Caenorhabditis nematodları doğada yaşayan gerçek hayvanlardır. Vahşi nematodları toplamak, genleri ve genomları doğal bağlamlarında laboratuvarın yapay koşulları tarafından gizlenebilecek işlevleri ortaya çıkarmamızı sağlar. Bu teknik, alandaki bakteri bakımından zengin organik substratlardan solucanlar çıkarır ve Petri tabaklarında temiz kültürler oluşturur ve toplandığı sırada her popülasyonun bir anlık görüntüsünü yakalar.
Bu popülasyonlar ekoloji, popülasyon genetiği veya meta genetik soruları için çok uygundur. Vahşi suş kültürleri, nicel genetik çalışmalar için de değerlidir. Bu teknik basittir ve bir saha araştırma acemisi için bile yürütülmesi kolaydır.
Bununla birlikte, başarılı bir toplama gezisi, seyahat etmeden önce malzemelerin düşünceli bir şekilde hazırlanmasını gerektirir. Çürüyen meyve, çiçekler, mantarlar, otsu bitkilerin sapları, toprak veya yaprak çöpü gibi tarlada bakteri bakımından zengin bir substrat tanımlayın. Küçük bir hacimli substratı etiketli bir plastik torbaya yerleştirin.
Çürüyen malzeme ilgi alanı tarafında nadirse, bazı meyveleri yem olarak yerleştirin. Salla, sonra geri al ve onu kolonileştiren solucanları bırak. Alt tabakanın örnek kimliği, enlemi, boylamı, tarihi ve açıklamasını kaydedin.
Ortam ve substrat sıcaklığı, substrat durumu, toplanma zamanı ve substrat ilişkili makro omurgasızların varlığı gibi deneyle ilgili diğer yerel çevresel ölçümleri kaydedin. Her huniden üç santimetrelik bir lastik boru kesmek için makas kullanın. Boruyu plastik bir huni ucuna takın.
Bir boru kelepçesini kauçuk borunun üzerine kaydırın ve kıskaç kapatın. Huni tutucu yapmak için, açılmış bir karton sinek vile tepsisinin ortasında dairesel delikler kesin. Kartonları ters çevirin, kenarları bir kez katlayın ve birbirine bantlayın.
Bu, tezgah üzerindeki delikleri yükselten bacaklar yaratacaktır. Boru kelepçelerinin kapalı konumda olduğundan emin olun ve deliklere huniler yerleştirin. Her huni içine steril su dökün, jantın yaklaşık üç santimetre altına doldurun.
Borudaki sıkışmış hava kabarcıklarını serbest bırakmak için huniye dokunun. Bir kare yapmak için tüy bırakmayan bir silmeyi ikiye katlayın ve huni üzerine yerleştirin. Ardından, suya batırmak için silme tuşuna basın.
Doğal substratın büyük katı parçalarını manuel olarak parçalayın. Numunenin bir kısmını huninin içine hafifçe yerleştirin. Silme işlemini delmediğinden veya herhangi bir numuneyi jantın üzerinde çıkıntılı bırakmadığından emin olun.
Suyun yok olmasını önlemek için silmenin köşelerini numunenin üzerine, huni kenarına dikkatlice katlayın. Huniyi, alan koleksiyonu notlarına karşılık gelen örnek kimlikle etiketle. Örnekleri seyahat edebilecek ve çapraz kirletebilecek aktif böcekleri veya diğer hayvanları seçin.
Tüm numuneyi batırmak için her huniye daha fazla su ekleyin. Bir gecede oda sıcaklığında kuluçka yaparken, aktif nematodlar dokuda hareket eder ve huni dibine batar. Op50 E.coli bakterisi ile oturmuş altı santimetrelik NGM solucan plakasının altına bir huni örnek kimliği yazın.
Kapağı plakadan çıkarın, huni standından numuneyi içeren huniyi çıkarın ve bir elinizle açık solucan plakasının üzerinde dik tutun. Diğer yandan boru kelepçesine basınç bırakın ve bir veya iki damla suyun borudan bakteri çimlerinin yanındaki solucan plakasına düşmesine izin verin. Su huniden düşer düşmez, NGM plakasını su basmasını önlemek için tekrar hızla kıstırın.
Temizlemek için hunilerin içeriğini atın ve daha sonra tekrar kullanmak üzere sıcak suyla yıkayın. Stereo mikroskop altında izole nematodları gözlemleyin. Nematodlara ek olarak, bazen küçük, Oligo kit annelidleri, Tardigradlar, rotiferler ve küçük kabuklular olacaktır.
ISO hermafrodit veya ISO kadın hatları oluşturmak için, her L4 hermafrodit veya çift yetişkin dişiyi OP50 ile oturan ayrı bir 3,5 santimetre NGM plakasına aktarın. Solucan seçimini her transferden önce ve sonra sterilize edin. Son olarak, tabakları bir parafin filmi ile seyahat için iyice sarın.
Barro Colorado adası Panama'da, 2018 yılında, 131 substrat bu yöntemle işlendi. %99'u nematod verdi. %34'ü Caenorhabditis nematodları verdi.
Çernobil Dışlama Bölgesi Ukrayna'da 2019 yılında 170 substrat bu yöntemle işlendi. %56'sı nematod verdi, hiçbiri Caenorhabditis değildi. Bu yöntem, nematodlar silme işleminden geçtiği için çalışır.
ancak substrat ve diğer hayvanlar üstte kalır. Bir iletişim kuralının birçok yönü, alanda kullanılabilir olan kaynaklardan yararlanmak için değiştirilebilir. Bu yöntem kullanılarak toplanan örnekler, araştırmacıların daha sonraki laboratuvar çalışmaları için yerleşik kültürlere çok çeşitli popülasyon biyolojisi sorularını ele almalarını sağlar.
