Bu çalışmada, Bütünleştirici Biosystems Araştırma ve Eğitim (VIIBRE) Vanderbilt Enstitüsü tarafından Ulusal Bilim Vakfı, ve Searle Sistemleri Biyoloji ve Biyomühendislik Lisans Araştırma Deneyimi (Searle SyBBURE) # 0.649.883 hibe destek verdi.

I. mikroakışkan Aygıt Fabrikasyon <ol><li> Mikroakışkan bir aygıtı oluştururken ilk adım, bilgisayar destekli çizim (CAD) programı cihazın iki boyutlu bir düzen çekmektir. Biz AutoCAD kullanmış, ancak diğer çizim programları gibi CleWin olarak da kullanılabilir, ya da CorelDraw. </li><li> Bir sonraki adım, bir fotolitografik maske imal etmek. Cihaz boyutlarına bağlı olarak, çözünürlük ve bütçe gerekli, bu maskeleri fotoğraf filmi oluşturulan krom (yüksek çözünürlük, yüksek maliyet), fabrikasyon ya da yüksek çözünürlüklü bir yazıcı kullanarak bir tepegöz şeffaflık doğrudan baskılı olabilir. Burada, Cr Advance Reprodüksyonlar Corp, North Andover, MA tarafından üretilen maske kullanılmalıdır. </li><li> Bir sonraki adım, yükseltilmiş bir rahatlama kalıp oluşturmak için ışığa epoksi üzerine maske desen transfer etmektir. <ol><li> İlk olarak, negatif SU8 fotorezist bir katman istenilen kalınlıkta bir silikon yonga üzerine döndü ve aşırı solvent gaz haline pişmiş. Rezist formülasyonu ve dönüş hızları yatırılan tabakasının kalınlığını kontrol eder. </li><li> Sonra, desen, maske aracılığıyla UV ışık önceden belirlenmiş bir doz maruz kalmaktadır. Yazılan maruz fırında çapraz bağlantıları onları çözünmez hale fotorezist kaplama ışığa maruz kalan bölgeler. </li><li> Sonraki Pozlanmamış karşı geliştirme adım, olumlu bir kaldırdı kabartma yapısı, bir ana olarak adlandırılan bırakarak, kimyasal bir geliştirici ile kaldırılır. </li><li> Üçüncü bir pişirme adımı olarak adlandırılan sabit bir fırında adım daha yapılarını düzeltmek için isteğe bağlıdır. </li></ol></li><li> PDMS kalıplama <ol><li> Biz mikroakışkan cihazlar 1 çoğaltma kalıplama için silikon elastomer poli (dimetil siloksan) kullanın. İlk olarak, temel malzeme, böyle bir petri gibi sığ bir kap içinde kalıp üzerine dökülür kür ajan, bir 10:1 ağırlık oranı, karma ve görünür kabarcıklar gitmiş kadar vakum altında gazlar. </li><li> Sertleşmemiş PDMS ile usta 65 yaşında en az 4 saat sonra dikkatli bir şekilde tesviye fırın yerleştirilir ° C çapraz bağlama meydana polimer. </li><li> PDMS katılaşmış sonra, kalıp bölümü petri kesilir. Delik bitmiş cihaz mikroakışkan alanlarda erişmek için cihazın üst üzerinden yumrukladı. </li></ol></li><li> Cam ekli <ol><li> Temiz PDMS geri dönüşümsüz oksijen plazma maruz camını temizlemek için yapıştırılır. Birincisi, bir plazma temizleyici, kalıp ve delikli PDMS ve temiz bir cam slayt yapışma yüzeyine yerleştirilir. Biz PDC-32G harrick plazma temizleyici kullandı. </li><li> Odanın kapatıldıktan sonra, operatör, radyo frekansı veya rf kaynak daha sonra bir vakum pompası döner ve. Plazma odasında biraz mor bir ışık ile kendi kendini gösterdiği gibi, odasında tutuşturmak olacak. </li><li> 30 saniye boyunca plazma maruz kaldıktan sonra, rf kaynak ve ardından vakum pompası kapatılır. </li><li> Çabuk, cam slayt ve PDMS cihazı odasından çıkarılır ve doğrudan temas (aşağı kalıp PDMS yüzey yan) getirdi. Bu geri dönüşü olmayan bir bağ oluşturur ve yüzey özellikleri de hidrofilik yapacak. </li><li> İstenirse, farklı yüzey kimyaları adsorpsiyon veya kovalent bağlanma yüzeyi proteinlerin immobilizasyon ile PDMS ile elde edilebilir. </li><li> Cihaz sonra deiyonize su, büyüme ortamı, ya da kılcal kuvvetler veya bir şırınga ile hafif basınç kullanımı suni yeraltı suyu gibi sıvı ile dolu olabilir. </li></ol></li></ol> II. Gravimetrik Analiz mikroakışkan Aygıt Akış Niceleme <ol><li> Cihaz basınç tahrikli akış kalibre etmek için, mikro-yapılandırılmış akış hücreleri ilk DI su ile önceden yüklenmiş. </li><li> Gibi plastik bir şırınga ya da akış modülü gibi bir sıvı içeren rezervuar (Şekil 1&#39;de gösterildiği gibi) memba girişine bağlı olduğu ve rezervuar sıvı yüksekliği de downstream yüksekliği üzerinde tutulur. </li><li> Örnekler düzenli aralıklarla atık toplanan analitik bir denge tartılır. </li><li> Toplam hacmi toplam süre vs komplo eğrinin eğimi ortalama hacimsel akış oranı verir (Şekil 2). Biz geniş bir yelpazede baskı başkanları ve farklı basınç sistemleri korumak için tekrarlanabilir, doğrusal ortalama hızları bulduk. </li></ol> III. Akış Görselleştirme, Hız Haritalama ve Hidrofobik / Hidrofilik Etkileşim <ol><li> Model kalibrasyonu için, hem Karboksi YG ve Düz YG yüzeylerde 3 mikron floresan lateks boncuk Polysciences, Inc satın alındı ​​ve% 0.01 katı konsantrasyonu DI suyla seyreltilmiş. </li><li> Habitatların akan Boncuk Mightex M.Ö.-B013-U monokrom kamera ile donatılmış bir Zeiss Axiovert 25 floresan mikroskop görüntülenmiştir. </li><li> Bireysel çerçeveler peş peşe yakalanan ve ImageJ yazılım paketi (Şekil 3) ile filmlerin içerisine monte edildi. </li></ol> IV. Bakteriyel Büyüme ve Transport Modelleme mikroakışkan Cihazı (EcoChip) <ol><li> Vibrio sp. GFP Kan, patojen olmayan yeşil flüoresan protein ifade organizma yaklaşık 10 9 hücre / ml &#39;lik bir konsantrasyon Luria-Bertani ortamda 14 saat süreyle yetişmiştir. </li><li> Besi bakteriler EcoChip cihazların içine giriliyor ve cihaz, 19 saat gece flocs ve filmler kolonize ve kurmak için izin verildi. </li><li> Sonra büyüme medya kuyulardan çıkarıldı ve tüm yaşam alanlarını, bakterilerin farklı yoğunlukları farklı habitatları kalan olduğunu (Wang ve ark. 2 ASW tarifi için bakınız), yapay deniz suyu ile yıka. </li><li> Yavaş akış koşulları diğer 3 habitatlarda tutuldu Bir habitat, akış ile kapalı tutuldu. </li><li> Floresan bakteriyel büyüme ve beyaz ışık resimler birkaç gün (Şekil 4) bir süre için her 15-20 saat alınmıştır. </li></ol> V. Temsilcisi Sonuçlar Akış modülü birden fazla habitatlar akar düzenleyen ve dağıtılması için basit bir araç sağlar. Gravimetrik analiz, habitat ve giriş ve çıkışı kuyu arasındaki basınç farkları hidrolik direnç bağlıdır habitat yapıları yoluyla akış oranlarını belirlemek için kolay ve basit bir yolu olduğunu kanıtladı. Boncuk akış deneyleri için uncarboxylated boncuk (Şekil 2) için cihaz yüzeylerinde çok daha büyük boncuk birikimi gözlemledik. Ayrıca, büyük çaplı bir boncuk, 6 ve 10 mm, çok daha küçük gözenek açıklıkları sürüklenmemiş olmak ve cihazın birikmesine başlamak için muhtemeldir. Hızlı akış hızı, partikül tutma ve sürüklenmesini azalttı. Bakteri üremesine deneyleri sırasında, akış koşullarının etkisi açıkça bellidir. Sürekli kesme kuvvetleri birlikte toplam bakteri ve form flocs neden olmaz ve tek tek hücreler bulunabilir. Büyük bakteriyel flocs Ulaştırma, makroskopik bir sistemde çalışmak için son derece zor bir önemli çevresel süreçtir. <img src="/files/ftp_upload/1741/1741fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1&#39;de şematik olarak gösteren özellikleri ve akış modülü operasyon. <img src="/files/ftp_upload/1741/1741fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2 farklı sütun yükseklikleri için gravimetrik analizi ile belirlenen yapılandırılmış yaşam ile Debi. Kolon yüksekliği oranı: 60 / 40 = 1.5, belirlenen akış hızı oranı: 1.04 / 0.71 = 1.46. H = 40 mm sonuçlandı akış hızları V = 0.71 mcL / dak ve, H = 60 mm V = 1.04 μ L / dk. Tahmini ortalama doğrusal hızları sırasıyla 3.1 mm / s ve 4.6 mm / sn. <img src="/files/ftp_upload/1741/1741fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3 ve karboksilasyon yapılandırılmış habitatlar akan 3um lateks boncuk taşınması. <img src="/files/ftp_upload/1741/1741fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> Şekil 4, bakteriyel büyüme ve yavaş bir akış varlığı tohum yoğunluğunun bir fonksiyonu olarak biyofilm oluşumu değişim .

<ol>
	<li>Whitesides, G., Ostuni, E., Takayama, S., Jiang, X., Ingber, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Soft+lithography+in+biology+and+biochemistry.">Soft lithography in biology and biochemistry.</a> Annual Review of Biomedical Engineering. 3, 335-373 (2001).</li><li>Wang, W., Shor, L. M., LeBoeuf, E. J., Wikswo, J. P., Kosson, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobility+of+protozoa+through+narrow+channels.">Mobility of protozoa through narrow channels.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71, 4628-4637 (2005).</li></ol>

EcoChip sistemi bireyin deney ihtiyaçlarına göre uyarlanabilir. Yeni ustaların görece kolay bir şekilde hazırlandı ve bir ana fabrikasyon bir kez gerektiği gibi tam olarak çoğaltılmış ek cihazlar dökülebilir. Akış modülü, kullanımı kolay, hiçbir özel ekipman veya karmaşık bağlantıları gerektirir ve basit bir düşme kafa basınç tahrikli akış sistemi örnek alınabilir. Bu iş için ek uzantıları devam etmektedir ve hümik asit kaplı kanallar oluşturma ve sistematik akan sıvı sulu k...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PDMS</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Dow Corning</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SU8-2025</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>MicroChem Corp.</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fluorescent Beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Polysciences, Inc.</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

window on a microworld: simple microfluidic systems for studying microbial transport in porous media

Gözenekli ortam Mikrobiyal büyüme ve ulaşım, yeraltı ve yüzey suyu, geri dönüşüm, çevre besin yanı sıra doğrudan içme suyu temini patojenlerin iletim kalitesi için önemli etkileri var. Doğal gözenekli ortam karmaşık bir fiziksel topolojisi, çeşitli yüzey kimyaları, besin ve elektron alıcıları dinamik gradyanlar ve mikropların bir yamalı dağılımı oluşur. Bu özellikler, mikron uzunluk ölçeği üzerinde yorumlamak zor mikrobiyal taşıma makro ölçekli araştırmaların sonuçları önemli ölçüde değişiklik gösterir ve mekanistik modelleri doğrulama zorlu. Burada basit mikroakışkan cihazları, mikro-yapılandırılmış habitatlar mikrobiyal etkileşimler görselleştirmek için gözlenen olayların etkileyen temel süreçleri tanımlamak için, sistematik öngörü modelleri doğrulamak için nasıl kullanılabileceğini göstermektedir. Basit, kullanımı kolay akış hücreleri şeffaf, biyouyumlu ve oksijen geçirgen malzeme poli (dimetil siloksan) inşa edildi. Fotolitografi, standart yöntemler, mikro-yapılandırılmış ustaları yapmak için kullanılan ve çoğaltma kalıp ustaları mikro-yapılandırılmış akış hücreleri atmak için kullanılır. Akış hücresi odasının fiziksel tasarım deneysel gereksinimlerine uyarlanabilir: basit doğrusal bağlantılar karmaşık mikro değişebilir 2 mm gibi küçük bir özelliği boyutları ile topolojileri. Modüler EcoChip akış hücresi dizi odaklı bir ağırlık akış modülü ile aynı odaları ve akış kontrolü onlarca sahiptir. Biz yüzey kimyası, akışkan özellikleri veya mikrobiyal nüfusun özelliklerine etkisi incelenmiştir EcoChip cihazların kullanımı yoluyla, fiziksel yapıları ve basınç kafaları sabit tutulur ya da sistematik farklılık olabilir göstermektedir. Patojen olmayan kullanarak taşıma deneyler sayesinde, yeşil floresan protein eksprese<em&gt; Vibrio</em&gt; Bakteri suşunun, habitat yapısı, akış koşulları ve temel taşınım olayları inoculums boyutu önemini göstermek ve gerçek zamanlı parçacık ölçekli gözlemleri ile Mikroakiskan gizli bir dünyanın zorlayıcı bir görünüm ortaya koymaktadır.

Watch this Scientific Journal Video about Window on a Microworld: Simple Microfluidic Systems for Studying Microbial Transport in Porous Media at JoVE.com

Window on a Microworld: Simple Microfluidic Systems for Studying Microbial Transport in Porous Media

Mikroakışkan cihazlar gerçek zamanlı olarak ve uygun fiziksel ölçeklerde karmaşık doğal süreçler görselleştirmek için kullanılabilir. Biz yeraltı bakteri büyüme ve taşımacılık eğitimi için doğal gözenekli ortamın temel özellikleri taklit basit bir mikroakışkan cihaz geliştirdik.

Gözenekli Ortam Mikrobiyal Ulaştırma incelenmesi için basit mikroakışkan Sistemleri: Mikrodünya Pencere

Microbial growth and transport in porous media have important implications for the quality of groundwater and surface water, the recycling of nutrients in ...

window-on-microworld-simple-microfluidic-systems-for-studying

Research

JoVE Journal

Biology

10.7K Görüntüleme.  Vanderbilt University. Mikroakışkan cihazlar gerçek zamanlı olarak ve uygun fiziksel ölçeklerde karmaşık doğal süreçler görselleştirmek için kullanılabilir. Biz yeraltı bakteri büyüme ve taşımacılık eğitimi için doğal gözenekli ortamın temel özellikleri taklit basit bir mikroakışkan cihaz geliştirdik.

Video: Window on a Microworld: Simple Microfluidic Systems for Studying Microbial Transport in Porous Media

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior. This microfluidic platform consists of a top fluidic channel and a bottom microgrooved substrate. To fabricate the microgrooved channels, a top poly(dimethylsiloxane) (PDMS) mold containing the impression of the microfluidic channels was aligned and bonded to a microgrooved substrate. Using this device, mouse fibroblast cells were immobilized and patterned within microgrooved substrates (25, 50, 75, and 100 &mu;m wide). To study apoptosis in a microfluidic device, media containing hydrogen peroxide, Annexin V, and propidium iodide was perfused into the fluidic channel for 2 hours. We found that cells exposed to the oxidative stress became apoptotic. These apoptotic cells were confirmed by Annexin V that bound to phosphatidylserine at the outer leaflet of the plasma membrane during the apoptosis process. Using this microfluidic device with microgrooved patterns, the apoptosis process was observed in real-time and analyzed by using an inverted microscope containing an incubation chamber (37&deg;C, 5% CO2). Therefore, this microfluidic device incorporated with microgrooved substrates could be useful for studying the cellular behavior and performing high-throughput drug screening.

We describe a protocol for the fabrication of microfluidic devices that can enable cell capture and culture. In this approach patterned microstructures such as grooves within microfluidic channels are used to create low shear stress regions within which cell can dock.

Hücresel Davranış incelenmesi için Groove Desenler mikroakışkan Aygıt

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Biyoloji

Using Micro-Electro-Mechanical Systems (MEMS) to Develop Diagnostic Tools

Using Micro-Electro-Mechanical Systems MEMS to Develop Diagnostic Tools

Teşhis Araçları Geliştirmek İçin Mikro-Elektro-Mekanik Sistemler (MEMS)

CD4+ T-Lymphocyte Capture Using a Disposable Microfluidic Chip for HIV

CD4 + T-Lenfosit Yakalama HIV için Disposable mikroakışkan Chip

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a tremendous amount of data available comes an explosion of genotyping methods. Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. It also has the ability to identify tri-allelic, indels, short-repeat polymorphisms, along with determining allele percentages for methylation or pooled sample assessment. In addition, there is a standardized control sequence that provides internal quality control. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.


Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.

Pyrosequencing: Doğru Genotiplendirme için Basit Bir Yöntem

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span on Solid Media

Aging is a degenerative process characterized by a progressive deterioration of cellular components and organelles resulting in mortality. The nematode Caenorhabditis elegans has emerged as a principal model used to study the biology of aging. Because virtually every biological subsystem undergoes functional decline with increasing age, life span is the primary endpoint of interest when considering total rate of aging. In nematodes, life span is typically defined as the number of days an animal remains responsive to external stimuli. Nematodes can be propagated either in liquid media or on solid media in plates, and techniques have been developed for measuring life span under both conditions. Here we present a generalized protocol for measuring life span of nematodes maintained on solid nematode growth media and fed a diet of UV-killed bacteria. These procedures can easily be adapted to assay life span under various common conditions, including a diet consisting of live bacteria, dietary restriction, and RNA interference.

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span on Solid Media

In this article we present a general protocol for measuring life span of nematodes maintained on solid media with UV-killed bacterial food.

Ölçme Caenorhabditis elegans Katı Medya Ömrü

Aging is a degenerative process characterized by a progressive deterioration of cellular components and organelles resulting in mortality. The nematode ...

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground using a cryolysis procedure in a ball mill grinder and the resulting grindate brought into solution by urea solubilization. This procedure allows for the lysis of the cells in a metabolically inactive state, preserving phosphorylation and preventing reorientation of the phosphoproteome during cell lysis.  Following reduction, alkylation, trypsin digestion of the proteins, the samples are desalted on C18 columns and the sample complexity reduced by fractionation using hydrophilic interaction chromatography (HILIC). HILIC columns preferentially retain hydrophilic molecules which is well suited for phosphoproteomics.  Phosphorylated peptides tend to elute later in the chromatographic profile than the non phosphorylated counterparts. After fractionation, phosphopeptides are enriched using immobilized metal chromatography, which relies on charge-based affinities for phosphopeptide enrichment. At the end of this procedure the samples are ready to be quantitatively analyzed by mass spectrometry.

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Description of a quantitative phosphorylation procedure using cryolysis, urea solubilziation, HILIC fractionation and IMAC enrichment of phosphorylated peptides.

Yağ Asidi Kantitatif Phosphoproteomics Uyarılmış Saccharomyces cerevisiae</em

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground ...

A Microfluidic Device for Quantifying Bacterial Chemotaxis in Stable Concentration Gradients

Chemotaxis allows bacteria to approach sources of attractant chemicals or to avoid sources of repellent chemicals. Bacteria constantly monitor the concentration of specific chemoeffectors by comparing the current concentration to the concentration detected a few seconds earlier. This comparison determines the net direction of movement. Although multiple, competing gradients often coexist in nature, conventional approaches for investigating bacterial chemotaxis are suboptimal for quantifying migration in response to concentration gradients of attractants and repellents. Here, we describe the development of a microfluidic chemotaxis model for presenting precise and stable concentration gradients of chemoeffectors to bacteria and quantitatively investigating their response to the applied gradient. The device is versatile in that concentration gradients of any desired absolute concentration and gradient strength can be easily generated by diffusive mixing. The device is demonstrated using the response of Escherichia coli RP437 to gradients of amino acids and nickel ions.

This protocol describes the development of a microfluidic device for investigating bacterial chemotaxis in stable concentration gradients of chemoeffectors.

Kararlı Konsantrasyon Degradeler Bakteriyel Kemotaksis miktarının mikroakışkan Aygıt

Chemotaxis allows bacteria to approach sources of attractant chemicals or to avoid sources of repellent chemicals. Bacteria constantly monitor the ...

Performing Vaginal Lavage, Crystal Violet Staining, and Vaginal Cytological Evaluation for Mouse Estrous Cycle Staging Identification

A rapid means of assessing reproductive status in rodents is useful not only in the study of reproductive dysfunction but is also required for the production of new mouse models of disease and investigations into the hormonal regulation of tissue degeneration (or regeneration) following pathological challenge. The murine reproductive (or estrous) cycle is divided into 4 stages: proestrus, estrus, metestrus, and diestrus. Defined fluctuations in circulating levels of the ovarian steroids 17-&beta;-estradiol and progesterone, the gonadotropins luteinizing and follicle stimulating hormones, and the luteotropic hormone prolactin signal transition through these reproductive stages. Changes in cell typology within the murine vaginal canal reflect these underlying endocrine events. Daily assessment of the relative ratio of nucleated epithelial cells, cornified squamous epithelial cells, and leukocytes present in vaginal smears can be used to identify murine estrous stages. The degree of invasiveness, however, employed in collecting these samples can alter reproductive status and elicit an inflammatory response that can confound cytological assessment of smears. Here, we describe a simple, non-invasive protocol that can be used to determine the stage of the estrous cycle of a female mouse without altering her reproductive cycle. We detail how to differentiate between the four stages of the estrous cycle by collection and analysis of predominant cell typology in vaginal smears and we show how these changes can be interpreted with respect to endocrine status.

Here, we describe how to identify the stage of the murine reproductive (proestrus, estrus, metestrus, or diestrus) by simple, non-invasive collection and cytological assessment of vaginal smear samples. We further describe how vaginal cytology reflects circulating hormonal levels underlying transition through the murine reproductive cycle.

Fare Östrus Döngüsü Evreleme Tanımlaması Vajinal Lavaj, Kristal Violet Boyama ve Vajinal Sitolojik Değerlendirilmesi Sahne

A rapid means of assessing reproductive status in rodents is useful not only in the study of reproductive dysfunction but is also required for the ...

The Use of Chemostats in Microbial Systems Biology

Cells regulate their rate of growth in response to signals from the external world. As the cell grows, diverse cellular processes must be coordinated including macromolecular synthesis, metabolism and ultimately, commitment to the cell division cycle. The chemostat, a method of experimentally controlling cell growth rate, provides a powerful means of systematically studying how growth rate impacts cellular processes - including gene expression and metabolism - and the regulatory networks that control the rate of cell growth. When maintained for hundreds of generations chemostats can be used to study adaptive evolution of microbes in environmental conditions that limit cell growth. We describe the principle of chemostat cultures, demonstrate their operation and provide examples of their various applications. Following a period of disuse after their introduction in the middle of the twentieth century, the convergence of genome-scale methodologies with a renewed interest in the regulation of cell growth and the molecular basis of adaptive evolution is stimulating a renaissance in the use of chemostats in biological research.

Cell growth rate is a regulated process and a primary determinant of cell physiology. Continuous culturing using chemostats enables extrinsic control of cell growth rate by nutrient limitation facilitating the study of molecular networks that control cell growth and how those networks evolve to optimize cell growth.

Mikrobiyal Systems Biyoloji Chemostats Kullanımı

Cells regulate their rate of growth in response to signals from the external world. As the cell grows, diverse cellular processes must be coordinated ...

Pyrosequencing for Microbial Identification and Characterization

Pyrosequencing is a versatile technique that facilitates microbial genome sequencing that can be used to identify bacterial species, discriminate bacterial strains and detect genetic mutations that confer resistance to anti-microbial agents. The advantages of pyrosequencing for microbiology applications include rapid and reliable high-throughput screening and accurate identification of microbes and microbial genome mutations. Pyrosequencing involves sequencing of DNA by synthesizing the complementary strand a single base at a time, while determining the specific nucleotide being incorporated during the synthesis reaction. The reaction occurs on immobilized single stranded template DNA where the four deoxyribonucleotides (dNTP) are added sequentially and the unincorporated dNTPs are enzymatically degraded before addition of the next dNTP to the synthesis reaction. Detection of the specific base incorporated into the template is monitored by generation of chemiluminescent signals. The order of dNTPs that produce the chemiluminescent signals determines the DNA sequence of the template. The real-time sequencing capability of pyrosequencing technology enables rapid microbial identification in a single assay. In addition, the pyrosequencing instrument, can analyze the full genetic diversity of anti-microbial drug resistance, including typing of SNPs, point mutations, insertions, and deletions, as well as quantification of multiple gene copies that may occur in some anti-microbial resistance patterns.

Pyrosequencing is a versatile technique that facilitates microbial genome sequencing that can be used to identify bacterial species, discriminate bacterial strains, and detect genetic mutations that confer resistance to anti-microbial agents. In this video, the procedure for microbial amplicon generation, amplicon pyrosequencing, and DNA sequence analysis will be demonstrated.