Name: a chromatin assay for human brain tissue
Uploaded: 2008-03-21T19:19:00
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Diese Arbeit wurde durch ein Stipendium des National Institute of Mental Health (5R01MH071476) unterstützt.

Vorgehensweise: 1. Tag 1. Homogenisieren 50-500 mg des gefrorenen post-mortem grauen Gewebe mit Douncing Buffer. ! ACHTUNG - Menschliches Gewebe muss mit Sorgfalt unter strengen Sicherheitsbedingungen gehandhabt werden. Es sollte bei BSL-2 oder höhere Sicherheitsstandards verarbeitet werden. <ol><li> Nehmen Sie vorher seziert, post-mortem Gehirn von -80 ° C, Dounce sie in 5X Hirnvolumen von Douncing Buffer, ...

<ol>
	<li>Huang, H. S., Matevossian, A., Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Akbarian+S.+Chromatin+immunoprecipitation+in+postmortem+brain.">Akbarian S. Chromatin immunoprecipitation in postmortem brain.</a> J Neurosci Methods. 156, 284-292 .</li><li>Huang, H. S., Matevossian, A., Whittle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prefrontal+dysfunction+in+schizophrenia+involves+mixed-lineage+leukemia+1-regulated+histone+methylation+at+GABAergic+gene+promoters.">Prefrontal dysfunction in schizophrenia involves mixed-lineage leukemia 1-regulated histone methylation at GABAergic gene promoters.</a> J Neurosci. 27, 11254-11262 .</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31, 76-82 .</li><li>Spiteri, E., Konopka, G., Coppola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+transcriptional+targets+of+FOXP2,+a+gene+linked+to+speech+and+language,+in+developing+human+brain.">Identification of the transcriptional targets of FOXP2, a gene linked to speech and language, in developing human brain.</a> Am J Hum Genet. 81, 1144-1157 .</li><li>Huang, H. u. a. n. g., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GAD1+mRNA+expression+and+DNA+methylation+in+prefrontal+cortex+of+subjects+with+schizophrenia.">GAD1 mRNA expression and DNA methylation in prefrontal cortex of subjects with schizophrenia.</a> PLoS ONE. 2, .</li><li>Stadler, F., Kolb, G., Rubusch, L., Baker, S. P., Jones, E. G., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+at+gene+promoters+is+associated+with+developmental+regulation+and+region-specific+expression+of+ionotropic+and+metabotropic+glutamate+receptors+in+human+brain.">Histone methylation at gene promoters is associated with developmental regulation and region-specific expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptors in human brain.</a> J Neurochem. 94, 324-336 .</li></ol>

Das Protokoll hier skizzierte ist besonders nützlich für die Ermittler in Histon und / oder DNA-Methylierungs-Signaturen des menschlichen Gehirns interessiert, weil diese Chromatin Markierungen möglicherweise weniger anfällig für postmortale Artefakte als andere Arten von Änderungen, einschließlich (Histon) Acetylierung und Phosphorylierung 1 verglichen, 2. Die Obduktion des Gehirns ist offen für das Studium der Mono-nukleosomalen Präparate, die DNA bleibt weitgehend auf die Core-Histone angebracht, zumindest in Proben m...

Solutions: <ul><li> nChIP Douncing Puffer: 10 mM Tris, 4 mM MgCl 2, 1 mM CaCl 2 pH-Wert einstellen auf 7,5 </li><li> 10x FSB: 50 mM EDTA, 200 mM Tris, 500 mM NaCl pH-Wert einstellen auf 7,5 </li><li> Low Salz Waschpuffer: 0,1% SDS, 1% Triton X-100, 2 mM EDTA, 20 mM Tris (pH 8), 150 mM NaCl </li><li> Hohe Salz Waschpuffer: 0,1% SDS, 1% Triton X-100, 2 mM EDTA, 20 mM Tris (pH 8), 500 mM NaCl </li><li> Lithium-Chlorid-Puffer: 1% IGEPAL-CA 630, 1% Desoxycholsäure, 1 mM EDTA (pH 8), 10 mM Tris (pH 8), 0,25 M LiCl </li><li> TE-Puffer: 10 mM Tris (pH 8), 1 mM EDTA </li><li> Elutionspuffer: 0,1 M NaHCO 3, 1% SDS </li><li> Proteinase K-Verdau-Puffer (10X): 1 M Tris, 50 mM EDTA, 2% SDS, 2M NaCl pH-Wert einstellen auf 8,0 </li><li> 3 M Natriumacetat: 24.61 g wasserfreiem Natriumacetat (MW = 82,03) in 100 ml destilliertem Wasser autoklaviert. Der pH-Wert auf 5,2 mit konzentrierter Essigsäure. </li></ul>

a chromatin assay for human brain tissue

Chronische neuropsychiatrische Erkrankungen wie Schizophrenie, bipolare Erkrankung und Autismus werden gedacht, um aus einer Kombination von genetischen und umweltbedingten Faktoren, die in epigenetischen Veränderungen der Genexpression und andere molekulare Pathologie Ergebnis führen könnte. Traditionell wurden jedoch Ausdruck Studien in post mortem Gehirn Quantifizierung von mRNA oder Protein beschränkt. Die Einschränkungen in postmortem Hirnforschung wie Variabilitäten in Autolyse Zeit und Gewebe Ganzheiten angetroffen werden wahrscheinlich auch keine Studien höherer Ordnung Chromatin-Strukturen auswirken. Doch die nukleosomalen Organisation der genomischen DNA mit DNA: Kern Histon-Bindung - offenbar weitgehend in repräsentativen Stichproben von verschiedenen Hirn-Banken erhalten. Daher ist es möglich, die Methylierungsmuster und andere kovalente Modifikationen der Core-Histone in definierten genomischen Loci in post mortem Gehirn zu studieren. Hier präsentieren wir eine vereinfachte nativen Chromatin-Immunopräzipitation (NChIP)-Protokoll für gefrorene (nie fest) menschliche Gehirn Proben. Beginnend mit Mikrokokken-Nuclease Verdauung von Hirnhomogenaten, gefolgt NChIP von qPCR können innerhalb von drei Tagen abgeschlossen sein. Die Methodik hier vorgestellten sollte nützlich sein, um epigenetische Mechanismen der Gen-Expression in normalen und erkrankten menschlichen Gehirn aufzuklären.

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A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

Bis vor kurzem waren Ausdruck Studien über menschliche Gehirn zu Quantifizierung von RNA oder Proteine ​​beschränkt. Mit dem Chromatin-Immunopräzipitation Techniken in diesem Papier beschrieben wurde, wird es möglich sein, Histon-Methylierung und andere epigenetische Regulatoren der Genexpression in postmortem Gehirn abzubilden.

A Chromatin-Assay für Human Brain Tissue

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

Aktin Co-Sedimentation Assay; für die Analyse von Protein-Bindung an F-Aktin

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Forschung

Biologie

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Chromatin Immunopräzipitation von humanen embryonalen Stammzellen

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

Neuronale Kerne Isolation von Human Postmortem Gehirngewebe

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) zur Assay Dynamische Histonmodifikationen in Activated Gene Expression in menschlichen Zellen

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

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Chromatin Immunopräzipitation-Assay für Tissue-spezifische Gene mit Frühzeitige muriner Embryonen

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

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Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) mit Drosophila Gewebe

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Generierung von High Quality Chromatin Immunpräzipitation DNA Vorlage für Hochdurchsatz-Sequenzierung (ChIP-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

Generation und Reinigung von Menschen INO80 Chromatin Remodeling Komplexe und Subkomplexe

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

Ein Verfahren zur Auswahl Struktur-Schalt Aptamere zu einem Farbmetrik Gold-Nanopartikeln Assay angewandt

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatinimmunpräzipitation Assay zur Identifizierung von Arabidopsis-Protein-DNA-Wechselwirkungen<em&gt; In-vivo-</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...