Name: genotyping of sea anemone during early development
Uploaded: 2019-05-13T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genotyping of Sea Anemone during Early Development at JoVE.com

Vi takker anonyme anmeldere for kommentarer til den tidligere version af manuskriptet, som forbedrede manuskriptet. Dette arbejde blev støttet af midler fra University of Arkansas.

1. induktion af gydning, in vitro -befrugtning og de-jellyve
<ol><li>Vedligehold Nematostella vectensis i havvand med en saltholdighed på 12 dele pr. tusind (PPT) i mørke ved 16 °c, fodring artemia dagligt.</li>
	<li>Placer dyrene i en temperatur-og lyskontrolleret inkubator dagen før gyde induktion. Programmer inkubator, så dyrene udsættes for 8 h lys ved 25 °C. Valgfrit: foder et lille stykke (< 1 mm3) østers til de enkelte dyr, før de placeres i inkubator for at forbedr...

<ol>
	<li>Medina, M., Collins, A. G., Silberman, J. D., Sogin, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+hypotheses+of+basal+animal+phylogeny+using+complete+sequences+of+large+and+small+subunit+rRNA.">Evaluating hypotheses of basal animal phylogeny using complete sequences of large and small subunit rRNA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 98 (17), 9707-9712 (2001).</li><li>Erwin, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Cambrian+Conundrum:+Early+Divergence+and+Later+Ecological+Success+in+the+Early+History+of+Animals.">The Cambrian Conundrum: Early Divergence and Later Ecological Success in the Early History of Animals.</a> Science. 334 (6059), 1091-1097 (2011).</li><li>Putnam, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sea+anemone+genome+reveals+ancestral+eumetazoan+gene+repertoire+and+genomic+organization.">Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization.</a> Science. 317 (5834), 86-94 (2007).</li><li>Magie, C. R., Daly, M., Martindale, M. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gastrulation+in+the+cnidarian+Nematostella+vectensis+occurs+via+invagination+not+ingression.">Gastrulation in the cnidarian Nematostella vectensis occurs via invagination not ingression.</a> Developmental Biology. 305 (2), 483-497 (2007).</li><li>Nakanishi, N., Martindale, M. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR+knockouts+reveal+an+endogenous+role+for+ancient+neuropeptides+in+regulating+developmental+timing+in+a+sea+anemone.">CRISPR knockouts reveal an endogenous role for ancient neuropeptides in regulating developmental timing in a sea anemone.</a> eLife. 7, e39742 (2018).</li><li>He, S. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+axial+Hox+code+controls+tissue+segmentation+and+body+patterning+in+Nematostella+vectensis.">An axial Hox code controls tissue segmentation and body patterning in Nematostella vectensis.</a> Science. 361 (6409), 1377 (2018).</li><li>Ikmi, A., McKinney, S. A., Delventhal, K. M., Gibson, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TALEN+and+CRISPR/Cas9-mediated+genome+editing+in+the+early-branching+metazoan+Nematostella+vectensis.">TALEN and CRISPR/Cas9-mediated genome editing in the early-branching metazoan Nematostella vectensis.</a> Nature Communications. 5, 5486 (2014).</li><li>Servetnick, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cas9-mediated+excision+of+Nematostella+brachyury+disrupts+endoderm+development,+pharynx+formation+and+oral-aboral+patterning.">Cas9-mediated excision of Nematostella brachyury disrupts endoderm development, pharynx formation and oral-aboral patterning.</a> Development. 144 (16), 2951-2960 (2017).</li><li>Kraus, Y., Aman, A., Technau, U., Genikhovich, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-bilaterian+origin+of+the+blastoporal+axial+organizer.">Pre-bilaterian origin of the blastoporal axial organizer.</a> Nature Communications. 7, 11694 (2016).</li><li>Fritzenwanker, J. H., Genikhovich, G., Kraus, Y., Technau, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+development+and+axis+specification+in+the+sea+anemone+Nematostella+vectensis.">Early development and axis specification in the sea anemone Nematostella vectensis.</a> Developmental Biology. 310 (2), 264-279 (2007).</li><li>Lee, P. N., Kumburegama, S., Marlow, H. Q., Martindale, M. Q., Wikramanayake, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+developmental+potential+along+the+animal-vegetal+axis+in+the+anthozoan+cnidarian,+Nematostella+vectensis,+is+mediated+by+Dishevelled.">Asymmetric developmental potential along the animal-vegetal axis in the anthozoan cnidarian, Nematostella vectensis, is mediated by Dishevelled.</a> Developmental Biology. 310 (1), 169-186 (2007).</li><li>Shinzato, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+Acropora+digitifera+genome+to+understand+coral+responses+to+environmental+change.">Using the Acropora digitifera genome to understand coral responses to environmental change.</a> Nature (London). 476 (7360), 320-323 (2011).</li><li>Gold, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genome+of+the+jellyfish+Aurelia+and+the+evolution+of+animal+complexity.">The genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity.</a> Nature Ecology &#38; Evolution. 3 (1), 96-104 (2019).</li><li>Clevesa, P. A., Strader, M. E., Bay, L. K., Pringle, J. R., Matz, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR/Cas9-mediated+genome+editing+in+a+reef-building+coral.">CRISPR/Cas9-mediated genome editing in a reef-building coral.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (20), 5235-5240 (2018).</li><li>Momose, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+doses+of+CRISPR/Cas9+ribonucleoprotein+efficiently+induce+gene+knockout+with+low+mosaicism+in+the+hydrozoan+Clytia+hemisphaerica+through+microhomology-mediated+deletion.">High doses of CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein efficiently induce gene knockout with low mosaicism in the hydrozoan Clytia hemisphaerica through microhomology-mediated deletion.</a> Scientific Reports. 8, 11734 (2018).</li><li>Artigas, G. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gonad-expressed+opsin+mediates+light-induced+spawning+in+the+jellyfish+Clytia.">A gonad-expressed opsin mediates light-induced spawning in the jellyfish Clytia.</a> eLife. 7, e29555 (2018).</li></ol>

Beskrevet her en PCR-baseret protokol til genotype et enkelt havanemone embryo uden at ofre dyret. Efter gyde og de-jellyve, de befrugtede æg får lov til at udvikle sig til gastrulae. Den aborale region af hvert gastrula-embryon fjernes kirurgisk, og det isolerede aborale væv anvendes til efterfølgende genomisk DNA-ekstraktion, mens de resterende embryoner fra efter operationen heler og fortsætter udviklingen. GDNA-ekstrakterne anvendes derefter til en PCR-analyse for at bestemme genotypen for hvert embryo. Denne me...

Cnidarians repræsenterer en mangfoldig gruppe af dyr, der omfatter vandmænd, koraller og søanemoner. De er diploblaster, sammensat af ectoderm og endoderm, der er adskilt af en ekstracellulær matrix (mesoglea). CNIDARIA er en søster gruppe til speciose Bilateria, som traditionelle dyremodeller som Drosophila og mus tilhører1. Desuden, CNIDARIA-Bilateria divergens menes at have fundet sted i præ-Cambrian periode2. Som sådan, sammenlignende undersøgelser af cnidarians og bilaterians er afgørende for at få indsigt i biologi af deres seneste fælles forfader. For nylig har Komparativ genomforskning afsløret, at cnidarer og bilaterianere deler mange udviklingsmæssige Toolkit-gener såsom notch og bhlh, hvilket antyder, at deres fælles forfader allerede havde disse gener3. Men, rollen af disse udviklingsmæssige Toolkit gener i den sidste fælles forfader af CNIDARIA og Bilateria er sammenligneligt mindre godt forstået. For at løse dette problem, er det afgørende at studere, hvordan disse dybt bevaret gener fungerer i cnidarians.
En af de spirende cnidariske genetiske modeller er anthozoan Nematostella vectensis. Dens genom er blevet sekvenseret3, og en række genetiske værktøjer, herunder morpholino-mediated gen Knockdown, meganuclease-mediated transgenesis, og crispr-Cas9-mediated gen knockins og Knockouts, er nu tilgængelige for brug i dette dyr. Desuden er Nematostella udvikling relativt godt forstået. Under embryogenese sker gastrulation ved indkrængning4, og embryonet udvikler sig til en frisvømning planula Larva. Planula omdannes derefter til en sessile polyp med en mund og circumoral tentakler. Polyp derefter vokser og når seksuel modenhed.
Crispr-Cas9-medieret målrettet mutagenese anvendes nu rutinemæssigt til at studere genfunktion i nematostella vectensis5,6,7,8,9. At generere knockout mutanter i nematostella, en cocktail, der indeholder locus-specifikke enkelt-guide RNAs og endonuklease Cas9 protein er først injiceres i ubefrugtede eller befrugtede æg til at producere F0 grundlægger dyr, der typisk viser mosaisme. F0 dyr er efterfølgende hævet til seksuel modenhed og krydses med hinanden for at producere en F1 befolkning, en delmængde af som kan være knockout mutanter6. Alternativt kan seksuelt modne F0 dyr krydses med vilde-type dyr til at generere F1 heterozygot dyr, og F1 heterozygoter, der bærer en knockout allel i locus af interesse kan derefter krydses med hinanden for at producere F2 afkom, en fjerdedel heraf forventes at være knockout mutanter5. Begge tilgange kræver en metode til at identificere knockout-mutanter fra en genetisk heterogene population. Polyp tentakler kan anvendes til at udtrække genomisk DNA til genotypebestemmelse6,7. Men i tilfælde, hvor den udviklingsmæssige funktion af det gen af interesse er ved at blive undersøgt, og mutant embryoner ikke når polyp-stadiet (dvs. på grund af larve dødelighed forbundet med mutationen), skal knockout mutanter identificeres tidligt i ontogeny. Beskrevet her er en PCR-baseret protokol til genotype individuelle dyr på gastrula scenen uden at ofre dyret, hvilket gør det muligt at identificere knockout-mutanter fra en genetisk heterogene population af embryoner. Varigheden af hele genotypebestemmelse processen afhænger af antallet af embryoner, der skal screenes, men det minimalt kræver 4-5 h.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Drosophila Peltier Refrigerated Incubator</td>
			<td>Shellab</td>
			<td>SRI6PF</td>
			<td>Used for spawning induction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instant ocean sea salt</td>
			<td>Instant ocean</td>
			<td>138510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brine shrimp cysts</td>
			<td>Aquatic Eco-Systems, Inc.</td>
			<td>BS90</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Cysteine Hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C7352</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standard Orbital Shaker, Model 3500</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89032-092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIS-HCl, 1M, pH8.0</td>
			<td>QUALITY BIOLOGICAL</td>
			<td>351-007-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium chloride</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH9258</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA, 0.5M pH8</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH7830-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P9416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nonidet-P40 Substitute</td>
			<td>US Biological</td>
			<td>N3500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K solution (20 mg/mL), RNA grade</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>25530049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>VWR</td>
			<td>710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micro Dissecting needle holder</td>
			<td>Roboz</td>
			<td>RS-6060</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tungsten dissecting needle</td>
			<td>Roboz</td>
			<td>RS-6063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Eppendorf Mastercycler Thermal Cyclers</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>E6336000024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity DNA polymerase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>M0530L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP mix</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0447L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GLWamide universal forward primer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;- CATGCGGAGACCAAGCGCAAGGC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reverse primer specific to glw-a</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-CCAGATGCCTGGTGATAC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reverse primer specific to glw-c </td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;- CGGCCGGCGCATATATAG-3&#8217;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genotyping of sea anemone during early development

Beskrevet her er en PCR-baseret protokol til genotype gastrula Stage embryo af anthozoan cnidarian Nematostella vectensis uden at ofre dyrets liv. Efter in vitro befrugtning og de-jellyve, zygoter har lov til at udvikle sig til 24 h ved stuetemperatur for at nå den tidlige-til midten af gastrula fase. Gastrula-embryonerne anbringes derefter på en agrose gel-seng i en Petri skål, der indeholder havvand. Under den dissekere mikroskop, en wolfram nål bruges til kirurgisk adskille en aboral væv fragment fra hvert embryo. Efter operation embryoner får derefter lov til at helbrede og fortsætte udviklingen. Genomisk DNA udvindes fra det isolerede vævs fragment og anvendes som skabelon for locus-specifik PCR. Genotypen kan bestemmes ud fra størrelsen af PCR-produkter eller tilstedeværelse/fravær af allel-specifikke PCR-produkter. Efter operationen sorteres embryoner i henhold til genotypen. Varigheden af hele genotypebestemmelse processen afhænger af antallet af embryoner, der skal screenes, men det minimalt kræver 4 – 5 h. Denne metode kan bruges til at identificere knockout-mutanter fra en genetisk heterogene population af embryoner og muliggør analyser af fænotyper under udvikling.

Nematostella genom har en enkelt locus, der koder et prækursorprotein for neuropeptidglwamid. Tre knockout-mutant alleler på denne locus (GLW-a, GLW-bog GLW-c) er tidligere blevet rapporteret5. Fire heterozygot mænd med en vildtype allel (+) og knockout allel GLW-cved glwamide locus (genotype: +/GLW-c) blev krydset med en heterozygot kvinde, der bar en vild-type a...

Watch this Scientific Journal Video about Genotyping of Sea Anemone during Early Development at JoVE.com

Genotyping of Sea Anemone during Early Development

Genotypebestemmelse af Havanemone under den tidlige udvikling

Målet med denne protokol er at genotype havanemone Nematostella vectensis under gastrulation uden at ofre embryonet.

Described here is a PCR-based protocol to genotype the gastrula stage embryo of the anthozoan cnidarian Nematostella vectensis without sacrificing the ...

Denne protokol gør det muligt for en forsker at identificere mutante havnemoner under tidlig embryogenese, således at post-embryonale udviklingsmæssige fænotype kan analyseres. Den største fordel ved denne teknik er, at det kan bruges til at genotype individuelle hav anemoner tidligt i ontogeny uden at ofre dyrets liv. Demonstration af denne procedure vil være Miguel Silva, en kandidat studerende fra mit laboratorium.På dagen før gydning induktion, placere anemone nematostella vectensis i en temperatur-og lys-kontrolleret inkubator, programmering af inkubatoren, således at dyrene udsættes for otte timers lys ved 25 grader Celsius. Den følgende dag fjernes dyrene fra inkubatoren, og de efterlades på en bænktop ved stuetemperatur, så lyset tændes, så der kan gydning, som vil ske inden for de følgende halvanden til to timer. Brug en overførselpipette, der er skåret for at forstørre åbningen for at placere ægpakker fra den kvindelige beholder i en sædbæt hanbeholder og lad dem være i den mandlige beholder i mindst 15 minutter for at give mulighed for befrugtning.Efter befrugtning, at dejelly æggepakningerne, placere dem i havvand, der indeholder 3% cystein på et glas petriskål og forsigtigt agitere på en shaker i 12 minutter. Derefter bryde op klumper med en plastik pipette og fortsætte med at agitere i yderligere to til tre minutter, indtil helt dejset. Hold de befrugtede æg på samme ret ved 16 grader Celsius eller ved stuetemperatur.På den næste dag, forberede DNA ekstraktion buffer som beskrevet i manuskriptet, blandes godt ved vortexing, og aliquot det i PCR rør ved at tilføje 20 mikroliter til hvert rør. Opløs 1% agarose i havvand, hæld det i en petriskål til at dække bunden, og afkøles på en bænk top for at gøre en gel seng. Dæk gelsengen med frisk havvand.Overfør 24-timers post-befrugtning embryoner ved hjælp af en pipette i agarose gel bed-holdige Petri fad. Indsæt en wolfram nål i et behov indehaveren og steriliseres ved at dyppe sin spids i alkohol og placere den i flammer for at brænde alkoholen af. Under en dissekere mikroskop, lave en depression på agarose ved hjælp af wolfram nålen til at fjerne et stykke overflade agarose på størrelse med et foster, der skal manipuleres.Derefter ved hjælp af wolfram nålen, placere fosteret i depression med sin laterale side vender nedad for at begrænse bevægelsen af fosteret for mikrokirurgi. For at udføre en vellykket operation, er det afgørende at begrænse bevægelsen af fosteret. Med wolfram nålen, kirurgisk fjerne et stykke aboral væv langs den mundtlige aboral akse, placeret modsat den mundtlige blastoporal åbning.Med en P20-pipette overføres det isolerede aboralvæv til et PCR-rør indeholdende 20 mikroliter DNA-ekstraktionsbuffer. Overfør det post-kirurgi embryo i en brønd af en 24-brønd plade, der indeholder mindst 500 mikroliter af frisk havvand. Og placer pladen, der indeholder post-kirurgi embryoner i en kuvøse på 16 grader Celsius indtil genotyping er afsluttet.At udtrække genomisk DNA fra enkelte embryoner, først kort spin ned PCR rør, der indeholder DNA-ekstraktion buffer og isolerede embryonale væv ved hjælp af en mini centrifuge. Derefter inkubererørene ved 55 grader Celsius i tre timer, mens vortexing i 30 sekunder hver 30 minutter for at sikre opløsning af celleklumper og forbedre cellelysis. Efter inaktivering af proteinase K ved 95 grader Celsius i fire minutter, oprette en PCR reaktion ved hjælp af ekstraheret genomisk DNA som en skabelon til at forstærke locus af interesse.Design ønskede primere som beskrevet i manuskriptet. Opret en 20 microliter PCR-reaktion. Efter afsluttet PCR, køre agarose gel elektroforese at bestemme størrelsen og tilstedeværelsen eller fravær af PCR-produkter, og sørg for at justere tilstanden af agarose gel elektroforese afhængigt af den forventede størrelse af PCR-produkter.Brug PCR-resultater vedrørende størrelse og tilstedeværelse eller fravær eller PCR-produkter til at tildele en genotype til hvert postkirurgisk embryon og derefter sortere embryoner efter deres genotype. Nematostella-genomet har en enkelt locus, der koder et forløberprotein til neuropeptid, GLWamide. Tre knockout mutant alleler på locus er tidligere blevet rapporteret.PCR resultater fra tilfældigt samplede embryoner blandt afkom af en F1 krydsning mellem en heterozygot kvinde bærer en A knockout gyde og heterozygot hanner bærer en C knockout allel viser forskellige genotyper. Embryo et og to viser et enkelt PCR-bånd, der svarer til den forventede størrelse af A knockout allel. Embryoner tre og seks viser to PCR bands med de forventede størrelser for knockout alleler A og C.Embryos fire, syv og otte viser en enkelt PCR band svarende til den forventede størrelse af C knockout allel.Embryo 5 viser ingen bånd, hvilket tyder på manglen på primer bindende. For at udelukke muligheden for genomisk DNA-ekstraktionssvigt blev en anden PCR kørt ved hjælp af en omvendt primer, der kan binde sig til den vilde typesekvens. Hvis der blev påvist et PCR-produkt af en forventet størrelse, lykkedes det at foretage genomisk DNA-ekstraktion.Mens intet produkt tydede på en fejl i ekstraktionen. Selv om denne protokol er designet til søalmon embryoner, er det sikker på, at det er muligt at anvende denne metode på andre cnidarians, såsom koraller og vandmænd, hvor genomiske oplysninger og embryoner er tilgængelige. Efter denne procedure anvendes de identificerede mutanter til at vurdere udviklingsffattypen.For eksempel kan histologiske teknikker såsom immunstaining bruges til at vurdere fejl i morfologi, mens in situ hybridisering, realtime kvantitative RT-PCR, og RNA-seq kan bruges til at vurdere fejl i genekspression. Også, levende billeddannelse kan bruges til at vurdere fejl i adfærd under post-embryonale udvikling, såsom i larver eller i tidlige polypper.

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Protocols for Obtaining Zygotic and Somatic Embryos for Studying the Regulation of Early Embryo Development in the Model Legume Medicago truncatula

Protocols for Obtaining Zygotic and Somatic Embryos for Studying the Regulation of Early Embryo Development in the Model Legume Medicago truncatula

Protokoller til Indhentning zygotiske og somatiske for studere regulering af Early Embryo Udviklingen i Model Legume<em&gt; Medicago truncatula</em

Early embryogenesis starting from a single cell zygote goes through rapid cell division and morphogenesis, and is morphologically characterized by ...

Transcriptome Profiling of In-Vivo Produced Bovine Pre-implantation Embryos Using Two-color Microarray Platform

Transcriptome Profiling of In-Vivo Produced Bovine Pre-implantation Embryos Using Two-color Microarray Platform

Transkriptom profilering<em&gt; In-vivo</em&gt; Produceret Bovine præimplantationsembryoner Brug To farve Microarray Platform

Early embryonic loss is a large contributor to infertility in cattle. Moreover, bovine becomes an interesting model to study human preimplantation embryo ...

Studying Wnt Signaling During Patterning of Conducting Airways

Studere Wnt Signaling Under mønster af ledende Airways

Wnt signaling pathways play critical roles during development of the respiratory tract. Defining precise mechanisms of differentiation and morphogenesis ...

Inducing Complete Polyp Regeneration from the Aboral Physa of the Starlet Sea Anemone Nematostella vectensis

Inducing Complete Polyp Regeneration from the Aboral Physa of the Starlet Sea Anemone Nematostella vectensis

Induktion Komplet Polyp Regeneration fra Aboral Physa af Starlet Sea Anemone<em&gt; Nematostella vectensis</em

Cnidarians, and specifically Hydra, were the first animals shown to regenerate damaged or severed structures, and indeed such studies arguably launched ...

The Power of Simplicity: Sea Urchin Embryos as in Vivo Developmental Models for Studying Complex Cell-to-cell Signaling Network Interactions

The Power of Simplicity: Sea Urchin Embryos as in Vivo Developmental Models for Studying Complex Cell-to-cell Signaling Network Interactions

The Power of Simplicity: Søpindsvin embryoner som<em&gt; I Vivo</em&gt; Developmental modeller til undersøgelser Complex celle-til-cellesignalering netværksinteraktioner

Remarkably few cell-to-cell signal transduction pathways are necessary during embryonic development to generate the large variety of cell types and ...

Light-mediated Reversible Modulation of the Mitogen-activated Protein Kinase Pathway during Cell Differentiation and Xenopus Embryonic Development

Light-mediated Reversible Modulation of the Mitogen-activated Protein Kinase Pathway during Cell Differentiation and Xenopus Embryonic Development

Lysmedieret reversibel modulering af den mitogenaktiverede proteinkinasevej under celledifferentiering og<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryonudvikling

Kinase activity is crucial for a plethora of cellular functions, including cell proliferation, differentiation, migration, and apoptosis. During early ...

Visualization of Cellular Electrical Activity in Zebrafish Early Embryos and Tumors

Visualisering af cellulære elektriske aktivitet i zebrafisk tidlige embryoner og tumorer

Bioelectricity, endogenous electrical signaling mediated by ion channels and pumps located on the cell membrane, plays important roles in signaling ...

Analysis of Cardiac Chamber Development During Mouse Embryogenesis Using Whole Mount Epifluorescence

Analyse af hjerte kammer udvikling under musen embryogenese bruger hele bjerget epifluorescensmikroskop

The goal of this protocol is to describe a method for the dissection of mouse embryos and visualization of embryonic mouse ventricular chambers during ...

Genotyping and Quantification of In Situ Hybridization Staining in Zebrafish

Genoyping og kvantificering af In Situ Hybridization Farvning i Zebrafisk

In situ hybridization (ISH) is an important technique that enables researchers to study mRNA distribution in situ and has been a critical technique in ...

Preparation of Small RNA Libraries for Sequencing from Early Mouse Embryos

Forberedelse af små RNA-biblioteker til sekventering fra tidlige museembryoner

MicroRNAs (miRNAs) are important for the complex regulation of cell fate decisions and developmental timing. In vivo studies of the contribution of miRNAs ...