Name: a chromatin assay for human brain tissue
Uploaded: 2008-03-21T19:19:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

Bu çalışma, Ulusal Ruh Sağlığı Enstitüsü (5R01MH071476) bir hibe ile desteklenmiştir.

Prosedür: 1. Gün 1. Tampon Douncing 50-500 mg donmuş post-mortem gri madde doku homojenize edilir. ! DİKKAT! İnsan doku sıkı güvenlik koşulları altında itina ile ele alınması gerekir. BSL-2 ya da daha yüksek güvenlik standartları ele alınmalıdır. <ol><li> Önceden disseke, post-mortem beyin alın -80 ° C Douncing Tampon 5X beyin hacmi Dounce, ve 2.0 mL mikrosantrifüj tüp yer. Örnek eşle...

<ol>
	<li>Huang, H. S., Matevossian, A., Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Akbarian+S.+Chromatin+immunoprecipitation+in+postmortem+brain.">Akbarian S. Chromatin immunoprecipitation in postmortem brain.</a> J Neurosci Methods. 156, 284-292 .</li><li>Huang, H. S., Matevossian, A., Whittle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prefrontal+dysfunction+in+schizophrenia+involves+mixed-lineage+leukemia+1-regulated+histone+methylation+at+GABAergic+gene+promoters.">Prefrontal dysfunction in schizophrenia involves mixed-lineage leukemia 1-regulated histone methylation at GABAergic gene promoters.</a> J Neurosci. 27, 11254-11262 .</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31, 76-82 .</li><li>Spiteri, E., Konopka, G., Coppola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+transcriptional+targets+of+FOXP2,+a+gene+linked+to+speech+and+language,+in+developing+human+brain.">Identification of the transcriptional targets of FOXP2, a gene linked to speech and language, in developing human brain.</a> Am J Hum Genet. 81, 1144-1157 .</li><li>Huang, H. u. a. n. g., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GAD1+mRNA+expression+and+DNA+methylation+in+prefrontal+cortex+of+subjects+with+schizophrenia.">GAD1 mRNA expression and DNA methylation in prefrontal cortex of subjects with schizophrenia.</a> PLoS ONE. 2, .</li><li>Stadler, F., Kolb, G., Rubusch, L., Baker, S. P., Jones, E. G., Akbarian, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+at+gene+promoters+is+associated+with+developmental+regulation+and+region-specific+expression+of+ionotropic+and+metabotropic+glutamate+receptors+in+human+brain.">Histone methylation at gene promoters is associated with developmental regulation and region-specific expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptors in human brain.</a> J Neurochem. 94, 324-336 .</li></ol>

Bu protokol, burada özetlenen bu kromatin işaretler, postmortem eserler (histon) asetilasyonu ve fosforilasyon 1 de dahil olmak üzere diğer tür değişiklikler ile karşılaştırıldığında daha az eğilimli olabilir, çünkü insan beyninin histon ve / veya DNA metilasyon imzaları ilgilenen araştırmacılar için özellikle yararlı 2. Postmortem beyin mono-nucleosomal hazırlıkları çalışmaya müsait; aralığının tipik temsilcisi otoliz aralıklarla (ölüm ve donma / doku depolanması ara...

Çözümler: <ul><li> nChIP Douncing Tampon: 10 mM Tris, 4 mM MgCl 2, 1 mM CaCl 2 7.5 pH ayarı </li><li> 10x FSB: 50 mM EDTA, 200 mM Tris, 500 mM NaCl 7.5 pH ayarı </li><li> Düşük tuz yıkama tamponu:% 0.1 SDS,% 1 Triton X-100, 2 mM EDTA, 20 mM Tris (pH 8), 150 mM NaCl </li><li> Yüksek tuz yıkama Tampon:% 0.1 SDS,% 1 Triton X-100, 2 mM EDTA, 20 mM Tris (pH 8), 500 mM NaCl </li><li> Lityum Klorür Tampon:% 1 IGEPAL-CA 630,% 1 Deoxycholic asit, 1 mM EDTA (pH 8), 10 mM Tris (pH 8), 0.25 M LiCl </li><li> TE tampon: 10 mM Tris (pH 8), 1 mM EDTA </li><li> Elüsyon Tampon: 0.1M NaHCO 3,% 1 SDS </li><li> Proteinaz K sindirimi tampon (10X): 1M Tris, 50 mM EDTA,% 2 SDS, 2M NaCl 8.0 pH ayarı </li><li> 3 M sodyum asetat: otoklavlanmış distile su 100 ml 24,61 g susuz sodyum asetat (MW = 82,03). PH 5.2 konsantre asetik asit kullanarak ayarlayın. </li></ul>

a chromatin assay for human brain tissue

, Şizofreni, bipolar hastalığı ve otizm gibi kronik nöropsikiyatrik hastalıklar, gen ekspresyonu ve diğer moleküler patoloji epigenetik değişikliklere neden olabilir genetik ve çevresel faktörlerin bir kombinasyonu sonucu olduğu düşünülmektedir. Geleneksel olarak, ancak, postmortem beyin ifade çalışmaları mRNA ya da protein ölçümü hapsedildi. Otoliz ve doku bütünlükleri içinde değişkenlikler gibi postmortem beyin araştırmalarında karşılaşılan sınırlamalar da yüksek mertebeden kromatin yapıların herhangi bir çalışma etkisi muhtemeldir. Ancak, DNA da dahil olmak üzere, genomik DNA nucleosomal kuruluş: bağlayıcı çekirdek histon -, çeşitli beyin bankaları tarafından sağlanan temsili numuneler büyük ölçüde korunmuş olması görünür. Bu nedenle, metilasyon desen ve postmortem beyin tanımlanan genomik lokusların çekirdek histon diğer kovalent modifikasyonlar incelemek mümkündür. Burada, dondurulmuş (sabit asla) insan beyninin örnekler için basitleştirilmiş yerli kromatin immunoprecipitation (NChIP) protokolü mevcut. Beyin homojenatlarında micrococcal nükleaz sindirim ile başlayarak, NChIP qPCR izleyen üç gün içinde tamamlanabilir. Burada sunulan metodoloji, normal ve hastalıklı insan beyninin gen ekspresyonunun epigenetik mekanizmaları aydınlatmak için yararlı olacaktır.

Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Assay for Human Brain Tissue at JoVE.com

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

Yakın zamana kadar, insan beyni ifade çalışmaları RNA veya protein ölçümü ile sınırlı kalmıştır. Bu yazıda anlatılan kromatin immunoprecipitation teknikleri, postmortem beyin gen ekspresyonu histon metilasyon ve diğer epigenetik düzenleyiciler haritaya mümkün olacaktır.

İnsan Beyninin Doku Kromatin Testi

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

Aktin Co-Sedimantasyon Testi; F-Aktin Bağlayıcı Protein Analizi

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

İnsan Embriyonik Kök Hücre Kromatin Immunoprecipitation

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Neuronal Nuclei Isolation from Human Postmortem Brain Tissue

İnsan Postmortem Beyin Dokusu Nöronal Çekirdekler İzolasyon

Neurons in the human brain become postmitotic largely during prenatal development, and thus maintain their nuclei throughout the full lifespan. However, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Kromatin Immunoprecipitation İnsan Hücrelerinde Aktif Gen İfadesi Testi Dinamik Histon Modifikasyon (ChIP)

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

Erken evre Fare Embriyolar kullanarak Doku özel Genler Kromatin Immunoprecipitation Testi

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Kullanarak Kromatin immünopresipitasyon (ChIP) Drosophila Doku

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Yüksek verim Sıralama için Yüksek Kalite Kromatin Immunoprecipitation DNA Şablon üretimi (ChIP-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

Nesil ve İnsan INO80 Kromatin Yaptırma Kompleksleri ve subcomplexes saflaştırılması

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

Bir Kolorimetrik Altın Nanopartikül Testi Uygulanan Yapı-anahtarlama aptamers seçilmesi için bir yöntem

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Arabidopsis Protein-DNA Etkileşimleri Tespiti için Kromatin Immunoprecipitation Deneyi<em&gt; İn Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...