Name: analyzing and building nucleic acid structures with 3dna
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

हम आणविक गतिशीलता सिमुलेशन में उत्पन्न डीएनए डबल हेलिक्स के निर्देशांक साझा करने के लिए Jiří Šponer के लिए आभारी हैं. हम भी इन संरचनाओं को डाउनलोड करने में सहायता के लिए नाडा Spackova को स्वीकार करते हैं. USPHS अनुसंधान अनुदान के माध्यम से इस काम का समर्थन GM34809 और GM096889 कृतज्ञता से स्वीकार किया है.

1. सॉफ्टवेयर पैकेज की स्थापना <ol><li> पर 3DNA वेबसाइट से कनेक्ट <a href="http://x3dna.org" target="_blank">http://x3dna.org</a> और 3DNA फोरम के लिए लिंक पर क्लिक करें. फोरम के भीतर &#39;रजिस्टर&#39; लिंक का चयन करें और एक नया खाता बनाने के लिए निर्देशों का पाल...

<ol>
	<li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+software+package+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures.">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+versatile,+integrated+software+system+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li><li>Zheng, G., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis,+reconstruction,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li><li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPS:+a+database+of+RNA+base-pair+structures.">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li><li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNALandscapes:+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA.">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li><li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+'roll-and-slide'+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning.">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA/GpA+miniduplex.">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li><li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome:+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb.">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li><li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis?.">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?.</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li><li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease.">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li><li>Lanka&#353;, F., &#352;pa&#269;kov&#225;, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., &#352;poner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA.">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li><li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes.">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li><li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li><li>Joint, I. U. P. A. C. -. I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commission+on+Biochemical+Nomenclature+(JCBN)+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains.">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li><li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation.">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li><li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters.">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li><li>Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X. -. J., Neidle, S., Shakked, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+standard+reference+frame+for+the+description+of+nucleic+acid+base-pair+geometry.">A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.</a> J. Mol. Biol. 313, 229-237 (2001).</li><li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited:+Curves+.">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li><li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate.">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li><li>Watson, J. D., Crick, F. H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetical+implications+of+the+structure+of+deoxyribonucleic+acid.">Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 171, 964-967 (1953).</li><li>Marvin, D. A., Spencer, M., Wilkins, M. H. F., Hamilton, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+configuration+of+deoxyribonucleic+acid.">A new configuration of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 182, 387-388 (1958).</li><li>Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S. -. H., Srinivasan, A. R., Schneider, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Nucleic+Acid+Database:+a+comprehensive+relational+database+of+three-dimensional+structures+of+nucleic+acids.">The Nucleic Acid Database: a comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids.</a> Biophys. J. 63, 751-759 (1992).</li><li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis.">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li><li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly:+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation.">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li><li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure,+flexibility,+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations.">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li><li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins:+experiment+and+simulation.">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li><li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SwS:+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids.">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li><li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures.">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li><li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+bioinformatics+of+DNA:+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction.">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li><li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking.">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li><li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARA:+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures.">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li><li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-DART:+a+DNA+structure+modelling+server.">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li><li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-footprint:+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes.">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li><li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+FRABASE+2.0:+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures.">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231 (2010).</li><li>&#268;ech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SETTER:+web+server+for+RNA+structure+comparison.">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li></ol>

इस लेख में प्रस्तुत प्रोटोकॉल का सेट केवल कार्यक्रमों की 3DNA सूट की क्षमताओं पर संपर्क. उपकरण आदि,, ऐसे बाँधना होता है जिसमें माध्यमिक संरचनात्मक संदर्भों निर्धारित करने के लिए पेचदार टुकड़े के स्थानि?...

डीएनए, आरएनए और प्रोटीन, दवाओं, और अन्य ligands के साथ उनके परिसरों के तीन आयामी संरचना को समझना उनके विविध जैविक कार्यों का गूढ़ रहस्य के लिए महत्वपूर्ण है, और चिकित्सा विज्ञान की तर्कसंगत डिजाइन की अनुमति के लिए. विश्लेषण (आकार और बातचीत में पैटर्न निकालने के लिए), मॉडलिंग (ऊर्जा विज्ञान और आणविक गतिशीलता का आकलन करने के लिए), और दृश्य: ऐसी संरचनाओं का अन्वेषण तीन अलग, अभी तक बारीकी से संबंधित घटकों पर जोर देता. स्ट्रक्चरल विश्लेषण और मॉडल निर्माण एक ही सिक्के के अनिवार्य रूप से दो पक्ष हैं, और दृश्य उन दोनों के पूरक है. कंप्यूटर प्रोग्राम के 3DNA सूट तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचना, विश्लेषण का निर्माण, और कल्पना करने के लिए क्षमताओं के साथ एक तेजी से लोकप्रिय संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान टूलकिट है. इससे पहले प्रकाशनों व्यंजनों चयनित कार्य 2 प्रदर्शन करने के लिए प्रदान की सॉफ्टवेयर 1, की क्षमताओं को रेखांकित किया, वेब आधारित इंटरफेस पेशसॉफ्टवेयर 3 की लोकप्रिय सुविधाओं के लिए, ढांचागत सुविधाओं की प्रस्तुत डेटाबेस का उपयोग कर एकत्र 3DNA 4, 5 और डीएनए और आरएनए संरचनाओं 6, 7 दोनों के विश्लेषण में सॉफ्टवेयर की उपयोगिता सचित्र. इस अनुच्छेद के लक्ष्य डीएनए और राज्य के-the-कला कम्प्यूटेशनल उपकरण के साथ शाही सेना स्थानिक संगठन की जांच के लिए दिलचस्पी है और / या जरूरत के साथ प्रयोगशाला के वैज्ञानिकों और अन्य लोगों के लिए 3DNA सॉफ्टवेयर किट लाना है. यहाँ प्रस्तुत प्रोटोकॉल कदम दर कदम निर्देश (मैं) एक मैक ओएस एक्स सिस्टम पर सॉफ्टवेयर डाउनलोड करने और स्थापित करने के लिए, (II-III) घटक आधार जोड़ी कदम, के स्तर पर डीएनए संरचना का विश्लेषण और संशोधित करने के लिए (शामिल चतुर्थ-V) का विश्लेषण करने और संबंधित डीएनए संरचना के सेट संरेखित, और (vi) उपयोगकर्ता के अनुकूल w3DNA वेब इंटरफेस के साथ प्रोटीन से सजाया डीएनए श्रृंखला के मॉडल का निर्माण करने के लिए. सॉफ्टवेयर व्यक्तिगत संरचनाओं के साथ ही बड़े एक्स - रे crystallographic तरीकों का उपयोग कर हल का विश्लेषण करने की क्षमता हैपरमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर) तरीकों के साथ निर्धारित या कंप्यूटर सिमुलेशन तकनीक द्वारा उत्पन्न संरचनाओं के ensembles. संरचनाओं (मैं) Borrelia burgdorferi 8 (मनुष्य 9, 10 में Lyme रोग का कारण बनता है कि टिक जनित जीवाणु), (ख) से HBB प्रोटीन के लिए बाध्य डीएनए के उच्च संकल्प क्रिस्टल संरचना में शामिल यहां क्रमिक रूप से दो बड़े सेट की जांच की घ के 4,500 स्नैपशॉट (GGCAAAATTTTGCC) 2 और घ (CCGTTTTAAAACGG) 2 गणना के दौरान 100 psec वेतन वृद्धि पर एकत्र, और ओ 3 डीएनए ऑपरेटर की एनएमआर आधारित संरचनाओं (iii) एक छोटा सा पहनावा - आणविक सिमुलेशन 11 के साथ उत्पादन संबंधी डीएनए अणु Escherichia कोलाई लाख repressor प्रोटीन 12 के headpieces के लिए बाध्य. नीचे दिए गए निर्देशों इन संरचनाओं में से प्रत्येक के साथ और साथ ही कैसे 3DNA (इस फ़ाइल की एक प्रति मिली है उपयोग करने के लिए जुड़े परमाणु निर्देशांक की फ़ाइलों का उपयोग करने के बारे में जानकारी शामिलपर 3DNA मंच पर <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) इन संरचनाओं की जांच करने और संशोधित करने के लिए.

analyzing and building nucleic acid structures with 3dna

3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज, विश्लेषण का निर्माण, और तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं कल्पना करने की क्षमता के साथ एक लोकप्रिय और बहुमुखी जैव सूचना विज्ञान उपकरण है. यह लेख व्यक्तिगत संरचनाओं और संबंधित संरचनाओं की टुकड़ियों दोनों पर लागू 3DNA में उपलब्ध नई और लोकप्रिय सुविधाओं के एक सबसेट के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है. प्रोटोकॉल 1 सॉफ्टवेयर डाउनलोड करने और स्थापित करने के लिए आवश्यक निर्देश के सेट सूचियों. इस आधार जोड़े के काम और संरचना का वर्णन है कि कठोर शरीर मापदंडों के निर्धारण सहित एक न्यूक्लिक एसिड संरचना, का विश्लेषण द्वारा प्रोटोकॉल 2, में, पीछा किया और, प्रोटोकॉल 3 में, एक परमाणु के पुनर्निर्माण की एक विवरण के आधार पर किया जाता है अपने कठोर शरीर मापदंडों से एक संरचना का मॉडल. 3DNA, संस्करण 2.1, का नवीनतम संस्करण जैसे परमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर) मापन और आणविक गतिशील (एमडी से deduced के रूप में उन संरचनाओं की टुकड़ियों का विश्लेषण और हेरफेर के लिए नई सुविधाओं की है,) सिमुलेशन, इन सुविधाओं प्रोटोकॉल 4 और 5 में प्रस्तुत कर रहे हैं. 3DNA अकेले खड़े सॉफ्टवेयर पैकेज के अलावा, में स्थित w3DNA वेब सर्वर, <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a> , सॉफ्टवेयर की चयनित सुविधाओं के लिए एक उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफेस प्रदान करता है. प्रोटोकॉल 6 उपयोगकर्ता द्वारा निर्दिष्ट स्थानों पर बाध्य प्रोटीन के साथ सजाया लंबे डीएनए अणु के मॉडल के निर्माण के लिए साइट का एक उपन्यास सुविधा को दर्शाता है.

3DNA सॉफ्टवेयर उपकरणों नियमित न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं का विश्लेषण करने के लिए उपयोग किया जाता है. उदाहरण के लिए, आधार जोड़े की पहचान और डीएनए और आरएनए संरचनाओं के डबल पेचदार टुकड़ों में ठिकानों की व्यवस?...

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

3DNA सॉफ्टवेयर पैकेज, विश्लेषण का निर्माण, और तीन आयामी न्यूक्लिक एसिड संरचनाओं कल्पना करने की क्षमता के साथ एक लोकप्रिय और बहुमुखी जैव सूचना विज्ञान उपकरण है. यह लेख व्यक्तिगत संरचनाओं और संबंधित संरचनाओं की टुकड़ियों दोनों पर लागू 3DNA में उपलब्ध नई और लोकप्रिय सुविधाओं के एक सबसेट के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है.

3DNA साथ न्यूक्लिक एसिड संरचना का विश्लेषण और बिल्डिंग

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Research

JoVE Journal

Biology

AC Electrokinetic Phenomena Generated by Microelectrode Structures

एसी electrokinetic microelectrode संरचनाएं द्वारा उत्पन्न घटना

The field of AC electrokinetics is rapidly growing due to its ability to perform dynamic fluid and particle manipulation on the micro- and nano-scale, ...

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

कार्बनिक सॉल्वेंट और एसिटिक एसिड के बिना जी 250 Coomassie के साथ जैल में प्रोटीन की धुंधला

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

के फ्लोरोसेंट लेबलिंग ड्रोसोफिला हार्ट संरचनाएं

The Drosophila melanogaster dorsal vessel, or heart, is a tubular structure comprised of a single layer of contractile cardiomyocytes, pericardial cells ...

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering (CARS)

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering CARS

विभेदकों इमेजिंग जैविक संरचनाओं की दोगुना गुंजयमान सुसंगत विरोधी स्टोक्स रमन छितराया (कारों) के साथ

Coherent Raman imaging techniques have seen a dramatic increase in activity over the past decade due to their promise to enable label-free optical imaging ...

Electricity-Free, Sequential Nucleic Acid and Protein Isolation

बिजली नि: शुल्क, अनुक्रमिक न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन अलगाव

Traditional and emerging pathogens such as Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), Yersinia pestis, or prion-based diseases are of significant concern ...

Simultaneous Multicolor Imaging of Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

Localization-based super resolution microscopy can be applied to obtain a spatial map (image) of the distribution of individual fluorescently labeled ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Methyltransferases और cofactor analogues साथ न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन के अनुक्रम-विशिष्ट लेबलिंग

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Simple Bulk Readout of Digital Nucleic Acid Quantification Assays

डिजिटल न्यूक्लिक एसिड की मात्रा assays के सरल थोक पढ़ा गया

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

कुशल न्यूक्लिक एसिड निकासी और -16 rRNA जीन अनुक्रमण जीवाणु समुदाय विशेषता के लिए

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...