Name: analyzing and building nucleic acid structures with 3dna
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Biz moleküler dinamik simülasyonları üretilen DNA çift sarmal koordinatları paylaşımı için Jiří Sponer minnettarız. Ayrıca bu yapıların indirme yardım için Nada Spackova kabul. USPHS Araştırma Fonları ile bu işin destek GM34809 ve GM096889 minnetle kabul edilmektedir.

1. Yazılım Paketi montajı <ol><li> De 3DNA web sitesine bağlanmak <a href="http://x3dna.org" target="_blank">http://x3dna.org</a> ve 3DNA Forum bağlantısını tıklayın. Forum içindeki &#39;kayıt&#39; bağlantısını seçin ve yeni bir hesap oluşturmak için yönergeleri izleyin. </li><li> Varsayılan bir &#39;bash&#39; kabuğu ile bir OS X tabanlı Macintosh bilgisayarda yazılım aşağıdaki yönergeleri ayrıntılı kurulum. Yaygın olarak kullanılan kabukları (&#39;tcsh&#39; dahil) ile Linux veya Win...

<ol>
	<li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+software+package+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures.">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+versatile,+integrated+software+system+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li><li>Zheng, G., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis,+reconstruction,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li><li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BPS:+a+database+of+RNA+base-pair+structures.">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li><li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNALandscapes:+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA.">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li><li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+'roll-and-slide'+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning.">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA/GpA+miniduplex.">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li><li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome:+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb.">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li><li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis?.">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?.</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li><li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease.">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li><li>Lanka&#353;, F., &#352;pa&#269;kov&#225;, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., &#352;poner, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA.">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li><li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes.">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li><li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Protein+Data+Bank.">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li><li>Joint, I. U. P. A. C. -. I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commission+on+Biochemical+Nomenclature+(JCBN)+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains.">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li><li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation.">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li><li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters.">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li><li>Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X. -. J., Neidle, S., Shakked, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+standard+reference+frame+for+the+description+of+nucleic+acid+base-pair+geometry.">A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.</a> J. Mol. Biol. 313, 229-237 (2001).</li><li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited:+Curves+.">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li><li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate.">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li><li>Watson, J. D., Crick, F. H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetical+implications+of+the+structure+of+deoxyribonucleic+acid.">Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 171, 964-967 (1953).</li><li>Marvin, D. A., Spencer, M., Wilkins, M. H. F., Hamilton, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+configuration+of+deoxyribonucleic+acid.">A new configuration of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 182, 387-388 (1958).</li><li>Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S. -. H., Srinivasan, A. R., Schneider, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Nucleic+Acid+Database:+a+comprehensive+relational+database+of+three-dimensional+structures+of+nucleic+acids.">The Nucleic Acid Database: a comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids.</a> Biophys. J. 63, 751-759 (1992).</li><li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis.">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li><li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly:+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation.">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li><li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure,+flexibility,+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations.">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li><li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins:+experiment+and+simulation.">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li><li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SwS:+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids.">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li><li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures.">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li><li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+bioinformatics+of+DNA:+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction.">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li><li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking.">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li><li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARA:+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures.">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li><li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-DART:+a+DNA+structure+modelling+server.">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li><li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D-footprint:+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes.">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li><li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+FRABASE+2.0:+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures.">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231 (2010).</li><li>&#268;ech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SETTER:+web+server+for+RNA+structure+comparison.">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li></ol>

Bu makalede sunulan protokoller kümesi sadece programların 3DNA paketinin yeteneklerini değinmek. Bu araçlar, vb gibi eşleştirme ortaya çıktığı, ikincil yapı bağlamında belirlemek için sarmal parçaları mekansal eğilim ölçmek için, zincir omurgası boyunca bazlar örtüşme ölçmek için, kurallı olmayan baz çifti tespit etmek yapıları RNA uygulanabilir Yeniden oluşturma komut, kullanıcının 1 Şekil ilave göründüğü üsleri ve baz çifti basit ve bilgilendirici blok gös...

DNA, RNA ve proteinler, ilaçlar, ve diğer ligandlar ile kompleksleri, üç boyutlu yapıları anlamak onların çeşitli biyolojik fonksiyonları deşifre için çok önemlidir ve tedavi rasyonel tasarım izin verdiği için. Analizi (şekil ve etkileşim desenleri ayıklamak için), modelleme (enerji bilimi ve moleküler dinamik değerlendirmek için), ve görselleştirme: bu yapıların keşif üç ayrı, ama yakından ilişkili bileşenleri gerektirir. Yapısal analiz ve model oluşturma aynı madalyonun aslında iki yüzü ve görselleştirme her ikisi de tamamlar. Bilgisayar programlarının 3DNA paketi üç boyutlu nükleik asit yapıları, analiz inşa ve görselleştirmek için yetenekleri ile giderek daha popüler bir yapısal biyoinformatik aracıdır. Önceki yayınlar tarifleri seçilen görevleri 2 gerçekleştirmek için sağlanan yazılım 1, özelliklerini ana hatlarıyla, web tabanlı bir arayüz tanıttıYazılımın 3 popüler özellikleri, yapısal özellikleri sunulan veritabanları kullanılarak toplanmıştır 3DNA 4, 5 ve DNA ve RNA yapıları 6, 7 iki analizinde yazılım programı resimli. Bu makalenin amacı DNA ve state-of-the-art hesaplama araçları ile RNA mekansal organizasyon araştırmak için ilgi ve / veya ihtiyaçları olan laboratuvar bilim adamları ve başkalarına 3DNA yazılım kiti getirmektir. Burada sunulan protokolleri adım adım talimatlar (i) bir Mac OS X sistem yazılımı indirmek ve yüklemek için, (ii-iii) kurucu baz çifti adımları, düzeyinde DNA yapılarını analiz etmek ve değiştirmek için (dahil iv-v) analiz ve ilgili DNA yapılarının setleri hizalamak, ve (vi) kullanıcı dostu w3DNA web arayüzü ile protein dekore edilmiş DNA zincirleri modelleri oluşturmak için için. Yazılım bireysel yapıları yanı sıra büyük X-ışını kristalografik yöntemlerle çözülmesi analiz yeteneğine sahiptirnükleer manyetik rezonans (NMR) yöntemleri ile veya bilgisayar simülasyonu teknikleri ile üretilen yapıların toplulukları. Yapılar (i) Borrelia burgdorferi 8 (insan 9, 10 Lyme hastalığı neden olduğu kene kaynaklı bakteri), (ii) den Hbb proteine ​​bağlı DNA yüksek çözünürlüklü kristal yapı içerir Burada sırayla iki büyük setleri incelenmiştir d 4.500 anlık (GGCAAAATTTTGCC) 2 ve d (CCGTTTTAAAACGG) 2 hesaplamalar sırasında 100-İcra Komitesinin artışlarla toplanan ve O3 DNA operatörün NMR tabanlı yapıların (iii) küçük bir topluluk - moleküler simülasyonları 11 ile üretilen ilgili DNA molekülleri Escherichia coli Lac repressör protein 12 başlık parçaları bağlı. Aşağıdaki talimatlar bu yapıların her biri ile hem de nasıl 3DNA (bu dosyanın bir kopyasını bulunursa kullanmak ilişkili atomik koordinatları dosyalara erişmek için hakkında bilgi içerirde 3DNA forumda <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) bu yapıların incelemek ve değiştirmek için.

analyzing and building nucleic acid structures with 3dna

3DNA yazılım paketi, analiz inşa ve üç boyutlu nükleik asit yapıları görselleştirmek için yetenekleri ile popüler ve çok yönlü biyoinformatik bir araçtır. Bu makale bireysel yapıları ve ilgili yapıların toplulukları hem de uygulanabilir 3DNA mevcut yeni ve popüler özellikler, bir alt kümesi için ayrıntılı protokoller sunar. Protokol 1 yazılımı indirmek ve kurmak için gerekli talimatları kümesini listeler. Bu baz çifti atama ve yapısını açıklamak katı cisim parametrelerin belirlenmesi de dahil olmak üzere bir nükleik asit yapısı, analiz edilmesi ile Protokol 2, olarak, takip ve Protokol 3, bir atom yeniden inşası bir açıklaması olduğunu onun katı cisim parametreleri bir yapı modeli. 3DNA, sürüm 2.1, en son sürümünü, nükleer manyetik rezonans (NMR) ölçümleri ve moleküler dinamik (MD çıkarılabilir gibi yapıların topluluklarından analiz ve manipülasyon için yeni özellikler vardır) Simülasyonları, bu özelliklere Protokoller 4 ve 5&#39;te yer almaktadır. 3DNA tek başına yazılım paketi ek olarak, bulunan w3DNA web sunucusu, <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a> , yazılımın seçilen özellikleri kullanıcı dostu bir arayüz sağlar. Protokol 6 kullanıcı tarafından belirlenen yerlerde bağlı proteinler ile dekore uzun DNA moleküllerinin modelleri oluşturmak için sitenin bir roman özelliği göstermektedir.

3DNA yazılım araçları rutin nükleik asit yapıları analiz etmek için kullanılır. Örneğin, baz çiftlerinin kimlikleri ve DNA ve RNA yapılarının çift sarmal parçaları bazların düzenlemeleri karakterize katı cisim parametreler otomatik nükleik asit veritabanı 22, dünya çapında bir depo her yeni giriş için hesaplanır ve saklanır nükleik asit yapısal bilgi. Protokol 2 ile belirlenen katı cisim parametrelerinin değerleri hali hazırda bulunan, bu tür büyük pozitif bir rulo açı...

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA at JoVE.com

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

3DNA yazılım paketi, analiz inşa ve üç boyutlu nükleik asit yapıları görselleştirmek için yetenekleri ile popüler ve çok yönlü biyoinformatik bir araçtır. Bu makale bireysel yapıları ve ilgili yapıların toplulukları hem de uygulanabilir 3DNA mevcut yeni ve popüler özellikler, bir alt kümesi için ayrıntılı protokoller sunar.

3DNA ile Nükleik Asit Yapıları analiz ve Yapı

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Research

JoVE Journal

Biology

AC Electrokinetic Phenomena Generated by Microelectrode Structures

AC Elektrokinetik Olaylar Mikroelektrod Yapıları tarafından oluşturuldu

The field of AC electrokinetics is rapidly growing due to its ability to perform dynamic fluid and particle manipulation on the micro- and nano-scale, ...

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

Organik Solvent ve Asetik Asit olmadan Jeller Coomassie G-250 ile Proteinlerin Boyama

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

Fluorescent Labeling of Drosophila Heart Structures

VE Floresan Etiketleme Drosophila Kalp Yapıları

The Drosophila melanogaster dorsal vessel, or heart, is a tubular structure comprised of a single layer of contractile cardiomyocytes, pericardial cells ...

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering (CARS)

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering CARS

Çifte rezonans Tutarlı Anti-Stokes Raman saçılımı (CARS) Biyolojik Yapıların Diferansiyel Görüntüleme

Coherent Raman imaging techniques have seen a dramatic increase in activity over the past decade due to their promise to enable label-free optical imaging ...

Electricity-Free, Sequential Nucleic Acid and Protein Isolation

Elektrik-Free, Sıralı Nükleik Asit ve Protein İzolasyonu

Traditional and emerging pathogens such as Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), Yersinia pestis, or prion-based diseases are of significant concern ...

Simultaneous Multicolor Imaging of Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

Localization-based super resolution microscopy can be applied to obtain a spatial map (image) of the distribution of individual fluorescently labeled ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Methyltransferases ve Kofaktör Analoglarının ile Nükleik Asitler ve Proteinler Dizi-spesifik Etiketleme

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Simple Bulk Readout of Digital Nucleic Acid Quantification Assays

Dijital Nükleik Asit Kantifikasyon Tahliller Basit Toplu Saati

Digital assays are powerful methods that enable detection of rare cells and counting of individual nucleic acid molecules. However, digital assays are ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...