Name: a chromatin assay for human brain tissue
Uploaded: 2008-03-21T19:19:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

Ce travail a été soutenu par une subvention du National Institute of Mental Health (5R01MH071476).

Procédure: 1 er jour 1. Homogénéiser 50-500 mg de tissu congelé matières post-mortem gris avec Douncing Tampon. ! ATTENTION - Les tissus humains doivent être manipulés avec soin dans des conditions de sécurité strictes. Il doit être manipulé à des normes de sécurité BSL-2 ou supérieur. <ol><li> Prenez précédemment disséqué, post-mortem du cerveau de -80 ° C, les Dounce de volume du cerveau ...

<ol>
	<li>Huang, H. S., Matevossian, A., Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Akbarian+S.+Chromatin+immunoprecipitation+in+postmortem+brain.">Akbarian S. Chromatin immunoprecipitation in postmortem brain.</a> J Neurosci Methods. 156, 284-292 .</li><li>Huang, H. S., Matevossian, A., Whittle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prefrontal+dysfunction+in+schizophrenia+involves+mixed-lineage+leukemia+1-regulated+histone+methylation+at+GABAergic+gene+promoters.">Prefrontal dysfunction in schizophrenia involves mixed-lineage leukemia 1-regulated histone methylation at GABAergic gene promoters.</a> J Neurosci. 27, 11254-11262 .</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31, 76-82 .</li><li>Spiteri, E., Konopka, G., Coppola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+transcriptional+targets+of+FOXP2,+a+gene+linked+to+speech+and+language,+in+developing+human+brain.">Identification of the transcriptional targets of FOXP2, a gene linked to speech and language, in developing human brain.</a> Am J Hum Genet. 81, 1144-1157 .</li><li>Huang, H. u. a. n. g., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GAD1+mRNA+expression+and+DNA+methylation+in+prefrontal+cortex+of+subjects+with+schizophrenia.">GAD1 mRNA expression and DNA methylation in prefrontal cortex of subjects with schizophrenia.</a> PLoS ONE. 2, .</li><li>Stadler, F., Kolb, G., Rubusch, L., Baker, S. P., Jones, E. G., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+at+gene+promoters+is+associated+with+developmental+regulation+and+region-specific+expression+of+ionotropic+and+metabotropic+glutamate+receptors+in+human+brain.">Histone methylation at gene promoters is associated with developmental regulation and region-specific expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptors in human brain.</a> J Neurochem. 94, 324-336 .</li></ol>

Le protocole décrit ici est particulièrement utile pour les chercheurs intéressés dans les signatures de méthylation des histones et / ou de l&#39;ADN du cerveau humain, parce que ces marques chromatine peuvent être moins enclins à des artéfacts post mortem par rapport à d&#39;autres types de modifications, y compris (histones) acétylation et la phosphorylation 1, 2. Le cerveau post-mortem se prêtent à l&#39;étude de la mono-nucléosomes préparations; l&#39;ADN reste largement attachée à la histones, au moins dans...

Solutions: <ul><li> Tampon nChIP Douncing: Tris 10 mM, MgCl 2 4 mM, 1 mM de CaCl2 ajuster le pH à 7,5 </li><li> 10x FSB: EDTA 50 mM, 200 mM de Tris, 500 mM NaCl ajuster le pH à 7,5 </li><li> Tampon salin de lavage à basse: 0,1% SDS, 1% de Triton X-100, EDTA 2 mM, Tris 20 mM (pH 8), 150 mM de NaCl </li><li> Tampon du sel de lavage haute: 0,1% SDS, 1% de Triton X-100, EDTA 2 mM, Tris 20 mM (pH 8), 500 mM de NaCl </li><li> Tampon de chlorure de lithium: 1% IGEPAL CA-630, 1% d&#39;acide désoxycholique, EDTA 1 mM (pH 8), Tris 10 mM (pH 8), 0,25 M de LiCl </li><li> Tampon TE: Tris 10 mM (pH 8), EDTA 1 mM </li><li> Tampon d&#39;élution: 0,1 M de NaHCO 3, 1% de SDS </li><li> Tampon de digestion protéinase K (10X): 1 M de Tris, EDTA 50 mM, SDS 2%, NaCl 2M ajuster le pH à 8,0 </li><li> Acétate de sodium 3 M: 24,61 g d&#39;acétate de sodium anhydre (MW = 82,03) dans 100 ml d&#39;eau distillée en autoclave. Ajuster le pH à 5,2 à l&#39;aide d&#39;acide acétique concentré. </li></ul>

a chromatin assay for human brain tissue

Chronique maladies neuropsychiatriques comme la schizophrénie, la maladie bipolaire et l&#39;autisme sont considérés comme le résultat d&#39;une combinaison de facteurs génétiques et environnementaux qui pourraient résulter de modifications épigénétiques de l&#39;expression génique et d&#39;autres pathologie moléculaire. Traditionnellement, cependant, les études d&#39;expression dans le cerveau post-mortem ont été confinés à la quantification de l&#39;ARNm ou de protéines. Les limites rencontrées dans la recherche du cerveau post-mortem tels que des variabilités dans le temps et l&#39;autolyse des tissus intégrités sont également susceptibles d&#39;affecter toutes les études des structures supérieures chromatine ordre. Cependant, l&#39;organisation de l&#39;ADN génomique nucléosomiques y compris l&#39;ADN: core histones contraignant - semble largement préservées dans des échantillons représentatifs fournis par les banques du cerveau différentes. Par conséquent, il est possible d&#39;étudier le modèle de méthylation et d&#39;autres modifications covalentes des histones fondamentales définies au loci génomiques dans le cerveau post-mortem. Ici, nous présentons une version simplifiée natif immunoprécipitation de la chromatine (NChIP Protocol) pour les échantillons congelés du cerveau (jamais fixe) humaine. En commençant par la nucléase micrococcal digestion des homogénats de cerveaux, NChIP suivie par qPCR peut être complété dans les trois jours. La méthodologie présentée ici devrait être utile pour élucider les mécanismes épigénétiques de l&#39;expression des gènes dans le cerveau humain normal et pathologique.

Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

Jusqu&#39;à récemment, les études d&#39;expression sur le cerveau humain ont été limités à la quantification de l&#39;ARN ou les protéines. Avec les techniques d&#39;immunoprécipitation de chromatine décrites dans ce document, il sera possible de cartographier la méthylation des histones et d&#39;autres régulateurs épigénétiques de l&#39;expression des gènes dans le cerveau post-mortem.

Un dosage de la chromatine pour les tissus du cerveau humain

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

Co-actine sédimentation Assay; pour l&#39;analyse des Binding Protein à F-actine

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Recherche

Biologie

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Immunoprécipitation de la chromatine des cellules souches embryonnaires humaines

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

Isolement des noyaux neuronaux à partir de tissus post-mortem du cerveau de l&#39;homme

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour doser modification des histones dynamique dans l&#39;expression génique dans les cellules humaines Activé

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

Assay immunoprécipitation de la chromatine des gènes spécifiques de tissus en utilisant des embryons de souris en début de

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) à l&#39;aide Drosophila Tissus

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Génération de haute qualité Immunoprécipitation de la chromatine Patron de l&#39;ADN pour le séquençage à haut débit (ChIP-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

Production et purification des droits de INO80 remodelage de la chromatine Complexes et Subcomplexes

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

Une méthode de sélection aptamères Structure commutation Appliqué à un colorimétrique Or nanoparticules Assay

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Immunoprécipitation de la chromatine test pour l&#39;identification de Arabidopsis interactions protéine-ADN<em&gt; In Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...