Name: isolation of histone from sorghum leaf tissue for top down mass spectrometry profiling of potential epigenetic markers
Uploaded: 2021-03-04T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers at JoVE.com

हम बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री प्रयोगों के साथ मदद करने के लिए रोनाल्ड मूर और थॉमस फिलमोर को धन्यवाद देते हैं, और डेटा जमाव के लिए मैथ्यू मुनरो। इस शोध को अमेरिकी कृषि विभाग (यूएसडीए) से पुरस्कार संख्या DE-SC0014081 के तहत ज्वार (EPICON) परियोजना में सूखे की प्रतिक्रिया के एपिजेनेटिक नियंत्रण के माध्यम से अमेरिकी ऊर्जा विभाग (डीओई) जैविक और पर्यावरण अनुसंधान से अनुदान द्वारा वित्त पोषित किया गया था; CRIS 2030-21430-008-00D), और संयुक्त जैव ऊर्जा संस्थान (जेबीई) के माध्यम से, एक सुविधा डो (अनुबंध DE-AC02-05CH11231) लॉरेंस बर्कले राष्ट्रीय प्रयोगशाला और डो के बीच द्वारा प्रायोजित । अनुसंधान पर्यावरण आणविक विज्ञान प्रयोगशाला (EMSL) (grid.436923.9), विज्ञान उपयोगकर्ता जैविक और पर्यावरण अनुसंधान के कार्यालय द्वारा प्रायोजित सुविधा के एक डीओई कार्यालय का उपयोग कर प्रदर्शन किया गया था ।

1. ज्वार के पत्ते सामग्री तैयार करना
नोट: ज्वार के पौधे पैरालियर, सीए में खेत में मिट्टी में उगाए गए थे ।
<ol><li>पौधों से ज्वार की पत्तियों को 50 एमएल सेंट्रलाइज ट्यूब में ले जाएं और तुरंत तरल नाइट्र...

<ol>
	<li>Farooq, M., Wahid, A., Kobayashi, N., Fujita, D., Basra, S. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+drought+stress:+Effects,+mechanisms+and+management.">Plant drought stress: Effects, mechanisms and management.</a> Agronomy for Sustainable Development. , 153-188 (2009).</li><li>Dai, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drought+under+global+warming:+a+review.">Drought under global warming: a review.</a> Wiley Interdisciplinary Reviews: Climate Change. 2 (1), 45-65 (2011).</li><li>Rooney, W. L., Blumenthal, J., Bean, B., Mullet, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Designing+sorghum+as+a+dedicated+bioenergy+feedstock.">Designing sorghum as a dedicated bioenergy feedstock.</a> Biofuels, Bioproducts and Biorefining. 1 (2), 147-157 (2007).</li><li>Mullet, J. E., Klein, R. R., Klein, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sorghum+bicolor+-+an+important+species+for+comparative+grass+genomics+and+a+source+of+beneficial+genes+for+agriculture.">Sorghum bicolor - an important species for comparative grass genomics and a source of beneficial genes for agriculture.</a> Current Opinion in Plant Biology. 5 (2), 118-121 (2002).</li><li>Xu, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drought+delays+development+of+the+sorghum+root+microbiome+and+enriches+for+monoderm+bacteria.">Drought delays development of the sorghum root microbiome and enriches for monoderm bacteria.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (18), 4284-4293 (2018).</li><li>Gao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strong+succession+in+arbuscular+mycorrhizal+fungal+communities.">Strong succession in arbuscular mycorrhizal fungal communities.</a> ISME Journal. 13 (1), 214-226 (2019).</li><li>Gao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungal+community+assembly+in+drought-stressed+sorghum+shows+stochasticity,+selection,+and+universal+ecological+dynamics.">Fungal community assembly in drought-stressed sorghum shows stochasticity, selection, and universal ecological dynamics.</a> Nature Communications. 11 (1), (2020).</li><li>Bannister, A. J., Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+chromatin+by+histone+modifications.">Regulation of chromatin by histone modifications.</a> Cell Research. 21 (3), 381-395 (2011).</li><li>Yuan, L., Liu, X., Luo, M., Yang, S., Wu, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Involvement+of+histone+modifications+in+plant+abiotic+stress+responses.">Involvement of histone modifications in plant abiotic stress responses.</a> Journal of Integrative Plant Biology. 55 (10), 892-901 (2013).</li><li>Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq:+advantages+and+challenges+of+a+maturing+technology.">ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.</a> Nature Reviews. Genetics. 10 (10), 669-680 (2009).</li><li>Huang, H., Lin, S., Garcia, B. A., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+proteomic+analysis+of+histone+modifications.">Quantitative proteomic analysis of histone modifications.</a> Chemical Reviews. 115 (6), 2376-2418 (2015).</li><li>Moradian, A., Kalli, A., Sweredoski, M. J., Hess, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+top-down,+middle-down,+and+bottom-up+mass+spectrometry+approaches+for+characterization+of+histone+variants+and+their+post-translational+modifications.">The top-down, middle-down, and bottom-up mass spectrometry approaches for characterization of histone variants and their post-translational modifications.</a> Proteomics. 14 (4-5), 489-497 (2014).</li><li>Sidoli, S., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+individual+histone+posttranslational+modifications+and+their+combinatorial+patterns+by+mass+spectrometry-based+proteomics+strategies.">Characterization of individual histone posttranslational modifications and their combinatorial patterns by mass spectrometry-based proteomics strategies.</a> Methods in Molecular Biology. 1528, 121-148 (2017).</li><li>Maile, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+quantification+of+histone+post-translational+modifications+by+a+hybrid+chemical+labeling+method.">Mass spectrometric quantification of histone post-translational modifications by a hybrid chemical labeling method.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 14 (4), 1148-1158 (2015).</li><li>Dang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+first+pilot+project+of+the+consortium+for+top-down+proteomics:+a+status+report.">The first pilot project of the consortium for top-down proteomics: a status report.</a> Proteomics. 14 (10), 1130-1140 (2014).</li><li>Schaffer, L. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+quantification+of+proteoforms+by+mass+spectrometry.">Identification and quantification of proteoforms by mass spectrometry.</a> Proteomics. 19 (10), 1800361 (2019).</li><li>Cupp-Sutton, K. A., Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+quantitative+top-down+proteomics.">High-throughput quantitative top-down proteomics.</a> Molecular Omics. , (2020).</li><li>Varoquaux, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+analysis+of+field-droughted+sorghum+from+seedling+to+maturity+reveals+biotic+and+metabolic+responses.">Transcriptomic analysis of field-droughted sorghum from seedling to maturity reveals biotic and metabolic responses.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116 (52), 27124 (2019).</li><li>Gordon, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+vanadate+as+protein-phosphotyrosine+phosphatase+inhibitor.">Use of vanadate as protein-phosphotyrosine phosphatase inhibitor.</a> Methods in Enzymology. 201, 477-482 (1991).</li><li>Zhou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+changes+in+histone+post-translational+modifications+by+top-down+mass+spectrometry.">Profiling changes in histone post-translational modifications by top-down mass spectrometry.</a> Methods in Molecular Biology. 1507, 153-168 (2017).</li><li>Chambers, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cross-platform+toolkit+for+mass+spectrometry+and+proteomics.">A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics.</a> Nature Biotechnology. 30 (10), 918-920 (2012).</li><li>Kou, Q., Xun, L., Liu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TopPIC:+a+software+tool+for+top-down+mass+spectrometry-based+proteoform+identification+and+characterization.">TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization.</a> Bioinformatics (Ocford, England). 32 (22), (2016).</li><li>Park, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Informed-Proteomics:+open-source+software+package+for+top-down+proteomics.">Informed-Proteomics: open-source software package for top-down proteomics.</a> Nature Methods. 14 (9), 909-914 (2017).</li><li>LeDuc, R. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C-Score:+a+bayesian+framework+to+sharply+improve+proteoform+scoring+in+high-throughput+top+down+proteomics.">The C-Score: a bayesian framework to sharply improve proteoform scoring in high-throughput top down proteomics.</a> Journal of Proteome Research. 13 (7), 3231-3240 (2014).</li><li>Fornelli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advancing+top-down+analysis+of+the+human+proteome+using+a+benchtop+quadrupole-orbitrap+mass+spectrometer.">Advancing top-down analysis of the human proteome using a benchtop quadrupole-orbitrap mass spectrometer.</a> Journal of Proteome Research. 16 (2), 609-618 (2017).</li><li>Sun, R. X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=pTop+1.0:+A+high-accuracy+and+high-efficiency+search+engine+for+intact+protein+identification.">pTop 1.0: A high-accuracy and high-efficiency search engine for intact protein identification.</a> Analytical Chemistry. 88 (6), 3082-3090 (2016).</li><li>Xiao, K., Yu, F., Tian, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-down+protein+identification+using+isotopic+envelope+fingerprinting.">Top-down protein identification using isotopic envelope fingerprinting.</a> Journal of Proteomics. 152, 41-47 (2017).</li><li>Cai, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MASH+Suite+Pro:+A+comprehensive+software+tool+for+top-down+proteomics.">MASH Suite Pro: A comprehensive software tool for top-down proteomics.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics: MCP. 15 (2), 703-714 (2016).</li><li>Zhou, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-down+mass+spectrometry+of+histone+modifications+in+sorghum+reveals+potential+epigenetic+markers+for+drought+acclimation.">Top-down mass spectrometry of histone modifications in sorghum reveals potential epigenetic markers for drought acclimation.</a> Methods. , (2019).</li><li>Garcia, B. A., Pesavento, J. J., Mizzen, C. A., Kelleher, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pervasive+combinatorial+modification+of+histone+H3+in+human+cells.">Pervasive combinatorial modification of histone H3 in human cells.</a> Nature Methods. 4 (6), 487-489 (2007).</li><li>Zheng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unabridged+analysis+of+human+histone+H3+by+differential+top-down+mass+spectrometry+reveals+hypermethylated+proteoforms+from+MMSET/NSD2+overexpression.">Unabridged analysis of human histone H3 by differential top-down mass spectrometry reveals hypermethylated proteoforms from MMSET/NSD2 overexpression.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics: MCP. 15 (3), 776-790 (2016).</li><li>Garcia, B. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+derivatization+of+histones+for+facilitated+analysis+by+mass+spectrometry.">Chemical derivatization of histones for facilitated analysis by mass spectrometry.</a> Nature Protocols. 2 (4), 933-938 (2007).</li><li>Holt, M. V., Wang, T., Young, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-pot+quantitative+top-+and+middle-down+analysis+of+GluC-digested+histone+H4.">One-pot quantitative top- and middle-down analysis of GluC-digested histone H4.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 30 (12), 2514-2525 (2019).</li><li>Tian, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+top-down+characterization+of+histone+post-translational+modifications.">Enhanced top-down characterization of histone post-translational modifications.</a> Genome Biology. 13 (10), (2012).</li><li>Wang, Z., Ma, H., Smith, K., Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+separation+using+high-pH+and+low-pH+reversed+phase+liquid+chromatography+for+top-down+proteomics.">Two-dimensional separation using high-pH and low-pH reversed phase liquid chromatography for top-down proteomics.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 427, 43-51 (2018).</li><li>Gargano, A. F. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increasing+the+separation+capacity+of+intact+histone+proteoforms+chromatography+coupling+online+weak+cation+exchange-HILIC+to+reversed+phase+LC+UVPD-HRMS.">Increasing the separation capacity of intact histone proteoforms chromatography coupling online weak cation exchange-HILIC to reversed phase LC UVPD-HRMS.</a> Journal of Proteome Research. 17 (11), 3791-3800 (2018).</li></ol>

प्रस्तुत प्रोटोकॉल का वर्णन कैसे ज्वार के पत्ते (या अधिक आम तौर पर संयंत्र पत्ती) नमूनों से हिटोन निकालने के लिए । औसत हिस्टोन उपज 2-20 माइक्रोन प्रति 4-5 ग्राम ज्वार पत्ती सामग्री होने की उम्मीद है। एलसी-ए?...

सूखे की बढ़ती गंभीरता और बारंबारता से अनाज फसलों की उत्पादकता प्रभावित होने की संभावना है1,2. ज्वार एक अनाज खाद्य और ऊर्जा फसल है जो पानी को सीमित करने की असाधारण क्षमता के लिए जानी जाती है3,4। हम सूखे के तनाव, पौधों के विकास और ज्वार के एपिजेनेटिक्स[ज्वार द्विरंगी (एल) मोंच] पौधों के बीच परस्पर क्रिया की यंत्रवादी समझ का पीछा कर रहे हैं । हमारे पिछले कार्य ने सूखे की वृद्धि और आणविक स्तर 5,6,7पर प्रतिक्रियाओं में पौधे और राइजोसिफेयर माइक्रोबायोम के बीच मजबूत संबंधों का प्रदर्शन किया है । यह शोध भविष्य के जलवायु परिदृश्यों के लिए फसलों को अनुकूल बनाने में एपिजेनेटिक इंजीनियरिंग का उपयोग करने का मार्ग प्रशस्त करेगा । एपिजेनेटिक्स को समझने के प्रयासों के एक भाग के रूप में, हमारा उद्देश्य प्रोटीन मार्कर का अध्ययन करना है जो पौधे के जीव के भीतर जीन अभिव्यक्ति को प्रभावित करते हैं ।
हिस्टोन यूकेरियोट्स में प्रोटीन के एक अत्यधिक संरक्षित परिवार से संबंधित हैं जो डीएनए को गुणसूत्रों की मौलिक इकाइयों के रूप में न्यूकोसोम में पैक करते हैं। हिटोन के पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों (पीटीएम) को क्रोमेटिन संरचना को नियंत्रित करने और जीन अभिव्यक्ति को प्रभावित करने के लिए गतिशील रूप से विनियमित किया जाता है। डीएनए मिथाइलेशन सहित अन्य एपिजेनेटिक कारकों की तरह, हिस्टोन पीटीएम कई जैविक प्रक्रियाओं8, 9में महत्वपूर्ण भूमिकानिभातेहैं। एंटीबॉडी आधारित परख जैसे पश्चिमी धब्बे व्यापक रूप से पहचान और हिस्टोन PTMs की मात्रा निर्धारित करने के लिए इस्तेमाल किया गया है । इसके अलावा, हिस्टोन पीटीएम और डीएनए की बातचीत को क्रोमेटिन इम्यूनोप्रिपिCIPITेशन - अनुक्रमण (ChIP-seq)10द्वारा प्रभावी ढंग से जांच की जा सकती है। ChIP-seq में, विशिष्ट लक्षित हिस्टोन पीटीएम के साथ क्रोमेटिन उस विशिष्ट पीटीएम के खिलाफ एंटीबॉडी द्वारा समृद्ध है। फिर, डीएनए के टुकड़े समृद्ध क्रोमेटिन से जारी किए जा सकते हैं और अनुक्रमित हो सकते हैं। जीन के क्षेत्रों है कि लक्षित हिस्टोन पीटीएम के साथ बातचीत से पता चला रहे हैं । हालांकि, ये सभी प्रयोग उच्च गुणवत्ता वाले एंटीबॉडी पर भारी भरोसा करते हैं। कुछ हिस्टोन वेरिएंट/समरूपता या पीटीएमएस के संयोजन के लिए, मजबूत एंटीबॉडी का विकास बेहद चुनौतीपूर्ण हो सकता है (विशेष रूप से कई पीटीएमएस के लिए)। इसके अलावा, एंटीबॉडी केवल तभी विकसित किया जा सकता है जब लक्षित हिस्टोन पीटीएम ज्ञात हो। 11 इसलिए, हिस्टोन पीटीएम की अलक्षित, वैश्विक प्रोफाइलिंग के लिए वैकल्पिक तरीके आवश्यक हैं।
मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएस) हिस्टोन पीटीएम की विशेषता के लिए एक पूरक विधि है, जिसमें अज्ञात पीटीएम शामिल हैं, जिसके लिए एंटीबॉडी11,12उपलब्ध नहीं हैं। अच्छी तरह से स्थापित "बॉटम-अप" एमएस वर्कफ्लो तरल क्रोमेटोग्राफी (एलसी) पृथक्करण और एमएस डिटेक्शन से पहले छोटे पेप्टाइड्स में प्रोटीन को पचाने के लिए प्रोटीज का उपयोग करता है। क्योंकि हिस्टन में बड़ी संख्या में बुनियादी अवशेष (lysine और arginine) होते हैं, ट्राइप्सिन पाचन (lysine और आर्जिनिन के लिए विशिष्ट प्रोटीज) मानक बॉटम-अप वर्कफ्लो में प्रोटीन को बहुत कम पेप्टाइड्स में काटता है। छोटे पेप्टाइड्स तकनीकी रूप से मानक एलसी-एमएस द्वारा विश्लेषण करने के लिए मुश्किल हैं, और कनेक्टिविटी और कई PTMs के stoichiometry के बारे में जानकारी की रक्षा नहीं करते हैं । lysines को ब्लॉक करने के लिए अन्य एंजाइमों या रासायनिक लेबलिंग का उपयोग लंबे समय तक पेप्टाइड्स उत्पन्न करता है जो हिस्टोन पीटीएम13,14के लक्षण वर्णन के लिए अधिक उपयुक्त हैं ।
वैकल्पिक रूप से, पाचन कदम को पूरी तरह से छोड़ा जा सकता है। इस "टॉप-डाउन" दृष्टिकोण में, ऑनलाइन एलसी अलगाव के बाद इलेक्ट्रोस्प्रे आयनीकरण (ईएसआई) द्वारा एमएस में अक्षुण्ण प्रोटीन आयनों को पेश किया जाता है, जो बरकरार हिस्टोन प्रोटियोफॉर्म के आयनों को उत्पीडिंग करता है। इसके अलावा, पहचान और पीटीएम स्थानीयकरण के लिए अनुक्रम आयनों को उपज देने के लिए ब्याज के आयनों (यानी, प्रोटियोफॉर्म) को बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमीटर में अलग और खंडित किया जा सकता है। इसलिए, टॉप-डाउन एमएस को प्रोटेफॉर्म-लेवल की जानकारी को संरक्षित करने और एक ही प्रोटेफॉर्म15,16पर कई पीटीएम और टर्मिनल ट्रंकेशन की कनेक्टिविटी पर कब्जा करने का लाभ है। टॉप-डाउन प्रयोग मात्रात्मक जानकारी भी प्रदान कर सकते हैं और बरकरार प्रोटीन स्तर17पर बायोमार्कर की अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं। इसके साथ ही, हम ज्वार के पत्ते से हिस्टोन निकालने और ऊपर-नीचे एलसी-एमएस द्वारा बरकरार हिस्टोन का विश्लेषण करने के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं।
चित्रा 1 और चित्रा 2 में दिखाए गए उदाहरण डेटा रोपण के बाद 2 सप्ताह में एकत्र ज्वार के पत्ते से हैं। हालांकि उपज की भिन्नता की उम्मीद है, यह प्रोटोकॉल आम तौर पर विशिष्ट नमूना स्थितियों के लिए नास्तिक है। इसी प्रोटोकॉल का सफलतापूर्वक उपयोग 2, 3, 5, 8, 9 और रोपण के 10 सप्ताह बाद एकत्र ज्वार के पौधे पत्ती ऊतक के लिए किया गया है।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A955-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>43815-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA, 500mM Solution, pH 8.0</td>
			<td>EMD Millipore Corp</td>
			<td>324504-500mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>28905</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guanidine Hydrochloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G3272-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M8266-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate, dibasic</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P3786-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease Inhibitor Cocktail, cOmplete tablets</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5892791001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium butyrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>303410-5G</td>
			<td>Used for histone deacetylase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S1888</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Fluoride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7020-100G</td>
			<td>Used for phosphatase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Orthovanadate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>450243-10G</td>
			<td>Used for phosphatase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7903-5KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP153-500 g</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T9284-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weak cation exchange resin, mesh 100-200 analytical (BioRex70)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>142-5842</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposables</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography column (Bio-Spin)</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>732-6008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mesh 100 filter cloth</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>NY1H09000</td>
			<td>This is part of the Sigma kit (catalog # CELLYTPN1) for plant nuclei extraction. Similar filters with the same mesh size can be used.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette tips (P20, P200, P1000)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tube, 50mL/15mL, Centrifuge, Conical</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>28-103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tube, Microcentrifuge, 1.5/2 mL</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical Balance</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-912-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beakers (50mL &#8211; 2L)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge with cooling</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-690-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipettes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Swinging-bucket centrifuge with cooling</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-728-002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath Sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-336-120</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation of histone from sorghum leaf tissue for top down mass spectrometry profiling of potential epigenetic markers

हिटोन यूकेरियोट्स में अत्यधिक संरक्षित प्रोटीन के परिवार से संबंधित हैं। वे डीएनए को क्रोमेटिन की कार्यात्मक इकाइयों के रूप में न्यूकोसोम में पैक करते हैं। हिस्टन के पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन (पीटीएम) जो अत्यधिक गतिशील होते हैं और एंजाइमों द्वारा जोड़े या हटाए जा सकते हैं, जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। पौधों में, हिस्टोन पीटीएम सहित एपिजेनेटिक कारक पर्यावरण के प्रति उनकी अनुकूली प्रतिक्रियाओं से संबंधित हैं। एपिजेनेटिक नियंत्रण के आणविक तंत्र को समझना अभिनव बायोइंजीनियरिंग समाधानों के लिए अभूतपूर्व अवसर ला सकता है। इसके साथ ही, हम नाभिक को अलग करने और ज्वार के पत्ते के ऊतकों से हिस्टन को शुद्ध करने के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं। निकाले गए हिस्टन का विश्लेषण ऑनलाइन रिवर्स-फेज (आरपी) लिक्विड क्रोमेटोग्राफी (एलसी) के साथ मिलकर टॉप-डाउन मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएस) द्वारा उनके अक्षुण्ण रूपों में किया जा सकता है । एक ही हिस्टोन प्रोटेफॉर्म पर कई पीटीएमएस के संयोजन और स्टोइचिओमेट्री को आसानी से पहचाना जा सकता है। इसके अलावा, हाईस्टोन टेल क्लिपिंग का पता टॉप-डाउन एलसी-एमएस वर्कफ्लो का उपयोग करके लगाया जा सकता है, इस प्रकार, कोर हिस्टोन (एच 4, एच2ए, एच 2 बी, एच 3) के वैश्विक पीटीएम प्रोफाइल का परिणाम है। हमने इस प्रोटोकॉल को पहले बड़े पैमाने पर क्षेत्र अध्ययन से एकत्र ज्वार के पत्ते के ऊतकों से प्रोफाइल हिस्टोन पीटीएम के लिए लागू किया है, जिसका उद्देश्य सूखे प्रतिरोध के एपीजेनेटिक मार्कर की पहचान करना है। प्रोटोकॉल को संभावित रूप से क्रोमेटिन इम्यूनोप्रिपिपिटेशन-अनुक्रमण (ChIP-seq) के लिए अनुकूलित और अनुकूलित किया जा सकता है, या इसी तरह के पौधों में हिस्टोन पीटीएम का अध्ययन करने के लिए।

प्रोटोकॉल का पालन करते हुए, हिस्टन को एलसी-एमएस विश्लेषण का उपयोग करके निकाला और पहचाना जा सकता है। कच्चे डेटा और प्रसंस्कृत परिणाम परिग्रहण के माध्यम से MassIVE (https://massive.ucsd.edu/) पर उपलब्ध हैं: MSV000085770 । प्रतिनिधि न?...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers at JoVE.com

Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers

प्रोटोकॉल को प्रभावी ढंग से हिस्टोन के बाद अनुवाद संशोधनों की प्रोफाइलिंग के लिए ज्वार पत्ती सामग्री से बरकरार हिस्टटोन निकालने के लिए विकसित किया गया है जो इंजीनियरिंग सूखा प्रतिरोधी फसलों की सहायता के लिए संभावित एपीजेनेटिक मार्कर के रूप में काम कर सकते हैं ।

संभावित एपिजेनेटिक मार्कर के टॉप डाउन मास स्पेक्ट्रोमेट्री प्रोफाइलिंग के लिए ज्वार लीफ टिश्यू से हिस्टोन का अलगाव

Histones belong to a family of highly conserved proteins in eukaryotes. They pack DNA into nucleosomes as functional units of chromatin. ...

हमारा प्रोटोकॉल ज्वार संयंत्र के विकास और सूखे प्रतिरोध के लिए एपीजेनेटिक मार्कर को उजागर करता है। इस तरह की आणविक समझ भविष्य में चरम जलवायु के लिए फसलों को अनुकूलित करने के लिए बेहतर समाधान विकसित करने में मदद करेगी । यह प्रोटोकॉल ज्वार के पत्ते के ऊतकों से उच्च शुद्धता हिकटोन उत्पन्न करता है जो बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा अनुवाद के बाद के संशोधनों की गैर-लक्षित प्रोफाइलिंग के लिए उपयुक्त है।प्रक्रिया का प्रदर्शन शादान अब्दाली और तान्या विंकलर, ईएमएसएल से पोस्ट बैचलर रिसर्च एसोसिएट्स होंगे । शुरू करने के लिए, तरल नाइट्रोजन के साथ कुछ ज्वार के पत्तों को पीसें और उन्हें शून्य से 80 डिग्री सेल्सियस पर 50 मिलीलीटर सेंट्रलाइज ट्यूब में स्टोर करें। प्रत्येक नमूने के हिस्टोन विश्लेषण के लिए पत्ती पाउडर के लगभग चार ग्राम का उपयोग करें।पाठ पांडुलिपि में वर्णित निष्कर्षण बफ़र्स 1, 2A और 2B तैयार करें और 0.2X की अंतिम एकाग्रता बनाने के लिए बफर को निकालने के लिए एक प्रोटीज अवरोधक टैबलेट जोड़ें। फिर तैयार निष्कर्षण बफर के 20 मिलीलीटर को जमीन के पत्ते के पाउडर में जोड़ें और धीरे-धीरे 10 मिनट के लिए मिश्रण या भंवर जोड़ें। जाल 100 का उपयोग करके, हर बार दो मिलीलीटर निष्कर्षण बफर के साथ दो बार फ़िल्टर की गई सामग्री को कुल्ला करें।इसके बाद, सेल मलबे और बड़े उपकोशिकीय ऑर्गेनेल्स को गोली मारने के लिए एक झूलती बाल्टी रोटर में चार डिग्री सेल्सियस पर 10 मिनट के लिए 3, 000 बार जी पर फिल्ट्रेट को अपकेंद्रित्र करें। इसके साथ ही, 0.4X की अंतिम एकाग्रता में प्रोटीज अवरोधक जोड़कर निष्कर्षण बफर 2 ए तैयार करें। पैलेट को बिना परेशान किए ही सुपरनेट को छोड़ दें।फिर तैयार निष्कर्षण बफर 2ए के पांच मिलीलीटर में गोली को फिर से खर्च करें। इसे कोमल मिश्रण के साथ 10 मिनट के लिए बर्फ पर इनक्यूबेट करें। 2 पर समाधान अपकेंद्रित्र, 100 बार जी पर 15 मिनट के लिए एक झूल बाल्टी रोटर में चार डिग्री सेल्सियस पर मलबे और नाभिक गोली ।गोली को परेशान किए बिना सुपरनेट को सावधानी से डिकेंट करें। 1X की अंतिम एकाग्रता में प्रोटीज अवरोधकों को जोड़कर निष्कर्षण बफर 2B तैयार करें। अपकेंद्रित्र के बाद प्राप्त गोली में इस तैयार बफर के पांच मिलीलीटर जोड़ें।2 पर 2, १०० बार जी पर 15 मिनट के लिए झूल बाल्टी रोटर में गोली मलबे और नाभिक के लिए चार डिग्री सेल्सियस पर । इसके साथ ही, एक प्रोटीज अवरोधक टैबलेट जोड़कर नाभिक लाइसिस बफर तैयार करें। गोली को परेशान किए बिना सुपरनेट को सावधानी से डिकंट करें और लाइसिस बफर के 250 माइक्रोलीटर में गोली को फिर से खर्च करें।भंवर अधिकतम गति से 15 सेकंड के लिए समाधान इसे समरूप और सामग्री को फिर से खर्च करने के लिए । फिर इसे चार डिग्री सेल्सियस पर पांच मिनट के लिए सोनिकेट करें और इसे माइनस 80 डिग्री सेल्सियस पर स्टोर करें। जमे हुए नाभिक के नमूने को पिघलाओ और 5% ग्वानिडीन बफर के 750 माइक्रोलीटर जोड़ें।इसके बाद इसे 15 मिनट तक चार डिग्री सेल्सियस पर ही करें। नमूना को दो मिलीलीटर ट्यूब पर स्थानांतरित करें और इसे चार डिग्री सेल्सियस पर 10 मिनट के लिए 10, 000 बार जी पर स्पिन करें। इसके साथ ही, सतह पर संदूषण को कम करने के लिए दो मिलीलीटर एसीटोनिट्रिल और चार मिलीलीटर पानी के साथ इसे कुल्ला करके आयन एक्सचेंज क्रोमेटोग्राफी कॉलम तैयार करें।क्रोमेटोग्राफी कॉलम पर कमजोर टैस एक्सचेंज राल के लगभग 200 से 300 माइक्रोलीटर लोड करें और राल को व्यवस्थित होने दें। ग्वानिडीन बफर के साथ राल को चार बार धोएं और ट्यूब और कॉलम को बर्फ पर रखें। एक दो मिलीलीटर संग्रह ट्यूब पर कॉलम रखो और राल को बाधित किए बिना राल बिस्तर पर धीरे-धीरे तैयार नमूने से सुपरनैट लोड करें।जैसा कि समाधान के माध्यम से बह रहा है, राल के लिए अधिकतम बाध्यकारी अनुमति देने के लिए छह से आठ बार कॉलम के शीर्ष पर वापस एल्यूंट लोड करें। फिर कॉलम से गैर-हिस्टोन प्रोटीन को धोने के लिए 5% ग्वानिडीन बफर के दो मिलीलीटर लोड करें। 5% ग्वानिडीन बफर के एक मिलीलीटर के साथ हिस्टोन प्रोटीन को एल्यूट करें और एल्यूएंट एकत्र करें।वॉश सॉल्वेंट के 500 माइक्रोलीटर के साथ तीन किलोडलटन कटऑफ स्पिन फिल्टर को साफ करें, फिर पूर्व-साफ स्पिन फिल्टर का उपयोग करके शेष एलुएंट को डीसाल्ट करें। प्रयोग की सफलता का संकेत एलसी-एमएस फीचर मैप के विशिष्ट क्षेत्रों में प्रमुख हिस्टोन प्रोटीन देखे गए । यह प्रतिनिधि नक्शा धराशायी बक्से में बरकरार पूर्ण लंबाई हिटोन दिखाता है ।एच2बी और 16 किलोडलटन एच2ए प्रोटेक्टफॉर्म के एलसी-एमएस फीचर मैप से पता चलता है कि दोनों में समान दृश्यों के साथ कई होमोसलॉग हैं जैसा कि यूनिक प्रॉडक्ट सेशन नंबर्स ने नोट किया है । विस्तारित पूंछ के बिना H2A हिटोन का एक और समूह देखा जा सकता है । एच4 हिस्टोन प्रोटीन में एन-टर्मिनल एसिटिलेशन, अतिरिक्त लिसाइन एसिटिलेशन और मेथियोनाइन ऑक्सीडेशन यहां दिखाए गए एलसी-एमएस फीचर मैप में बड़े पैमाने पर अंतर की जांच करके देखा जा सकता है ।एच3 हिस्टोन प्रोटीन, एच3.3 और एच3.2 के लिए दो प्रोटीन दृश्यों की पहचान की गई थी। इलेक्ट्रॉन हस्तांतरण वियोजन विखंडन की पहचान की H3.2 प्रोटेओफॉर्म के विखंडन स्पेक्ट्रम उत्पन्न करने के लिए इस्तेमाल किया गया था। अग्रदूत आयनों और पिछले और अगले Ms1 स्पेक्ट्रा बैंगनी में प्रकाश डाला उनके मिलान आइसोटोप चोटियों के साथ यहां दिखाया गया है ।अनुक्रम कवरेज मानचित्र का उपयोग करके पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों को स्थानीयकृत किया जा सकता है। प्रोटियोफॉर्म्स की सापेक्ष बहुतायत की तुलना करके, नमूना स्थितियों के लिए विशिष्ट कटे हुए हिस्टोन प्रोटियोफॉर्म के परिवर्तनों की खोज की गई। कुछ नमूनों के लिए केवल तीन और नौ सप्ताह में एच-4 का सी-टर्मिनल ट्रंकेशन देखा गया ।H3.2 के लिए, एन-टर्मिनल कटा हुआ प्रोटियोफॉर्म आम तौर पर 10 सप्ताह में अधिक प्रचुर मात्रा में थे। इसके विपरीत, सी-टर्मिनल काट H3.2 पहले समय अंक में देखा गया । आरटीएक्स430 की तुलना में BTx642 में एच 4 सी-टर्मिनल कटिंग प्रोटियोफॉर्म काफी अधिक प्रचुर मात्रा में थे।इस प्रोटोकॉल का प्रयास करते समय, सुपरनैंट और पैलेट के रंगों पर करीब से ध्यान दें। रंग परिवर्तन क्लोरोप्लास्ट के पीसने या लाइसिस में संभावित समस्याओं की पहचान करने में मदद करता है। हमें उम्मीद है कि ज्वार के पत्तों से हिस्टोन अलगाव के लिए यह मजबूत प्रोटोकॉल अन्य समान पौधों के लिए एपीजेनेटिक अनुसंधान को सक्षम करेगा।

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Sheathless Capillary Electrophoresis&#8211;Mass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Sheathless Capillary ElectrophoresisÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Sheathless केशिका वैद्युतकणसंचलन मास जैविक नमूने मेटाबोलिक रूपरेखा के लिए स्पेक्ट्रोमेट्री

In metabolomics, a wide range of analytical techniques is used for the global profiling of (endogenous) metabolites in complex samples. In this paper, a ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

प्रोटीन संरचना और गतिशीलता के अध्ययन के लिए समय का समाधान electrospray ionization हाइड्रोजन-ड्यूटेरियम एक्सचेंज मास स्पेक्ट्रोमेट्री

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

ब्लू मूल निवासी पृष्ठ और प्रोटीन सहसंबंध रूपरेखा द्वारा समानता शुद्ध प्रोटीन परिसरों का समाधान करना

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

मात्रात्मक मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए लिपिड बूंद अलगाव

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

आरएनए-बाइंडिंग क्षेत्रों की सामूहिक स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित पहचान के लिए नमूना तैयारी

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Isobaric लेबलिंग, व्यापक तरल क्रोमैटोग्राफी, मास स्पेक्ट्रोमेट्री, और सॉफ्टवेयर असिस्टेड ठहराव द्वारा डीप Proteome profile

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Leaf Spray Mass Spectrometry: A Rapid Ambient Ionization Technique to Directly Assess Metabolites from Plant Tissues

पत्ती स्प्रे मास स्पेक्ट्रोमेट्री: एक तेजी से परिवेश Ionization तकनीक सीधे संयंत्र के ऊतकों से चयापचयों का आकलन करने के लिए

Plants produce thousands of small molecules that are diverse in their chemical properties. Mass spectrometry (MS) is a powerful technique for analyzing ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptide प्रोफ़ेशनल और पहचान एंजियोटेन्सिन द्वितीय द्वारा सचित्र

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

जांच इलेक्ट्रोस्प्रे आयनीकरण मास स्पेक्ट्रोमेट्री के लिए नमूना तैयारी

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Label-Free Immunoprecipitation Mass Spectrometry Workflow for Large-scale Nuclear Interactome Profiling

बड़े पैमाने पर परमाणु इंटरैक्टूम प्रोफाइलिंग के लिए लेबल-फ्री इम्यूनोप्रिसिप्रिशन मास स्पेक्ट्रोमेट्री वर्कफ्लो

Immunoaffinity purification mass spectrometry (IP-MS) has emerged as a robust quantitative method of identifying protein-protein interactions. This ...