Quelle: Labors von Dr. Ian Pfeffer und Dr. Charles Gerba - Arizona University
Demonstrierende Autor: Luisa Ikner

Traditionellen Analysemethoden für mikrobielle Gemeinschaften in Böden sind in der Regel entweder kulturelle Assays Verwendung von Verdünnung und Plattieren Methodik auf selektive und differenzierte Medien oder direkte Graf Assays miteinbezogen. Direkte zählt bieten Informationen über die Gesamtzahl der Bakterien vorhanden, aber geben keine Auskunft über die Anzahl oder die Vielfalt der Bevölkerung innerhalb der Gemeinschaft. Platte Grafen Aufzählung aller kulturellen oder ausgewählten kulturellen Populationen zu ermöglichen und somit geben Auskunft über die verschiedenen Populationen vorhanden. Da weniger als 1 % der Bodenbakterien leicht kultivierbare sind, bietet kulturelle Informationen jedoch nur ein Teil des Bildes. Der tatsächliche Anteil der Gemeinschaft, die kultiviert werden kann hängt von der gewählten Mittel für kulturelle zählt. Jedes einzelnes Medium wählt für die Bevölkerung, die für diesen bestimmten Medium am besten geeignet sind.

In den letzten Jahren haben die Vorteile eines Studiums Gemeinschaft aus Bodenproben extrahierte DNA sichtbar. Dieser Nonculture Ansatz wird gedacht, um mehr repräsentativ für die tatsächliche Gemeinschaft anwesend als kulturbasierte Ansätze. Neben der Bereitstellung von Informationen über die Arten der Bevölkerung vorhanden, kann dieser Ansatz auch über ihr genetisches Potenzial informieren. Wie bei jeder Technik gibt es Beschränkungen in Bezug auf die Daten, die mit DNA-Extraktion gewonnen werden können. Daher verwenden viele Forscher jetzt DNA-Extraktion in Verbindung mit direkten und kulturelle zählt um zu die Daten aus einer ökologischen Probe zu maximieren.