Biz araştırma Federasyon FRABio ve TisBio görüntüleme platformu için borçlu bulunmaktadır (Univ. Lille, CNRS, FR 3688, FRABio, BiochimieStructurale et Fonctionnelle des buluntu Biomoléculaires) bu ulaşmak için elverişli teknik ortamı sağlamak için iş.

Not: Sıvı ve katı ½ MS medya ek tablo 1' de açıklandığı gibi önceden hazırlanmış olması gerekir.
1. bitki kültürü
<ol><li>
2 aylık Keten bitki kültürü
	<ol>
<li>Plastik tencere Çömlekçilik kompost kullanarak keten (Linum usitatissimum L.) tohumları ekmek.</li>
		<li>Büyümek büyüme odalarında bir photoperiod 16 h/8 h ile 22 ° C'de keten/gündüz.</li>
		<li>1 ay sonra dikey destek bitkilerle donatmak ve 2 aylık onlar kadar büyür.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Kültür 2 haftalık keten fidan
	<ol>
<li>12 keten tohumu bir parça peynir bez sarın ve bir paket yapmak için bir lastik bant ile düzeltmek. Not: sonraki adımlar laminar akış duman başlık altında steril koşullarda yerine getirir.</li>
		<li>Tohum paket bir daha önce autoclaved 250 mL cam şişe yerleştirin.</li>
		<li>% 70 70 mL ekleyin alkol şişe ve yavaşça 1 dakika karıştırın.</li>
		<li>Dikkatli bir şekilde şişeye paket bırakarak decantation tarafından alkol çıkarın.</li>
		<li>100 mL % 2 sodyum hipoklorit ekleyin ve 10 dakika hafifçe karıştırın.</li>
		<li>Sodyum hipoklorit çözüm şişede paket bırakarak decantation çıkarın.</li>
		<li>Adımları 1.2.5-1.2.6 tekrarlayın.</li>
		<li>100 mL steril ultrasaf su ekleyin ve 1 dakika karıştırın.</li>
		<li>1.2.8 3 kez, her durulama (5, 10 ve 15 dk) durulama süre artan adımları yineleyin.</li>
		<li>Katı ½ MS orta sıcak, bir steril bitki kültür kutuda 2 cm yüksekliğinde dök ve katılaşma kadar aşağı soğumaya bırakın.</li>
		<li>Kibar bir şekilde her tohum steril forseps kullanarak katı medyada yer.</li>
		<li>Steril kutusunu kapatın.</li>
		<li>Kutuyu bir büyüme odası ile bir photoperiod 16 h/8 h 22 ° C'de transfer gündüz/gece ve 2 hafta boyunca keten fidan büyümeye.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. metabolik kimyasal gazetecilere birleşmesiyle
Not: Üç modeller aşağıda sunulmuştur: i) metabolik etiketleme kök kesit, II) bütün kaynaklanıyor ve III) bitki fidesi. Her iletişim kuralı için bir biyolojik REPLICATE sunulur ve miktarları gerekli biyolojik çoğaltır sayıya adapte edilebilir. Monolignol çözümler deneme önce Tablo 2 ' de açıklandığı gibi yapılır stok çözümlerinden hazırlanır. Hisse senedi çözümleri-20 ° C'de birkaç ay saklanabilir HAZ: GALK veya H:G oranlarını tüm özel yapım deneysel tasarımlar uyacak şekilde ayarlanabilir.
<ol><li>2 aylık keten kök kesit içine kimyasal muhabir birleşme
	<ol>
<li>GALK 10 µM ve HAZ 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren bir 300 µL kimyasal muhabir çözüm hazırlamak.</li>
		<li>Girdap HAZ/GALK çözüm ve bir micropipette 48-şey plakalı bir kuyu aktarmak.</li>
		<li>10 µM g ve H 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren 300 µL negatif kontrol çözümü hazırlayın.</li>
		<li>Girdap H/G çözüm ve aynı 48-şey plaka ikinci bir kuyu için transfer.</li>
		<li>Yeni jilet kullanarak toprak seviyesinden 10 cm 2 aylık Keten bitki kök kesmek.</li>
		<li>İnce 50 serbest enine kesit jilet (yaklaşık 150-250 µm kalınlığında) kullanarak kök hazırlamak.</li>
		<li>Hemen izle cam sıvı steril ½ MS orta kesit yerleştirin.</li>
		<li>Kontrol edin ve bozulmamış tüm kesit seçin ve rasgele 10 tanesi de HAZile dolu, dağıtmak /GALK çözüm.</li>
		<li>Adımı yineleyin 2.1.8 de dolu için h/G çözüm (olarak negatif kontrol).</li>
		<li>Bir de (floresan temel confocal mikroskobu görüntülerin sonraki veri işleme sırasında ayarlamak için arka plan denetimi) olarak ½ MS orta 300 µL ile dolu üçüncü için 2.1.8 arasındaki adımları yineleyin.</li>
		<li>Sürekli bir büyüme odası 20 h için 20 ° C'de ışıkta plaka kuluçkaya.</li>
		<li>Her iyi bir micropipette ile monolignol çözüm kaldırın.</li>
		<li>Her şey için 500 µL ½ MS orta ekleyin, 10 dakikadır hafifçe karıştırın ve bu çözüm bir micropipette ile durulama kaldırın. 4 kez tekrarlayın ve hemen etiketleme BLISS (Bölüm 3) devam edin.</li>
	</ol></li>
	<li>2 aylık keten bütün kaynaklanıyor içine kimyasal muhabir birleşme
	<ol>
<li>GALK 10 µM ve HAZ 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren bir 5 mL kimyasal muhabir çözüm hazırlamak.</li>
		<li>Girdap HAZ/GALK çözüm ve transfer için bir 20 cm yüksek cam test tüp bir pipet ile.</li>
		<li>10 µM g ve H 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren 5 mL negatif kontrol çözümü hazırlayın.</li>
		<li>Girdap H/G çözüm ve transfer için bir 20 cm yüksek cam test tüp.</li>
		<li>(Floresan temel confocal mikroskobu görüntülerin sonraki veri işleme sırasında ayarlamak için arka plan denetimi) olarak ½ MS orta 5 mL içeren üçüncü bir cam test tüpü hazırlayın.</li>
		<li>Yeni jilet kullanarak toprak seviyesinden 10 cm 2 aylık Keten bitki kök kesmek. Kök sistemi ve kök alt kısmı atın ve bitki kök üst kısmındaki sonraki adıma geçin.</li>
		<li>HAZiçeren tüp içinde bütün kesilmiş kök Bankası sokmak /GALK çözüm. Kök kuluçka çözüm kurumasını önlemek için hemen kök sistemi kaldırıldıktan sonra yerleştirin. Not: küçük/büyük bitkiler ve/veya diğer türler için yöntem uygulanırsa, monolignol çözümleri hacmi büyüklüğüne göre ayarlanması gerekir / yaş bitki ve onun kök çapı.</li>
		<li>Kök düz tutmak için dikey bir destek ekleyin.</li>
		<li>Cam tüp çözüm buharlaşma önlemek için parafilm ile kapatın.</li>
		<li>Hile negatif kontrol örneği için adımları 2.2.6-2.2.9 tekrar /G çözüm.</li>
		<li>Adımları 2.2.6-2.2.9 ½ MS orta içeren floresan arka plan denetimi örneğini için yineleyin.</li>
		<li>Her kök sürekli ışık neon ışık kullanarak 20 h için kuluçkaya.</li>
		<li>Metabolik şirketleşme 20 h sonra HAZinkübe kök kaldırmak /GALK çözüm ve ½ MS orta ile durulayın.</li>
		<li>Kesip alt jilet kullanarak kök 1 cm atmak ve 1 cm yüksek silindir kalan kök tabanından hazır olun.</li>
		<li>Dikkatle 20 serbest enine kesit (yaklaşık 150-250 µm kalınlığında) üzerinden bu silindir hazırlamak ve hemen izle ½ MS orta ile dolu bir bardak koyun.</li>
		<li>½ MS orta 500 µL 48-şey plaka bir kuyuda koymak.</li>
		<li>Kontrol edin ve bozulmamış tüm kesit seçin ve rasgele 10 tanesi ½ MS çözümü ile dolu iyi dağıtmak.</li>
		<li>2.2.13-2.2.17 H/G çözüm ile inkübe negatif kontrol kök için adımları yineleyin.</li>
		<li>Adımları 2.2.13-2.2.17 floresan arka plan denetimi kök için ½ MS orta ile inkübe yineleyin.</li>
		<li>Dikkatli bir şekilde çözüm her iyi bir micropipette ile çıkarın.</li>
		<li>Her şey için 500 µL ½ MS orta ekleyin, 10 dakikadır hafifçe karıştırın ve bu çözüm bir micropipette ile durulama kaldırın. 4 kez tekrarlayın ve hemen etiketleme BLISS (Bölüm 3) devam edin.</li>
	</ol></li>
	<li>2 haftalık keten fidan içine kimyasal muhabir birleşme Not: Aşağıdaki adımları tüm steril koşullar altında yapılmaktadır.<ol>
<li>GALK 10 µM ve HAZ 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren bir 2 mL kimyasal muhabir çözüm hazırlamak.</li>
		<li>Girdap HAZ/GALK çözüm ve transfer için bir 20 cm yüksekliğindeki cam test tüp bir pipet ile.</li>
		<li>10 µM g ve H 10 µM sıvı steril ½ MS orta içeren 2 mL negatif kontrol çözümü hazırlayın.</li>
		<li>Girdap H/G çözüm ve transfer için bir 20 cm yüksekliğindeki cam test tüp.</li>
		<li>(Floresan temel confocal mikroskobu görüntülerin sonraki veri işleme sırasında ayarlamak için arka plan denetimi) olarak ½ MS orta 2 mL içeren üçüncü bir 20 cm yüksek cam test tüpü hazırlayın.</li>
		<li>İnce uzun bir çift cımbız kullanarak katı ½ MS ortamından bir 2 haftalık keten fide kaldırmak (Bölüm 1.2. yukarıda).</li>
		<li>Yavaşça fide HAZiçeren tüp transferi /GALK çözüm, kökleri çözümde daldırılır sağlanması.</li>
		<li>Cam tüp buharlaşma önlemek için plastik bir kap ile kapatın.</li>
		<li>H ile negatif kontrol tüp için adımları 2.3.6-2.3.8 tekrar / G çözüm.</li>
		<li>Adımları 2.3.6-2.3.8 ½ MS orta içeren floresan arka plan denetimi tüp için yineleyin.</li>
		<li>Sürekli ışık 20 ° C'de 20 h için büyüme odasında her fide kuluçkaya</li>
		<li>İnce HAZinkübe fide kaldırmak /GALK çözüm ve ½ MS orta ile durulayın.</li>
		<li>İnce 20 serbest kesit (kalın approximatively 150-250 µm) hypocotyl, hazır olun.</li>
		<li>½ MS orta 500 µL 48-şey plaka bir kuyuda koymak.</li>
		<li>Kontrol edin ve bozulmamış tüm kesit seçin ve rasgele 10 tanesi ½ MS çözümü ile dolu iyi dağıtmak.</li>
		<li>2.3.12-2.3.15 H/G çözüm ile inkübe negatif kontrol fide için adımları yineleyin.</li>
		<li>Adımları 2.3.12-2.3.15 floresan arka plan denetimi fide için ½ MS orta ile inkübe yineleyin.</li>
		<li>Dikkatli bir şekilde çözüm her iyi bir micropipette ile çıkarın.</li>
		<li>Her şey için 500 µL ½ MS orta ekleyin, 10 dakikadır hafifçe karıştırın ve bu çözüm bir micropipette ile durulama kaldırın. 4 kez tekrarlayın ve hemen etiketleme BLISS (Bölüm 3) devam edin.</li>
	</ol></li>
</ol>3. çift floresan bitki kesit örnekleri SPAAC ve CuAAC tarafından etiketlerine göre
Not: Protokolü etiketleme BLISS tüm 3 deneysel modeller (Bölüm 2) için aynıdır.
<ol><li>
Zorlanma terfi azid ALKİN Cycloaddition (SPAAC) etiketleme
	<ol>
<li>1 mL DBCO-PEG4-5 5 mikron içeren bir SPAAC çözeltisi hazırlamak/6-carboxyrhodamine 110 sıvı steril ½ MS orta. Girdap çözüm ve karanlıkta tut.</li>
		<li>Son yıkama sonrası adımları [2.1.13, 2.2.21 veya 2.3.19 bağlı olarak seçilen deneysel tasarım], metabolik kuruluş protokolünün ½ MS orta kaldırın ve SPAAC çözüm iyi bir micropipette ile başına 300 µL ekleyin.</li>
		<li>Işık 48-şey plaka kaplama alüminyum folyo ile veya bir kutuya yerleştirerek kalkan.</li>
		<li>Hafifçe plaka üzerinde karanlık ortam sıcaklığında 1 h için mekanik bir shaker karıştırın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Bakır katalize azid ALKİN Cycloaddition (CuAAC) etiketleme
	<ol>
<li>Her şey 4 kez adım 2.1.13 açıklandığı gibi karanlıkta plaka tutarken yıkayın.</li>
		<li>1 mL 2.5 mM sodyum askorbat, 0,5 mM CuSO4 ve 5-TAMRA-PEG35 mikron içeren bir CuAAC çözeltisi hazırlamak-azid sıvı steril ½ MS orta. Girdap çözüm ve karanlıkta tut. Not: Bu CuAAC çözüm kullanmadan önce taze hazırlanmalıdır ve birkaç gün 4 ° C'de depolanan</li>
		<li>½ MS orta her kuyuya kaldırın ve doğrudan 300 µL iyi bir micropipette kullanarak başına CuAAC çözüm ekleyin.</li>
		<li>Hafifçe plaka üzerinde karanlık ortam sıcaklığında 1 h için mekanik bir shaker karıştırın.</li>
		<li>Bir micropipette kullanarak CuAAC çözüm kaldırın.</li>
		<li>Bir micropipette kullanarak, ½ MS 500 µL ekleyin, 10 min için karanlık ilave edin sonra bu yıkama çözüm kaldırın. İki kez tekrarlayın.</li>
		<li>7:3 MeOH/su solüsyonu 500 µL ekleyin, 1 h için karanlık ilave edin sonra çözüm kaldırma Dikkat: Metanol ciltle temas veya inhalasyon tarafından toksik ve bir insan kanserojen atanır. Onun kullanımı kimyasal duman davlumbaz ve eldiven gerektirir.</li>
		<li>½ MS 500 µL ekleyin, 10 min için karanlık ilave edin sonra çözümü kaldırın. 4 kere tekrar edin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. mikroskop örnekleri montajı slaytlar
<ol><li>Montaj orta cam mikroskop Slayttaki yer 5 bırakır.</li>
	<li>Dikkatle her HAZdepozito /GALKtagged kesiti slayt üzerinde.</li>
	<li>Tırnak cilası slaydın iki karşı taraflarda uygulanır.</li>
	<li>Bir coverslip slaytla kapsar. Hava kabarcıklarını önlemek dikkatli olun.</li>
	<li>Aşırı montaj orta bir kağıt havlu kullanarak kaldırın.</li>
	<li>Tırnak cilası her 4 tarafında örnekle kapatın. Oda sıcaklığında (yaklaşık 30 dakika) kuru vernik çivi ver.</li>
	<li>4.1-4,6 negatif kontrol H/G kesit için yineleyin.</li>
	<li>4.1-4,6 floresan arka plan denetimi kesit için yineleyin.</li>
	<li>4 ° C'de slaytları gözlem confocal mikroskop altında kadar karanlıkta depolama. Not: Hazırlanan slaytlar hazırlık kalitesine bağlı olarak birkaç ay birkaç hafta saklanır. Yeni bir gözlem depolama sonra yapılacak ise, örnekleri kurumuş olduğunu değil emin olun.</li>
</ol>5. resim alma tarafından Confocal Floresans mikroskobu
<ol><li>Üreticinin yönergelerine göre doğru düzende confocal mikroskobu sisteminin tüm gerekli birimler açın.</li>
	<li>Maksimal sayısal diyafram ile istediğiniz hedefi seçin ve uyarma ve emisyon dalga boylarında uyarlanmış (örneğin, obj 60 x, N.A. 1.2. Autofluorescence kanal: λex 405 nm, λem 450 nm /25; SPAAC HAZ kanal: λex 488 nm, λem 525 nm /25; CuAAC GALK kanal: λex 561 nm, λem 595 nm /25; Sıralı modu).</li>
	<li>Yazılım (12 veya 16 gerekli, bit piksel boyutunu Nyquist kriteri için uyarlanmış) Albümdeki nesil için istenen parametrelerini seçin.</li>
	<li>HAZ/GALK slayt mikroskop sahnesinde yerini ve objektif mercek altında örnek konumlandırın.</li>
	<li>Gözlemlemek ve bitki dokusunun istediğiniz bölgesini bulun.</li>
	<li>
Yüksek kaliteli iki kat etiketli HAZ/G confocal görüntülerini eldeALK örnek.
	<ol>
<li>En floresan uçağa z ekseni seçin.</li>
		<li>Kazanç, ayarlamak en iyi sinyal dağıtım her kanal (autofluorescence, HAZ ve GALK) için tüm gri düzeyi aralığı boyunca elde etmek için uzaklık ve lazer güç. Aynı parametreleri aşağıdaki satın almalar için uygulanması gerekir.</li>
		<li>Seçili resmin edinimi başlatın ve dosyayı kaydedin. Örnek ilgili her alanı için yineleyin. Not: 3D Z-yığın rekonstrüksiyonlar Ayrıca gerekirse elde edilebilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aynı ayarları kullanarak, yalnızca autofluorescence düzeyi (2 bölümde açıklandığı gibi floresan arka plan denetimi) belirlemek için ½ MS inkübe etiketsiz örnek görüntüleri elde etmek.</li>
	<li>Aynı ayarları kullanarak, yerel monolignols belirsiz fluorophore yapışma örnek belirlemek için H/G ile inkübe negatif kontrol örnekleri için görüntüleri elde etmek.</li>
	<li>Veri tedavi çıkarma arka plan autofluorescence sinyalleri H/G negatif kontrol görüntüleri ve HAZ/GALK görüntüleri elde edilen görüntülere uygulanır.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Grammel, M., Hang, H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+reporters+for+biological+discovery.">Chemical reporters for biological discovery.</a> Nat Chem Biol. 9 (8), 475-484 (2013).</li><li>Prescher, J. A., Bertozzi, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemistry+in+living+systems.">Chemistry in living systems.</a> Nat Chem Biol. 1 (1), 13-21 (2005).</li><li>Sletten, E. M., Bertozzi, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioorthogonal+chemistry:+fishing+for+selectivity+in+a+sea+of+functionality.">Bioorthogonal chemistry: fishing for selectivity in a sea of functionality.</a> Ange Chemie (Int Ed. Engl). 48 (38), 6974-6998 (2009).</li><li>Chang, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+labeling+of+sialic+acids+in+living+animals+with+alkynyl+sugars.">Metabolic labeling of sialic acids in living animals with alkynyl sugars.</a> Ange Chemie (Int Ed. Engl). 48 (22), 4030-4033 (2009).</li><li>Gilormini, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+sequential+bioorthogonal+dual+strategy:+ManNAl+and+SiaNAl+as+distinct+tools+to+unravel+sialic+acid+metabolic+pathways.">A sequential bioorthogonal dual strategy: ManNAl and SiaNAl as distinct tools to unravel sialic acid metabolic pathways.</a> Chem. Commun. 52 (11), 2318-2321 (2016).</li><li>Mbua, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abnormal+accumulation+and+recycling+of+glycoproteins+visualized+in+Niemann-Pick+type+C+cells+using+the+chemical+reporter+strategy.">Abnormal accumulation and recycling of glycoproteins visualized in Niemann-Pick type C cells using the chemical reporter strategy.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (25), 10207-10212 (2013).</li><li>Anderson, C. T., Wallace, I. S., Somerville, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+click-labeling+with+a+fucose+analog+reveals+pectin+delivery,+architecture,+and+dynamics+in+Arabidopsis+cell+walls.">Metabolic click-labeling with a fucose analog reveals pectin delivery, architecture, and dynamics in Arabidopsis cell walls.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (4), 1329-1334 (2012).</li><li>Tobimatsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+click+chemistry+strategy+for+visualization+of+plant+cell+wall+lignification.">A click chemistry strategy for visualization of plant cell wall lignification.</a> Chem. Commun. 50 (82), 12262-12265 (2014).</li><li>Bukowski, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+clickable+designer+monolignol+for+interrogation+of+lignification+in+plant+cell+walls.">Development of a clickable designer monolignol for interrogation of lignification in plant cell walls.</a> Bioconjugate Chem. 25 (12), 2189-2196 (2014).</li><li>Pandey, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+versatile+click-compatible+monolignol+probe+to+study+lignin+deposition+in+plant+cell+walls.">A versatile click-compatible monolignol probe to study lignin deposition in plant cell walls.</a> PLOS ONE. 10 (4), e0121334 (2015).</li><li>Pandey, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigating+biochemical+and+developmental+dependencies+of+lignification+with+a+click-compatible+monolignol+analog+in+Arabidopsis+thaliana+stems.">Investigating biochemical and developmental dependencies of lignification with a click-compatible monolignol analog in Arabidopsis thaliana stems.</a> Front Plant Sci. 7, (2016).</li><li>Zhu, Y., Wu, J., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+labeling+and+imaging+of+N-linked+glycans+in+Arabidopsis+thaliana.">Metabolic labeling and imaging of N-linked glycans in Arabidopsis thaliana.</a> Ange Chemie (Int Ed. Engl). 55 (32), 9301-9305 (2016).</li><li>Boerjan, W., Ralph, J., Baucher, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lignin+biosynthesis.">Lignin biosynthesis.</a> Annu Rev Plant Biol. 54, 519-546 (2003).</li><li>Weng, J. -. K., Chapple, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+origin+and+evolution+of+lignin+biosynthesis.">The origin and evolution of lignin biosynthesis.</a> New Phytol. 187 (2), 273-285 (2010).</li><li>Mottiar, Y., Vanholme, R., Boerjan, W., Ralph, J., Mansfield, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Designer+lignins:+harnessing+the+plasticity+of+lignification.">Designer lignins: harnessing the plasticity of lignification.</a> Curr Opin Biotechnol. 37, 190-200 (2016).</li><li>Rinaldi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Paving+the+way+for+lignin+valorisation:+recent+advances+in+bioengineering,+biorefining+and+catalysis.">Paving the way for lignin valorisation: recent advances in bioengineering, biorefining and catalysis.</a> Ange Chemie (Int Ed). 55 (29), 8164-8215 (2016).</li><li>Wratil, P. R., Horstkorte, R., Reutter, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+glycoengineering+with+N-acyl+side+chain+modified+mannosamines.">Metabolic glycoengineering with N-acyl side chain modified mannosamines.</a> Ange Chemie (Int Ed. Engl). 55 (33), 9482-9512 (2016).</li><li>Feng, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bifunctional+unnatural+sialic+acids+for+dual+metabolic+labeling+of+cell-surface+sialylated+glycans.">Bifunctional unnatural sialic acids for dual metabolic labeling of cell-surface sialylated glycans.</a> J Am Chem Soc. 135 (25), 9244-9247 (2013).</li><li>Dumont, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+cell+wall+imaging+by+metabolic+click-mediated+labelling+of+rhamnogalacturonan+II+using+azido+3-deoxy-+d+-+manno+-oct-2-ulosonic+acid.">Plant cell wall imaging by metabolic click-mediated labelling of rhamnogalacturonan II using azido 3-deoxy- d - manno -oct-2-ulosonic acid.</a> Plant J. 85 (3), 437-447 (2016).</li><li>Niederwieser, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-color+glycan+labeling+of+live+cells+by+a+combination+of+Diels-Alder+and+click+chemistry.">Two-color glycan labeling of live cells by a combination of Diels-Alder and click chemistry.</a> Ange Chemie Int Ed. 52 (15), 4265-4268 (2013).</li><li>Sp&#228;te, A. -. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+potential+of+norbornene-modified+mannosamine+derivatives+for+metabolic+glycoengineering.">Exploring the potential of norbornene-modified mannosamine derivatives for metabolic glycoengineering.</a> Chem Bio Chem. 17 (14), 1374-1383 (2016).</li><li>Sp&#228;te, A. -. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Labeling+of+metabolically+engineered+cell-surface+glycoconjugates+with+a+carbamate-linked+cyclopropene+reporter.">Rapid Labeling of metabolically engineered cell-surface glycoconjugates with a carbamate-linked cyclopropene reporter.</a> Bioconjugate Chem. 25 (1), 147-154 (2014).</li><li>Lion, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BLISS:+a+bioorthogonal+dual-labeling+strategy+to+unravel+lignification+dynamics+in+plants.">BLISS: a bioorthogonal dual-labeling strategy to unravel lignification dynamics in plants.</a> Cell Chem Biol. 24 (3), 326-338 (2017).</li><li>del R&#237;o, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+characterization+of+guaiacyl-rich+lignins+in+flax+(Linum+usitatissimum)+fibers+and+shives.">Structural characterization of guaiacyl-rich lignins in flax (Linum usitatissimum) fibers and shives.</a> J Agric Food Chemist. 59 (20), 11088-11099 (2011).</li><li>Huis, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+hypolignification+is+associated+with+extensive+oligolignol+accumulation+in+flax+stems.">Natural hypolignification is associated with extensive oligolignol accumulation in flax stems.</a> Plant Physiol. 158 (4), 1893-1915 (2012).</li><li>Chantreau, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ectopic+lignification+in+the+flax+lignified+bast+fiber1+mutant+stem+is+associated+with+tissue-specific+modifications+in+gene+expression+and+cell+wall+composition.">Ectopic lignification in the flax lignified bast fiber1 mutant stem is associated with tissue-specific modifications in gene expression and cell wall composition.</a> The Plant Cell. 26 (11), 4462-4482 (2014).</li><li>Terashima, N., Ko, C., Matsushita, Y., Westermark, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monolignol+glucosides+as+intermediate+compounds+in+lignin+biosynthesis.+Revisiting+the+cell+wall+lignification+and+new+13C-tracer+experiments+with+Ginkgo+biloba+and+Magnolia+liliiflora.">Monolignol glucosides as intermediate compounds in lignin biosynthesis. Revisiting the cell wall lignification and new 13C-tracer experiments with Ginkgo biloba and Magnolia liliiflora.</a> Holzforschung. 70 (9), 801-810 (2016).</li><li>Noel, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+the+CMP-sialic+acid+donor+specificity+of+two+human+&#946;-d-galactoside+sialyltransferases+(ST3Gal+I+and+ST6Gal+I)+selectively+acting+on+O-+and+N-glycosylproteins.">Probing the CMP-sialic acid donor specificity of two human &#946;-d-galactoside sialyltransferases (ST3Gal I and ST6Gal I) selectively acting on O- and N-glycosylproteins.</a> Chembiochem: Eur J Chem Biol. , (2017).</li></ol>

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Daha önce belirtildiği gibi bu raporda sunulan çift etiketleme BLISS bir SPAAC/CuAAC kombinasyon vivo içinde12,23ilk örneklerinden biri protokoldür. Her adım iyice optimize edilmiş ve onaylanmış ve içinde iki etiketleme reaksiyonlar sırayla gerçekleştirilen kimya tıklatın sipariş saygı çok önemlidir (yani, SPAAC ilk, takip CuAAC tarafından). Tüm çapraz denetimleri BLISS Protokolü uygulanan23 olduğunda etiketleme her adım belirli olduğunu gösterdi: SPAAC adım taşıyan ilk yüksek chemoselective yol HAZ azid işlevleri tarafından etiketlerine göre cyclooctyne functionalized fluorophore hızlı kinetiği ile [3 + 2] cycloaddition reaksiyonu yoluyla. HAZ birimleri etiketlendikten sonra triazole bağlantılar tarafından tepki ile azid fluor 545 probe oluşturmak için GALK terminal alkynes aktivasyonu katalize copper(I) gerektiren CuAAC adım yapılabilir. Buna karşılık, ters sırada (yani, CuAAC ilk, takip SPAAC tarafından) GALK ve HAZ birimine yol açar gibi kullanılmamalıdır fluorophore ligasyonu ile birlikte buz dansında yarışmaktadır ve dramatik bir sinyal kaybı indükler çapraz-bağlantı . Non-spesifik boyama önlemek için ara çamaşır adımlar gerekliliğini vurgulamak önemlidir.
Biz bizim yöntem çeşitli biyolojik deney tasarımları için uygulanabilir olduğunu göstermiştir. İletişim kuralı etiketleme BLISS ilk serbest kesit önceden kesilmiş ve tıklayın hazır monolignols ile inkübe keten kaynaklanıyor (yaklaşık 150-250 µm kalınlığında) uygulandı. Bu tasarım gibi (kuluçka birimleri azaltılır) kimyasal muhabir gerekli miktarda en aza indirilmesi ve istatistiksel çoğaltır üretimini kolaylaştırmak avantajı olmasına rağmen bu kesinlikle bahsetmişken, bir vivo içinde sistem değil ve bazı durumlarda, değil gerçek spatio-temporal lignification dynamics tüm yönleriyle yansıtabilir. Bir ikinci deneysel tasarım, bu nedenle daha önce çam ve gingko27' deki radiolabeled monolignols birleşmesiyle çalışmak için kullanılan bir yöntem BLISS protokole uyarlanmış. Bu yaklaşımda, kökler ve kök bitki fiziksel olarak ayrılır ve tüm kök tabanı ne 'çiçek vazo' yaklaşım lakaplı içinde monolignol çözümünde inkübe. Sapları istediğiniz (kuluçka) zaman ayrıldıktan sonra kesit kesim ve gerçekleştirilen BLISS Protokolü vardır. Bu değiştirilmiş monolignols yaşayan kök taşınır ve lignin polimerler hücre duvarları içinde büyüyen dahil edilmiştir (i) olduğunu ve yerelleştirme modeli esas kesit için özdeş (II) olduğunu göstermek bize izin yaklaşım. Bu tür bir deney bir gerçek yaşam tesisinde gerçekleştirilen hak vardır / canlı hücre uzun deneyler ve daha ayrıntılı çalışmalar izin yaklaşım, ama kimyasal muhabir büyük miktarda gerektirir. Son olarak, BLISS protokolü de Keten bitki Fidan, bir gerçek yaşam içinde kimyasal gazetecilere kadar kök nakli önce kökleri absorbe olması gerekir bitki modeli temsil eden ile kullanıldı. Bu model uygulamada, yaşam tesislerinde gerçekleştirilen açık avantajı ise genç fidan sınırlıdır ve lignification dynamics büyük tesislerinde pratik nedenlerle (uzun bir kuluçka süresi, yükseltilmiş soruşturma için gerçekten uygun değildir ««kimyasal gazetecilere miktarı). Yine de, bu üç deney tasarımları tamamlayıcı niteliktedir ve tüm kendi artıları ve eksileri ile ilgili pratik yönleri ve biyolojik soru cevap türüne bağlı olarak biyolojik önemi var.
Keten lignification dinamiklerini incelemek için geliştirilen, bizim protokol son derece uyarlanabilir, sadece biyolojik deney tasarımı açısından aynı zamanda diğer uygulama açısından bitki tür ve organ/doku. Örneğin, BLISS kolayca Arabidopsis ya da daha fazla çalışmalar çeşitli genler için knock-out veya knock-down mutantlar ile mükellef bulunmaktadır Populus cins için transfer edilebilir. Prensip olarak, bizim yaklaşım ile çift etiketleme çalışmaları da diğer biomolecules için bitki hücre duvarı polimerler - tüm üç ana monolignols veya metabolik onların öncüleri olarak çeşitli de dahil olmak üzere iki ayrı değiştirilmiş öncüleri kullanarak uzatılabilir polisakkarit matris oluşturan bol. Kuruluşundan bu yana, bioorthogonal kimya gerçekten de esas olarak glukanlardir/polisakkaritler metabolik oligosakkarit mühendislik (MOE)4,5,17,28üzerinden araştırmak için geliştirilmiştir, Ama şaşırtıcı olmuştur sadece biyoloji bitki için çok az uygulamaları defa7,8,9,10,11,12. Tepkiler uyumluluk açısından, lignin ve çalışma gerçekten her iki kimyasal gazetecilere aynı retiküle polimer dahil edilmiştir gibi çözmek için karışık bir vaka oldu. Etiketlenmemiş HAZ- olasılığıGALK kullandığında oluşumu GALK ve HAZ birimleri 3D içinde kayma yakınlığı nedeniyle üstesinden gelmek için büyük bir sorun oldu. lignin23, iki kimyasal gazetecilere değil dahil edilmiştir Eğer biyopolimer aynı tür veya verilen herhangi bir hücreyi aynı kayma bölgesi olmayabilir bir sınırlama yapısını.
Daha geniş bir kapsamda BLISS metodoloji aslında iki farklı kimyasal gazetecilere taşıyan bir azid ve terminal ALKİN etiketi, sırasıyla kullanarak bakteriyel veya hayvan modellerinde herhangi bir iki renkli floresan görüntüleme çalışma için uygulanabilir.

Son iki yılda, kimyasal muhabir strateji dynamics ve sigara-genetik olarak kodlanmış biomolecules fonksiyonlarını araştırmak için güçlü iki aşamalı metodoloji ortaya çıkmıştır. 1 , 2 , 3 bu strateji küçük modülasyon- kimyasal muhabir -ilgiyle biomolecule sentetik bir analog ilk canlı organizma ve sonra kimyasal bir sonda metabolize (örn., bir fluorophore floresan için confocal mikroskobu görüntüleme) kovalent anonim muhabiri bioorthogonal tıklayın kimya yoluyla bağlanır. Sonda hızla ve özellikle tepki gerekir herhangi bir biomolecules yaşam sistemde, inert olurken tanıtılan kimyasal değişiklik ile. Birçok yönden, bu yöntem çok özel tıklayın kimya d böylece metabolitleri veya önceden ulaşılmaz biomacromolecules izlemek için fırsat sağlayan kullanımı ile ortak bioconjugation teknikleri ile ilgili sınırlamalar üstesinden gelir yaşayan sistemler4,5,6.
Bakteri ve hayvan hücrelerinde güçlü Bu yöntem hızlı büyüyen popülerlik rağmen şaşırtıcı derecede az ve çok7arasında,8,9,10kullanımı bitki Biyoloji açıklayan raporlar, 11,12. Bu strateji lignin, gezegendeki en yaygın biyopolimer biri ve lignocellulosic biyokütle önemli bir bileşeni oluşumu eğitim tesislerinde uygulama özellikle ilgilenmişlerdir. 13 , 14 lignin geliştirme ve hayat daha yüksek bitkilerin önemli bir yapısal ve koruyucu rol oynar Bakalit bir polimerdir.
Genellikle üç 4-hydroxyphenylpropanoid moieties oluşmaktadır: H (p- hydroxyphenyl), G (guaiacyl) ve S (syringyl) birimler sırasıyla üç türetilmiş olan 'monolignols' (p- coumaryl, coniferyl ve sinapyl alkoller) (şekil 1) hücrenin sitoplazmada phenylpropanoid yolu üzerinden sentezledim. Hücre duvarı ihraç edilmekte, monolignols okside peroxidases veya laccases sonra onlar kimyasal radikal kaplin tepkiler lignin polimerler için polimerize geçmesi radikaller için bir işlemi olarak lignification. 15 , 16 lignins güçlü birçok bitki kaynaklı sanayi valorization etkisi rağmen ürünler, bilimsel topluluk hala vardır lignification düzenleyen karmaşık mekanizmaları deşifre etmek için gitmek için uzun bir yol.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig1.jpg"> Şekil 1: bitki hücreleri lignification işleminde. Monolignols uzarlar fenilalanin sitozol içinde gelen vardır. Hücre duvarı ihraç edilmekte, monolignols okside peroxidases veya laccases sonra onlar kimyasal radikal kaplin tepkiler lignin polimerler için polimerize geçmesi radikaller için bir işlemi olarak lignification. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Bioorthogonal reaksiyonlar kullanım için glycan analiz raporları çeşitli olmakla birlikte,2,3,17 biomolecules diğer türleri için kendi uygulama örnekleri daha az. Bioorthogonal kimya lignin bioimaging amaçlar için kullanımı ancak son zamanlarda Tobimatsu ve ark. tarafından öncülük 8 ' Arabidopsis thaliana nereye G birimleri, böylece kavram kanıtı gösteren8,9 formları lignin polimer alkol vekilleri coniferyl birleşme hakkında bilgi sağlamak için bu kimyasal muhabir stratejileri bu bağlamda geçerlidir. CuAAC kullanımı da farklı coniferyl alkol türev kullanarak bir kaç ay sonra Bukowski ve arktarafından betimlenir. 9 lignin ancak, ayrıca H ve S birimleri içerir ve lignification işlemi daha derin bir anlayış nasıl tüm monolignols polimer dahil edilmiştir hakkında daha fazla bilgi gerektirir ve ne faktörler kompozisyonunu kontrol edebilirsiniz. Bu alandaki yeni gelişmeler şu anda birden fazla kimyasal gazetecilere aynı anda yaşayan sistemler içinde izlemek için etkili yöntemler geliştirilmesi bağlıdır. Glukanlardir üzerinde bir kaç makale son yıllarda18,19',zemin koydu olsa bile20,21,22, yaklaşımlar etiketleme çift kalır içinde büyük bir meydan okuma bioorthogonal Kimya. Bir tekrarlanabilir tek etiketleme tıklayın Protokolü geliştirmek zor, o zaman çift karşılıklı iki tandem optimizasyonu gerektirir yaklaşımlar etiketleme ise iki ayrı kimyasal gazetecilere uyumlu bioorthogonal reaksiyonlar daha da zor. Bu yönü öncülük birkaç örnekler zorlanma terfi azid-ALKİN cycloaddition (SPAAC) ve alkene-tetrazine ters elektronik talep Diels-Alder (DAInv) reaksiyonları glukanlardir hayvan hücrelerinde çalışırdım. Ancak, biz DAinv tepki bioorthogonality (oluşan elektron-fakirlerle tepki verebilir yerine konan cinnamyl türü-elektron zengini monomerleri lignin ve yapısal özellikleri sayesinde bu uygulamada garanti değil olduğunu düşündüm Hava Dienes DAinv tepkileri kullanılan tetrazine sondalar gibi) ve bu belirsiz etiketleme oluşturabilir. Ayrıca, erişim, hem de için hantal ve böylece olasılığını yükseltmek lipofilik sentetik zor olan kimyasal kolları DAInv tepki gerektirir bu birleşme, taşıma ve/veya kimyasal yerelleştirilmesini oranı muhabir vivo içinde etkilenip etkilenmedikleri sınanmamıştır. Biz ikinci yönü özellikle lignification çalışmak için bir tıklama kimya yaklaşım söz konusu olduğunda ilgili olarak kabul olarak, farklı yönde seçti ve bir Bioorthogonal tüp ligasyonu Imaging sıralı strateji (mutluluk) kullanılarak geliştirilmiş bir Strain-Promoted azid ALKİN Cycloaddition (SPAAC) ve bakır katalizörlük azid ALKİN Cycloaddition (CuAAC) içinde vivo. 23
Bu iki tepkiler gerçekten iki ana bioorthogonal'ı tıklatın bugüne kadar kullanılan reaksiyonlar ve lignin ve birkaç örnek daha özellikle bu Imaging Yayınlandı son zamanlarda vardır. 8 , 9 çift etiketleme stratejimiz sağlar bir azid yan bir monolignol muhabiri ve terminal ALKİN diğer i) biyolojik ilgili yapıların doğru tepkisizdir ve II) çok küçük boyutlu (Şekil 2 iki kimyasal işleme ). Sonuç olarak, sentetik modifikasyonlardan altında eğitim biomolecule fizikokimyasal özellikleri üzerinde etkisi böylece taşıma açısından doğal olmayan ve doğal monolignol yüzeyler arasındaki olası tutarsızlıkları azaltmak küçültülür ve metabolization gore metabolik birleşme adım sırasında. SPAAC ve CuAAC ile birlikte ilk bakışta çok sezgisel görünüyor, bizim bilgi yapıları glukanlardir dışında bu strateji ve ilk uygulamasını kullanarak ikili işaretleme sadece ikinci örneği olsa da. 12 , 23
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig2.jpg"> Şekil 2: BLISS strateji etiketleme ikili. Kimyasal gazetecilere HAZ ve GALK yerel H ve G monolignols tagged analogları vardır. Onlar ilk eksojen (Adım 1) besleme tarafından hücre duvarları büyüyen lignin polimerler dahil edilmiştir. Cyclooctyne - ve azid-floresan problar o zaman sırayla bakmaksızın anonim gazetecilere bioorthogonal tarafından functionalized kimya tıklatın: SPAAC reaksiyon (Adım 2) HAZ birimlerinin çok özel ve bir CuAAC reaksiyon (tarafından takip edilir 3. adım) GALK birimleri (Adım 3), belirli böylece her iki gazeteci belirli yerelleştirme izin bağımsız olarak aynı örnek. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Biz öncelikle tasarlanmış ve azid öğesini monolignol muhabir HAZ (vekil p- coumaryl alkol) ve lignin H birimleri habercisi doğrulanmış ve BLISS çift etiketleme stratejisi içinde kullanılan ile tandem tasarladı daha önce ALKİN öğesini GALK,9 (vekil coniferyl alkol) ve lignin G birimleri habercisi bildirdi. Geliştirilen ve keten içinde test tekrarlanabilir bu protokol için bir ekonomik açıdan önemli bitki türleri, HAZ ve GALK çift metabolik birleşme lignin içine ilk sıralı SPAAC/CuAAC önce elde edilir etiketleme. Burada, tagged HAZ birimleri ilk özellikle yolu ile etiketlenmiş GALK CuAAC-aracılı ligasyonu ikinci bir floresan inceleyebilirsek tarafından takip bir cyclooctyne functionalized fluorophore SPAAC ligasyonu etiketlenir birimleri. Bu yöntem lignification süreçleri bitki hücre duvarları içinde dinamikleri araştırmak için kullanılan ve kesitler, fidan farklı bitki türlerinin yanı sıra kaynaklanıyor yaşayan durdurması için uygulanan vivo içinde olabilir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>(E)-4-(3-(2-(2-(2-azidoethoxy)ethoxy)ethoxy)prop-1-en-1-yl)phenol (HAZ)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized as in Lion et al. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 3, 326-338</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>(E)-4-hydroxy-3-propargyloxycinnamyl alcohol (GALK)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized as in Lion et al. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 3, 326-338</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2% sodium hypochlorite</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20 cm high glass tube</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Schott glass bottle</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>48-well Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5/6-TAMRA-PEG3-Azide</td>
			<td>Jena Bioscience</td>
			<td>CLK-AZ109-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aluminium foil</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cheese cloth</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compost containing clay</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coniferyl alcohol (G)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>MFCD00002922</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copper (II) sulfate pentahydrate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DBCO-PEG4-5/6-Carboxyrhodamine 110</td>
			<td>Jena Bioscience</td>
			<td>CLK-A127-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Milli-Q Ultrapure water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 1,5 mL</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EtOH</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flax seeds (L. usitatissimum L.)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluoromount-G&#8482; Slide Mounting Medium</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>17984-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass coverslip</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass microscope slide</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Growth chamber</td>
			<td>CLF-Plant Climatics</td>
			<td></td>
			<td>For 2-week-old plants culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Growth chamber</td>
			<td>Angelantoni Life Sciences</td>
			<td></td>
			<td>For 2-month-old plants culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magenta plant culture box</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>For 2-week-old seedling culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Toxic (SGH02, SGH06, SGH08), work with gloves under a hood</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nail polish</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nikon A1R confocal microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orbital shaker</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>p-Coumaryl alcohol (H)</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>FC145653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic cap</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic pipette</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic pot</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>For 2-month-old plants culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Razor blade</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rubber band</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Ascorbate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile clamp</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical support</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagents for liquid and solid &#189; MS medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KH2PO4</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KNO3</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NH4NO3</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgSO4.7H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2.2H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MnSO4.H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZnSO4.7H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3BO3</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KI</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2MoO4.2H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CuSO4.5H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CoCl2.6H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2EDTA.2H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FeSO4.7H2O</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiamine.HCl</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxine.HCl</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nicotinic acid</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myo-inositol</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Saccharose</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MES hydrate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

visualizing lignification dynamics in plants with click chemistry: dual labeling is bliss!

Lignin gezegendeki en yaygın biyopolimer ve lignocellulosic biyokütle önemli bir bileşeni biridir. Bu fenolik polimer geliştirme ve hayat daha yüksek bitkilerin önemli bir yapısal ve koruyucu rol oynar. Her ne kadar kuvvetle lignification süreçleri içinde vivo düzenleyen karmaşık mekanizmalar endüstriyel valorization birçok bitki elde edilen ürünlerin etkisi, bilimsel topluluk hala onları deşifre etmek için gitmek için uzun bir yol var. Basit bir üç adım akışında aktif bölgeleri bitki dokuların lignifying bioimaging çalışmaları burada sunulan çift etiketleme iletişim kuralı sağlar. İlk adım iki bağımsız kimyasal gazetecilere, lignin H ve G birimleri ortaya çıkmasına iki yerli monolignols vekilleri metabolik birleşmesiyle oluşur. Lignin polimerler büyüyen içine birleşme sonra her muhabir sonra özellikle kendi floresan sonda bioorthogonal SPAAC/CuAAC tıklayın reaksiyonlar sıralı kombinasyonu ile taşır. Lignin autofluorescence ile birlikte, bu yaklaşım ve lignin bitki hücre duvarları içinde üç renkli yerelleştirme haritaların üretimi confocal floresan mikroskopi tarafından yol açar ve etkin durumunda kesin mekansal bilgi sağlar lignification makine bitki doku, hücre ve farklı hücre duvarı katmanları ölçekte.

Sentetik monolignol analogları ve bioorthogonal ilgili sunulan BLISS protokolünü kullanarak kimya tıklatın, yaşayan bitkiler lignification sürecinde dinamikleri görselleştirmek mümkündür. (Histochemical boyama, immunolocalization veya autofluorescence gibi), bu 'çift tıklayın' protokolü sadece görselleştirme lignin için kurulan teknikleri aksine metabolik birleşme sırasında üretilen lignin de novo hedefler adım ve confocal Floresans mikroskobu (şekil 3) üç kanallı hücresel görüntüleme ile örnek önceden varolan lignin dan ayırır. H AZ-birimleri DBCO-PEG4-5 uyarma ve emisyon dalga boylarında kullanarak algılanır/6-özellikle azid fonksiyonları tıklandığında carboxyrhodamine 110 dahil HAZ molekülleri SPAAC adım (λex sırasında 501 nm /λem 526 nm, yeşil kanal), oysa GALK-birimleri aynı şekilde özel olarak G anonim terminal ALKİN Etiketler tıklandığında azidefluor 545 inceleyebilirsek karakteristik dalga boylarında, tespit ALK CuAAC adımı (λex 546 nm /λem 565 nm, kırmızı kanal); Üçüncü kanal 405 kendi içsel autofluorescence kullanarak algılanır önceden varolan lignin karşılık gelen nm (mavi kanal). Bu yaklaşım üç renkli yerelleştirme haritalar ve lignin varlığı kesin mekansal bilgi sağlar bitki hücre duvarları içinde ya da aktif lignification makine yokluğu nesil bir organ (şekil 3A farklı dokular arasında açar. ), farklı hücre tipleri aynı doku (şekil 3B-C) ve (şekil 3D) aynı hücrenin farklı duvar katmanları arasında. Başka bir deyişle, bu metodoloji bize vurgulayın ve özellikle 'etkin' lignification siteleri (HAZ ve GALK kanalları) yerelleştirmek onları nerede lignin bir önceki kuruldu bölgelerdeki ayırt sağlar bitki gelişiminin (autofluorescence kanal) aşamasında. Buna ek olarak, teknik duyarlılığını autofluorescence için karşılaştırıldığında önemli ölçüde geliştirilmiş ve çok daha küçük miktarda taze sentezlenmiş lignin olabilir (şekil 3B) algıladı.
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig3.jpg"> Şekil 3: keten kaynaklanıyor anonim monolignol kimyasal gazetecilere Imaging. (A)bir el yapımı enine bölümünü keten bir kök yeniden oluşturulan resmi yarısı. (B) xylem ayırt ilk katmanları Close-up. Paneli yaptı: lignin autofluorescence (mavi, 405 nm), Orta paneli: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi) ve HAZ floresan (yeşil, 526 nm) kanallar, doğru kapı aynası: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi) ve GALK floresan (kırmızı, 565 nm) kanalları. Ok autofluorescence ile karşılaştırıldığında BLISS artan duyarlılık gösteren cambium ilk etiketli hücre duvarından gösterir. (C) etiketleme farklı hücre farklı katmanları aynı hücre duvarı etiketleme değişimler gösteren ikincil xylem hücreleri üzerinde ikincil xylem ve (D) yakın çekim. Paneli yaptı: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi) ve HAZ floresan (yeşil, 526 nm) kanallar, Orta paneli: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi) ve GALK floresan (kırmızı, 565 nm) kanallar, sağ Panel: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi), HAZ (yeşil) ve GALK (kırmızı) floresan kanalları. HAZ ve GALK co yerelleştirme sarı renk ile tasvir edilir. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Burada sunulan BLISS yöntemi veya daha önce Tobimatsu vd tarafından Yayınlanan tek etiketleme yordamlar gibi kimyasal muhabir stratejileri 8 bu nedenle IMMUNO - veya histochemical uygulanması çok kolay olurken boyama gibi daha önce erişilebilir yöntemlerine göre çok ince bir çalışma izin verebilirsiniz. Örneğin, şekil 4 göstermektedir HAZsinyal yoğunluğu /GALK birleşmesiyle keten ikincil xylem fiber tracheids/damarlarının (FT) cambium gelen ilk birkaç hücre duvarları içinde çok yüksek ama büyük hücrelerde giderek azalır. Bu profil bu autofluorescence karşısında ve en çok o lignification çok hızlı bir şekilde cambium gelen ilk 2-3 FT hücre katmanlarında ulaşıldığında gösterir. Buna ek olarak, daha sonraki aşamaları için lignification olarak HAZonların gelişimi devam etmek için ray (R) hücreleri görünür /GALK birleşme olduğunu çok daha sürekli cambium ilik için hücre duvarlarında. Bu hücre türleri farklı biyolojik rolleri ile ilişkili farklılıklar kendi gelişim programında beri FT ve R hücre türleri tezat lignification dinamikleri, görüntüler şaşırtıcı değil. FTs olgun ve hızlı bir şekilde ölmek gerçekten uzun tüpler, kalın lignified duvarlı R dar satırlarının hücreleri ise bu mekanik destek ve su ve mineraller, dikey taşıma önemli rol oynarlar bırakarak ölü boş hücreler xylem oluşturmak ışınları olgun ve fonksiyonel durumlarında kalın lignified duvarlar kalmadan hayattasın.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig4.jpg"> Şekil 4: hücre özgü monolignol muhabir birleşme keten xylem. Keten bir kök serbest bir kesitin parçası Bright-alan confocal mikroskobu görünümünü(a). Pembe (ray parankimi hücreleri, R) ve sarı (fiber tracheid hücreleri, FT) okları gösterir vektörler ilik doğru cambial bölgeden yayılan ve lignin autofluorescence 405, taranan nm (B), HAZ Floresans 526, nm (C) ve G ALK Floresan, 565 nm (D). İkincil xylem (E) görünümü. Paneli yaptı: birleştirilmiş lignin autofluorescence (mavi), HAZ (yeşil) ve GALK (kırmızı) floresan kanalları. HAZ ve GALK co yerelleştirme sarı renk ile tasvir edilir. Doğru kapı aynası: keten kök ikincil xylem yapısındaki şematik gösterimi. V, gemi; FT, fiber tracheid; R, ray parankimi hücre. Bu rakam aslan ve ark. değiştirildi 23 <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Buna ek olarak, iki farklı kimyasal gazeteciler için H - ve G-birimleri BLISS protokolündeki iki bioorthogonal reaksiyonlar ile karşılık gelen kullanımı daha fazla nicel sonuçları elde sağlar. BLISS ek anlayışlar birleşme oranları çeşitli koşullarda monolignol kontrolünü sağlayabilir ve zor lignification işleminin deşifre için katkıda bulunabileceğini gibi stratejileri etiketleme multiplexed. Lignins H, G ve S monolignols, göreli yüzdelerini gerçekten çok tür, doku, yaş veya bitki çevre koşullarına göre değişken ise, bu kompozisyon düzenleyen karmaşık mekanizmaları hala tamamen anlaşılır. Çift etiketleme teknolojisi lignin kompozisyon düzenleyen parametrelerden bazıları soruşturma güçlü bir şekilde temsil eder. Örneğin, HAZdeğişen: GBLISS ileALK oranı bize lignin kompozisyon ikincil xylem dokularda monolignol durumu hücre duvarları içinde yerine üzerine doğrudan bağlı olduğunu göstermek için izin peroksidaz/Lakkaz özgüllük (şekil 5).
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig5.jpg"> Şekil 5: farklı yüzde oranları ile keten kök bölümlerini HAZ ve GALKkuluçka etkisi. HAZ: GALK% oranları rakamlar her sütun verilmiştir. Top: HAZ ve GALK kanalları birleştirilir. Alt: HAZ ve GALK farklı % oranları için ortalama Floresans yoğunluğunu gösteren çubuk grafikler. Değerleri gri düzeyleri ± SD ölçek ortalama Floresans şiddeti ortalaması olarak ifade edilen çubuk 100 µm. = bu rakam aslan ve ark. değiştirildi 23 <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Keten, tekstil, lüks evrak ya da çevre dostu kompozit malzemeler üretimi için kullanılan lif için (BF) büyüyor. Onların endüstriyel valorization önemli bir yönünü lignin bir son derece kalın S2/G ikincil katman19,24tarafından karakterize onların hücre duvarları içinde çok az düzeyde içermesidir. BLISS lignification dynamics farklılıklar aynı hücre duvarı farklı katmanları arasında vurgulayabilirsiniz. Şekil 6A HAZ ve GALK muhabir birleşme hücre köşe ve ancak tüm lif orta lamel/birincil hücre duvarı ile sınırlı olduğunu göstermektedir. Hypolignified durumlarına moleküler ortamı için uygun olmamasından ortaya çıkar ortaya lignification monolignol kimyasal gazetecilere exogenously olduğunda bile kalın bast fiber ikincil hücre duvar katmanını içinde toplam yokluğunda verilen enzimatik aracılı oksidasyon ve monolignols birleşmesiyle büyüyen polimer zinciri içine ve sadece monolignol biyosentezi genlerin transkripsiyon düzenlenmesi nedeniyle daha önce olmadığına25bildirdi. Bu gözlem de o keten peroksidaz gen up-lignified lif26sahip keten kimyasal lbf1 mutant dış kök dokularda düzenlenmiştir de gerçeği ile ilişkilendirir.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56947/56947fig6.jpg"> Şekil 6: BLISS hücre duvarı altyapı veya katman özel farklılıkları vurgulamaktadır. (A)sol kapı aynası: keten kök bölümüne alan parlak görüntü. Daire bir lif paket gösterir. Doğru kapı aynası: lif üzerinde yakın. Birleştirilmiş HAZ ve GALK kanalları (ve alan parlak olmayan) o lignification hücrenin köşeler için sınırlı olduğunu gösteren (<img alt="Equation" src="/files/ftp_upload/56947/56947eq1.jpg">) ve orta lamel/birincil hücre duvarına bir lif. BF, bast fiber; Par, parankimi hücre; M, orta lamel; P, birincil hücre duvarı; S1, ikincil hücre duvarı ilk katman; İkincil hücre duvarı S2/G, ikincil katman/jelatinimsi tabakası. (B) 2D dilim ve 3D confocal z-yığın zum keten kök endodermis bölgesinin inşası. Casparian Şerit (<img alt="Equation" src="/files/ftp_upload/56947/56947eq1.jpg">) sadece autofluorescence görüntüler ve HAZ veya GALKdahil değil. İlişkili fluorogram GALK/HAZ Anti-korelasyon gösterir: yüksek yeşil Floresans düşük kırmızı sinyal (korteks) ve tersi (endodermis) ilişkili. Pericycle (P), Endodermis (E), Cortex (C). <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/56947fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Son olarak, bu iki renkli metodoloji da değerli bilgiler hücre duvarı ayarlamış 'lignification durumu' üzerinde çeşitli gelişim aşamalarında ve kök dışındaki bitki organlarında sağlayabilir. Örneğin, keten kökleri endodermis Radyal ve enine hücre duvarları Casparian grupta varlığını geliştirme erken aşamalarında karakterizedir. Hidrofobik biyopolimer, suberin ve/veya lignin, yapılan grup su ve solutes apoplast ile pasif girmesini kök tarafından alınan önler ve böylece katkıda bir symplastic yol ile plazma zarı geçmek güçleri Seçici alımını kapasiteleri bitki kökleri. Keten köklerine uygulanan, bizim strateji endodermal hücreleri de olduğu gibi Casparian band (6B rakamyok) nerede parçalar Radyal duvarların teğet duvarlar HAZ ve GALK dahil edilmiştir gösterdi. Ancak, Toplam Devamsızlık Casparian bandında monolignol muhabir şirketleşme hala sitenin daha fazla biyopolimer yükünün olmakla birlikte diğer duvarlar bu gelişme bu aşamada olgun olduğunu gösterir. Z-yığın yeniden oluşturulan 3B Görünümü açıkça Casparian band ışık getiriyor. İlginçtir, endodermis için bitişik bazı kortikal hücrelerinin duvarları da kanıtladı HAZ tercihen bütünleştiren (böylece lignin/suberin keten kök kortekste varlığını gösteren) değil GALKama. Co yerelleştirme analiz HAZ ve GALK, bu iki bitişik hücre türü hücre özel duvar yapısı/enzimatik makine varlığını önermek arasında anti-bir korelasyon gösterdi.
Ek tablo 1: hazırlık katı ½ MS orta <a href="http://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/renamed_f17ea.xls">Bu dosyayı indirmek için buraya tıklayınız.</a>
Ek tablo 2: kimyasal muhabir hisse senedi çözümleri hazırlanması <a href="http://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56947/Table_2_-_Preparation_of_chemical_reporter_stock_solutions.xls">Bu dosyayı indirmek için buraya tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Visualizing Lignification Dynamics in Plants with Click Chemistry: Dual Labeling is BLISS! at JoVE.com

Visualizing Lignification Dynamics in Plants with Click Chemistry: Dual Labeling is BLISS!

BLISS, lignification dinamikleri, eğitim için bir çift etiketleme iletişim kuralı geliştirilmiştir. Sentetik monolignol kullanarak gazetecilere ve SPAAC ve CuAAC bioorthogonal sıralı bir arada tepkiler, bu metodoloji açıyor lignins planta içindeBiyogenez düzenleyen faktörler derinlemesine analiz için yolu tıklatın.

Lignification Dynamics ile tıklatın kimya tesislerinde görselleştirme: Çift etiketleme BLISS olduğunu!

Lignin is one of the most prevalent biopolymers on the planet and a major component of lignocellulosic biomass. This phenolic polymer plays a vital ...

visualizing-lignification-dynamics-plants-with-click-chemistry-dual

Research

JoVE Journal

Chemistry

11.9K Görüntüleme.  Université de Lille. BLISS, lignification dinamikleri, eğitim için bir çift etiketleme iletişim kuralı geliştirilmiştir. Sentetik monolignol kullanarak gazetecilere ve SPAAC ve CuAAC bioorthogonal sıralı bir arada tepkiler, bu metodoloji açıyor lignins planta içindeBiyogenez düzenleyen faktörler derinlemesine analiz için yolu tıklatın.

Video: Visualizing Lignification Dynamics in Plants with Click Chemistry: Dual Labeling is BLISS!

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique amino acid sequence, it is only realized by the folding of the polypeptide chain into a single defined three-dimensional arrangement or more commonly into an ensemble of interconverting conformations. Investigating the connection between protein conformation and its function is therefore essential for a complete understanding of how proteins are able to fulfill their great variety of tasks. One possibility to study conformational changes a protein undergoes while progressing through its functional cycle is hydrogen-1H/2H-exchange in combination with high-resolution mass spectrometry (HX-MS). HX-MS is a versatile and robust method that adds a new dimension to structural information obtained by e.g. crystallography. It is used to study protein folding and unfolding, binding of small molecule ligands, protein-protein interactions, conformational changes linked to enzyme catalysis, and allostery. In addition, HX-MS is often used when the amount of protein is very limited or crystallization of the protein is not feasible. Here we provide a general protocol for studying protein dynamics with HX-MS and describe as an example how to reveal the interaction interface of two proteins in a complex. &#160;&#160;

Protein conformation and dynamics are key to understanding the relationship between protein structure and function. Hydrogen exchange coupled with high-resolution mass spectrometry is a versatile method to study the conformational dynamics of proteins as well as characterizing protein-ligand and protein-protein interactions, including contact interfaces and allosteric effects.

Hidrojen Değişim Kütle Spektrometre Kullanarak Protein Dinamiği Analizi

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

Kimya

Unraveling Entropic Rate Acceleration Induced by Solvent Dynamics in Membrane Enzymes

Enzyme catalysis evolved in an aqueous environment. The influence of solvent dynamics on catalysis is, however, currently poorly understood and usually neglected. The study of water dynamics in enzymes and the associated thermodynamical consequences is highly complex and has involved computer simulations, nuclear magnetic resonance (NMR) experiments, and calorimetry. Water tunnels that connect the active site with the surrounding solvent are key to solvent displacement and dynamics. The protocol herein allows for the engineering of these motifs for water transport, which affects specificity, activity and thermodynamics. By providing a biophysical framework founded on theory and experiments, the method presented herein can be used by researchers without previous expertise in computer modeling or biophysical chemistry. The method will advance our understanding of enzyme catalysis on the molecular level by measuring the enthalpic and entropic changes associated with catalysis by enzyme variants with obstructed water tunnels. The protocol can be used for the study of membrane-bound enzymes and other complex systems. This will enhance our understanding of the importance of solvent reorganization in catalysis as well as provide new catalytic strategies in protein design and engineering.

Channels for the transportation of water molecules in enzymes influence active site solvation and catalysis. Herein we present a protocol for the engineering of these additional catalytic motifs based on in silico computer modeling and experiments. This will enhance our understanding of the influence of solvent dynamics on enzyme catalysis.

Membran Enzim Solvent Dynamics Bağlı çözülüyor Entropic Oranı İvme

Enzyme catalysis evolved in an aqueous environment. The influence of solvent dynamics on catalysis is, however, currently poorly understood and usually ...

Cooling Rate Dependent Ellipsometry Measurements to Determine the Dynamics of Thin Glassy Films

This report aims to fully describe the experimental technique of using ellipsometry for cooling rate dependent Tg (CR-Tg) experiments. These measurements are simple high-throughput characterization experiments, which can determine the glass transition temperature (Tg), average dynamics, fragility and the expansion coefficient of the super-cooled liquid and glassy states for a variety of glassy materials. This technique allows for these parameters to be measured in a single experiment, while other methods must combine a variety of different techniques to investigate all of these properties. Measurements of dynamics close to Tg are particularly challenging. The advantage of cooling rate dependent Tg measurements over other methods which directly probe bulk and surface relaxation dynamics is that they are relatively quick and simple experiments, which do not utilize fluorophores or other complicated experimental techniques. Furthermore, this technique probes the average dynamics of technologically relevant thin films in temperature and relaxation time (&#964;&#945;) regimes relevant to the glass transition (&#964;&#945; &#62; 100 sec). The limitation to using ellipsometry for cooling rate dependent Tg experiments is that it cannot probe relaxation times relevant to measurements of viscosity (&#964;&#945; &#60;&#60; 1 sec). Other cooling rate dependent Tg measurement techniques, however, can extend the CR-Tg method to faster relaxation times. Furthermore, this technique can be used for any glassy system so long as the integrity of the film remains throughout the experiment.

Here, we present a protocol for cooling rate dependent ellipsometry experiments, which can determine the glass transition temperature (Tg), average dynamics, fragility and the expansion coefficient of the super-cooled liquid and glass for a variety of glassy materials.

Puan Bağımlı Elipsometri Ölçümleri Soğutma İnce Camsı Filmlerin dinamikleri belirleme

This report aims to fully describe the experimental technique of using ellipsometry for cooling rate dependent Tg (CR-Tg) experiments. These measurements ...

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the development of antibody drug conjugates (ADCs) and nanomedicine, fluorescent microscopy and systems chemistry. For many of these applications, specificity of the bioconjugation method used is of prime concern. The Michael addition of maleimides with cysteine(s) on the target proteins is highly selective and proceeds rapidly under mild conditions, making it one of the most popular methods for protein bioconjugation.
We demonstrate here the modification of the only surface-accessible cysteine residue on yeast cytochrome c with a ruthenium(II) bisterpyridine maleimide. The protein bioconjugation is verified by gel electrophoresis and purified by aqueous-based fast protein liquid chromatography in 27% yield of isolated protein material. Structural characterization with MALDI-TOF MS and UV-Vis is then used to verify that the bioconjugation is successful. The protocol shown here is easily applicable to other cysteine - maleimide coupling of proteins to other proteins, dyes, drugs or polymers.

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

This protocol details the important steps required for the bioconjugation of a cysteine containing protein to a maleimide, including reagent purification, reaction conditions, bioconjugate purification and bioconjugate characterization.

Protein Bioconjugatlar sentezi<em&gt; yoluyla</em&gt; Sistein-maleimid Kimya

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the ...

Continuous Flow Chemistry: Reaction of Diphenyldiazomethane with p-Nitrobenzoic Acid

Continuous flow technology has been identified as instrumental for its environmental and economic advantages leveraging superior mixing, heat transfer and cost savings through the &#34;scaling out&#34; strategy as opposed to the traditional &#34;scaling up&#34;. Herein, we report the reaction of diphenyldiazomethane with p-nitrobenzoic acid in both batch and flow modes. To effectively transfer the reaction from batch to flow mode, it is essential to first conduct the reaction in batch. As a consequence, the reaction of diphenyldiazomethane was first studied in batch as a function of temperature, reaction time, and concentration to obtain kinetic information and process parameters. The glass flow reactor set-up is described and combines two types of reaction modules with &#34;mixing&#34; and &#34;linear&#34; microstructures. Finally, the reaction of diphenyldiazomethane with p-nitrobenzoic acid was successfully conducted in the flow reactor, with up to 95% conversion of the diphenyldiazomethane in 11 min. This proof of concept reaction aims to provide insight for scientists to consider flow technology&#39;s competitiveness, sustainability, and versatility in their research.

Continuous Flow Chemistry: Reaction of Diphenyldiazomethane with p-Nitrobenzoic Acid

Flow chemistry carries environmental and economic advantages by leveraging superior mixing, heat transfer and cost benefits. Herein, we provide a blueprint to transfer chemical processes from batch to flow mode. The reaction of diphenyldiazomethane (DDM) with p-nitrobenzoic acid, conducted in batch and flow, was chosen for proof of concept.

Sürekli akışı kimya: Diphenyldiazomethane p- Nitrobenzoic asit tepki

Continuous flow technology has been identified as instrumental for its environmental and economic advantages leveraging superior mixing, heat transfer and ...

Probing the Structure and Dynamics of Interfacial Water with Scanning Tunneling Microscopy and Spectroscopy

Water/solid interfaces are ubiquitous and play a key role in many environmental, biophysical, and technological processes. Resolving the internal structure and probing the hydrogen-bond (H-bond) dynamics of the water molecules adsorbed on solid surfaces are fundamental issues of water science, which remains a great challenge owing to the light mass and small size of hydrogen. Scanning tunneling microscopy (STM) is a promising tool for attacking these problems, thanks to its capabilities of sub-&#197;ngstr&#246;m spatial resolution, single-bond vibrational sensitivity, and atomic/molecular manipulation. The designed experimental system consists of a Cl-terminated tip and a sample fabricated by dosing water molecules in situ onto the Au(111)-supported NaCl(001) surfaces. The insulating NaCl films electronically decouple the water from the metal substrates, so the intrinsic frontier orbitals of water molecules are preserved. The Cl-tip facilitates the manipulation of the single water molecules, as well as gating the orbitals of water to the proximity of Fermi level (EF) via tip-water coupling. This paper outlines the detailed methods of submolecular resolution imaging, molecular/atomic manipulation, and single-bond vibrational spectroscopy of interfacial water. These studies open up a new route for investigating the H-bonded systems at the atomic scale.

Here, we present a protocol to investigate the structure and dynamics of interfacial water at the atomic scale, in terms of submolecular resolution imaging, molecular manipulation, and single-bond vibrational spectroscopy.

Tarama tünelleme mikroskobu ve spektroskopi ile Interfacial su dinamiği ve yapısını sondalama

Water/solid interfaces are ubiquitous and play a key role in many environmental, biophysical, and technological processes. Resolving the internal ...

Co-expression of Multiple Chimeric Fluorescent Fusion Proteins in an Efficient Way in Plants

Information about the spatiotemporal subcellular localization(s) of a protein is critical to understand its physiological functions in cells. Fluorescent proteins and generation of fluorescent fusion proteins have been wildly used as an effective tool to directly visualize the protein localization and dynamics in cells. It is especially useful to compare them with well-known organelle markers after co-expression with the protein of interest. Nevertheless, classical approaches for protein co-expression in plants usually involve multiple independent expression plasmids, and therefore have drawbacks that include low co-expression efficiency, expression-level variation, and high time expenditure in genetic crossing and screening. In this study, we describe a robust and novel method for co-expression of multiple chimeric fluorescent proteins in plants. It overcomes the limitations of the conventional methods by using a single expression vector that is composed of multiple semi-independent expressing cassettes. Each protein expression cassette contains its own functional protein expression elements, and therefore it can be flexibly adjusted to meet diverse expression demand. Also, it is easy and convenient to perform the assembly and manipulation of DNA fragments in the expression plasmid by using an optimized one-step reaction without additional digestion and ligation steps. Furthermore, it is fully compatible with current fluorescent protein derived bio-imaging technologies and applications, such as FRET and BiFC. As a validation of the method, we employed this new system to co-express fluorescently fused vacuolar sorting receptor and secretory carrier membrane proteins. The results show that their perspective subcellular localizations are the same as in previous studies by both transient expression and genetic transformation in plants.

We have developed a novel method for co-expressing multiple chimeric fluorescent fusion proteins in plants to overcome the difficulties of conventional methods. It takes advantage of using a single expression plasmid that contains multiple functionally independent protein expressing cassettes to achieve protein co-expression.

Bitkilerde etkin bir şekilde birden fazla Chimeric floresan Fusion proteinlerin ortak ifade

Information about the spatiotemporal subcellular localization(s) of a protein is critical to understand its physiological functions in cells. Fluorescent ...

Novel Techniques for Observing Structural Dynamics of Photoresponsive Liquid Crystals

We discuss in this article the experimental measurements of the molecules in liquid crystal (LC) phase using the time-resolved infrared (IR) vibrational spectroscopy and time-resolved electron diffraction. Liquid crystal phase is an important state of matter that exists between the solid and liquid phases and it is common in natural systems as well as in organic electronics. Liquid crystals are orientationally ordered but loosely packed, and therefore, the internal conformations and alignments of the molecular components of LCs can be modified by external stimuli. Although advanced time-resolved diffraction techniques have revealed picosecond-scale molecular dynamics of single crystals and polycrystals, direct observations of packing structures and ultrafast dynamics of soft materials have been hampered by blurry diffraction patterns. Here, we report time-resolved IR vibrational spectroscopy and electron diffractometry to acquire ultrafast snapshots of a columnar LC material bearing a photoactive core moiety. Differential-detection analyses of the combination of time-resolved IR vibrational spectroscopy and electron diffraction are powerful tools for characterizing structures and photoinduced dynamics of soft materials.

Here, we present the protocols of differential-detection analyses of time-resolved infrared vibrational spectroscopy and electron diffraction which enable observations of the deformations of local structures around photoexcited molecules in a columnar liquid crystal, giving an atomic perspective on the relationship between the structure and the dynamics of this photoactive material.

Yapısal Photoresponsive sıvı kristaller dinamikleri gözlemlemek için yeni teknikleri

We discuss in this article the experimental measurements of the molecules in liquid crystal (LC) phase using the time-resolved infrared (IR) vibrational ...

Methionine Functionalized Biocompatible Block Copolymers for Targeted Plasmid DNA Delivery

Reversible addition-fragmentation chain transfer (RAFT) polymerization integrates the advantages of radical polymerization and living polymerization. This work presents the preparation of methionine functionalized biocompatible block copolymers via RAFT polymerization. Firstly, N,N-bis(2-hydroxyethyl)methacrylamide-b-N-(3-aminopropyl)methacrylamide (BNHEMA-b-APMA, BA) was synthesized via RAFT polymerization using 4,4&#8217;-azobis(4-cyanovaleric acid) (ACVA) as an initiating agent and 4-cyanopentanoic acid dithiobenzoate (CTP) as the chain transfer agent. Subsequently, N,N-bis(2-hydroxyethyl)methacrylamide-b-N-(3-guanidinopropyl)methacrylamide (methionine grafted BNHEMA-b-GPMA, mBG) was prepared by modifying amine groups in APMA with methionine and guanidine groups. Three kinds of block polymers, mBG1, mBG2, and mBG3, were synthesized for comparison. A ninhydrin reaction was used to quantify the APMA content; mBG1, mBG2, and mBG3 had 21%, 37%, and 52% of APMA, respectively. Gel permeation chromatography (GPC) results showed that BA copolymers possess molecular weights of 16,200 (BA1), 20,900(BA2), and 27,200(BA3) g/mol. The plasmid DNA (pDNA) complexing ability of the obtained block copolymer gene carriers was also investigated. The charge ratios (N/P) were 8, 16, and 4 when pDNA was complexed completely with mBG1, mBG2, mBG3, respectively. When the N/P ratio of mBG/pDNA polyplexes was higher than 1, the Zeta potential of mBG was positive. At an N/P ratio between 16 and 32, the average particle size of mBG/pDNA polyplexes was between 100-200 nm. Overall, this work illustrates a simple and convenient protocol for the block copolymer carrier synthesis.

This work presents the preparation of methionine functionalized biocompatible block copolymers (mBG) via the reversible addition-fragmentation chain transfer (RAFT) method. The plasmid DNA complexing ability of the obtained mBG and their transfection efficiency were also investigated. The RAFT method is very beneficial for polymerizing monomers containing special functional groups.

Hedeflenen Plasmid DNA teslim için metiyonin functionalized biyouyumlu blok kopolimerler

Reversible addition-fragmentation chain transfer (RAFT) polymerization integrates the advantages of radical polymerization and living polymerization. This ...

18F-Labeling of Radiotracers Functionalized with a Silicon Fluoride Acceptor (SiFA) for Positron Emission Tomography

The para-substituted di-tert-butylfluorosilylbenzene structural motif known as the silicon-fluoride acceptor (SiFA) is a useful tag in the radiochemist&#39;s toolkit for incorporating radioactive [18F]fluoride into tracers for use in positron emission tomography. In comparison to conventional radiolabeling strategies, isotopic exchange of fluorine-19 from SiFA with [18F]fluoride is carried out at room temperature and requires minimal reaction participants. The formation of by-products is thus negligible, and purification is greatly simplified. However, while the precursor molecule used for labeling and the final radiolabeled product are isotopically discrete, they are chemically identical and are thus inseparable during purification procedures. The SiFA tag is also susceptible to degradation under the basic conditions arising from the processing and drying of [18F]fluoride. The &#39;4 drop method&#39;, wherein only the first 4 drops of eluted [18F]fluoride are used from the solid-phase extraction, reduces the amount of base in the reaction, facilitates lower molar amounts of precursor, and reduces degradation.

18F-Labeling of Radiotracers Functionalized with a Silicon Fluoride Acceptor SiFA for Positron Emission Tomography

The synthesis of fluorine-18 (18F) labeled radiopharmaceuticals for positron emission tomography typically requires months of experience. When incorporated into a radiotracer, the silicon-fluoride acceptor (SiFA) motif enables a simple 18F-labeling protocol that is independent of costly equipment and preparatory training, while reducing precursor quantity needed and utilizing milder reaction conditions.

Lignification Dynamics ile tıklatın kimya tesislerinde görselleştirme: Çift etiketleme BLISS olduğunu!

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler