Name: analyzing and building nucleic acid structures with 3dna
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

אנו אסירי תודה לŠponer Jiří לשיתוף הקואורדינטות של סלילים כפולים דנ&quot;א שנוצרו בהדמיות של דינאמיקה מולקולארית. כמו כן, אנו מכירים בנדא Spackova לסיוע בהורדת מבנים אלה. תמיכה בעבודה זו באמצעות מענקי מחקר USPHS GM34809 וGM096889 הוא הודה בהכרת תודה.

1. התקנה של חבילת התוכנה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להתחבר לאתר 3DNA <a href="http://x3dna.org" target="_blank">בhttp://x3dna.org</a> ולחץ על הקישור לפורום 3DNA. בתוך הפורום בחר בקישור &#39;הירשם&#39;, ועקוב אחר ההוראות כדי ליצור חשבון חדש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ההתקנה הבאה הור...

<ol>
	<li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+software+package+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures.">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+versatile,+integrated+software+system+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li><li>Zheng, G., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis,+reconstruction,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li><li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPS:+a+database+of+RNA+base-pair+structures.">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li><li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNALandscapes:+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA.">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li><li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+'roll-and-slide'+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning.">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA/GpA+miniduplex.">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li><li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome:+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb.">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li><li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis?.">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?.</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li><li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease.">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li><li>Lanka&#353;, F., &#352;pa&#269;kov&#225;, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., &#352;poner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA.">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li><li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes.">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li><li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li><li>Joint, I. U. P. A. C. -. I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commission+on+Biochemical+Nomenclature+(JCBN)+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains.">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li><li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation.">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li><li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters.">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li><li>Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X. -. J., Neidle, S., Shakked, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+standard+reference+frame+for+the+description+of+nucleic+acid+base-pair+geometry.">A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.</a> J. Mol. Biol. 313, 229-237 (2001).</li><li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited:+Curves+.">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li><li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate.">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li><li>Watson, J. D., Crick, F. H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetical+implications+of+the+structure+of+deoxyribonucleic+acid.">Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 171, 964-967 (1953).</li><li>Marvin, D. A., Spencer, M., Wilkins, M. H. F., Hamilton, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+configuration+of+deoxyribonucleic+acid.">A new configuration of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 182, 387-388 (1958).</li><li>Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S. -. H., Srinivasan, A. R., Schneider, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Nucleic+Acid+Database:+a+comprehensive+relational+database+of+three-dimensional+structures+of+nucleic+acids.">The Nucleic Acid Database: a comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids.</a> Biophys. J. 63, 751-759 (1992).</li><li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis.">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li><li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly:+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation.">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li><li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure,+flexibility,+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations.">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li><li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins:+experiment+and+simulation.">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li><li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SwS:+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids.">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li><li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures.">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li><li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+bioinformatics+of+DNA:+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction.">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li><li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking.">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li><li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARA:+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures.">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li><li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-DART:+a+DNA+structure+modelling+server.">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li><li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-footprint:+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes.">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li><li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+FRABASE+2.0:+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures.">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231 (2010).</li><li>&#268;ech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SETTER:+web+server+for+RNA+structure+comparison.">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li></ol>

הקבוצה של פרוטוקולים שהוצגו במאמר זה נגע רק על היכולות של חבילת 3DNA של תוכניות. ניתן ליישם את הכלים RNA מבנים לזהות זוגות בסיסים שאינם קנוניים, על מנת לקבוע את ההקשרים המבניים משניים שבזיווג כזה מתרחש, לכמת את הנטייה שברי מרחבי של סליל, כדי למדוד את החפיפה של בסיסים לאור?...

הבנת המבנים תלת ממדיים של ה-DNA, RNA, והקומפלקסים שלהם עם חלבונים, סמים, וligands אחר, היא חיונית לפענוח התפקודים הביולוגיים השונים שלהם, ועל שאפשרה תכנון רציונלים של תרופות. חקירה של מבנים כאלה כרוך בשלושה מרכיבים נפרדים, אך קשורים באופן הדוק: ניתוח (כדי לחלץ דפוסים בצורות ובאינטראקציות), מודלים (כדי להעריך את האנרגטיקה ודינמיקה מולקולרית), והדמיה. ניתוח מבני ובניית מודל הם בעצם שני צדדים של אותו מטבע, ויזואליזציה משלימה את שניהם. חבילת 3DNA של תוכנות מחשב היא ערכת כלים מבניות ביואינפורמטיקה פופולרית יותר ויותר עם יכולות לנתח, לבנות, ולדמיין מבני חומצות גרעין תלת ממדיים. פרסומים קודמים תאר את היכולות של תוכנת 1, ובלבד מתכונים לבצע משימות נבחרות 2, הציג את הממשק מבוסס אינטרנטלתכונות פופולריות של התוכנה 3, מסדי נתונים שהוצגו בתכונות מבניות נאספו באמצעות 4 3DNA, 5 ואייר את התועלת של התוכנה בניתוח של שני מבני RNA-DNA ו6, 7. מטרתו של מאמר זה היא להביא את ערכת תוכנת 3DNA למדענים במעבדה ואחרים בעלי אינטרסים ו / או צרכי לחקור DNA וארגון המרחבי RNA עם כלים חישוביים מדינה-of-the-art. הפרוטוקולים שהוצגו כאן כוללים הוראות שלב אחרת שלב (i) כדי להוריד ולהתקין את התוכנה במערכת Mac OS X, (II-III) כדי לנתח ולשנות את מבני ה-DNA ברמה של הצעדים של זוגות בסיסים המרכיבים, ( IV-V) כדי לנתח וליישר סטים של מבני DNA קשורים, ו( vi) כדי לבנות מודלים של רשתות ה-DNA חלבון מעוטרים בממשק האינטרנט w3DNA ידידותי למשתמש. יש תוכנה את היכולת לנתח מבנים בודדים לפתור באמצעות שיטות קריסטלוגרפיים רנטגן כמו גם גדולהרכבים של מבנים שנקבעו עם תהודה (NMR) שיטות מגנטיות גרעיניות או שנוצרו על ידי טכניקות מחשב סימולציה. המבנים בדקו כאן כוללים (i) את מבנה הגביש ברזולוציה גבוהה של ה-DNA חייב חלבון Hbb מBorrelia burgdorferi 8 (חיידק סמן הנישא שגורם למחלת ליים ב9 בני אדם, 10), (ii) שתי קבוצות גדולות של רצף מולקולות ה-DNA הקשורים מיוצרות עם סימולציות מולקולריות 11 - 4,500 תצלומים של D (GGCAAAATTTTGCC) 2 ו-D (CCGTTTTAAAACGG) 2 נאספו במרווחים של 100-psec בחישובים, וכן (iii) אנסמבל קטן של מבנים של מפעיל ה-DNA O3 מבוססי תמ&quot;ג חייבים את headpieces של Escherichia coli לאק repressor החלבון 12. ההוראות שלהלן כוללות מידע על איך לגשת לקבצים של קואורדינטות אטומיות הקשורים כמו גם עם כל אחד מהמבנים האלה איך להשתמש 3DNA (עותק של קובץ זה נמצאבפורום 3DNA <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">בhttp://forum.x3dna.org/jove)</a> כדי לבחון ולשנות את המבנים האלה.

analyzing and building nucleic acid structures with 3dna

חבילת תוכנת 3DNA היא כלי פופולרי ביואינפורמטיקה ותכליתית עם יכולות לנתח, לבנות, ולדמיין מבני חומצות גרעין תלת ממדיים. מאמר זה מציג פרוטוקולים מפורטים לקבוצת משנה של תכונות חדשות והפופולריות זמינות ב3DNA, החלים על שני מבנים והרכבים של מבנים הקשורים בודדים. 1 פרוטוקול מפרט את הסט של הוראות הדרושות כדי להוריד ולהתקין את התוכנה. זה ואחריו, בפרוטוקול 2, על ידי הניתוח של מבנה חומצת גרעין, ובכלל זה את ההקצאה של זוגות בסיסים וקביעת פרמטרים נוקשי גוף המתארים את המבנה ואת, בפרוטוקול 3, על ידי תיאור של הבנייה מחדש של אטומי מודל של מבנה מהפרמטרים נוקשה הגוף שלה. הגרסה העדכנית ביותר של 3DNA, גרסת 2.1, יש לו תכונות חדשות לניתוח והמניפולציה של הרכבים של מבנים, כגון אלה המשתמעים מתהודה גרעינית (NMR) מדידות מגנטיות ו( MD הדינמי המולקולריסימולציות); תכונות אלה מוצגות בפרוטוקולי 4 ו -5. בנוסף לחבילת התוכנה העצמאית 3DNA, שרת האינטרנט w3DNA, הממוקם <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">בhttp://w3dna.rutgers.edu,</a> מספק ממשק ידידותי למשתמש לתכונות נבחרות של התוכנה. 6 פרוטוקול מדגים תכונה חדשנית של האתר לבניית מודלים של מולקולות דנ&quot;א ארוכות מעוטרות בחלבונים מאוגדים במקומות משתמש שצוינו.

כלי תוכנת 3DNA משמשים באופן שגרתי לניתוח מבני חומצות גרעין. לדוגמה, את זהותם של זוגות בסיסים והפרמטרים נוקשים הגוף המאפיינים את ההסדרים של בסיסים שבברי סליל כפול של ה-DNA ומבני RNA מחושבים באופן אוטומטי ונשמרות עבור כל ערך חדש במאגר חומצות גרעין 22, מאגר עולמי של מידע...

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

חבילת תוכנת 3DNA היא כלי פופולרי ביואינפורמטיקה ותכליתית עם יכולות לנתח, לבנות, ולדמיין מבני חומצות גרעין תלת ממדיים. מאמר זה מציג פרוטוקולים מפורטים לקבוצת משנה של תכונות חדשות והפופולריות זמינות ב3DNA, החלים על שני מבנים והרכבים של מבנים הקשורים בודדים.

ניתוח ובניית מבני חומצות גרעין עם 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Research

JoVE Journal

Biology

AC Electrokinetic Phenomena Generated by Microelectrode Structures

AC תופעות electrokinetic שנוצר על ידי מבנים microelectrode

The field of AC electrokinetics is rapidly growing due to its ability to perform dynamic fluid and particle manipulation on the micro- and nano-scale, ...

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

הכתמה של חלבונים עם ג&#39;ל Coomassie G-250 ללא חומצה אצטית ממס אורגני

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

תיוג של פלורסנט תסיסנית לב מבנים

The Drosophila melanogaster dorsal vessel, or heart, is a tubular structure comprised of a single layer of contractile cardiomyocytes, pericardial cells ...

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering (CARS)

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering CARS

דיפרנציאל הדמיה של מבנים ביולוגיים עם פיזור כפליים-התהודה אנטי סטוקס קוהירנט ראמאן (CARS)

Coherent Raman imaging techniques have seen a dramatic increase in activity over the past decade due to their promise to enable label-free optical imaging ...

Electricity-Free, Sequential Nucleic Acid and Protein Isolation

חשמל חינם, חומצות גרעין רצופות ובידוד חלבון

Traditional and emerging pathogens such as Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), Yersinia pestis, or prion-based diseases are of significant concern ...

Simultaneous Multicolor Imaging of Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

Localization-based super resolution microscopy can be applied to obtain a spatial map (image) of the distribution of individual fluorescently labeled ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

תיוג רצף ספציפי של חומצות גרעין וחלבונים עם Methyltransferases ואנלוגים כקו-פקטורים

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Simple Bulk Readout of Digital Nucleic Acid Quantification Assays

Readout גורף פשוט של דיגיטלי מבחני כימות חומצות גרעין

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

הפקת חומצות גרעין יעיל 16S rRNA ג&#39;ין רצף עבור בקטריאלי קהילת אפיון

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...