Name: a method to assess bacteriocin effects on the gut microbiota of mice
Uploaded: 2017-07-25T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить EEA Grant NILS Science and Sustainability Скоординированную мобильность исследователей (ссылка 017-ABEL-CM-2013). CB и GP-M. Были поддержаны грантом AGL2015-70487-P от Министерства экономики и конкурентоспособности Испании. OCOU и DBD были поддержаны стратегической программой стипендий для исследований в области пищевых наук Норвежского университета наук о жизни (NMBU) (проект 1205051025). Мы также хотели бы поблагодарить Инмакуладу Ногуэру за ее помощь в уходе за животными и отборе проб и Иисусе Дехеса за его помощь в обеспечении доступности лабораторных материалов на объекте для животных. Мы также ценим профессора Ларса-Густава Снайпина за его совет по статистике.

Уход и уход должны проводиться в специализированном отделении по уходу за животными. Процедуры, описанные здесь, были одобрены соответствующим комитетом по этике Университета Валенсии и местными властями в соответствии с принципами лабораторного ухода за животными, обязательными в ?...

<ol>
	<li>Papagianni, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomally+synthesized+peptides+with+antimicrobial+properties:+biosynthesis,+structure,+function,+and+applications.">Ribosomally synthesized peptides with antimicrobial properties: biosynthesis, structure, function, and applications.</a> Biotechnol Adv. 21 (6), 465-499 (2003).</li><li>Gillor, O., Kirkup, B. C., Riley, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Advances in Applied Microbiology. 54, 129-146 (2004).</li><li>Dzung, B. D., Ingolf, F. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomally+Synthesized+Antibacterial+Peptides+in+Gram+Positive+Bacteria.">Ribosomally Synthesized Antibacterial Peptides in Gram Positive Bacteria.</a> Curr Drug Targets. 3 (2), 107-122 (2002).</li><li>Dobson, A., Cotter, P. D., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriocin+Production:+a+Probiotic+Trait?.">Bacteriocin Production: a Probiotic Trait?.</a> Appl Environ Microb. 78 (1), 1-6 (2012).</li><li>Li, D., Wang, P., Wang, P., Hu, X., Chen, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+gut+microbiota:+A+treasure+for+human+health.">The gut microbiota: A treasure for human health.</a> Biotechnol Adv. 34 (7), 1210-1224 (2016).</li><li>Millette, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capacity+of+Human+Nisin-+and+Pediocin-Producing+Lactic+Acid+Bacteria+To+Reduce+Intestinal+Colonization+by+Vancomycin-Resistant+Enterococci.">Capacity of Human Nisin- and Pediocin-Producing Lactic Acid Bacteria To Reduce Intestinal Colonization by Vancomycin-Resistant Enterococci.</a> Appl Environ Microb. 74 (7), 1997-2003 (2008).</li><li>Cotter, P. D., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriocins+[mdash]+a+viable+alternative+to+antibiotics?.">Bacteriocins [mdash] a viable alternative to antibiotics?.</a> Nat Rev Microb. 11 (2), 95-105 (2013).</li><li>Leroy, F., Foulqui&#233; Moreno, M. R., De Vuyst, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+faecium+RZS+C5,+an+interesting+bacteriocin+producer+to+be+used+as+a+co-culture+in+food+fermentation.">Enterococcus faecium RZS C5, an interesting bacteriocin producer to be used as a co-culture in food fermentation.</a> Int J Food Microb. 88 (2-3), 235-240 (2003).</li><li>Ananou, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+effect+of+enterocin+AS-48+and+high+hydrostatic+pressure+to+control+food-borne+pathogens+inoculated+in+low+acid+fermented+sausages.">Combined effect of enterocin AS-48 and high hydrostatic pressure to control food-borne pathogens inoculated in low acid fermented sausages.</a> Meat Sci. 84 (4), 594-600 (2010).</li><li>Riboulet-Bisson, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+Lactobacillus+salivarius+Bacteriocin+Abp118+on+the+Mouse+and+Pig+Intestinal+Microbiota.">Effect of Lactobacillus salivarius Bacteriocin Abp118 on the Mouse and Pig Intestinal Microbiota.</a> PLoS One. 7 (2), e31113 (2012).</li><li>Charan, J., Kantharia, N. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+calculate+sample+size+in+animal+studies?.">How to calculate sample size in animal studies?.</a> J Pharmacol Pharmacother. 4 (4), 303-306 (2013).</li><li>Umu, &. #. 2. 1. 4. ;. C. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Potential+of+Class+II+Bacteriocins+to+Modify+Gut+Microbiota+to+Improve+Host+Health.">The Potential of Class II Bacteriocins to Modify Gut Microbiota to Improve Host Health.</a> PLoS One. 11 (10), e0164036 (2016).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UPARSE:+highly+accurate+OTU+sequences+from+microbial+amplicon+reads.">UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads.</a> Nat Meth. 10 (10), 996-998 (2013).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Search+and+clustering+orders+of+magnitude+faster+than+BLAST.">Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST.</a> Bioinformatics. 26 (19), 2460-2461 (2010).</li><li>Edgar, R. C., Haas, B. J., Clemente, J. C., Quince, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UCHIME+improves+sensitivity+and+speed+of+chimera+detection.">UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection.</a> Bioinformatics. 27 (16), 2194-2200 (2011).</li><li>Caporaso, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data.">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Meth. 7 (5), 335-336 (2010).</li><li>DeSantis, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Greengenes,+a+Chimera-Checked+16S+rRNA+Gene+Database+and+Workbench+Compatible+with+ARB.">Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB.</a> Appl Environ Microb. 72 (7), 5069-5072 (2006).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PyNAST:+a+flexible+tool+for+aligning+sequences+to+a+template+alignment.">PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.</a> Bioinformatics. 26 (2), 266-267 (2010).</li><li>Wang, Q., Garrity, G. M., Tiedje, J. M., Cole, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Naive+Bayesian+Classifier+for+Rapid+Assignment+of+rRNA+Sequences+into+the+New+Bacterial+Taxonomy.">Naive Bayesian Classifier for Rapid Assignment of rRNA Sequences into the New Bacterial Taxonomy.</a> Appl Environ Microb. 73 (16), 5261-5267 (2007).</li><li>Price, M. N., Dehal, P. S., Arkin, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FastTree+2+-+Approximately+Maximum-Likelihood+Trees+for+Large+Alignments.">FastTree 2 - Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments.</a> PLoS One. 5 (3), e9490 (2010).</li><li>Lozupone, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UniFrac:+a+New+Phylogenetic+Method+for+Comparing+Microbial+Communities.">UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities.</a> Appl Environ Microb. 71 (12), 8228-8235 (2005).</li><li>Faust, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+co-occurrence+relationships+in+the+human+microbiome.">Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome.</a> PLoS Comput Biol. 8 (7), e1002606 (2012).</li><li>Shannon, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoscape:+A+Software+Environment+for+Integrated+Models+of+Biomolecular+Interaction+Networks.">Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks.</a> Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).</li><li>Klindworth, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+general+16S+ribosomal+RNA+gene+PCR+primers+for+classical+and+next-generation+sequencing-based+diversity+studies.">Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies.</a> Nucleic Acids Res. 41 (1), e1 (2013).</li><li>Edwards, A. N., Su&#225;rez, J. M., McBride, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culturing+and+Maintaining+Clostridium+difficile+in+an+Anaerobic+Environment.">Culturing and Maintaining Clostridium difficile in an Anaerobic Environment.</a> J Vis Exp. (79), e50787 (2013).</li><li>Delves-Broughton, J., Blackburn, P., Evans, R. J., Hugenholtz, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+of+the+bacteriocin,+nisin.">Applications of the bacteriocin, nisin.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 69 (2), 193-202 (1996).</li><li>Allende, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+bacteriocin+production+by+lactic+acid+bacteria+in+vegetable+broth+and+their+effectiveness+at+reducing+Listeria+monocytogenes+in+vitro+and+in+fresh-cut+lettuce.">Growth and bacteriocin production by lactic acid bacteria in vegetable broth and their effectiveness at reducing Listeria monocytogenes in vitro and in fresh-cut lettuce.</a> Food Microb. 24 (7-8), 759-766 (2007).</li><li>Strompfov&#225;, V., Laukov&#225;, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+study+on+bacteriocin+production+of+Enterococci+associated+with+chickens.">In vitro study on bacteriocin production of Enterococci associated with chickens.</a> Anaerobe. 13 (5-6), 228-237 (2007).</li><li>Caballero-Guerrero, B., Jim&#233;nez D&#237;az, R., Maldonado-Barrag&#225;n, A., Ruiz-Barba, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+with+specific+bacteria+enhances+survival+of+Lactobacillus+plantarum+NC8,+an+autoinducer-regulated+bacteriocin+producer,+in+olive+fermentations.">Coculture with specific bacteria enhances survival of Lactobacillus plantarum NC8, an autoinducer-regulated bacteriocin producer, in olive fermentations.</a> Food Microb. 27 (3), 413-417 (2010).</li><li>Drider, D., Fimland, G., H&#233;chard, Y., McMullen, L. M., Pr&#233;vost, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Continuing+Story+of+Class+IIa+Bacteriocins.">The Continuing Story of Class IIa Bacteriocins.</a> Microb. Mol Biol Rev. 70 (2), 564-582 (2006).</li><li>Gao, Y., Jia, S., Gao, Q., Tan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+bacteriocin+with+a+broad+inhibitory+spectrum+produced+by+Lactobacillus+sake+C2,+isolated+from+traditional+Chinese+fermented+cabbage.">A novel bacteriocin with a broad inhibitory spectrum produced by Lactobacillus sake C2, isolated from traditional Chinese fermented cabbage.</a> Food Control. 21 (1), 76-81 (2010).</li></ol>

Процедура, описанная здесь, была использована для определения того, связаны ли изменения микробиоты со здоровьем или возрастом. Различные части протокола важны, но среди них выборка фекалий, выбор фрагмента ДНК, подлежащего секвенированию и анализу, и выполнение экстракции ДНК и биоин...

Бактериоцины представляют собой антимикробные пептиды, продуцируемые широким спектром бактериальных видов 1 , 2 . Эти соединения и их производители, особенно LAB, были исследованы и эксплуатируются во всем мире в течение десятилетий для их потенциальных применений в области сохранения и медицины продуктов питания 3 . Известно, что несколько бактериоцинов убивают важные патогены, включая виды Listeria, Enterococcus, Staphylococcus и Bacillus . Некоторые бактериоцины даже обладают способностью модулировать иммунный ответ 4 . Многие бактериоцины имеют относительно узкие спектры, что очень ценится в некоторых применениях. Например, некоторые бактериоцины с узким спектром могут использоваться для направления специфической активности против отобранных групп проблемных бактерий без значительного беспокойства на комменсальной или полезной флоре, разделяющей одну и ту же нишу; Это особенно важно в кишечникеГде многочисленные полезные микробы процветают интерактивно и динамично 5 . Бактериоцины также очень привлекательны для профилактического или пробиотического использования, так как они могут подавлять (вызывать) рост патогенов, патобионов или оппортунистических бактерий, которые могут дисбалансить гомеостаз кишечника 6 , 7 . С точки зрения их природы и физико-химических свойств бактериоцины очень разнообразны, поскольку они имеют разные структуры, специфичность мишени, способы действия и т. Д. Большинство бактериоцинов были изучены очень подробно в условиях in vitro , но очень немногие были протестированы в пищевых продуктах Матрицы 8 , 9 или in vivo, например, в животной кишке 6 , 10 . Свойства in vitro могут сильно различаться при оценке in vivo из-за сложности oF окружение кишечника, а также предполагаемое непреднамеренное воздействие на полезные бактерии. Большинство пробиотиков являются ЛАБ. Они производят множество других метаболитов, включая короткоцепочечные жирные кислоты, которые, как известно, влияют на физиологию хозяина, а также демонстрируют антимикробные свойства по отношению к определенным бактериям. Поэтому в случае пробиотических штаммов, которые производят бактериоцины, лучше всего установить реалистичные анализы, такие как здоровые животные с нормальной микробиотой. В настоящем исследовании мы предлагаем стратегию, которая позволяет оценить влияние различных штаммов, продуцирующих бактериоцин, у которых бактериоцины имеют разные ингибирующие спектры, у здоровых мышей. Наша стратегия включает кормление мышей изогенными не бактериоциновыми мутантами, что позволяет дифференцировать эффекты, обусловленные бактериоцином, от эффектов, не связанных с бактериоцином. Последовательность 16S rDNA позволяет следить за динамическими изменениями бактериальной популяции в кишечнике. подпискаРавномерный статистический анализ расшифровывает корреляции между видами бактерий, а также между видами бактерий и измеренными физиологическими параметрами ( например, вес тела, биохимические параметры сыворотки и т . Д. ). Мы считаем, что протокол, представленный в этом исследовании, также применим к другим пробиотическим или пребиотическим применениям за пределами изучения бактериоцинов у живых животных.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="826">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Balb/c mice (female)</td>
			<td style="width:141px;">Harlan</td>
			<td style="width:183px;"></td>
			<td style="width:287px;">Mice should be 6 - 8 weeks of age</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Plastic Petri dish</td>
			<td style="width:141px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:183px;">101VR20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Brain-Heart-Infusion broth</td>
			<td style="width:141px;">Conda</td>
			<td style="width:183px;">1400.00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">European Bacteriological Agar</td>
			<td style="width:141px;">Pronadisa</td>
			<td style="width:183px;">1800.00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Agarose D1 Low EEO</td>
			<td style="width:141px;">Pronadisa</td>
			<td style="width:183px;">8010.00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">1XTAE buffer</td>
			<td style="width:141px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:183px;">15558042</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">MRS broth</td>
			<td style="width:141px;">Difco</td>
			<td style="width:183px;">288130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PBS tablets</td>
			<td style="width:141px;">Sigma</td>
			<td style="width:183px;">P4417-100TAB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">scale</td>
			<td style="width:141px;">Mettler Toledo</td>
			<td style="width:183px;">PB602-S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">sterile forceps</td>
			<td style="width:141px;">Levantina de Laboratorios S.L.</td>
			<td style="width:183px;">260-3710014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Microcentrifuge</td>
			<td style="width:141px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:183px;">5424</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:141px;">Hermle</td>
			<td style="width:183px;">Z383K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">sodium chloride</td>
			<td style="width:141px;">AppliChem Panreac</td>
			<td style="width:183px;">121659.1211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Realpure SSS Kit</td>
			<td style="width:141px;">Real Life Science Solutions, Durviz, Spain</td>
			<td style="width:183px;">RBME04 (300 ml)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Isopropanol</td>
			<td style="width:141px;">AppliChem Panreac</td>
			<td style="width:183px;">131090.1611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Ethanol</td>
			<td style="width:141px;">AppliChem Panreac</td>
			<td style="width:183px;">131086.1214</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Qubit fluorometer</td>
			<td style="width:141px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:183px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td style="width:141px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:183px;">Q32851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">AMPure XP beads</td>
			<td style="width:141px;">Beckman Coulter Genomics, USA</td>
			<td style="width:183px;">A63881 (60 ml)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">PerfeCta NGS library quantification kit</td>
			<td style="width:141px;">Quanta BioSciences, Maryland, USA</td>
			<td style="width:183px;">733-2300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">MiSeq v3 reagent kit</td>
			<td style="width:141px;">Illumina, San Diego, California, USA</td>
			<td style="width:183px;">MS-102-3003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="147">
			<td height="147" style="height:147px;width:216px;">Primers for 16S rRNA gene amplification</td>
			<td style="width:141px;"></td>
			<td style="width:183px;"></td>
			<td style="width:287px;">Primers contain V3-V4 region of bacterial 16S rRNA gene and Illumina overhang adaptors:5&#8217;-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3&#8217; and 5&#39;-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Nextera XT Index kit</td>
			<td style="width:141px;"></td>
			<td style="width:183px;">FC-131-1002</td>
			<td>Indices and Illumina sequencing adaptors</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Micropestle for 1.5 ml tubes, Eppendorf / Sigma , Ref.</td>
			<td style="width:141px;">Sigma</td>
			<td style="width:183px;">Z317314-1PAK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glass beads, 0.1 mm diameter</td>
			<td style="width:141px;">Biospec Products</td>
			<td style="width:183px;">11079-101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">NucleoSpin Gel and PCR Clean-up Kit</td>
			<td style="width:141px;">Macherey-Nagel</td>
			<td style="width:183px;">740609.25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Omni Bead Ruptor 24</td>
			<td style="width:141px;">Omni International Inc.</td>
			<td style="width:183px;">19-040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">mutanolysin</td>
			<td style="width:141px;">Sigma</td>
			<td style="width:183px;">M9901-10KU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">lysozyme</td>
			<td style="width:141px;">Roche</td>
			<td style="width:183px;">10837059001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">proteinase K</td>
			<td style="width:141px;">Roche</td>
			<td style="width:183px;">3115887001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Rnase A</td>
			<td style="width:141px;">Sigma</td>
			<td style="width:183px;">R4875</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a method to assess bacteriocin effects on the gut microbiota of mice

Очень интригующие вопросы возникают с нашими продвигающимися знаниями о составе микробиоты кишечника и взаимоотношениями со здоровьем, особенно в отношении факторов, которые способствуют поддержанию баланса населения. Однако существуют ограниченные доступные методологии для оценки этих факторов. Бактериоцины являются антимикробными пептидами, продуцируемыми многими бактериями, которые могут принести конкурентное преимущество для получения пищи и / или создания ниши. Многие штаммы пробиотических молочнокислых бактерий (LAB) обладают большим потенциалом для развития здоровья людей и животных, предотвращая рост патогенов. Они также могут быть использованы для иммуномодуляции, поскольку они продуцируют бактериоцины. Однако антагонистическая активность бактериоцинов обычно определяется лабораторными биоанализами в четко определенных, но чрезмерно упрощенных условиях по сравнению со сложной средой кишечника у людей и животных, где бактерии сталкиваются с многофакторными влияниями хозяина и сотен микробных видов sУлавливая ту же самую нишу. В этой работе описывается полная и эффективная процедура оценки эффекта Из множества бактериоцинов с различной специфичностью мишени в мышиной системе. Изменения в составе микробиоты во время лечения бактериоцином контролируются с использованием композиционного секвенирования 16S рДНК. В нашем подходе используются как производители бактериоцина, так и их изогенные не-бактериоцин-продуцирующие мутанты, причем последний дает возможность отличать бактериоцин от не связанных с бактериоцином модификаций микробиоты. Методы секвенирования фекальной ДНК и 16S рДНК являются согласованными и вместе с биоинформатией представляют собой мощную процедуру для обнаружения слабых изменений в профилях бактерий и установления корреляций с точки зрения концентрации холестерина и триглицеридов между бактериальными популяциями и маркерами здоровья. Наш протокол является общим и может поэтому использоваться для изучения других соединений или питательных веществ с возможностью изменения микрофона хозяинаRobiota, либо при изучении токсичности, либо в положительных эффектах.

Производство бактериоцинов считается положительной пробиотической особенностью ЛАБ, поскольку предполагалось, что это предотвращает рост оппортунистических бактерий и патогенов. Цель этой работы заключалась в том, чтобы показать способность бактериоцинов модули?...

Watch this Scientific Journal Video about A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice at JoVE.com

A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice

Метод оценки бактериоциновых эффектов на кишечную микробиоту мышей

Считается, что бактериоцины играют ключевую роль в определении микробного разнообразия в различных экологических нишах. Здесь мы описываем эффективную процедуру оценки того, как бактериоцины влияют на состав микробиоты кишечника на животной модели.

Very intriguing questions arise with our advancing knowledge on gut microbiota composition and the relationship with health, particularly relating to the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes

Извлечение ДНК из Gut микробы Термит (Zootermopsis Angusticollis) и Визуализация Gut Микробы

Termites are among the few animals known to have the capacity to subsist solely by consuming wood.  The termite gut tract contains a dense and ...

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

Создание определяемых газообразных сред для изучения влияния гипоксии на<em&gt; С. Элеганс</em

Oxygen is essential for all metazoans to survive, with one known exception1. Decreased O2 availability (hypoxia) can arise during states of disease, ...

Method for the Assessment of Effects of a Range of Wavelengths and Intensities of Red/near-infrared Light Therapy on Oxidative Stress In Vitro

Method for the Assessment of Effects of a Range of Wavelengths and Intensities of Red/near-infrared Light Therapy on Oxidative Stress In Vitro

Метод оценки воздействия диапазоне длин волн и интенсивностей красный / ближней инфракрасной световой терапии на окислительного стресса<em&gt; In Vitro</em

Red/near-infrared light therapy (R/NIR-LT), delivered by laser or light emitting diode (LED), improves functional and morphological outcomes in a range of ...

Measurement and Analysis of Extracellular Acid Production to Determine Glycolytic Rate

Измерение и анализ внеклеточной кислоты производства, чтобы определить гликолитических Оценить

Extracellular measurement of oxygen consumption and acid production is a simple and powerful way to monitor rates of respiration and glycolysis1. Both ...

Gap Junctional Intercellular Communication: A Functional Biomarker to Assess Adverse Effects of Toxicants and Toxins, and Health Benefits of Natural Products

Gap Junctional межклеточной коммуникации: Функциональная биомаркеров для оценки неблагоприятного воздействия токсикантов и токсинами, и Польза для здоровья натуральных продуктов

This protocol describes a scalpel loading-fluorescent dye transfer (SL-DT) technique that measures intercellular communication through gap junction ...

Procedure and Key Optimization Strategies for an Automated Capillary Electrophoretic-based Immunoassay Method

Процедура и ключей оптимизации стратегии для автоматизированной капиллярного электрофореза на основе иммуноферментного анализа метода

New technologies that utilize capillary-based immunoassays promise faster and more quantitative protein assessment compared to traditional immunoassays. ...

Assessment of the Metabolic Effects of Isocaloric 2:1 Intermittent Fasting in Mice

Оценка метаболических эффектов изокалорийного 2:1 Прерывистый пост у мышей

Intermittent fasting (IF), a dietary intervention involving periodic energy restriction, has been considered to provide numerous benefits and counteract ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

Дивергенция корневой микробиоты в различных средах обитания на основе взвешенных корреляционных сетей

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

Preparing and Rearing Axenic Insects with Tissue Cultured Seedlings for Host-Gut Microbiota Interaction Studies of the Leaf Beetle

Подготовка и выращивание топорических насекомых с тканевыми культивируемыми саженцами для исследований взаимодействия микробиоты кишечника хозяина и жука-листоеда

Insect guts are colonized by diverse bacteria that can profoundly impact the host&#39;s physiological traits. Introducing a particular bacterial strain ...

Optimization of Transesophageal Atrial Pacing to Assess Atrial Fibrillation Susceptibility in Mice

Оптимизация чреспищеводной стимуляции предсердий для оценки восприимчивости к фибрилляции предсердий у мышей

Mouse models of genetic and acquired risk factors for atrial fibrillation (AF) have proven valuable in investigating the molecular determinants of AF. ...