Name: a chromatin assay for human brain tissue
Uploaded: 2008-03-21T19:19:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

وأيد هذا العمل من خلال منحة من المعهد الوطني للصحة العقلية (5R01MH071476).

الإجراء : 1 ش اليوم 1. التجانس 50-500 ملغ من الأنسجة المجمدة المسألة بعد الوفاة رمادي مع Douncing العازلة. ! تنبيه --! يجب التعامل مع الأنسجة البشرية تحت ...

<ol>
	<li>Huang, H. S., Matevossian, A., Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Akbarian+S.+Chromatin+immunoprecipitation+in+postmortem+brain.">Akbarian S. Chromatin immunoprecipitation in postmortem brain.</a> J Neurosci Methods. 156, 284-292 .</li><li>Huang, H. S., Matevossian, A., Whittle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prefrontal+dysfunction+in+schizophrenia+involves+mixed-lineage+leukemia+1-regulated+histone+methylation+at+GABAergic+gene+promoters.">Prefrontal dysfunction in schizophrenia involves mixed-lineage leukemia 1-regulated histone methylation at GABAergic gene promoters.</a> J Neurosci. 27, 11254-11262 .</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31, 76-82 .</li><li>Spiteri, E., Konopka, G., Coppola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+transcriptional+targets+of+FOXP2,+a+gene+linked+to+speech+and+language,+in+developing+human+brain.">Identification of the transcriptional targets of FOXP2, a gene linked to speech and language, in developing human brain.</a> Am J Hum Genet. 81, 1144-1157 .</li><li>Huang, H. u. a. n. g., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GAD1+mRNA+expression+and+DNA+methylation+in+prefrontal+cortex+of+subjects+with+schizophrenia.">GAD1 mRNA expression and DNA methylation in prefrontal cortex of subjects with schizophrenia.</a> PLoS ONE. 2, .</li><li>Stadler, F., Kolb, G., Rubusch, L., Baker, S. P., Jones, E. G., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+at+gene+promoters+is+associated+with+developmental+regulation+and+region-specific+expression+of+ionotropic+and+metabotropic+glutamate+receptors+in+human+brain.">Histone methylation at gene promoters is associated with developmental regulation and region-specific expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptors in human brain.</a> J Neurochem. 94, 324-336 .</li></ol>

الخطوط العريضة لبروتوكول هنا هو مفيدة بشكل خاص للمحققين مهتمة التواقيع مثلأيشن هيستون و / أو الحامض النووي من الدماغ البشري ، وذلك لأن هذه العلامات لونين قد تكون أقل عرضة للالتحف بعد الوفاة بالمقارنة مع أنواع أخرى من التعديلات ، بما في ذلك (هيستون) والفسفرة أستلة 1 2. الدماغ...

الحلول : <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> nChIP الاحتياطي Douncing : 10 مم تريس ، 4 مم MgCl 2 ، 1 ملم CaCl 2 ضبط الرقم الهيدروجيني إلى 7.5 </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> FSB 10X : 50 مم EDTA ، 200 ملي تريس ، 500 ملي مول كلوريد الصوديوم ضبط الرقم الهيدروجيني إلى 7.5 </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العازلة منخفضة الملح الغسيل : 0.1 ٪ SDS ، 1 ٪ تريتون X - 100 ، 2 مم EDTA ، 20 ملي تريس (الرقم الهيدروجيني 8) ، 150 مم كلوريد الصوديوم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ارتفاع الاحتياطي غسل الملح : 0.1 ٪ SDS ، 1 ٪ تريتون X - 100 ، 2 مم EDTA ، 20 ملي تريس (PH 8) ، 500 مم كلوريد الصوديوم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كلوريد الليثيوم العازلة : 1 ٪ IGEPAL - CA 630 ، حمض Deoxycholic 1 ٪ ، 1 ملم EDTA (الرقم الهيدروجيني 8) ، و 10 ملي تريس (الرقم الهيدروجيني 8) ، 0.25 M LiCl </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> TE العازلة : 10 مم تريس (الرقم الهيدروجيني 8) ، 1 ملم EDTA </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف الاحتياطي : 0.1M NaHCO 3 ، 1 ٪ SDS </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بروتين الهضم العازلة K (10X) : 1M تريس ، 50 ملي EDTA ، 2 ٪ SDS ، كلوريد الصوديوم 2M ضبط الرقم الهيدروجيني إلى 8.0 </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 خلات الصوديوم M : 24،61 غ خلات الصوديوم اللامائية (MW = 82.03) في 100 مليلتر من الماء المقطر تعقيمها. ضبط الرقم الهيدروجيني إلى 5.2 باستخدام حمض الخليك المركزة. </li></ul>

a chromatin assay for human brain tissue

ويعتقد أن الأمراض العصبية المزمنة ، مثل انفصام الشخصية ومرض التوحد وثنائي القطب أن ينتج عن مزيج من العوامل الوراثية والبيئية التي قد تؤدي إلى تغيرات جينية في التعبير الجيني ، وعلم الأمراض الجزيئية الأخرى. تقليديا ، ومع ذلك ، اقتصرت الدراسات التعبير في الدماغ بعد الوفاة لتقدير حجم مرنا أو البروتين. القيود التي تصادف في أبحاث الدماغ بعد الوفاة مثل المتغيرات في وقت وانحلال ذاتي integrities الأنسجة ومن المرجح أيضا أن تؤثر أي دراسات العليا لونين هياكل النظام. ومع ذلك ، فإن منظمة nucleosomal من الحمض النووي DNA الجينومية بما في ذلك : هيستون الأساسية ملزمة -- على ما يبدو الى حد كبير في الحفاظ على عينات ممثلة المقدمة من البنوك المختلفة في المخ. ولذلك ، فمن الممكن لدراسة نمط مثلأيشن التساهمية والتعديلات الأخرى في histones الأساسية في مواضع محددة في الدماغ الجينومية بعد الوفاة. هنا ، نقدم مبسطة الأصلي مناعي لونين (NChIP) بروتوكول لعينات الدماغ المجمدة (ثابت أبدا) الإنسان. يمكن إكمال عملية الهضم بدءا من الخليط nuclease micrococcal الدماغ ، تليها NChIP qPCR في غضون ثلاثة أيام. وينبغي للمنهجية المعروضة هنا يكون من المفيد توضيح آليات التعبير اللاجينية الجينات في دماغ الإنسان العادي ومريضة.

Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

حتى وقت قريب ، كانت مقتصرة على دراسات التعبير الكمي للدماغ الإنسان من الحمض النووي الريبي أو البروتينات. مع تقنيات مناعي لونين وصفها في هذه الورقة ، سوف يكون من الممكن مثلأيشن هيستون خريطة جينية والمنظمين الآخرين في التعبير الجيني في الدماغ بعد الوفاة.

والفحص الكروماتين لأنسجة المخ الإنسان

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

أكتين المشارك الترسيب الفحص ، وبالنسبة للتحليل البروتين ملزمة لF - أكتين

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

مناعي لونين من الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

عزل النواة من الخلايا العصبية البشرية تشريح أنسجة المخ

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

مناعي لونين (CHIP) لتعديل هيستون الفحص الحيوي في التعبير الجيني في الخلايا البشرية المنشط

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

مناعي لونين الفحص الجينات الأنسجة الخاصة باستخدام أجنة فئران في مرحلة مبكرة

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

لونين مناعي (رقاقة) باستخدام ذبابة الفاكهة الأنسجة

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

جيل وتنقية الإنسان INO80 ونين إعادة عرض مجمعات وSubcomplexes

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

منهج في اختيار الأبتامرات تبديل الهيكل تطبيقها على اللونية الذهب جسيمات متناهية الصغر الفحص

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

مناعي لونين الفحص لتحديد نبات الأرابيدوبسيس التفاعلات-DNA البروتين<em&gt; في فيفو</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...