Name: isolation of histone from sorghum leaf tissue for top down mass spectrometry profiling of potential epigenetic markers
Uploaded: 2021-03-04T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers at JoVE.com

Ringraziamo Ronald Moore e Thomas Fillmore per aver aiutato con gli esperimenti di spettrometria di massa e Matthew Monroe per la deposizione dei dati. Questa ricerca è stata finanziata da sovvenzioni del Dipartimento dell'Energia degli Stati Uniti (DOE) Biological and Environmental Research attraverso il progetto Epigenetic Control of Drought Response in Sorghum (EPICON) con il numero di premio DE-SC0014081, del Dipartimento dell'Agricoltura degli Stati Uniti (USDA; CRIS 2030-21430-008-00D), e attraverso il Joint BioEnergy Institute (JBEI), una struttura sponsorizzata da DOE (Contract DE-AC02-05CH11231) tra Lawrence Berkeley National Laboratory e DOE. La ricerca è stata eseguita utilizzando l'Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) (grid.436923.9), un DOE Office of Science User Facility sponsorizzato dall'Office of Biological and Environmental Research.

1. Preparazione del materiale fogliare di sorgo
NOTA: Le piante di sorgo sono state coltivate nel suolo del settore a Parlier, CA.
<ol><li>Raccogliere le foglie di sorgo dalle piante in tubi di centrifuga da 50 ml e congelare immediatamente il tubo in azoto liquido. Raccogli il tessuto fogliare strappando la terza e la quarta foglia completamente emersa dal timone primario. NOTA: Ulteriori dettagli sulle condizioni del campo, sulla crescita del campione e sulla raccolta sono disponibili n...

<ol>
	<li>Farooq, M., Wahid, A., Kobayashi, N., Fujita, D., Basra, S. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+drought+stress:+Effects,+mechanisms+and+management.">Plant drought stress: Effects, mechanisms and management.</a> Agronomy for Sustainable Development. , 153-188 (2009).</li><li>Dai, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drought+under+global+warming:+a+review.">Drought under global warming: a review.</a> Wiley Interdisciplinary Reviews: Climate Change. 2 (1), 45-65 (2011).</li><li>Rooney, W. L., Blumenthal, J., Bean, B., Mullet, J. 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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+derivatization+of+histones+for+facilitated+analysis+by+mass+spectrometry.">Chemical derivatization of histones for facilitated analysis by mass spectrometry.</a> Nature Protocols. 2 (4), 933-938 (2007).</li><li>Holt, M. V., Wang, T., Young, N. 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F. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increasing+the+separation+capacity+of+intact+histone+proteoforms+chromatography+coupling+online+weak+cation+exchange-HILIC+to+reversed+phase+LC+UVPD-HRMS.">Increasing the separation capacity of intact histone proteoforms chromatography coupling online weak cation exchange-HILIC to reversed phase LC UVPD-HRMS.</a> Journal of Proteome Research. 17 (11), 3791-3800 (2018).</li></ol>

Il protocollo presentato descrive come estrarre gli istoni da campioni di foglie di sorgo (o più in generale foglie vegetali). La resa media dell'istone dovrebbe essere di 2-20 μg per 4-5 g di materiale fogliare di sorgo. I materiali sono sufficientemente puri per l'analisi dell'istone a valle da parte di LC-MS (per lo più istoni con contaminazione da proteine ribosomiali ~20%). È possibile ottenere una resa inferiore a causa di variazioni del campione o potenziali errori di gestione/guasti in tutto il protocollo. Ma...

Si prevede che la crescente gravità e frequenza della siccità influirà sulla produttività delle colturecerealicole 1,2. Il sorgo è una coltura alimentare ed energetica di cereali nota per la sua eccezionale capacità di resistere alle condizioni di limitazionedell'acqua 3,4. Stiamo perseguendo la comprensione meccanicistica dell'interazione tra stress da siccità, sviluppo delle piante ed epigenetica delle piante disorgo [Sorgo bicolore (L.) Moench]. Il nostro precedente lavoro ha dimostrato forti connessioni tra microbioma vegetale e rizosfera nell'acclimatazione della siccità e risposte alivello molecolare 5,6,7. Questa ricerca spianerà la strada all'utilizzo dell'ingegneria epigenetica per adattare le colture ai futuri scenari climatici. Come parte degli sforzi per comprendere l'epigenetica, miriamo a studiare marcatori proteici che hanno un impatto sull'espressione genica all'interno dell'organismo vegetale.
Gli istoni appartengono a una famiglia altamente conservata di proteine negli eucarioti che confezionano il DNA in nucleosomi come unità fondamentali di cromatina. Le modifiche post-tras traslazione (PTM) degli istoni sono regolate dinamicamente per controllare la struttura della cromatina e influenzare l'espressione genica. Come altri fattori epigenetici, tra cui la metilazione del DNA, le PTM istono svolgono ruoli importanti in molti processibiologici 8,9. Test a base di anticorpi come le macchie occidentali sono stati ampiamente utilizzati per identificare e quantificare le PTT istonali. Inoltre, l'interazione delle PTM istonali e del DNA può essere efficacemente sondata dall'immunoprecipitazione della cromatina - sequenziamento (ChIP-seq)10. In ChIP-seq, la cromatina con PTM istonale mirato specifico è arricchita da anticorpi contro quel PTM specifico. Quindi, i frammenti di DNA possono essere rilasciati dalla cromatina arricchita e sequenziati. Vengono rivelate regioni di geni che interagiscono con la PTM istono mirata. Tuttavia, tutti questi esperimenti si basano fortemente su anticorpi di alta qualità. Per alcune varianti/omologhi istoni o combinazioni di PTM, lo sviluppo di anticorpi robusti può essere estremamente impegnativo (specialmente per più PTM). Inoltre, gli anticorpi possono essere sviluppati solo se è noto il PTM istonale mirato. 11 Pertanto, sono necessari metodi alternativi per una profilazione globale non mirata delle PTM istone.
La spettrometria di massa (SM) è un metodo complementare per caratterizzare le PTT istonali, comprese le PTM sconosciute per lequali non sono disponibili anticorpi 11,12. Il consolidato flusso di lavoro MS "bottom-up" utilizza le proteasi per digerire le proteine in piccoli peptidi prima della separazione della cromatografia liquida (LC) e del rilevamento della SM. Poiché gli istoni hanno un gran numero di residui di base (lisina e arginina), la digestione della tripsina (proteasi specifica della lisina e dell'arginina) nel flusso di lavoro standard dal basso verso l'alto taglia le proteine in peptidi molto brevi. I peptidi brevi sono tecnicamente difficili da analizzare per standard LC-MS e non conservano le informazioni sulla connettività e la stechiometria di più PTM. L'uso di altri enzimi o etichettatura chimica per bloccare le lisina genera peptidi più lunghi che sono più adatti per la caratterizzazione delle PTT istono13,14.
In alternativa, il passaggio di digestione può essere completamente omesso. In questo approccio "top-down", gli ioni proteici intatti vengono introdotti nella SM mediante ionizzazione elettrospray (ESI) dopo la separazione LC online, producendo ioni delle proteoforme istone intatte. Inoltre, gli ioni (cioè le proteoforme) di interesse possono essere isolati e frammentati nello spettrometro di massa per produrre gli ioni di sequenza per l'identificazione e la localizzazione della PTM. Pertanto, l'MS dall'alto verso il basso ha il vantaggio di preservare le informazioni a livello di proteoforma e acquisire la connettività di più PTM e troncazioni terminali sullo stesso proteoforma15,16. Gli esperimenti dall'alto verso il basso possono anche fornire informazioni quantitative e offrire approfondimenti sui biomarcatori al livello proteicointatto 17. Nel presente documento, descriviamo un protocollo per estrarre l'istono dalla foglia di sorgo e analizzare gli istoni intatti dall'alto verso il basso LC-MS.
I dati di esempio riportati nella figura 1 e nella figura 2 provengono dalla foglia di sorgo raccolta alla settimana 2 dopo la semina. Sebbene sia prevista una variazione della resa, questo protocollo è generalmente indipendente da specifiche condizioni di campionamento. Lo stesso protocollo è stato utilizzato con successo per il tessuto fogliare vegetale di sorgo raccolto da 2, 3, 5, 8, 9 e 10 settimane dopo la semina.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A955-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>43815-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA, 500mM Solution, pH 8.0</td>
			<td>EMD Millipore Corp</td>
			<td>324504-500mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>28905</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guanidine Hydrochloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G3272-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M8266-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate, dibasic</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P3786-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease Inhibitor Cocktail, cOmplete tablets</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5892791001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium butyrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>303410-5G</td>
			<td>Used for histone deacetylase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S1888</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Fluoride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7020-100G</td>
			<td>Used for phosphatase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Orthovanadate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>450243-10G</td>
			<td>Used for phosphatase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7903-5KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP153-500 g</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T9284-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weak cation exchange resin, mesh 100-200 analytical (BioRex70)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>142-5842</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposables</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography column (Bio-Spin)</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>732-6008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mesh 100 filter cloth</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>NY1H09000</td>
			<td>This is part of the Sigma kit (catalog # CELLYTPN1) for plant nuclei extraction. Similar filters with the same mesh size can be used.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette tips (P20, P200, P1000)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tube, 50mL/15mL, Centrifuge, Conical</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>28-103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tube, Microcentrifuge, 1.5/2 mL</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical Balance</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-912-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beakers (50mL &#8211; 2L)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge with cooling</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-690-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipettes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Swinging-bucket centrifuge with cooling</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-728-002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath Sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-336-120</td>
			<td></td>
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	</tbody>
</table>

isolation of histone from sorghum leaf tissue for top down mass spectrometry profiling of potential epigenetic markers

Gli istoni appartengono a una famiglia di proteine altamente conservate negli eucarioti. Impacchettano il DNA in nucleosomi come unità funzionali di cromatina. Le modifiche post-trascizionali (PTM) degli istoni, che sono altamente dinamiche e possono essere aggiunte o rimosse dagli enzimi, svolgono un ruolo fondamentale nella regolazione dell'espressione genica. Nelle piante, i fattori epigenetici, comprese le PTT istono, sono correlati alle loro risposte adattive all'ambiente. Comprendere i meccanismi molecolari del controllo epigenetico può portare opportunità senza precedenti per soluzioni innovative di bioingegneria. Qui descriviamo un protocollo per isolare i nuclei e purificare gli istoni dal tessuto fogliare di sorgo. Gli istone estratti possono essere analizzati nelle loro forme intatte mediante spettrometria di massa dall'alto verso il basso (MS) accoppiata con cromatografia liquida in fase inversa (RP) online (LC). Le combinazioni e la stechiometria di più PTM sullo stesso proteoforma istono possono essere facilmente identificate. Inoltre, il ritaglio della coda istonale può essere rilevato utilizzando il flusso di lavoro LC-MS dall'alto verso il basso, producendo così il profilo PTM globale degli istoni principali (H4, H2A, H2B, H3). Abbiamo applicato questo protocollo in precedenza per profilare le PLOM istone dal tessuto fogliare di sorgo raccolte da uno studio sul campo su larga scala, volto a identificare marcatori epigenetici di resistenza alla siccità. Il protocollo potrebbe potenzialmente essere adattato e ottimizzato per il sequenziamento dell'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP-seq), o per lo studio delle PTM istonali in piante simili.

Seguendo il protocollo, gli istoni possono essere estratti e identificati utilizzando l'analisi LC-MS. I dati grezzi e i risultati elaborati sono disponibili presso MassIVE (https://massive.ucsd.edu/) tramite l'adesione: MSV000085770. Sulla base dei risultati TopPIC del campione rappresentativo (disponibile anche da MassIVE), abbiamo identificato 303 proteoforme istone (106 proteoforme H2A, 72 H2B, 103 H3 e 22 proteoforme H4). Sono state rilevate anche proteoforme ribosomiali co-purificate, tipicamente eluizzanti all'ini...

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Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers

Il protocollo è stato sviluppato per estrarre efficacemente istoni intatti dai materiali fogliari di sorgo per la profilazione di modifiche post-tras trasunzionali istone che possono servire come potenziali marcatori epigenetici per aiutare le colture resistenti alla siccità ingegneristica.

Isolamento dell'istono dal tessuto fogliare di sorgo per la profilazione della spettrometria di massa dall'alto verso il basso dei potenziali marcatori epigenetici

Histones belong to a family of highly conserved proteins in eukaryotes. They pack DNA into nucleosomes as functional units of chromatin. ...

Il nostro protocollo scopre marcatori epigenetici per lo sviluppo di piante di sorgo e la resistenza alla siccità. Tale comprensione molecolare aiuterà a sviluppare soluzioni migliori per adattare le colture ai climi estremi in futuro. Questo protocollo genera istoni ad alta purezza dal tessuto fogliare di sorgo adatto per la profilazione non mirata di modifiche post-tras tras trasutzionali mediante spettrometria di massa.A dimostrare la procedura saranno Shadan Abdali e Tanya Winkler, research associate post-bachelor di EMSL. Per iniziare, macinare alcune foglie di sorgo con azoto liquido e conservarle in un tubo di centrifuga da 50 millilitri a meno 80 gradi Celsius. Utilizzare circa quattro grammi della polvere fogliare per l'analisi istono di ciascun campione.Preparare i buffer di estrazione 1, 2A e 2B come descritto nel manoscritto testuale e aggiungere una compressa di inibitore della proteasi al tampone di estrazione uno per effettuare una concentrazione finale di 0,2X. Quindi aggiungere 20 millilitri del tampone di estrazione preparato uno alla polvere di foglie macinate e mescolare delicatamente o vortice per 10 minuti. Utilizzando la rete 100, sciacquare il materiale filtrato due volte con due millilitri di tampone di estrazione uno ogni volta.Successivamente, centrifugare il filtrato a 3.000 volte G per 10 minuti a quattro gradi Celsius in un rotore a secchio oscillante per pellettizzare i detriti cellulari e i grandi organelli subcellulari. Contemporaneamente, preparare il buffer di estrazione 2A aggiungendo l'inibitore della proteasi a una concentrazione finale di 0,4X. Scartare il supernatante senza disturbare il pellet.Quindi rimostrare il pellet in cinque millilitri del tampone di estrazione preparato 2A. Incubarlo sul ghiaccio per 10 minuti con miscelazione delicata. Centrifugare la soluzione a 2.100 volte G per 15 minuti a quattro gradi Celsius in un rotore a secchio oscillante per pellettare detriti e nuclei.Decantare attentamente il supernatante senza disturbare il pellet. Preparare il buffer di estrazione 2B aggiungendo gli inibitori della proteasi a una concentrazione finale di 1X. Aggiungere cinque millilitri di questo tampone preparato al pellet ottenuto dopo la centrifugazione.Centrifuga a 2.100 volte G per 15 minuti a quattro gradi Celsius nel rotore della benna oscillante per pellet detriti e nuclei. Contemporaneamente, preparare il tampone di lysis dei nuclei aggiungendo una compressa inibitore della proteasi. Decantare con cura il supernatante senza disturbare il pellet e rimescolare il pellet in 250 microlitri del tampone dilisi.Vortice la soluzione per 15 secondi alla massima velocità per omogeneizzarla e rimorsi il materiale. Quindi sonicalo per cinque minuti a quattro gradi Celsius e conservalo a meno 80 gradi Celsius. Scongelare il campione di nuclei congelati e aggiungere 750 microlitri di tampone di guanidina al 5%.Quindi sonicare per 15 minuti a quattro gradi Celsius. Trasferire il campione su un tubo a due millilitri e ruotarlo a 10.000 volte G per 10 minuti a quattro gradi Celsius. Contemporaneamente, preparare una colonna di cromatografia a scambio ionico risciacquarla con due millilitri di acetonitrile e quattro millilitri di acqua per ridurre al minimo la contaminazione sulla superficie.Caricare circa 200-300 microlitri di resina debole di scambio di cationi sulla colonna cromatografica e lasciare depositare la resina. Lavare la resina quattro volte con tampone di guanidina e posizionare il tubo e la colonna sul ghiaccio. Mettere la colonna su un tubo di raccolta di due millilitri e caricare lentamente il supernatante dal campione preparato sul letto di resina senza interrompere la resina.Mentre la soluzione scorre, caricare l'eluente verso la parte superiore della colonna da sei a otto volte per consentire il massimo legame con la resina. Quindi caricare due millilitri di tampone di guanidina al 5% per lavare le proteine non istonici dalla colonna. Eluire le proteine istonici con un millilitro di tampone di guanidina al 5% e raccogliere l'eluente.Pulire un filtro di spin cutoff da tre kilodalton con 500 microlitri di solvente di lavaggio, quindi disalt l'eluente rimanente utilizzando il filtro di rotazione pre-pulito. Le principali proteine istono sono state osservate in regioni specifiche della mappa caratteristica LC-MS che indicano il successo dell'esperimento. Questa mappa rappresentativa mostra istoni intatti a figura intera in scatole tratteggiate.La mappa delle caratteristiche LC-MS dei proteoformi H2B e 16 kilodalton H2A mostra che entrambi hanno più omologhi con sequenze simili come notato dai numeri di sessione del prodotto unici. Si può vedere un altro gruppo di istoni H2A senza le code estese. L'acetilazione N-terminale, le acetilazioni di lisina aggiuntive e le ossidazioni di meionina nelle proteine istono H4 possono essere osservate esaminando le differenze di massa nella mappa caratteristica LC-MS mostrata qui.Sono state identificate due sequenze proteiche per le proteine istono H3, H3.3 e H3.2. La frammentazione della dissociazione da trasferimento elettronico è stata utilizzata per generare lo spettro di frammentazione del proteoforma H3.2 identificato. Gli ioni precursori e gli spettri Ms1 precedenti e successivi sono mostrati qui con i loro picchi isotopici abbinati evidenziati in viola.Le modifiche post-traslazione possono essere localizzate utilizzando la mappa di copertura della sequenza. Confrontando l'abbondanza relativa delle proteoforme, sono stati scoperti cambiamenti di proteoforme istono troncate specifiche delle condizioni del campione. Il troncamento C-terminale dell'H4 è stato osservato solo nelle settimane tre e nove per alcuni campioni.Per H3.2, le proteoforme troncate N-terminale erano generalmente più abbondanti nella settimana 10. Al contrario, il terminale C troncato H3.2 è stato visto nei punti di tempo precedenti. Le proteoforme troncate H4 C-terminale erano significativamente più abbondanti in BTx642 che in RTx430.Quando si tenta questo protocollo, prestare molta attenzione ai colori del supernatante e del pellet. Il cambiamento di colore aiuta a identificare potenziali problemi nella macinazione o lisi del cloroplasto. Speriamo che questo solido protocollo per l'isolamento istono dalle foglie di sorgo consenta la ricerca epigenetica per altre piante simili.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Sheathless Capillary Electrophoresis&#8211;Mass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Sheathless Capillary ElectrophoresisÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Guaina elettroforesi capillare-spettrometria di massa per metaboliche Profiling di campioni biologici

In metabolomics, a wide range of analytical techniques is used for the global profiling of (endogenous) metabolites in complex samples. In this paper, a ...

Ricerca

Biochimica

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Scambio risolta in tempo ionizzazione elettrospray idrogeno-deuterio Spettrometria di Massa per lo studio delle proteine ​​Struttura e dinamica

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Risoluzione purificato per affinità complessi proteici di Blue Native PAGE e proteine ​​correlazione Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Isolamento Droplet per l&#39;analisi quantitativa dei lipidi Spettrometria di Massa

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Preparazione dei campioni per l'identificazione basati sulla spettrometria di massa di RNA-binding Regions

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Proteoma profonda profilatura di etichettatura isobarico, vasto cromatografia liquida, spettrometria di massa e quantificazione assistita da Software

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Leaf Spray Mass Spectrometry: A Rapid Ambient Ionization Technique to Directly Assess Metabolites from Plant Tissues

Spettrometria di massa di foglia Spray: Una tecnica di ionizzazione ambiente rapido per valutare direttamente metaboliti dai tessuti vegetali

Plants produce thousands of small molecules that are diverse in their chemical properties. Mass spectrometry (MS) is a powerful technique for analyzing ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptide Profilazione e identificazione illustrata da Angiotensin II

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Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Preparazione del campione per la spettrometria di massa di ionizzazione elettrospray sonda

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Label-Free Immunoprecipitation Mass Spectrometry Workflow for Large-scale Nuclear Interactome Profiling

Flusso di lavoro per spettrometria di massa per l'immunoprecipitazioni nucleari senza etichetta per la profilazione del contraglio nucleare su larga scala

Immunoaffinity purification mass spectrometry (IP-MS) has emerged as a robust quantitative method of identifying protein-protein interactions. This ...