Fonte: Laboratórios do Dr. Ian Pepper e Dr. Charles Gerba - Universidade do Arizona
Autora de Demonstração: Luisa Ikner

Os métodos tradicionais de análise para comunidades microbianas dentro dos solos geralmente envolveram ensaios culturais utilizando a metodologia de diluição e plating em mídias seletivas e diferenciais ou ensaios de contagem direta. As contagens diretas oferecem informações sobre o número total de bactérias presentes, mas não dão informações sobre o número ou diversidade de populações presentes na comunidade. As contagens de placas permitem a enumeração de populações culturais ou selecionadas totais e, portanto, fornecem informações sobre as diferentes populações presentes. No entanto, como menos de 1% das bactérias do solo são prontamente culturais, a informação cultural oferece apenas um pedaço da imagem. A fração real da comunidade que pode ser cultivada depende do meio escolhido para contagem cultural. Qualquer meio único selecionará para as populações mais adequadas a esse meio em particular.

Nos últimos anos, as vantagens de estudar DNA comunitário extraído de amostras de solo tornaram-se aparentes. Acredita-se que essa abordagem não-cultural seja mais representativa da comunidade atual presente do que as abordagens baseadas na cultura. Além de fornecer informações sobre os tipos de populações presentes, essa abordagem também pode fornecer informações sobre seu potencial genético. Como em qualquer técnica, há limitações aos dados que podem ser obtidos com extração de DNA. Portanto, muitos pesquisadores agora usam a extração de DNA em conjunto com contagens diretas e culturais para maximizar os dados obtidos a partir de uma amostra ambiental.