Name: a chromatin assay for human brain tissue
Uploaded: 2008-03-21T19:19:00
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이 작품은 정신 건강의 국립 연구소 (5R01MH071476)에서 부여에 의해 지원되었다.

절차 : 1 일 데이 1. 버퍼 Douncing와 냉동 사후 회색 물질 조직 50-500 MG를 균질. ! 주의 - 인간의 조직은 엄격한 안전 조건 하에서 유의해서 다루어 져야한다. 이것은 BSL - 2 이상의 안전 기준에서 처리되어야합니다. <ol><li> -80에서 이전 해부, 사후 뇌를 꺼내 ° C는 Douncing 버퍼의 배 뇌 용적에서 그들을 다운스, 및 2.0 ML의...

<ol>
	<li>Huang, H. S., Matevossian, A., Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Akbarian+S.+Chromatin+immunoprecipitation+in+postmortem+brain.">Akbarian S. Chromatin immunoprecipitation in postmortem brain.</a> J Neurosci Methods. 156, 284-292 .</li><li>Huang, H. S., Matevossian, A., Whittle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prefrontal+dysfunction+in+schizophrenia+involves+mixed-lineage+leukemia+1-regulated+histone+methylation+at+GABAergic+gene+promoters.">Prefrontal dysfunction in schizophrenia involves mixed-lineage leukemia 1-regulated histone methylation at GABAergic gene promoters.</a> J Neurosci. 27, 11254-11262 .</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31, 76-82 .</li><li>Spiteri, E., Konopka, G., Coppola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+transcriptional+targets+of+FOXP2,+a+gene+linked+to+speech+and+language,+in+developing+human+brain.">Identification of the transcriptional targets of FOXP2, a gene linked to speech and language, in developing human brain.</a> Am J Hum Genet. 81, 1144-1157 .</li><li>Huang, H. u. a. n. g., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GAD1+mRNA+expression+and+DNA+methylation+in+prefrontal+cortex+of+subjects+with+schizophrenia.">GAD1 mRNA expression and DNA methylation in prefrontal cortex of subjects with schizophrenia.</a> PLoS ONE. 2, .</li><li>Stadler, F., Kolb, G., Rubusch, L., Baker, S. P., Jones, E. G., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+at+gene+promoters+is+associated+with+developmental+regulation+and+region-specific+expression+of+ionotropic+and+metabotropic+glutamate+receptors+in+human+brain.">Histone methylation at gene promoters is associated with developmental regulation and region-specific expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptors in human brain.</a> J Neurochem. 94, 324-336 .</li></ol>

프로토콜이 염색질 표시가 (히스톤) 아세틸화 및 인산화 하나를 포함하여 수정의 다른 유형에 비해 사후 유물이 적은 경향이있을 수 있기 때문에, 인간 두뇌의 히스톤 및 / 또는 DNA methylation 서명에 관심이 조사에 특히 유용합니다 여기에 설명된 2. 사후 두뇌는 모노 nucleosomal 준비 연구 의무이며 DNA가 최소한의 범위에서 일반적으로 대표 autolysis 간격 (죽음과 냉동 / 조직의 저장 사이의 시?...

솔루션 : <ul><li> nChIP Douncing 버퍼 : 10 MM 트리스, 4 MM MgCl 2, 1 MM CaCl 2 7.5 산도를 조절 </li><li> 10X FSB : 50 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산), 200 MM 트리스, 500 MM NaCl은 7.5 산도를 조절 </li><li> 낮은 소금 세척 버퍼 : 0.1 % SDS, 1 % 트리톤 X - 100, 2 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산), 20 MM 트리스 (산도 8), 150 MM NaCl </li><li> 고 염분 세척 버퍼 : 0.1 % SDS, 1 % 트리톤 X - 100, 2 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산), 20 MM 트리스 (수소 이온 농도 8), 500 MM NaCl </li><li> 염화 리튬 버퍼 : 1 % IGEPAL - CA 630, 1 % Deoxycholic 산, 1 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) (산도 8), 10 MM 트리스 (산도 8), 0.25 M LiCl </li><li> TE 버퍼 : 10 MM 트리스 (산도 8), 1 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) </li><li> 용출 버퍼 : 0.1M NaHCO 3, 1 % SDS </li><li> Proteinase K의 소화 버퍼 (10X) : 1M 트리스, 50 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산), 2% SDS, 2M NaCl은 8.0 산도를 조절 </li><li> 3 M의 아세트산 나트륨 : autoclaved 증류수 100 ML에서 24.61 g 무수 아세트산 나트륨 (MW가 = 82.03). 집중 아세트산을 사용하여 5.2 산도를 조정합니다. </li></ul>

a chromatin assay for human brain tissue

이러한 정신 분열증, 양극성 질환과 자폐증과 같은 만성 질병 neuropsychiatric은 유전자 발현과 다른 분자 병리의 epigenetic 변경의 결과 수도 유전과 환경 요인의 조합에서 결과로 생각되고 있습니다. 전통적으로 그러나, 사후 두뇌의 표현 연구 mRNA 또는 단백질의 부량에 국한되어 있었다. 이러한 autolysis 시간과 조직 integrities에 variabilities으로 사후 뇌 연구에있어서 제한은 또한 높은 주문 염색질 구조의 연구에 영향을 가능성이 있습니다. 그러나, DNA를 포함한 게놈 DNA의 nucleosomal 조직 : 바인딩 핵심 히스톤은 - 대부분 다양한 뇌 은행에서 제공하는 대표적인 표본의 보존에 나타납니다. 따라서, 그것은 methylation 패턴과 사후 두뇌에 정의된 게놈 loci에서 핵심 histones의 다른 공유 결합 수정을 공부하는 것이 가능합니다. 여기, 우리는 냉동 (- 고정하지 않음) 인간의 두뇌 표본에 대한 간단한 기본 염색질 immunoprecipitation (NChIP) 프로토콜을 제시한다. 두뇌 homogenates의 micrococcal nuclease의 소화를 시작으로, NChIP는 qPCR 다음은 3 일 이내에 완료할 수 있습니다. 여기에 제시 방법은 정상과 병적인 인간의 두뇌에서 유전자 발현의 epigenetic 메커니즘을 명료하게하다하는 데 유용합니다.

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A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

최근까지, 인간의 두뇌에 대한 표현 연구 RNA 또는 단백질의 양을 정함으로 제한했다. 이 문서에 설명되어있는 염색질 immunoprecipitation 기술과 함께, 그것은 사후 두뇌에서 유전자 발현의 히스톤 methylation 및 기타 epigenetic 규제를지도로 가능합니다.

인간 두뇌 조직에 대한 염색질 어세이

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

굴지 공동 침강 분석, F - 굴지에 바인딩 단백질의 분석

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

연구

생물학

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

인간 배아 줄기 세포에서 염색질의 Immunoprecipitation

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

인간의 사후 뇌 조직에서 핵의 연결을 격리

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

인간의 세포에서 활성 유전자 발현의 어세 동적 히스톤 수정을 염색질 Immunoprecipitation (칩)

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

초기 마우스 배아를 사용하는 조직 특정 유전자에 대한 염색질의 Immunoprecipitation 분석

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

사용 염색질 Immunoprecipitation (CHIP) Drosophila 조직

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

높은 처리량 시퀀싱을위한 고품질 염색질 면역 침전의 DNA 템플릿의 생성 (칩 SEQ)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

세대와 인간의 INO80 염색질 리모델링 단지 및 서브 콤플렉스의 정화

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

색채 금 나노 입자 분석에 적용 구조 전환 앱 타머를 선택하는 방법

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

애기 장대 단백질 DNA 상호 작용의 식별을위한 염색질 면역 침전 분석<em&gt; 생체</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...