randomly located between the villi, and both microbial and epithelial cells remain viable and functional for at least one week in culture. Our co-culture protocol can be adapted to provide a versatile platform for other host-microbiome ecosystems that can be found in various human organs, which may facilitate in vitro study of the role of human microbiome in orchestrating health and disease.

We describe an in vitro protocol to co-culture gut microbiome and intestinal villi for an extended period using a human gut-on-a-chip microphysiological system.

içinde Microengineered İnsan Bağırsak Villi Oturma mikrobiyomu Co-kültür, bir Gut-on-a-Chip mikroakışkan Aygıt

Here, we describe a protocol to perform long-term co-culture of multi-species human gut microbiome with microengineered intestinal villi in a human ...