Name: identifying targets of human micrornas with the lightswitch luciferase assay system using 3'utr-reporter constructs and a microrna mimic in adherent cells
Uploaded: 2011-09-28T13:00:00
Duration: 7 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identifying Targets of Human microRNAs with the LightSwitch Luciferase Assay System using 3'UTR-reporter Constructs and a microRNA Mimic in Adherent Cells at

<ol>
	<li>Griffiths-Jones, S., Grocock, R. J., van Dongen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+microRNA+sequences,+targets+and+gene+nomenclature.">miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature.</a> Nucleic Acids Res. 34, D140-D144 (2006).</li><li>Calin, G. A., Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+cancer+connection:+the+beginning+of+a+new+tale.">MicroRNA cancer connection: the beginning of a new tale.</a> Cancer Res. 66, 7390-7394 (2006).</li><li>Chen, J. F., Murchison, E. P., Tang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+deletion+of+Dicer+in+the+heart+leads+to+dilated+cardiomyopathy+and+heart+failure.">Targeted deletion of Dicer in the heart leads to dilated cardiomyopathy and heart failure.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 6-6 (2008).</li><li>Baek, D., Villen, J., Shin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+microRNAs+on+protein+output.">The impact of microRNAs on protein output.</a> Nature. 455, 64-71 (2008).</li><li>Hendrickson, D. G., Hogan, D. J., Herschlag, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+identification+of+mRNAs+recruited+to+argonaute+2+by+specific+microRNAs+and+corresponding+changes+in+transcript+abundance.">Systematic identification of mRNAs recruited to argonaute 2 by specific microRNAs and corresponding changes in transcript abundance.</a> PLoS One. 3, e2126-e2126 (2008).</li><li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2009).</li><li>Lall, S., Krek, A., Chen, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+map+of+conserved+microRNA+targets+in.">A genome-wide map of conserved microRNA targets in.</a> 16, 460-471 (2006).</li><li>Boutz, D. R., Collins, P. J., Suresh, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-tiered+approach+identifies+a+network+of+cancer+and+liver+disease-related+genes+regulated+by+miR-122.">Two-tiered approach identifies a network of cancer and liver disease-related genes regulated by miR-122.</a> J. Biol. Chem. 286, 18066-18078 (2011).</li><li>Lim, L. P., Lau, N. C., Garrett-Engele, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+shows+that+some+microRNAs+downregulate+large+numbers+of+target+mRNAs.">Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs.</a> Nature. 433, 769-773 (2005).</li><li>Selbach, M., Schwanhausser, B., Thierfeldner, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+changes+in+protein+synthesis+induced+by+microRNAs.">Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs.</a> Nature. 455, 58-63 (2008).</li><li>Hutvagner, G., Simard, M. J., Mello, C. C., Zamore, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-specific+inhibition+of+small+RNA+function.">Sequence-specific inhibition of small RNA function.</a> PLoS Biol. 2, e98-e98 (2004).</li><li>Meister, G., Landthaler, M., Dorsett, Y., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-specific+inhibition+of+microRNA-+and+siRNA-induced+RNA+silencing.">Sequence-specific inhibition of microRNA- and siRNA-induced RNA silencing.</a> RNA. 10, 544-5450 (2004).</li><li>Liao, J. M., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Auto-regulatory+suppression+of+c-Myc+by+miR-185-3p.">Auto-regulatory suppression of c-Myc by miR-185-3p.</a> J. Biol. Chem. Epub. , (2011).</li></ol>

الكتاب والعاملين في جينوم مفاتيح الذين يصنعون الأدوات والكواشف التي تظهر في هذه المقالة. وقد رعت الإنتاج من هذه المادة بواسطة مفاتيح علم الجينوم.

وقد انشأنا مجموعة واسعة من الخريطة الوراثية البشرية المستنسخة قبل يبني 3&#39;UTR - مراسل البشرية لتمكينها من الدراسات ميرنا - 3&#39;UTR التفاعلات في الخلايا الحية. هنا أظهرنا طريقة استنساخه وعالية الإنتاجية من أجل يحاكي ميرنا التعاون مع transfecting 3&#39;UTR - صحفيين باستخدام نظام مراسل luciferase. هذا الأسلوب يعتمد على الباحثين باستخدام خط خلية عالية transfectable والاقلاق النشاط ميرنا مع تقنية overexpression. يمكن للباحثين باستخدام خطوط الخلية سيئة transfectable النظر في استخدام لدينا رفيق lentiviral 3&#39;UTR - مراسل جمع إنشاؤها بالتعاون مع سيغما (بعثة 3&#39;UTR Lenti GoClones). علاج الخلايا مع ميرنا يحاكي النتائج في تجربة overexpression من نوع ، وبأي دراسة من هذا القبيل ، والباحثين يجب أن تأخذ بعين الاعتبار أن هذه قد تكون أو لا تمثل الظروف الفسيولوجية الفعلية. لمعالجة الشواغل overexpression ، يمكن للباحثين استخدام موانع ميرنا بالإضافة إلى يحاكي لدراسة التفاعل مع اثنين من أنواع مختلفة من اضطراب 12-14. حالما يتم تحديد الأهداف ميرنا الأرجح ، قد ترغب في mutagenize الباحثين المواقع المفترضة ميرنا ملزمة لتحديد ما إذا كانت المواقع اللازمة للتفاعل وظيفي. قد يرغبون أيضا في رفع مستوى لاختبار المئات من مختلف UTRs هدفا محتملا (Boutz). بالإضافة إلى ذلك ، لو قيض للباحثين والمهتمين حول ما إذا كان يؤثر على الاستقرار ميرنا نص الترجمة أو كفاءة ، يمكن مقارنة البيانات مراسل luciferase لتدابير مستويات نص ثابت للدولة. فإن أي تغيير في إشارة luciferase التي لا ترتبط مع تغيير نسبي في مستويات النص إشارة إلى التأثير على كفاءة الترجمة. أخيرا ، يمكن للباحثين استخدام ناقلات مراسل إنشاء منحنى الاستجابة للجرعة مقارنة الحساسية النسبية لمختلف UTRs للتغيرات في تركيز ميرنا 14.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td></td><td> بائع </td><td> رقم كتالوج </td></tr><tr><td> لوحات بيضاء زراعة الأنسجة (96 - جيدا أسفل الصلبة) </td><td> VWR </td><td> 82050-736 </td></tr><tr><td> لوحات واضحة زراعة الأنسجة (96 أيضا) مع غطاء </td><td> VWR </td><td> 353072 </td></tr><tr><td> LightSwitch الكاشف الفحص Luciferase </td><td> مفاتيح </td><td> LS010 </td></tr><tr><td> DharmaFECT الكاشف ترنسفكأيشن ديو (0.75mL) </td><td> Dharmacon </td><td> T - 2010-02 </td></tr><tr><td> احباط ختم الشريط بلايت </td><td> E &amp; K العلمية </td><td> T592100 </td></tr><tr><td> تنفس بلايت ختم الشريط </td><td> E &amp; K العلمية </td><td> T896100 - S </td></tr><tr><td> لوحة Luminometer </td><td> الأجهزة الجزيئية </td><td> SpectraMax L </td></tr></tbody></table>

identifying targets of human micrornas with the lightswitch luciferase assay system using 3'utr-reporter constructs and a microrna mimic in adherent cells

MicroRNAs (miRNAs) هي مهمة للتعبير المنظمين والجينات تلعب دورا في العديد من العمليات البيولوجية. وقد تم تحديد أكثر من 700 miRNAs الإنسان حتى الآن مع كل وجود ما يصل الى مئات mRNAs الهدف فريدة من نوعها. الأدوات الحسابية ، المقايسات التعبير والبروتيوميات وتقنيات الكروماتين مناعي القائم على توفير ادلة هامة لتحديد mRNAs التي أهدافا مباشرة لميرنا معينة. بالإضافة إلى ذلك ، أصبحت 3&#39;UTR مراسل المقايسات ، عنصرا هاما من عناصر دراسات مستفيضة ميرنا الهدف لأنها توفر أدلة وظيفية للquantitate آثار التفاعلات ميرنا - 3&#39;UTR محددة في النظام القائم على الخلية. لتمكين المزيد من الباحثين على المقايسات 3&#39;UTR مراسل النفوذ ، ودعم النطاق تصل إلى مثل هذه المقايسات والإنتاجية العالية المستوى ، وقد انشأنا مجموعة واسعة من الجينوم البشري للصحفيين 3&#39;UTR luciferase في Luciferase LightSwitch عالي الكفاءة فحص النظام. ويتضمن النظام أيضا بنيات تركيبية مراسل ميرنا هدف لاستخدامها الضوابط الإيجابية ، ومختلف مراسل 3&#39;UTR يبني الذاتية ، وسلسلة من البروتوكولات التجريبية موحدة. نحن هنا تصف طريقة لترنسفكأيشن المشترك للبنيات 3&#39;UTR - المراسل الفرد جنبا الى جنب مع ميرنا تقليد تتسم بالكفاءة واستنساخه ، وقابلة للتحليل إنتاجية عالية.

Watch this Scientific Journal Video about Identifying Targets of Human microRNAs with the LightSwitch Luciferase Assay System using 3'UTR-reporter Constructs and a microRNA Mimic in Adherent Cells at 

Identifying Targets of Human microRNAs with the LightSwitch Luciferase Assay System using 3'UTR-reporter Constructs and a microRNA Mimic in Adherent Cells

MicroRNAs (miRNAs) هي منظمات هامة في التعبير الجيني ، وثبت أنها تلعب دورا في العديد من العمليات البيولوجية. إلى فهم أفضل لميرنا ، UTR التفاعلات ، وقد انشأنا مجموعة واسعة من الجينوم للصحفيين UTR 3 luciferase يقترن جينة luciferase الرواية وكاشف مقايسة ، ونظام LightSwitch.

تحديد الأهداف من microRNAs الإنسان مع نظام الفحص LightSwitch Luciferase به مراسل 3&#39;UTR - a يبني وmicroRNA مقلد في خلايا منتسب

MicroRNAs (miRNAs) are important regulators of gene expression and play a role in many biological processes.  More than 700 human miRNAs have been ...

Research

JoVE Journal

Biology

Studying Membrane Biogenesis with a Luciferase-Based Reporter Gene Assay

دراسة النشوء الأحيائي الأغشية مع الفحص الجيني مراسل Luciferase المستندة

To study the coordination of different lipid synthesis pathways during membrane biogenesis it is useful to work with an experimental system where membrane ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

باستخدام الجينات Electroporation MXcell بولسير النظام لTransfect الخلايا الأولية ذات الكفاءة العالية

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

In situ Subcellular Fractionation of Adherent and Non-adherent Mammalian Cells

In situ Subcellular Fractionation of Adherent and Non-adherent Mammalian Cells

في تقطير التحت خلوية الموقع من خلايا الثدييات وغير ملتصقة منتسب -

Protein function is intimately coupled to protein localization. Although some proteins are restricted to a specific location or subcellular compartment, ...

Clonogenic Assay: Adherent Cells

مولد الرمع الفحص : خلايا منتسب

The clonogenic (or colony forming) assay has been established for more than 50 years; the original paper describing the technique was published in 19561. ...

Efficient Derivation of Human Cardiac Precursors and Cardiomyocytes from Pluripotent Human Embryonic Stem Cells with Small Molecule Induction

كفاءة اشتقاق السلائف القلب البشري وافرة القوة العضلية من خلايا المنشأ الجنينية البشرية التعريفي مع جزيء صغير

To date, the lack of a suitable human cardiac cell source has been the major setback in regenerating the human myocardium, either by cell-based ...

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) Using Retroviral Vector with GFP

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells iPSCs Using Retroviral Vector with GFP

إعادة برمجة الخلايا الجسدية البشرية المستحثة إلى الخلايا الجذعية المحفزة (iPSCs) استخدام ناقلات فيروسات الرجعية مع GFP

Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent and an invaluable cellular sources for in vitro disease modeling and regenerative medicine1. It has ...

A Chemical Screening Procedure for Glucocorticoid Signaling with a Zebrafish Larva Luciferase Reporter System

Glucocorticoid stress hormones and their artificial derivatives are widely used drugs to treat inflammation, but long-term treatment with glucocorticoids ...

Efficient Generation Human Induced Pluripotent Stem Cells from Human Somatic Cells with Sendai-virus

كفاءة الجيل المستحثة الإنسان افرة القوة الخلايا الجذعية من الخلايا الجسدية البشرية مع سينداي الفيروسات

A few years ago, the establishment of human induced pluripotent stem cells (iPSCs) ushered in a new era in biomedicine. Potential uses of human iPSCs ...

Detection of miRNA Targets in High-throughput Using the 3'LIFE Assay

الكشف عن أهداف ميرنا في إنتاجية عالية باستخدام الفحص 3&#39;LIFE

Luminescent Identification of Functional Elements in 3&#8217;UTRs (3&#8217;LIFE) allows the rapid identification of targets of specific miRNAs within an ...

Transfecting RAW264.7 Cells with a Luciferase Reporter Gene

بنقل العدوى إلى خلايا RAW264.7 مع luciferase المراسل مراسل جين

Transfection of desired genetic materials into cells is an inevitable procedure in biomedical research studies. While numerous methods have been ...