Name: analyzing and building nucleic acid structures with 3dna
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Vi er takknemlige for Jiří Sponsor for deling koordinatene av DNA dobbel helices genereres i molekylær dynamikk simuleringer. Vi erkjenner også Nada Spackova for å få hjelp i å laste ned disse strukturene. Støtte for dette arbeidet gjennom USPHS forskningsmidler GM34809 og GM096889 er takknemlig erkjent.

En. Installasjon av Software Package <ol><li> Koble til 3DNA hjemmeside <a href="http://x3dna.org" target="_blank">http://x3dna.org</a> og klikk på linken til 3DNA Forum. Innenfor Forum velge &#39;register&#39; linken og følg instruksjonene for å opprette en ny konto. </li><li> Følgende instruksjoner detalj installasjon av programvaren på en OS X-basert Macintosh-maskin med en standard &#39;bash&#39; shell. Prosedyren for Linux eller Windows (Cygwin, MinGW / MSYS) systemer med brukte skjell (inkludert &quot;tcsh ...

<ol>
	<li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+software+package+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures.">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+versatile,+integrated+software+system+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li><li>Zheng, G., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis,+reconstruction,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li><li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPS:+a+database+of+RNA+base-pair+structures.">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li><li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNALandscapes:+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA.">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li><li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+'roll-and-slide'+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning.">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA/GpA+miniduplex.">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li><li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome:+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb.">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li><li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis?.">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?.</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li><li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease.">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li><li>Lanka&#353;, F., &#352;pa&#269;kov&#225;, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., &#352;poner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA.">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li><li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes.">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li><li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li><li>Joint, I. U. P. A. C. -. I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commission+on+Biochemical+Nomenclature+(JCBN)+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains.">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li><li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation.">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li><li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters.">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li><li>Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X. -. J., Neidle, S., Shakked, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+standard+reference+frame+for+the+description+of+nucleic+acid+base-pair+geometry.">A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.</a> J. Mol. Biol. 313, 229-237 (2001).</li><li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited:+Curves+.">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li><li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate.">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li><li>Watson, J. D., Crick, F. H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetical+implications+of+the+structure+of+deoxyribonucleic+acid.">Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 171, 964-967 (1953).</li><li>Marvin, D. A., Spencer, M., Wilkins, M. H. F., Hamilton, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+configuration+of+deoxyribonucleic+acid.">A new configuration of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 182, 387-388 (1958).</li><li>Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S. -. H., Srinivasan, A. R., Schneider, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Nucleic+Acid+Database:+a+comprehensive+relational+database+of+three-dimensional+structures+of+nucleic+acids.">The Nucleic Acid Database: a comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids.</a> Biophys. J. 63, 751-759 (1992).</li><li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis.">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li><li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly:+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation.">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li><li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure,+flexibility,+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations.">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li><li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins:+experiment+and+simulation.">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li><li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SwS:+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids.">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li><li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures.">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li><li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+bioinformatics+of+DNA:+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction.">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li><li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking.">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li><li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARA:+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures.">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li><li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-DART:+a+DNA+structure+modelling+server.">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li><li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-footprint:+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes.">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li><li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+FRABASE+2.0:+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures.">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231 (2010).</li><li>&#268;ech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SETTER:+web+server+for+RNA+structure+comparison.">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li></ol>

Settet av protokoller som presenteres i denne artikkelen kun berøre mulighetene til 3DNA pakke med programmer. Verktøyene kan brukes til RNA strukturer for å identifisere ikke-kanonisk basepar, for å bestemme de sekundære strukturelle sammenhenger der en slik sammenkobling oppstår, å kvantifisere den romlige fordelingen av skrueformede fragmenter, for å måle overlappingen av baser langs kjeden ryggrad, etc. gjenoppbyggingen kommandoen tillater brukeren å konstruere enkle og informative blokk representasjoner a...

Forstå det tredimensjonale strukturer av DNA, RNA, og deres komplekser med proteiner, narkotika og andre ligander, er avgjørende for å tyde deres ulike biologiske funksjoner, og for å la rasjonell utforming av legemiddelselskap. Utforskning av slike strukturer innebærer tre separate, men likevel tett knyttet komponenter: analyse (for å trekke ut mønstre i former og interaksjoner), modellering (for å vurdere energetics og molekylær dynamikk), og visualisering. Strukturell analyse og modellbygging er i hovedsak to sider av samme sak, og visualisering utfyller dem begge. Den 3DNA suite av dataprogrammer er en stadig mer populær strukturell bioinformatikk verktøykasse med evner til å analysere, konstruere og visualisere tredimensjonale nukleinsyre strukturer. Tidligere publikasjoner skisserte mulighetene i programvaren 1, forutsatt oppskrifter for å utføre utvalgte oppgaver 2, introduserte web-basert grensesnitttil populære funksjonene i programvaren tre, samlet presentert databaser av strukturelle trekk ved hjelp 4 3DNA, 5 og illustrert nytten av programvaren i analysen av både DNA og RNA strukturer seks, syv. Målet med denne artikkelen er å bringe 3DNA programvare kit til laboratorium forskere og andre med interesse og / eller behov for å undersøke DNA og RNA romlige organiseringen med state-of-the-art dataverktøy. Protokollene som presenteres her inkluderer trinn-for-trinn-instruksjoner (i) å laste ned og installere programvaren på en Mac OS X-systemet, (ii-iii) å analysere og endre DNA-strukturer på nivå med de konstituerende base-par skritt, ( iv-v) for å analysere og justere sett av beslektede DNA strukturer, og (vi) å konstruere modeller av protein-dekorert DNA-kjeder med den brukervennlige w3DNA webgrensesnitt. Programvaren har evnen til å analysere de enkelte strukturer løst ved hjelp av røntgen-krystallografiske metoder samt storensembler av strukturer bestemmes med kjernemagnetisk resonans (NMR) metoder eller generert av datamaskinen-simulering teknikker. Strukturene undersøkt her inkluderer (i) den høyoppløselige krystallstruktur av DNA bundet til HBB protein fra Borrelia burgdorferi 8 (tick-borne bakterien som forårsaker Lyme sykdom hos mennesker 9, 10), (ii) to store sett med sekvensielt relaterte DNA-molekyler som produseres med molekylære simuleringer 11 - 4,500 øyeblikksbilder av d (GGCAAAATTTTGCC) 2 og d (CCGTTTTAAAACGG) 2 oppsamlet ved 100-psec intervaller i løpet av beregningene, og (iii) en liten ensemble av NMR-baserte strukturer av O3 DNA operatør bundet til headpieces av Escherichia coli Lac repressor protein 12. Instruksjonene nedenfor inneholder informasjon om hvordan du får tilgang til filene på atom-koordinater knyttet til hver av disse strukturene, samt hvordan man bruker 3DNA (en kopi av denne filen blir funnetpå 3DNA forumet på <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) for å undersøke og endre disse strukturene.

analyzing and building nucleic acid structures with 3dna

Den 3DNA programvarepakke er en populær og allsidig bioinformatikk verktøy med evner til å analysere, konstruere og visualisere tredimensjonale nukleinsyre strukturer. Denne artikkelen presenterer detaljerte protokoller for en undergruppe av nye og populære funksjoner som er tilgjengelige i 3DNA, som gjelder for både individuelle strukturer og ensembler av beslektede strukturer. Protokoll 1 viser sett med instruksjoner som trengs for å laste ned og installere programvaren. Dette ble fulgt i to protokoll, ved analyse av en nukleinsyre, medregnet de tilordningen av basepar og bestemmelse av stiv-kroppsparametere som beskriver strukturen og, i protokoll 3, ved en beskrivelse av rekonstruksjon av et atom modell av en struktur fra den stive-kroppsparametere. Den nyeste versjonen av 3DNA, versjon 2.1, har nye funksjoner for analyse og manipulering av ensembler av strukturer, slik som de utledes fra kjernemagnetisk resonans (NMR) målinger og molekylær dynamikk (MD) Simuleringer, og disse funksjonene er presentert i protokoll 4 og 5. I tillegg til den 3DNA frittstående programvare pakken, w3DNA web server, som ligger på <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a> gir et brukervennlig grensesnitt mot utvalgte funksjoner i programvaren. Protokoll 6 viser en ny funksjon i området for å bygge modeller av lange DNA-molekyler dekorert med bundne proteiner på brukerdefinerte steder.

De 3DNA dataverktøy blir rutinemessig brukt til å analysere nukleinsyre strukturer. For eksempel, er identiteten til basepar og stive-body parametere som karakteriserer arrangementer av baser i dobbel-spiralformede fragmenter av DNA og RNA strukturer automatisk ut og lagres for hver ny oppføring i nukleinsyre Database 22, en verdensomspennende oppbevaringssted for nukleinsyre strukturell informasjon. Verdiene av stiv-kroppsparameter bestemmes med protokoll 2 lett avsløre skjevheter i tredimensjonal strukt...

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Den 3DNA programvarepakke er en populær og allsidig bioinformatikk verktøy med evner til å analysere, konstruere og visualisere tredimensjonale nukleinsyre strukturer. Denne artikkelen presenterer detaljerte protokoller for en undergruppe av nye og populære funksjoner som er tilgjengelige i 3DNA, som gjelder for både individuelle strukturer og ensembler av beslektede strukturer.

Analysere og bygningsloven Nukleinsyre Structures med 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Research

JoVE Journal

Biology

AC Electrokinetic Phenomena Generated by Microelectrode Structures

The field of AC electrokinetics is rapidly growing due to its ability to perform dynamic fluid and particle manipulation on the micro- and nano-scale, ...

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

The Drosophila melanogaster dorsal vessel, or heart, is a tubular structure comprised of a single layer of contractile cardiomyocytes, pericardial cells ...

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering (CARS)

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering CARS

Coherent Raman imaging techniques have seen a dramatic increase in activity over the past decade due to their promise to enable label-free optical imaging ...

Electricity-Free, Sequential Nucleic Acid and Protein Isolation

Elektrisitet-Free, Sekvensiell nukleinsyre-og Protein Isolation

Traditional and emerging pathogens such as Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), Yersinia pestis, or prion-based diseases are of significant concern ...

Simultaneous Multicolor Imaging of Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

Localization-based super resolution microscopy can be applied to obtain a spatial map (image) of the distribution of individual fluorescently labeled ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Sekvens-spesifikk merking av nukleinsyrer og proteiner med metyltransferaser og kofaktor analoger

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Simple Bulk Readout of Digital Nucleic Acid Quantification Assays

Enkelt Bulk Avlesning av digitale Nukleinsyre Kvantifisering Analyser

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

Effektiv Nucleic Acid Utvinning og 16S rRNA Gene Sekvense for Bakteriell Fellesskapet Karakterisering

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...