Name: genotyping of sea anemone during early development
Uploaded: 2019-05-13T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genotyping of Sea Anemone during Early Development at JoVE.com

Vi takker anonyme anmeldere for kommentarer til den tidligere versjonen av manuskriptet, som forbedret manuskriptet. Dette arbeidet ble støttet av midler fra Universitetet i Arkansas.

1. induksjon av gyting, in vitro befruktning, og de-jellying
<ol><li>Oppretthold Nematostella vectensis i sjøvann med et saltinnhold på 12 deler per tusen (PPT) i mørket ved 16 ° c, fôring Artemia daglig.</li>
	<li>På dagen før gyting induksjon, plassere dyr i en temperatur-og lys-kontrollerte inkubator. Programmere inkubator slik at dyrene utsettes for 8 t lys ved 25 ° c. Valgfritt: mate et lite stykke (< 1 mm3) av østers til enkelte dyr før du legger dem inn i inkubator...

<ol>
	<li>Medina, M., Collins, A. G., Silberman, J. D., Sogin, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+hypotheses+of+basal+animal+phylogeny+using+complete+sequences+of+large+and+small+subunit+rRNA.">Evaluating hypotheses of basal animal phylogeny using complete sequences of large and small subunit rRNA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 98 (17), 9707-9712 (2001).</li><li>Erwin, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Cambrian+Conundrum:+Early+Divergence+and+Later+Ecological+Success+in+the+Early+History+of+Animals.">The Cambrian Conundrum: Early Divergence and Later Ecological Success in the Early History of Animals.</a> Science. 334 (6059), 1091-1097 (2011).</li><li>Putnam, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sea+anemone+genome+reveals+ancestral+eumetazoan+gene+repertoire+and+genomic+organization.">Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization.</a> Science. 317 (5834), 86-94 (2007).</li><li>Magie, C. R., Daly, M., Martindale, M. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gastrulation+in+the+cnidarian+Nematostella+vectensis+occurs+via+invagination+not+ingression.">Gastrulation in the cnidarian Nematostella vectensis occurs via invagination not ingression.</a> Developmental Biology. 305 (2), 483-497 (2007).</li><li>Nakanishi, N., Martindale, M. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR+knockouts+reveal+an+endogenous+role+for+ancient+neuropeptides+in+regulating+developmental+timing+in+a+sea+anemone.">CRISPR knockouts reveal an endogenous role for ancient neuropeptides in regulating developmental timing in a sea anemone.</a> eLife. 7, e39742 (2018).</li><li>He, S. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+axial+Hox+code+controls+tissue+segmentation+and+body+patterning+in+Nematostella+vectensis.">An axial Hox code controls tissue segmentation and body patterning in Nematostella vectensis.</a> Science. 361 (6409), 1377 (2018).</li><li>Ikmi, A., McKinney, S. A., Delventhal, K. M., Gibson, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TALEN+and+CRISPR/Cas9-mediated+genome+editing+in+the+early-branching+metazoan+Nematostella+vectensis.">TALEN and CRISPR/Cas9-mediated genome editing in the early-branching metazoan Nematostella vectensis.</a> Nature Communications. 5, 5486 (2014).</li><li>Servetnick, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cas9-mediated+excision+of+Nematostella+brachyury+disrupts+endoderm+development,+pharynx+formation+and+oral-aboral+patterning.">Cas9-mediated excision of Nematostella brachyury disrupts endoderm development, pharynx formation and oral-aboral patterning.</a> Development. 144 (16), 2951-2960 (2017).</li><li>Kraus, Y., Aman, A., Technau, U., Genikhovich, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-bilaterian+origin+of+the+blastoporal+axial+organizer.">Pre-bilaterian origin of the blastoporal axial organizer.</a> Nature Communications. 7, 11694 (2016).</li><li>Fritzenwanker, J. H., Genikhovich, G., Kraus, Y., Technau, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+development+and+axis+specification+in+the+sea+anemone+Nematostella+vectensis.">Early development and axis specification in the sea anemone Nematostella vectensis.</a> Developmental Biology. 310 (2), 264-279 (2007).</li><li>Lee, P. N., Kumburegama, S., Marlow, H. Q., Martindale, M. Q., Wikramanayake, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+developmental+potential+along+the+animal-vegetal+axis+in+the+anthozoan+cnidarian,+Nematostella+vectensis,+is+mediated+by+Dishevelled.">Asymmetric developmental potential along the animal-vegetal axis in the anthozoan cnidarian, Nematostella vectensis, is mediated by Dishevelled.</a> Developmental Biology. 310 (1), 169-186 (2007).</li><li>Shinzato, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+Acropora+digitifera+genome+to+understand+coral+responses+to+environmental+change.">Using the Acropora digitifera genome to understand coral responses to environmental change.</a> Nature (London). 476 (7360), 320-323 (2011).</li><li>Gold, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genome+of+the+jellyfish+Aurelia+and+the+evolution+of+animal+complexity.">The genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity.</a> Nature Ecology &#38; Evolution. 3 (1), 96-104 (2019).</li><li>Clevesa, P. A., Strader, M. E., Bay, L. K., Pringle, J. R., Matz, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR/Cas9-mediated+genome+editing+in+a+reef-building+coral.">CRISPR/Cas9-mediated genome editing in a reef-building coral.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (20), 5235-5240 (2018).</li><li>Momose, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+doses+of+CRISPR/Cas9+ribonucleoprotein+efficiently+induce+gene+knockout+with+low+mosaicism+in+the+hydrozoan+Clytia+hemisphaerica+through+microhomology-mediated+deletion.">High doses of CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein efficiently induce gene knockout with low mosaicism in the hydrozoan Clytia hemisphaerica through microhomology-mediated deletion.</a> Scientific Reports. 8, 11734 (2018).</li><li>Artigas, G. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gonad-expressed+opsin+mediates+light-induced+spawning+in+the+jellyfish+Clytia.">A gonad-expressed opsin mediates light-induced spawning in the jellyfish Clytia.</a> eLife. 7, e29555 (2018).</li></ol>

Beskrevet her en PCR-basert protokoll for å genotype en enkelt sjø Anemone embryo uten å ofre dyret. Etter gyting og de-jellying, befruktet egg har lov til å utvikle seg til gastrulae. Den aboral regionen av hver gastrula embryo er kirurgisk fjernet, og den isolerte aboral vevet brukes til påfølgende genomisk DNA-ekstraksjon, mens de resterende post-kirurgi embryo helbrede og fortsette utviklingen. GDNA-ekstrakter brukes deretter for en PCR-analyse for å fastslå genotype til hvert embryo. Denne metoden utnytter m...

Trichoplax representerer en mangfoldig gruppe av dyr som inkluderer maneter, koraller, og sjø anemoner. De er diploblasts, bestående av ektoderm og endoderm som er adskilt av en ekstracellulære matrise (mesoglea). Cnidaria er en søster gruppe til speciose Bilateria, som tradisjonelle dyremodeller som Drosophila og mus hører til1. I tillegg antas det at Cnidaria-Bilateria-forskjellene har forekommet i pre-Cambrian periode2. Som sådan, komparative studier av Trichoplax og bilaterians er avgjørende for å få innsikt i biologi av deres siste felles stamfar. Nylig har komparative Genomics avdekket at Trichoplax og bilaterians dele mange utviklingsmessige Toolkit gener som hakk og bHLH, noe som tyder på at deres felles stamfar allerede hadde disse genene3. Imidlertid er rollen til disse utviklingsmessige verktøykasse gener i den siste felles stamfar til Cnidaria og Bilateria sammenlignbare mindre godt forstått. For å løse dette problemet er det avgjørende å studere hvordan disse dypt bevarte genene fungerer i Trichoplax.
En av de nye Nesledyr genetiske modellene er anthozoan Nematostella vectensis. Dens Genova er blitt i rekkefølge3, og en variasjon av genetisk verktøy, inkluderer morpholino-mediert gen knockdown, meganuclease-mediert transgenesis, og CRISPR-Cas9-mediert gen knockins og Knockouts, er nå anvendelig for bruk i denne dyr. I tillegg er Nematostella utvikling relativt godt forstått. Under embryogenesis skjer gastrulation ved invagination4, og fosteret utvikler seg til et fritt-svømming planula Larven. Planula senere forvandles til en fastsittende polypp med en munn og circumoral tentakler. Den polypp deretter vokser og når seksuell modenhet.
CRISPR-Cas9-mediert målrettet mutagenese er nå rutinemessig brukt til å studere gen funksjon i Nematostella vectensis5,6,7,8,9. For å generere knockout mutanter i Nematostella, en cocktail som inneholder geometrisk-spesifikke single-guide RNAs og endonuclease Cas9 protein er først injiseres i ubefruktede eller befruktet egg til å produsere F0 grunnlegger dyr som vanligvis viser mosaikk. F0 dyr er senere hevet til seksuell modenhet og krysset med hverandre for å produsere en F1 befolkning, en undergruppe som kan være knockout mutanter6. Alternativt kan seksuelt modne F0 dyr krysses med vill-type dyr for å generere F1 heterozygot dyr, og F1 heterozygotes som bærer en knockout allel i det geometriske interesse kan deretter krysses med hverandre for å produsere F2 avkom, en fjerdedel som forventes å være knockout mutanter5. Begge tilnærminger krever en metode for å identifisere knockout mutanter fra en genetisk heterogen befolkning. Polypp tentakler kan brukes til å trekke ut genomisk DNA for genotyperingteknologi6,7. Men i tilfeller der utviklingsmessige funksjon av genet av interesse blir undersøkt og mutant embryo ikke når polypp Stadium (dvs. på grunn av larvestadiet dødelighet forbundet med mutasjon), knockout mutanter må identifiseres tidlig i Ontogenese. Beskrevet her er en PCR-basert protokoll for å genotype individuelle dyr på gastrula scenen uten å ofre dyret, noe som muliggjør identifisering av knockout mutanter fra en genetisk heterogen befolkning på embryo. Varigheten av hele genotyperingteknologi prosessen avhenger av antall embryo som skal undersøkes, men det krever minimalt 4-5 h.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Drosophila Peltier Refrigerated Incubator</td>
			<td>Shellab</td>
			<td>SRI6PF</td>
			<td>Used for spawning induction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instant ocean sea salt</td>
			<td>Instant ocean</td>
			<td>138510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brine shrimp cysts</td>
			<td>Aquatic Eco-Systems, Inc.</td>
			<td>BS90</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Cysteine Hydrochloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C7352</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standard Orbital Shaker, Model 3500</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89032-092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIS-HCl, 1M, pH8.0</td>
			<td>QUALITY BIOLOGICAL</td>
			<td>351-007-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium chloride</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH9258</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA, 0.5M pH8</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH7830-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P9416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nonidet-P40 Substitute</td>
			<td>US Biological</td>
			<td>N3500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K solution (20 mg/mL), RNA grade</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>25530049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>VWR</td>
			<td>710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micro Dissecting needle holder</td>
			<td>Roboz</td>
			<td>RS-6060</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tungsten dissecting needle</td>
			<td>Roboz</td>
			<td>RS-6063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Eppendorf Mastercycler Thermal Cyclers</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>E6336000024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity DNA polymerase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>M0530L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP mix</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0447L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GLWamide universal forward primer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;- CATGCGGAGACCAAGCGCAAGGC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reverse primer specific to glw-a</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-CCAGATGCCTGGTGATAC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reverse primer specific to glw-c </td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;- CGGCCGGCGCATATATAG-3&#8217;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genotyping of sea anemone during early development

Beskrevet her er en PCR-basert protokoll for å genotype den gastrula scenen embryo av anthozoan Nesledyr Nematostella vectensis uten å ofre livet til dyret. Etter in vitro befruktning og de-jellying, zygotes har lov til å utvikle for 24 timer ved romtemperatur for å nå tidlig til midten av gastrula scenen. Den gastrula embryo blir deretter plassert på en agarose gel seng i en Petri parabolen inneholder sjøvann. Under dissekere mikroskop brukes en tungsten nål til å kirurgisk skille en aboral vev fragment fra hvert embryo. Post-kirurgi embryo er da lov til å helbrede og fortsette utviklingen. Genomisk DNA trekkes ut fra det isolerte vevs fragmentet og brukes som mal for geometrisk spesifikk PCR. Genotype kan fastslås basert på størrelsen på PCR-produkter eller tilstedeværelse/fravær av allel-spesifikke PCR-produkter. Etter operasjonen embryo sorteres deretter i henhold til genotype. Varigheten av hele genotyperingteknologi prosessen avhenger av antall embryo som skal undersøkes, men det krever minimalt 4 – 5 timer. Denne metoden kan brukes til å identifisere knockout mutanter fra en genetisk heterogen befolkning på embryo og muliggjør analyser av fenotyper under utvikling.

Det Nematostella Genova har en enkelt geometriske som koder en forløper protein for neuropeptide GLWamide. Tre knockout mutant alleler på dette geometriske (GLW-a, GLW-bog GLW-c) har tidligere rapportert5. Fire heterozygot menn som bærer en vill-type allel (+) og knockout allel GLW-cpå GLWamide geometrisk (genotype: +/GLW-c) ble krysset med en heterozygot kvinnel...

Watch this Scientific Journal Video about Genotyping of Sea Anemone during Early Development at JoVE.com

Genotyping of Sea Anemone during Early Development

Genotyperingteknologi av Sea Anemone under tidlig utvikling

Målet med denne protokollen er å genotype havet Anemone Nematostella vectensis under gastrulation uten å ofre det embryo.

Described here is a PCR-based protocol to genotype the gastrula stage embryo of the anthozoan cnidarian Nematostella vectensis without sacrificing the ...

Denne protokollen gjør det mulig for en forsker å identifisere muterte sjøanemoner under tidlig embryogenese slik at post-embryonal utviklingsfenotype kan analyseres. Den største fordelen med denne teknikken er at den kan brukes til å genotype individuelle sjøanemoner tidlig i påsengeny uten å ofre dyrets liv. Å demonstrere denne prosedyren vil være Miguel Silva, en utdannet student fra laboratoriet mitt.Dagen før gyteinduksjon, plasser anemone nematostella vectensis i en temperatur-og lyskontrollert inkubator, programmering inkubatoren slik at dyrene blir utsatt for åtte timers lys ved 25 grader Celsius. På neste dag, fjern dyrene fra inkubatoren og la dem stå på en benkeplate ved romtemperatur med lyset på for å tillate gyting, som vil skje innen følgende og en halv til to timer. Bruk en overføringpipette som er kuttet for å forstørre åpningen for å plassere eggpakker fra den kvinnelige beholderen i en spermholdig mannlig beholder og la dem stå i den mannlige beholderen i minst 15 minutter for å tillate befruktning.Etter befruktning, for å dejelly eggpakkene, legg dem i sjøvann som inneholder 3% cystein på et glass Petriskål og forsiktig agiter på en shaker i 12 minutter. Deretter bryter du opp klumper med en plastpipette og fortsetter å agitere i ytterligere to til tre minutter til den er fullstendig dejellied. Hold de befruktede eggene på samme tallerken ved 16 grader Celsius eller ved romtemperatur.På neste dag, forberede DNA ekstraksjon buffer som beskrevet i manuskriptet, bland godt ved vortexing, og aliquot det i PCR rør ved å legge 20 mikroliter til hvert rør. Oppløs 1% agarose i sjøvann, hell den i en petriskål for å dekke bunnen, og avkjøl på en benkeplate for å lage en gelseng. Dekk gelsengen med friskt sjøvann.Overfør 24-timers embryoer etter befruktning ved hjelp av en pipette til agarose gel sengeholdig petriskål. Sett en wolfram nål inn i en behovsholder og steriliser ved å dyppe spissen i alkohol og plassere den i flammer for å brenne av alkoholen. Under et dissekerende mikroskop, gjør en depresjon på agarose ved hjelp av wolfram nålen for å fjerne et stykke overflate oppsto om størrelsen på et embryo som skal manipuleres.Deretter, ved hjelp av wolframnålen, legg embryoet inn i depresjonen med sidesiden vendt ned for å begrense bevegelsen av embryoet for mikrokirurgi. For å utføre vellykket kirurgi er det avgjørende å begrense bevegelsen av embryoet. Med wolframnålen fjerner du kirurgisk et stykke aboralvev langs den orale aboralaksen, som ligger på motsatt side av den orale blastoporalåpningen.Med en P20 pipette, overføre det isolerte aboralvevet til et PCR-rør som inneholder 20 mikroliter dna ekstraksjonbuffer. Overfør embryoet etter operasjonen til en brønn på en 24-brønnsplate som inneholder minst 500 mikroliter friskt sjøvann. Og plasser platen som inneholder embryoer etter operasjonen i en inkubator ved 16 grader Celsius til genotyping er fullført.For å trekke ut genomisk DNA fra enkeltembryoer, må du først kort spinne ned PCR-rørene som inneholder DNA-ekstraksjonsbufferen og isolert embryonale vev ved hjelp av en mini sentrifuge. Deretter inkubere rørene ved 55 grader Celsius i tre timer mens du virvler i 30 sekund hvert 30. Etter å ha inaktivert proteinase K ved 95 grader Celsius i fire minutter, sett opp en PCR-reaksjon ved hjelp av ekstrahert genomisk DNA som en mal for å forsterke interesselocus.Design ønskede primere som beskrevet i manuskriptet. Sett opp en 20 mikroliter PCR-reaksjon. Etter fullført PCR, kjøre agarose gel elektroforese for å bestemme størrelsen og tilstedeværelse eller fravær av PCR produkter, sørg for å justere tilstanden til agarose gel elektroforese avhengig av forventet størrelse på PCR produkter.Bruk PCR-resultater angående størrelsen og tilstedeværelsen eller fraværet eller PCR-produkter til å tilordne en genotype til hvert postkirurgiske embryo og deretter sortere embryoer i henhold til genotype. Nematostella genomet har en enkelt locus som koder en forløper protein for neuropeptid, GLWamide. Tre knockout mutant alleler på gresshoppet har tidligere blitt rapportert.PCR resultater fra tilfeldig samplet embryoer blant avkom av en F1 kryss mellom en heterozygous kvinne bærer en A knockout allele og heterozygous menn bærer en C knockout allele viser forskjellige genotyper. Embryoer en og to viser et enkelt PCR-bånd som tilsvarer den forventede størrelsen på A knockout allele. Embryoer tre og seks viser to PCR-bånd med de forventede størrelsene for knockout alleler A og C.Embryos fire, syv og åtte viser et enkelt PCR-bånd som tilsvarer den forventede størrelsen på C knockout allele.Embryo 5 viser ingen bånd, noe som tyder på mangel på primer binding. For å utelukke muligheten for genomisk DNA-ekstraksjonsfeil, ble en annen PCR kjørt ved hjelp av en omvendt primer som kan binde seg til den ville typesekvensen. Der et PCR-produkt av forventet størrelse ble oppdaget, var genomisk DNA-ekstraksjon vellykket.Mens ingen produkt foreslo en svikt i utvinning. Selv om denne protokollen er designet for sjøanemonembryoer, er det sikkert mulig å bruke denne metoden på andre cnidarianere, som koraller og maneter, hvor genomisk informasjon og embryoer er tilgjengelige. Etter denne prosedyren brukes de identifiserte mutantene til å vurdere utviklingsfenotype.For eksempel kan histologiske teknikker som immunstaining brukes til å vurdere defekter i morfologi, mens in situ hybridisering, realtime kvantitativ RT-PCR og RNA-seq kan brukes til å vurdere defekter i genuttrykk. Også levende bildebehandling kan brukes til å vurdere defekter i atferd under post-embryonal utvikling, for eksempel i larver eller i tidlige polypper.

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Protocols for Obtaining Zygotic and Somatic Embryos for Studying the Regulation of Early Embryo Development in the Model Legume Medicago truncatula

Protocols for Obtaining Zygotic and Somatic Embryos for Studying the Regulation of Early Embryo Development in the Model Legume Medicago truncatula

Protokoller for Innhenting zygotiske og somatiske embryoer for å studere regulering av tidlig embryoutvikling i Model Legume<em&gt; Medicago truncatula</em

Early embryogenesis starting from a single cell zygote goes through rapid cell division and morphogenesis, and is morphologically characterized by ...

Transcriptome Profiling of In-Vivo Produced Bovine Pre-implantation Embryos Using Two-color Microarray Platform

Transcriptome Profiling of In-Vivo Produced Bovine Pre-implantation Embryos Using Two-color Microarray Platform

Transkriptom profilering av<em&gt; In-Vivo</em&gt; Produserte Bovine Pre-implantasjon Embryoet ved hjelp av to-farge microarray plattform

Early embryonic loss is a large contributor to infertility in cattle. Moreover, bovine becomes an interesting model to study human preimplantation embryo ...

Studying Wnt Signaling During Patterning of Conducting Airways

Studerer Wnt signale Under fordelingen av Gjennomføre Airways

Wnt signaling pathways play critical roles during development of the respiratory tract. Defining precise mechanisms of differentiation and morphogenesis ...

Inducing Complete Polyp Regeneration from the Aboral Physa of the Starlet Sea Anemone Nematostella vectensis

Inducing Complete Polyp Regeneration from the Aboral Physa of the Starlet Sea Anemone Nematostella vectensis

Induserende Komplett Polyp Regeneration fra Aboral Physa av Starlet Sea Anemone<em&gt; Nematostella vectensis</em

Cnidarians, and specifically Hydra, were the first animals shown to regenerate damaged or severed structures, and indeed such studies arguably launched ...

The Power of Simplicity: Sea Urchin Embryos as in Vivo Developmental Models for Studying Complex Cell-to-cell Signaling Network Interactions

The Power of Simplicity: Sea Urchin Embryos as in Vivo Developmental Models for Studying Complex Cell-to-cell Signaling Network Interactions

The Power of Simplicity: Sea Urchin embryo som<em&gt; I Vivo</em&gt; Utviklings modeller for å studere Complex Cell-til-celle signaleringsnett Interactions

Remarkably few cell-to-cell signal transduction pathways are necessary during embryonic development to generate the large variety of cell types and ...

Light-mediated Reversible Modulation of the Mitogen-activated Protein Kinase Pathway during Cell Differentiation and Xenopus Embryonic Development

Light-mediated Reversible Modulation of the Mitogen-activated Protein Kinase Pathway during Cell Differentiation and Xenopus Embryonic Development

Lysmediert reversibel modulering av den mitogenaktiverte proteinkinaseveien under celledifferensiering og<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryonutvikling

Kinase activity is crucial for a plethora of cellular functions, including cell proliferation, differentiation, migration, and apoptosis. During early ...

Visualization of Cellular Electrical Activity in Zebrafish Early Embryos and Tumors

Visualisering av mobilnettet elektrisk aktivitet i sebrafisk tidlig embryo og svulster

Bioelectricity, endogenous electrical signaling mediated by ion channels and pumps located on the cell membrane, plays important roles in signaling ...

Analysis of Cardiac Chamber Development During Mouse Embryogenesis Using Whole Mount Epifluorescence

Analyse av Cardiac kammer utvikling under musen Embryogenesis bruke hele Mount Epifluorescence

The goal of this protocol is to describe a method for the dissection of mouse embryos and visualization of embryonic mouse ventricular chambers during ...

Genotyping and Quantification of In Situ Hybridization Staining in Zebrafish

Genotyping og kvantifisering av In Situ Hybridisering Farging i Sebrafisk

In situ hybridization (ISH) is an important technique that enables researchers to study mRNA distribution in situ and has been a critical technique in ...

Preparation of Small RNA Libraries for Sequencing from Early Mouse Embryos

Utarbeidelse av små RNA biblioteker for sekvensering fra tidlig mus embryoer

MicroRNAs (miRNAs) are important for the complex regulation of cell fate decisions and developmental timing. In vivo studies of the contribution of miRNAs ...