JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

توضح هذه المقالة الإجراء لتحديد وتوصيف لأسرة جين في الكرمة ينطبق على الأسرة من نبات Tóxicos في ليفدورا (ATL) E3 أوبيكويتين ليجاسيس.

Abstract

التصنيف والتسميات للجينات في أسرة يمكن أن تسهم إلى حد كبير لوصف تنوع البروتينات المشفرة والتنبؤ بوظائف الأسرة استناداً إلى العديد من الميزات، مثل وجود زخارف تسلسل أو خاصة مواقع لتعديل بوستترانسلاشونال والشخصية التعبير لأفراد الأسرة في ظروف مختلفة. ويصف هذا العمل بروتوكول مفصل لتوصيف الأسرة الجينات. هنا، يتم تطبيق الإجراء إلى توصيف الأسرة ليجاسى ubiquitin E3 نبات Tóxicos في ليفادورا (ATL) في العنب. وتشمل الأساليب التعرف على نطاق الجينوم لأفراد الأسرة، وصف الترجمة الجينات، والهيكل، والازدواجية، تحليل البروتين المصانة زخارف، والتنبؤ بمواقع التعريب والفسفره البروتين، وكذلك التنميط الجيني التعبير عبر الأسرة في مجموعات مختلفة من البيانات. يمكن تطبيق مثل هذا الإجراء، الذي يمكن أن يمتد إلى تحليلات أخرى تبعاً للأغراض التجريبية، لأية أسرة جين في أي نوع من النباتات التي تتوفر عنها بيانات الجينوم، ويوفر معلومات قيمة لتحديد المرشحين للاهتمام للدراسات الفنية، إعطاء رؤى الآليات الجزيئية للنبات التكيف مع بيئتهم.

Introduction

وخلال العقد الماضي، نفذت الكثير من البحوث في علم الجينوم الكرمة. هو الكرمة محصولاً اقتصاديا ذات صلة المعترف بها، التي أصبحت نموذجا للبحوث في التنمية الفاكهة والردود الواردة من النباتات الخشبية الإجهادات الحيوية واللاحيويه. في هذا السياق، أدى الإفراج عن الجينوم عام PN40024 كرمه العنب الأوروبي في 20071 ونسخته المحدثة في 20112 تراكم سريع للبيانات "اوميكس" النطاق واندفاع للدراسات الفائق. استناداً إلى البيانات المنشورة التسلسل، إجراء تحليل شامل لأسرة جين معين (تتألف عموما من البروتينات تقاسم زخارف المصانة والتشابه الهيكلي و/أو الفنية والعلاقات التطورية)، يمكن الآن إجراء للكشف عن ما وظائف الجزيئي وتطور التشكيلات الجانبية للتعبير الجيني. هذه التحليلات يمكن أن تسهم في فهم كيفية التحكم الجيني الأسر العمليات الفسيولوجية على مستوى المنظومة الجينوم.

وينظم العديد من جوانب دورة حياة النبات ubiquitin بوساطة تحلل البروتينات الرئيسية، التي تتطلب دوران ضبطها بدقة لضمان العمليات الخلوية العادية. هام من مكونات عملية تدهور ubiquitin بوساطة E3 ubiquitin ligases، التي هي المسؤولة عن مرونة النظام، بفضل تعيين أهداف محددة3. وبناء على ذلك، تمثل هذه الإنزيمات عائلة جينات ضخمة، مع حوالي 1,400 E3 ليجاسى-ترميز الجينات وتوقع في التمويل نبات الجينوم4، كل ليجاسى ubiquitin E3 أوبيكويتيناتيون البروتينات المستهدفة المحددة. وعلى الرغم من أهمية الركيزة الخاصة أوبيكويتيناتيون في التنظيم الخلوي في النباتات، يعرف الكثير عن كيف ينظم في مسار أوبيكويتيناتيون وتم تحديد البروتينات المستهدفة إلا في حالات قليلة. فك رموز هذه الآليات الخصوصية والتنظيم يعتمد أولاً على تحديد وتوصيف للمكونات المختلفة للنظام، وبخاصة E3 ligases. بين ليجاسيس أوبيكويتين، تتميز بأعضاء 91 حددت في التمويل (أ) عرض H2 خاتم إصبع مجال5،6، بعض من لهم دور في الدفاع وهرمون الردود7الفصيلية ATL.

الخطوة الحاسمة الأولى لتعريف أعضاء عائلة الجينات الجديدة هو التعريف الدقيق لميزات الأسرة، مثل زخارف توافق الآراء والمجالات الرئيسية وخصائص تسلسل البروتين. في الواقع، يتطلب استرداد موثوق بها الجين جميع أفراد الأسرة على أساس تحليل انفجار بعض خصائص تسلسل إلزامية، في مجالات خاصة البروتين المسؤول عن البروتين الدالة/النشاط، بمثابة التوقيع البروتين. هذا يمكن سهلت بتوصيف السابقة من نفس عائلة الجينات في الأنواع النباتية الأخرى أو يتحقق من خلال تحليل جينات مختلفة مزعومة الذين ينتمون إلى نفس الأسرة في الأنواع النباتية المختلفة، عزل تسلسلات مشتركة. أفراد الأسرة يمكن ثم فردياً تسمية اتباع القواعد المشتركة استقر اتحادات دولية لأنواع النباتية معين. في الكرمة، على سبيل المثال، مثل هذا الإجراء يخضع لتوصيات "اللجنة التسميات" فائقة "العنب الجينات الشرح" (سنكجا)، إنشاء بناء شجرة النشوء والتطور بما في ذلك ضد العنب الأوروبي و ألف-التمويل جين أفراد الأسرة السماح بالشرح الجينات استناداً إلى تسلسل النوكليوتيدات8.

تعريب كروموسوم من أفراد الأسرة، واستقصاء الازدواجية الجينات السماح لتسليط الضوء على وجود كل الجينوم أو متعاضدا الجينات المكررة. تظهر هذه المعلومات مفيدة لكشف وظائف الجينات المفترضة، نظراً لأنه قد تبين التكرار الوظيفي أو تكشف عن حالات مختلفة، أي، غير الروغان، الروغان الأجسام القريبة من الأرض، أو الروغان الفرعية9. كلا الجدد-وشبه-فونكتيوناليزيشن هي الأحداث الهامة التي تخلق الجدة الوراثية، توفير المكونات الخلوية الجديدة لمصنع التكيف مع تغير البيئات10. على وجه الخصوص، كانت ازدواجية جينات الأجداد وإنتاج جينات جديدة متكررة جداً أثناء تطور الجينوم الكرمة وشكلت حديثا الجينات التي تنشأ من الازدواجية الدانية ومتعاضدا في الكرمة كانوا أكثر عرضه لإنتاج جديد وظائف11.

هو عامل رئيسي آخر في فك رموز الجينات وظيفة الأسرة الشخصية ترانسكريبتوميك. يمكن استغلال توافر قواعد البيانات العامة مما يتيح الوصول إلى كمية هائلة من البيانات ترانسكريبتوميك وبالتالي لتعيين المهام المفترضة لأفراد الأسرة الجينات تستخدم على نطاق واسع في السيليكون تعبير تحاليل. في الواقع، يمكن إعطاء بعض التلميحات بشأن الأدوار المفترضة من البروتينات المقابلة في ظروف محددة تنفرد بها التعبير عن بعض الجينات في أجهزة مصنع معين أو استجابة لبعض الضغوط، وتقديم الدعم إلى فرضيات ممكنة الفرعية الروغان جينات المكررة على الاستجابة لتحديات مختلفة. ولهذا الغرض، من المهم النظر في عدة مجموعات البيانات: هذه يمكن أن تكون الجينات المتاحة بالفعل مصفوفات التعبير، مثل أطلس ترانسكريبتوميك الجينوم على نطاق المنظومة لأجهزة الكرمة و12من مراحل النمو، أو يمكن أن يبني المخصص قبل استرداد مجموعات البيانات ترانسكريبتوميك للأنواع النباتية خاصة تعرض لتشدد على المعرفة. وعلاوة على ذلك، نهج بسيط باستخدام المصفوفات اثنين، واحد مع بيانات عشوائية من التشابه والآخر مع معاملات التعبير المشارك العشوائية يمكن تطبيقها لتقييم العلاقات بين أنماط التشابه وتعبير تسلسل داخل أسرة جين.

ويهدف هذا العمل تقديم نهج عالمي، تعريف بنية الجينات وزخارف البروتين المصانة وموقع كروموسومية، الازدواجية الجينات وأنماط التعبير، بوصفها أيضا التنبؤ بمواقع التعريب والفسفره البروتين، لتحقيق توصيف حصرية لعائلة الجينات في النباتات. يتم تطبيق هذا نهج شامل هنا لتوصيف الأسرة ليجاسى ubiquitin ATL E3 في الكرمة. وفقا للدور الناشئ لأعضاء فصيلة ATL في تنظيم العمليات الخلوية الأساسية7، هذا العمل يمكن أن تساعد أيضا تحديد مرشحين أقوياء للدراسات الفنية، وفي نهاية المطاف كشف الآليات الجزيئية التي تنظم وتكييف هذا المحصول الهام لبيئتها.

Protocol

1-تحديد ATL المفترضة أسرة جين عضو (أعضاء)

  1. إصدار ويب هذه المبادرة بين انفجار
    1. فتح صفحة ويب في الانفجار13 وفوق المقطع الانفجار البروتين.
    2. في الحقل "تسلسل أدخل الاستعلام"، قم بإدخال تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين (VIT_05s0077g01970 هنا) التي سيتم استخدامها كالتحقيق للتعرف على أفراد الأسرة الآخرين.
      ملاحظة: يجب أن يكون بروتين ممثل حسن استخدامها (بروتين عرض كافة الميزات الهامة التي تميز الأسرة).
    3. في حقل "اختيار مجموعة البحث"، حدد قاعدة البيانات "مرجع البروتين" (refseq_protein) والكائنات الحية للفائدة (ف العنب الأوروبي -taxid:29760).
    4. في حقل "اختيار البرنامج،" حدد خوارزمية انفجار هذه المبادرة وانقر فوق الزر الانفجار لتشغيل التحليل.
      ملاحظة: بالنقر على "معلمات خوارزمية" من الممكن لضبط بعض المعلمات المتقدمة (ماكس الهدف تسلسل، مصفوفة سجل، عتبة الانفجار هذه المبادرة، إلخ).
    5. انفجار أول جولة باسترداد كافة تسلسل عرض المباريات ذات الصلة مع الاستعلام (e-قيمة أعلى من العتبة المحددة-بشكل افتراضي 0.005؛ 0.001 في هذه التجربة). إلغاء تحديد كافة الإدخالات، وضوح لا تنتمي إلى الأسرة تحت الفحص عن طريق النقر على القراد في العمود "حدد لانفجار هذه المبادرة" وتشغيل التكرار هذه المبادرة-الانفجار الثاني بواسطة النقر فوق الزر الانفجار كما في الخطوة 1.1.4.
    6. يتم تمييز تسلسلات حديثا المحددة باللون الأصفر. إلغاء تحديد يضرب استرداد الخطأ الواضح، والكشف عن مزيد من التكرار كما هو موضح في الخطوة 1.1.5.
    7. تواصل مع التكرار حتى الخوارزمية لا يجد أي دخول ذات الصلة أو تصل إلى التقارب (تم العثور على لا إدخالات جديدة). تنزيل قائمة بأفراد الأسرة الجينات المفترضة لمزيد من التحليلات. افحص بصريا يضرب المستردة في كل تكرار لتجنب وجود إيجابيات كاذبة.
  2. الإصدار المستقل من هذه المبادرة بين انفجار
    1. تنزيل الإصدار المستقل من الانفجار بواسطة النقر فوق الزر "تحميل الانفجار" على الصفحة الرئيسية لانفجار13.
      ملاحظة: البرنامج الانفجار مستقل إصدار سطر أوامر من واجهة ويب المذكورة قبل. ويمكن تنفيذ البحث هذه المبادرة-الانفجار ضد قاعدة بيانات محلية أو بعيدة مخصصة. وعلاوة على ذلك، فإنه يسمح البحث مع المعرفة مسبقاً موقف معين نقاط مصفوفة (بسم).

2-دليل التفتيش أفراد الأسرة التعرف على الانفجار PSI

  1. محاذاة متعددة
    1. تجميع تسلسل الحمضية الأمينية التي سبق تحديدها في ملف بتنسيق فاستا وتحميله في البرامج الضخمة14 المضي قدما في محاذاة متعددة.
    2. فتح البرامج الضخمة، انقر فوق الزر "محاذاة"، انقر فوق "محاذاة تحرير/إنشاء"، انقر فوق "إنشاء محاذاة جديدة"، انقر فوق "البروتين".
    3. انقر فوق "تحرير" من القائمة المحاذاة وإدراج تسلسل من "ملف". الاستعراض بحثاً عن ملف فاستا الذي تم إنشاؤه من قبل، والتأكد من تحميل كافة التسلسلات التي شملتها الدراسة الاستقصائية.
    4. انقر فوق "محاذاة" من القائمة المحاذاة و "بمحاذاة العضلات". استخدام المعلمات الافتراضية، انقر فوق زر "حساب"، والانتظار لانتهاء محاذاة متعددة.
    5. افحص بصريا المحاذاة متعددة إلى استبعاد أفراد الأسرة المتوقعة بشكل غير صحيح. الكنسي ككسكسك (13 س) بكسككسهكسهكسككسسو (7 س) ككسكسكو عزر، (وبخاصة وجود بقايا برولين قبل سيستين الثالثة)، هو الميزة الرئيسية المطلوبة لتعريف أفراد الأسرة ATL.
  2. تحليل لشعار معين
    1. يقدم قائمة نهائية لأفراد الأسرة (96 الكرمة تسلسل يفي بالمتطلبات التي سينظر فيها ATL) إلى "م متعددة" للاستثارة عزر (ميمي)15 تعريف زخارف حفظت عبر الأسرة.
    2. من الصفحة الرئيسية لميمي، انقر فوق الزر "ميمي"، وإكمال "تقديم نموذج البيانات" مع معلومات خاصة فيما يتعلق بالأسرة للفائدة.
    3. استخدام تحليل ميمي لتأكيد وجود زخارف المتوقعة اثنين ضمن أفراد الأسرة ATL الكرمة أيوخاتم-H2 وزخارف شعبة الشؤون القانونية العامة.
  3. وبدلاً من ذلك، قم بإجراء الخطوات 2.1 و 2.2 في وقت واحد باستخدام برمجيات المعلوماتية الحيوية (انظر الجدول للمواد).
    1. تحميل ملف فاستا (راجع الخطوة 2.1.1) في الجناح. حدد "ملف" من القائمة، ثم "استيراد" ثم انقر فوق "من ملف". استعراض ملف فاستا وانقر فوق "فتح".
    2. حدد كافة تسلسلات المستوردة في القائمة وانقر فوق الزر "محاذاة/تجميع" في شريط الأدوات، ثم انقر فوق "بيرويس متعددة محاذاة". حدد "محاذاة العضلات" وانقر فوق "موافق" لبدء المحاذاة باستخدام المعلمات الافتراضية.
    3. لتصور شعار المحاذاة، انقر فوق "الرسوم البيانية" ← "خيارات" وحدد "تسلسل شعار".

3-تحليل البروتين البارامترات الفيزيائية ومجالات

  1. كما أن تعريف المعلمات المادية المختلفة لأفراد الأسرة الذين استطلعت آراؤهم من المهم أن يكون وصفاً شاملا للأسرة، وتقديم قائمة بأفراد الأسرة إلى أدوات ويب محددة.
    1. Isoelectric نقطة (pI) والوزن الجزيئي (كاتشين)، استخدم أداة بروتبارام16 على موقع اكسباسي مع المعلمات الافتراضية.
    2. للتعريب سوبسيلولار البروتين، استخدام أدوات مختلفة للحصول على تنبؤ أكثر موثوقية مثل نجلوك v1.017 مع الإعدادات الافتراضية، تارجيتب v1.118 مع الإعدادات الافتراضية، والبروتين والمتصيد التعريب سوبسيلولار v1.219 مع وقف احتمال 0.5. لمواقع الفسفرة، استخدم أداة ويب v1.0 موست20 مع المعلمات الافتراضية.
  2. التحقيق في المجالات البروتين الإضافي في أفراد الأسرة.
    1. فتح صفحة ويب قاعدة البيانات فام21، حدد أداة "تسلسل البحث"، وتقديم تسلسل البروتين في مربع الاستعلام، وانقر فوق "الانتقال" إلى تشغيل التحليل.
      ملاحظة: يتم تحليل تسلسل البروتين كل على حدة. ه قيمة 1.0 في الإعداد الافتراضي يتيح التمييز بين عدد الزيارات الهامة وغير الهامة.
    2. فتح "ملقم تمهمم"22 من مركز "تحليل تسلسل البيولوجية" للتحقيق في وجود مناطق transmembrane المفترضة.
لصق كافة بروتين تسلسل في نفس الوقت في مربع الاستعلام (أو بدلاً من تحميل ملف نصي بما في ذلك جميع البروتين تسلسل في تنسيق FASTA) وانقر فوق "إرسال" لتشغيل التحليل.
  • تحليل البروتينات التي تفتقر إلى توقع مجالات transmembrane، وفقا تمهمم (الخطوة 3.2.2)، باستخدام أداة بروتسكالي لتحديد مناطق مسعور المفترضة. فتح صفحة ويب بروتسكالي23. لصق كل تسلسل البروتين في مربع الاستعلام وحدد "هفوب. /Kyte & دوليتل "كمقياس من الأحماض الأمينية. انقر فوق "إرسال" لتشغيل التحليل.

    • 4-الصبغية التوزيع، والازدواجية وتنظيم إكسون-إنترون

    1. قم بتعيين أفراد الأسرة ATL على الكروموسومات استناداً إلى المعلومات التي تم استردادها من موقع مركز التكنولوجيا الحيوية كريبي الجينوم الكرمة24.
      1. تصفح الصفحة الرئيسية لموقع على شبكة الإنترنت فينوجرام25. كتابة "ملف الإدخال" كملف نصي محدد بعلامات جدولة مع السمات المحددة للجينات ليتم تعيينها على الكروموسومات، وفقا لمبادئ توجيهية شاملة والأمثلة المتعلقة بتجميع الملف المتوفر بعد المسار "فينوجرام" → " الوثائق "←" خيارات "←" ملف الإدخال ".
      2. كتابة "العنوان" للعمل. حدد الجينوم التي يمكن استخلاصها. للجينوم لم تنفذ في البرنامج، مثل الجينوم الكرمة، حدد "أخرى" في القائمة المنسدلة. كتابة ملف الجينوم وفقا للمبادئ التوجيهية والأمثلة المقدمة، بعد المسار "فينوجرام" ← "الوثائق" ← "الخيارات" ← "الجينوم"، وقم بتحميلها.
      3. استخدام المعلمات الافتراضية من "تباعد النمط الظاهري" أو "لون النمط الظاهري" أو "تنسيق صورة" أو تحديد البدائل في القوائم الخاصة بكل منها، وانقر فوق "مؤامرة" للحصول على تصور الجينات على الكروموسومات.
    2. تعريف الدولة ازدواجية أفراد الأسرة استخدام البرمجيات مكسكانكس26.
      1. تحميل وفك ضغط نسخة مكسكانكس على جهاز محلي تشغيل أسطر الأوامر 1 (1 ملف تكميلي). أدخل المجلد مكسكانكس وإنشاء الملفات التنفيذية المطلوبة تشغيل أسطر الأوامر 2 (1 ملف تكميلي).
        ملاحظة: تثبيت مكسكانكس المعروف أن تفشل في بعض الأجهزة لينكس 64 بت بسبب قضية بشأن chdir الدالة. إذا تم إرجاع رسالة خطأ ذات الصلة إلى هذه الدالة على جعل تنفيذ الأمر، يجب أن يتم تشغيل أسطر الأوامر 3 (تكميلية ملف 1) وينبغي محاولة الأمر "جعل" بعد ذلك.
      2. تحميل البروتينات ف العنب الأوروبي وملف التعليق التوضيحي تشغيل أسطر الأوامر 4 (1 ملف تكميلي).
        ملاحظة: يحتاج ملف التعليق التوضيحي الكرمة لتكون محلول والقطة معلومات الكروموسومات واحد في ملف فريد عن طريق تشغيل أسطر الأوامر 5 (1 ملف تكميلي).
      3. تشغيل "الجميع مقابل الجميع" بلاستب البحث باستخدام الملف البروتين ف العنب الأوروبي الاستعلام وهذا الموضوع.
      4. إنشاء قاعدة بيانات انفجار لبحث استخدام ف العنب الأوروبي البروتين الملف تشغيل أسطر الأوامر 6 (1 ملف تكميلي). إجراء البحث بلاستب باستخدام ملف البروتينات ف العنب الأوروبي كاستعلام على قاعدة بيانات تم إنشاؤها مسبقاً عن طريق تشغيل أسطر الأوامر 7 (تكميلية ملف 1).
      5. تحويل ملف التعليق التوضيحي في شكل مناسب مكسكانكس. تشغيل أسطر الأوامر 8 (1 ملف تكميلي) لتحميل parseMSCanXgff.pl البرنامج النصي perl مخصصة. إجراء تحليل تشغيل أسطر الأوامر 9 (1 ملف تكميلي).
        ملاحظة: يتم إنشاء من ملف vitis.gff يحتوي على إحداثيات الجينات في التنسيق التالي:
        س # الجينات ابتداء من موقف إنهاء الموقف
        حيث "س" رمز حرف اثنين للأنواع (ت ت للعنب) بينما "#" هو اسم السقالة. علما بأن برل المخصصة المقدمة مناسبة لتحويل معظم، على الرغم من أن بعض التعليمات البرمجية التعديل قد يكون مطلوباً في بعض الحالات المحددة نظراً لتنوع المعلومات المقدمة في ملف التعليق التوضيحي المتاحة.
      6. شن مكسكانكس تشغيل أسطر الأوامر 10 (تكميلية ملف 1).
        ملاحظة: "كرمه" هي البادئة الشرح وملف الإخراج الانفجار. وهذا يمثل شرطا إلزامياً بتشغيل البرنامج.
      7. تحليل نتائج مكسكانكس. وتنتج مكسكانكس من ملف نصي "vitis.collinearity"، الذي يحتوي على كتل تربطها علاقة خطية متداخلة. يمكن فتش هذا ملف بواسطة أي محرر نصوص (انظر المثال الإخراج 1 1 ملف تكميلي).
        ملاحظة: يتم إنشاء دليل "mcscaxOutput.html" الذي يحتوي على ملفات html يضم التحالفات عدة كتل متداخلة ضد كل كروموسوم مرجع. يمكن أن تفقد هذه الملفات من خلال مستعرض ويب.
      8. تصنيف الجينات بارالوجوس استناداً إلى مواقعها النسبية في الكروموسومات تشغيل أسطر الأوامر 11 (تكميلية ملف 1).
        ملاحظة: يرد تصنيف الجينات بارالوجوس التكميلية الجدولالثاني. ملف الإخراج الذي تم إنشاؤه "vitis.gene_type" يحتوي على جميع المعلومات المنشأ بشكل بسيط بعلامة جدولة.
      9. إجراء تحليل لتخصيب اليورانيوم تقييم ما إذا كانت قد نشأت أسرة جين سائد إليه محددة لتشغيل أسطر الأوامر 12 (تكميلية ملف 1).
        ملاحظة: يتم إنشاء ملف "vitis.gene_type" في حين يمثل الملف "gene_family_file" ملف نص سطر واحد فيه اسم العائلة (مثلاً، ATL_genes) هو متبوعة بأسماء موقعا للجينات جميع الذين ينتمون إلى الأسرة في خطوة 4.2.8، مفصولة بعلامة تبويب. اختبار الإحصائية التطبيقية لتخصيب اليورانيوم هو اختبار فيشر دقيق و فيتم تخزين قيم أصول مختلفة في ملف "outputFile.txt".
    3. تصور المنظمة إكسون-إنترون الجينات باستخدام "شجرة الحياة التفاعلية" (إيتل)27، أداة على الإنترنت للعرض والشرح، وإدارة أشجار النشوء والتطور.
      1. تحميل شجرة النشوء والتطور في المقطع "تحميل" من الموقع الإلكتروني إيتل. يتم بناء الشجرة طبقاً للقسم 5 أدناه. لكل فرد من أفراد الأسرة الجينات، استرداد التنبؤ ببنية المورثات من الشرح V1 الجينوم الكرمة (كريبي الموقع الشبكي المذكور أعلاه). حساب الطول (في شركة بريتيش بتروليوم) exons المفترضة، وإينترونس، ومناطق غير مترجمة (تحيلها).
      2. استخدام dataset "نطاقات البروتين" عن التصور رسومية لنمط إكسون-إنترون.
    كتابة ملف نص عادي، بما في ذلك أطوال المحسوب وفقا للمواصفات المقدمة عقب ← "أنواع البيانات" ← المسار "مساعدة" ← "صفحات المساعدة" "نطاقات البروتين" في موقع إيتول27. استخدام dataset "نطاقات البروتين"، "المستطيل (RE)" والأشكال "فجوة المستطيل (GP)" تمثل في إكسون وتحيلها، على التوالي.

    5-تحليل النشوء والتطور والمصطلحات

    1. تحليل العلاقات بين أفراد الأسرة ATL من خلال بناء شجرة عالية الجودة النشوء والتطور، وتعريف إلى مصطلحات الأسرة.
      1. لأسرة جين الكرمة، اتبع القواعد التي وضعتها "اللجنة التسميات سوبر الكرمة"8.
      2. استرداد تسلسل ATL التمويل ألف ، المطلوب كمرجع للعنب الجينات التسميات8، من قاعدة البيانات أونيبروت28 .
      3. كتابة ملف فاستا بما في ذلك كافة تسلسل النوكليوتيدات من الكرمة و التمويل ألف مورثة أفراد الأسرة التي ستدرج في تحليل النشوء والتطور. تسلسل النوكليوتيدات التي تسمح بأقصى قدر التباين بين أفراد الأسرة (بالمقارنة مع تسلسل البروتين).
    2. شجرة النشوء والتطور
      ملاحظة: استخدام خط الأنابيب 29 Phylogeny.fr الموصى به للحصول على شجرة عالية جودة النشوء والتطور، ولكنه ليس إلزامياً.
      1. تصفح الصفحة الرئيسية Phylogeny.fr29، وحدد خط الأنابيب "نسأله التحليل".
        ملاحظة: "نقرة واحدة" هو مناسب في معظم الحالات، ولكن إذا لزم الأمر من الممكن لتحديد إعدادات متقدمة معينة ("خيارات متقدمة") أو حتى بتحليل مخصص بالكامل ("حسب الطلب"؛ انظر الخطوة 5.2.5).
      2. كتابة "اسم للتحليل،" تحميل الملف فاستا تم إنشاؤها مسبقاً (الخطوة 5.2.1، وانقر فوق "إرسال" لتشغيل التحليل.
      3. وبدلاً من ذلك، إذا كان الإجراء الموصوف أعلاه (الخطوات 5.2.1، 5.2.2) النتائج في رسالة إعلام بخطأ، إكمال كل خطوة من خط الأنابيب جناح نسأله على حدة، على النحو التالي.
        1. من الصفحة الرئيسية للعضلات البرمجيات30، حدد تحميل الملف فاستا في "الخطوة 1"، "بيرسون/فاستا" "تنسيق الإخراج" في "الخطوة 2"، وانقر فوق "إرسال" في "الخطوة 3" لمحاذاة سلاسل الاستعلام.
        2. انقر فوق "تحميل ملف المحاذاة" وحفظها كملف فاستا لاتخاذ مزيد من الخطوات.
        3. عملية الملف FASTA المحاذاة للقضاء على سوء محاذاة مواقع باستخدام أداة خادم جبلوكس31. لتحميل ملف FASTA المحاذاة، حدد "الحمض النووي" ك "نوع من التسلسل" واختيار خيار (خيارات) التشدد الذي يناسب بشكل أفضل مع التحليل (مثلاً، للعنب ATL الجينات العائلية حدد جميع الخيارات الثلاثة المقترحة ل "أقل انتقاء صارمة" لأن تسلسل عالية التباين). انقر فوق "الحصول على كتل" لتشغيل التحليل.
        4. انقر فوق "محاذاة الناتجة" في الجزء السفلي من الصفحة الإخراج وحفظ النتائج كملف فاستا جديد.
        5. من الصفحة الرئيسية Phylogeny.fr29، حدد "بالانتقائية" أنابيب "نسأله التحليل". ثم، قم بإلغاء تحديد "محاذاة متعددة" و "محاذاة curation". انقر فوق "إنشاء سير العمل" وتحميل الملف فاستا رعاية جبلوكس (الخطوة 5.2.5.4)، حدد "إجراء Bootstrapping" مع المعلمات الافتراضية في "إعدادات" وانقر فوق "إرسال" لتشغيل التحليل.
      4. انهيار سيئة دعم الفروع (أي، القيم bootstrap < 70%) بواسطة النقر فوق "فروع طي" في القسم "تحديد والعمل" وتحميل النتائج النهائية في شكل نيوك لمزيد من التحليلات.
    3. قم بتعيين اسم جينات استناداً إلى نسأله.
      1. استعراض شجرة النشوء والتطور لتقييم مدى موثوقية بنية الشجرة بتحميله إلى جناح إيتل المذكورة أعلاه (الفرع 4-3).
      2. تعيين اسم جينات يدوياً لكل أفراد الأسرة. وفي حالة أورثولوجويس رأس برأس، تعيين نبات-مثل اسم (مثلاً، AtATL3 ← VviATL3). التفريق بين الجينات الكرمة (اثنين أو أكثر) المستمدة من هومولوج نبات واحد مع نفس المسافة النشوء والتطور باستخدام الأرقام، أو رسائل إذا كان الجين نبات ينتهي برقم (مثلاً، AtATL23 ← VviATL23a، VviATL23b).
      3. في حالة أورثولوجويس واحد-إلى-أطراف أو أطراف بأطراف، قم بتعيين اسم جينات جديدة تتألف من نبات-مثل اسم (هنا، "ATL") يقترن بعدد أكبر من عدد أعلى استخدام الفعل ف العنب الأوروبي ونبات (على سبيل المثال., VviATL83).
      4. إكمال تسمية الأسرة المعرفة حديثا تنازلياً من الأعلى إلى أسفل الشجرة النشوء والتطور.

    6-الكرمة الجهاز والمرحلة التنميط التعبير

    1. توليد العامل البيانات مصفوفة تحتوي على تعبير البيانات لأفراد الأسرة.
      1. تحميل ف العنب الأوروبي عام كورفينا الجينات التعبير أطلس داتاماتريكس من الارتباط الموزع على منصة ريسيرتشجاتي32. يحتوي هذا الملف على قيم التعبير RMA تطبيع لاستخدامها في الخطوات التالية.
      2. استخراج قيم التعبير الجيني الأسرة كل من داتاماتريكس أطلس وكتابة "داتاماتريكس عامل" الذي يحتوي على صف رأس نفسه داتاماتريكس أطلس. حفظ "داتاماتريكس العمل" كملف نصي محدد بعلامات جدولة.
    2. إجراء تحليل ثنائية عنقودية هرمية استخدام البرمجيات "متعددة التجربة عارض" (مليون إلكترون فولط).
      1. تحميل وتثبيت البرمجيات مليون إلكترون فولط33.
      2. تحميل "داتاماتريكس العامل" (الخطوة 6.1.2) عقب المسار "ملف" ← "تحميل البيانات" ← "استعراض" وحدد الملف النصي. حدد "صفيف أحادي اللون" وإزالة القراد من "تحميل الشرح" عندما لا يتوفر توضيحي تلقائي. حدد قيمة التعبير أقصى اليمين العلوي لمعاينة الجدول التعبير، وانقر فوق الزر "تحميل".
      3. ضبط البيانات تطبيق التحويل Log2 ("تعديل البيانات" ← "سجل تحولات" ← "تحويل Log2") والتطبيع الجيني/الصف ("تعديل البيانات" ← "تعديلات الجين/صف" ← "الوسيط مركز الجينات/صف"). تعيين حد حجم مناسب ("عرض" ← "تعيين لون مقياس الحدود").
      4. حساب "تجميع التسلسل الهرمي" التالية المسار "تحليل" ← "تجميع" ← "قائمة توافق الأجهزة".
    حدد "تحسين ترتيب أوراق الجينات" وتحسين "عينة النظام" في طلب التحسين "الميدان"، "الارتباط بيرسون" في حقل "اختيار مصفوفة المسافة" ومن "متوسط ربط التجميع" أوراق في حقل "اختيار أسلوب الربط". ثم انقر فوق "موافق" لتشغيل التحليل.
  • عرض النتائج في قائمة "قائمة توافق الأجهزة" ← "نتائج تحليل" في اللوحة اليسرى من الإطار. تصدير مخطط الحرارة عن طريق النقر فوق "حفظ الصورة" في القائمة "ملف".

    • 7-التعبير التنميط في الاستجابة للضغوط الحيوية وغير الحيوية

    1. كرر الخطوة 6، 1 مع معرف الانضمام إلى فريق الخبراء العلميين التي تم الحصول عليها من دراسات التحقيق الإجهاد الحيوية وغير الحيوية في العنب والمنشورات الخاصة بكل منها. على سبيل المثال، يمكن تصفحها تجارب توفير التشكيل الجانبي الترنسكربيتوم التوت العنب المصابة مع مسببات الأمراض الفطرية أسود Botrytis استخدام ميكرواري العنب نمبلجين الجامعة-الجينوم مع معرف فريق الخبراء العلميين من GSE52586. كرر الخطوتين 6.1.1 و 6.1.2.
    2. البحث في "أرشيف ما يلي تسلسل نكبي"34 مع "معرف" SRA/بيوبروجيكت (مثلاً، SRP055458 أو PRJNA275778 لتجارب "الكرمة زهرة التظليل") وتحميل المرتبطة بها جميع ما يلي تسلسل الخام. تتم معالجة مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي من العديد من الدراسات المختلفة باستخدام خط أنابيب مفرد للاتساق.
      1. بإيجاز، تقليم تسلسل الخام فستق ما يلي (واحد-والزوج-نهاية) وتصفية نوعية مع تريموماتيك35. استخدام أفجكوال ومينلين تصفية 20 و 40، على التوالي، وجميع المعلمات الافتراضية.
      2. مؤشر 12 × الكرمة إشارة الجينوم1 باستخدام Bowtie236. تحميل 12 X الكرمة إشارة الجينوم (مثلاً، bowtie2--بناء) قبل تشغيل الأمر bowtie2 .
      3. الحصول على حساب مصفوفة الجداول مع العد هتسيق37 استخدام ملف التعليق التوضيحي (المهرجان/الفروق) الطراز الجيني V1 الكرمة.
    3. القيام بتحليل الجينات التفاضلية التعبير (re-) في ص38 مع مكتبات39 ليما لمصفوفات تطبيع الجيش الملكي المغربي ومكتبات40 DESeq2 لحساب مصفوفة الجداول التي تم الحصول عليها من الخطوات 7.1.1 و 7.2.1، على التوالي.
      1. تنفيذ مقارنة "المجموعتين" قياسي (أي، "العلاج"/"التحكم"). ضمان أن يتم تحديد في تصميم المصفوفة المجموعات من شروط "ضوابط" و "المعاملة" بشكل صحيح.
        ملاحظة: نموذجي تصميم ميكرواري التعبير التفاضلية تحليل (GSE52586) لمقارنة 33 ش التوت المصابين Botrytis أسود ضد التوت (صحية) التحكم في مرحلة التنمية نفسها مع ليما تشغيل أسطر الأوامر ويرد 13 في 1 ملف تكميلي. ويبين تصميم نموذجي لتحليل التعبير التفاضلية تسلسل الحمض النووي الريبي (SRP055458 أو PRJNA275778) لمقارنة زهرة (في 7 أيام بعد سقوط سقف) تحت العلاج الظل ضد عنصر التحكم مع DESeq2 تشغيل أسطر الأوامر 14 التكميلية ملف 1 .
      2. الحصول على قوائم الأثران عن الجينات (DEG) في كل التباين، ليماواستخدام الوظائف lmFit()، تليها eBayes()، وثم بمهام توبتابل()، بينما بالنسبة DESeq2، استخدم في DESeqDataSetFromMatrix()، DESeq()، ووظائف results() . أدناه، سير عمل نموذجية التي يمكن اتباعها.
        1. لتحليل ميكرواري التعبير التفاضلية، راجع أسطر الأوامر 15 (1 ملف تكميلي). لتحليل الحمض النووي الريبي seq التعبير التفاضلية انظر أسطر الأوامر 16 (1 ملف تكميلي). كرر الخطوات أعلاه لكل أخرى يتناقض مع مخطط التصميم المناسب مختلفة (انظر الأمثلة في الخطوة 7.3.1)
    4. من قائمة ديجس التي تم إنشاؤها، استخراج كافة الصفوف التي لا تتوافق مع انضمام ATL V1، والإبقاء على الأعمدة التي تحتوي على "التغيير أمثال" log2 (العلاج/التحكم) > | 0.5 | وتعدل فالقيم (FDR) < 0.05، ودمج لهم تبعاً لذلك إلى جدول مصفوفة، عما إذا كانت دراسة يندرج "اللاأحيائية" أو "التفاعل الحيوية/الممرض" خلاصات وافية.
    5. بناء heatmaps متفاوت المسافات الهرمية (خلاصات اللاأحيائية والأحيائية) في البحث والتطوير باستخدام مكتبات جبلوتس.
      ملاحظة: استدعاء الدالة heatmap.2 بنيات heatmap جنبا إلى جنب مع ديندروجرامس صف من جداول المصفوفة الخاصة بكل منها. تعمل وسائط إضافية باستخدام سيلنوتي يساعد على التمييز بين خلطات أعرب (log2FC > 0.5، فرانكلين روزفلت < 0.05) ATL الجينات في كل مقارنة عبر مجموعة كبيرة من الظروف التجريبية قبل * رمز. تطبيق سير العمل النموذجية في R تشغيل أسطر الأوامر 17 (1 ملف التكميلية)، أو بدلاً من ذلك، كرر الخطوات من 6.2.2 إلى 6.2.5 لبناء heatmaps تستخدم البرمجيات مليون إلكترون فولط.

    8-تحليل العلاقات بين اختلاف تسلسل بارالوجوس والتعبير الجيني المشارك

    1. بناء مصفوفة تحتوي على التشابه العشوائية. هي عناصر المصفوفة تشابه القيم لتسلسل تشابه محسوبة من أن التحالفات البروتين العشوائية.
      1. استخدام ملقم ويب إبرة مزخرف41 مع الإعدادات الافتراضية لجعل تسلسل عشوائية التحالفات وحفظ كملف نصي. فتح ملف نص الإخراج وإزالة كافة أسطر التعليقات، جنبا إلى جنب مع أسماء الأعمدة والصفوف إنشاء ملف يسمى "similarityTable.txt".
        ملاحظة: هذا جدول يتميز خط لكل الجينات ATL الإبلاغ عن التشابه بين القيم المحسوبة في كل من المحاذاة العشوائية. ترتيب المكاني في الصفوف والأعمدة هو نفسه حيث أنه يتم إنشاء مصفوفة المتناظر مع احترام القيم قطري.
    2. بناء المصفوفة مع البيانات التعبير المشترك عن طريق حساب معامل ارتباط Pearson. يتطلب الإجراء التالي في الوحدة النمطية بيرل PDL والتطوير.
      1. تحميل قيم التعبير للجينات ATL 96 تشغيل أسطر الأوامر 18 (1 ملف تكميلي) داخل محطة طرفية. إجراء تحليل للمشارك تعبير باستخدام برنامج نصي perl مخصصة التي يمكن تحميلها عن طريق تشغيل أسطر الأوامر 19 (تكميلية ملف 1). مثل هذا السيناريو سيتم حساب معامل ارتباط Pearson بين أزواج من المكاني ATL كما ذكر سابقا.
      2. إطلاق البرنامج النصي تشغيل أسطر الأوامر 20 (تكميلية ملف 1) واتبع الإرشادات التي تظهر في الإخراج.
    سوف ينتج البرنامج النصي ملف إخراج (إلا وهي "coexpressionTable.txt") يحتوي على مصفوفة تعبير المشارك تتميز بنفس ترتيب أسماء موقعا للمصفوفة التي تم الحصول عليها في الخطوة 8، 1 (هذا الطلب ضروري لتشغيل الاختبار رف، انظر أدناه).
  • إجراء اختبار رف بين مصفوفات البيانات التي تم الحصول عليها في الخطوات 8.1 و 8.2. بعد إدخال البيئة R (تشغيل الأمر "R" من داخل المحطة طرفية)، تحميل مكتبة ade4 باستخدام الأمر التالي: library(ade4)
    1. تشغيل الاختبار رف بتحميل مصفوفات البيانات اثنين وإجراء الإحصائيات تشغيل أسطر الأوامر 21 (1 ملف التكميلية)، مع "نريب" يمثل عدد التباديل. الاختبار يتكون من حساب الترابط بين عناصر هذه المصفوفات، المصفوفات بيرموتينج وثم حساب إحصائية الاختبار نفسه مرة أخرى.
      ملاحظة: تستخدم كافة القيم التي تم الحصول عليها من اختبار إحصاء لبناء توزيع إشارة اختبار الإحصاء، التي سيتم استخدامها لحساب فالقيمه المراد اختبارها للأهمية. ويحدد عدد التباديل الدقة التي فيمكن الحصول على قيمة.

    • النتائج

    جين VIT_05s0077g01970، حددت على نحو آخر مماثل التمويل (أ) ATL2 (At3g16720) من خلال بحث بلاستب، استخدمت مسبار لمسح أعضاء الأسرة ATL في الجينوم الكرمة (cvف العنب الأوروبي بينوت نوير PN40024). تحليل هذه المبادرة--انفجار المتقاربة بعد دورات قليلة تكشف عن قائمة جينات المفترضة لعائلة الجين?...

    Discussion

    في عصر الجينوم، اتسمت العديد من الجينات الأسر عميقا في العديد من الأنواع النباتية. هذا المعلومات التمهيدية للدراسات الفنية وتوفير إطار لمواصلة التحقيق في دور مختلف أعضاء في أسرة. وفي هذا السياق، هناك أيضا حاجة إلى نظام التسمية السماح لكل عضو في أسرة، تجنب التكرار وارباكات قد تنشأ عندما ي?...

    Disclosures

    الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

    Acknowledgements

    وأيد الأعمال جامعة فيرونا في إطار المشروع المشترك 2014 (وصف للأسرة الجينات ATL في العنب ومشاركتها في المقاومة إلى Plasmopara viticola).

    Materials

    NameCompanyCatalog NumberComments
    Personal computer
    Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
    Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA)http://www.megasoftware.net/
    Motif-based sequence analysis tools (MEME)http://meme-suite.org/
    GeneiousBiomatters Limitedhttp://www.geneious.com/
    ProtParam Toolhttp://web.expasy.org/protparam/
    ngLOChttp://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html
    TargetP v1.1 Serverhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
    Protein Prowlerhttp://bioinf.scmb.uq.edu.au:8080/pprowler_webapp_1-2/
    MUsitehttp://musite.sourceforge.net/
    Pfamhttp://pfam.xfam.org/
    TMHMM Server v. 2.0http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
    ProtScalehttp://web.expasy.org/protscale/
    Grape Genome Database (CRIBI)http://genomes.cribi.unipd.it/grape/
    PhenoGramhttp://visualization.ritchielab.psu.edu/phenograms/plot
    MCScanXhttp://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/
    Interactive Tree Of Life (iTOL)http://itol.embl.de/
    UniProthttp://www.uniprot.org/
    Phylogeny.frhttp://www.phylogeny.fr/index.cgi
    MUSCLEhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
    Gblocks Serverhttp://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html
    Vitis vinifera cv. Corvina gene expression Atlas datamatrixhttps://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_
    datamatrix_geneIDs_Fasoli2012
    Multi Experiment Viewer (MeV)http://mev.tm4.org/#/welcome
    Sequence Read Archive (SRA)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
    Rhttps://www.r-project.org/
    EMBOSS Needle (EMBL-EBI)http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/

    References

    1. Jaillon, O., et al. The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla. Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).
    2. Adam-Blondon, A. -. F., et al. . Genetics, Genomics, and Breeding of Grapes. , 211-234 (2011).
    3. Chen, L., Hellmann, H. Plant E3 Ligases: Flexible Enzymes in a Sessile World. Mol. Plant. 6 (5), 1388-1404 (2013).
    4. Vierstra, R. D. The ubiquitin-26S proteasome system at the nexus of plant biology. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 10 (6), 385-397 (2009).
    5. Serrano, M., Parra, S., Alcaraz, L. D., Guzmán, P. The ATL Gene Family from Arabidopsis thaliana and Oryza sativa Comprises a Large Number of Putative Ubiquitin Ligases of the RING-H2 Type. J. Mol. Evol. 62 (4), 434-445 (2006).
    6. Aguilar-Hernández, V., Aguilar-Henonin, L., Guzmán, P. Diversity in the Architecture of ATLs, a Family of Plant Ubiquitin-Ligases, Leads to Recognition and Targeting of Substrates in Different Cellular Environments. PLoS One. 6 (8), e23934 (2011).
    7. Guzmán, P. The prolific ATL family of RING-H2 ubiquitin ligases. Plant Signal Behav. 7 (8), 1014-1021 (2012).
    8. Grimplet, J., et al. The grapevine gene nomenclature system. BMC Genomics. 15, 1077 (2014).
    9. Prince, V. E., Pickett, F. B. Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes. Nat. Rev. Genet. 3 (11), 827-837 (2002).
    10. Magadum, S., Nerjee, U., Murugan, P., Gangapur, D., Ravikesavan, R. Gene duplication as a major force in evolution. J. Gen. 92 (1), 155-161 (2013).
    11. Wang, N. Patterns of Gene Duplication and Their Contribution to Expansion of Gene Families in Grapevine. Plant Mol. Biol. Rep. 31 (4), 852-861 (2013).
    12. Fasoli, M. The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program. Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).
    13. . BLAST2.6.0 Available from: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (2016)
    14. . Vitis vinifera cv. Corvina gene expression Atlas Available from: https://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_datamatrix_geneIDs_Fasoli2012 (2015)
    15. . Sequence Read Archive (SRA) Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra (2017)
    16. Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).
    17. Langmead, B., Salzberg, S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Meth. 9 (4), 357-359 (2012).
    18. Anders, S., Pyl, P. T., Huber, W. HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics. 31 (2), 166-169 (2015).
    19. . Version 3.4.1 Available from: https://www.r-project.org/ (2017)
    20. Ritchie, M. E. limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Res. 43 (7), e47 (2015).
    21. Love, M. I., Huber, W., Anders, S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biology. 15 (12), 550 (2014).
    22. Ariani, P. Genome-wide characterisation and expression profile of the grapevine ATL ubiquitin ligase family reveal biotic and abiotic stress-responsive and development-related members. Sci. Rep. 6, 38260 (2016).
    23. Vitulo, N., et al. A deep survey of alternative splicing in grape reveals changes in the splicing machinery related to tissue, stress condition and genotype. BMC Plant Biol. 14 (1), 99 (2014).
    24. Overbeek, R., Fonstein, M., D'Souza, M., Pusch, G. D., Maltsev, N. The use of gene clusters to infer functional coupling. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (6), 2896-2901 (1999).
    25. Dalquen, D. A., Dessimoz, C. Bidirectional Best Hits Miss Many Orthologs in Duplication-Rich Clades such as Plants and Animals. Genome Biol. Evol. 5 (10), 1800-1806 (2013).
    26. Remm, M., Storm, C. E. V., Sonnhammer, E. L. L. Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons1. J. Mol. Biol. 314 (5), 1041-1052 (2001).
    27. Kaduk, M., Sonnhammer, E. Improved orthology inference with Hieranoid 2. Bioinformatics. 33 (8), (2017).
    28. Cramer, G. R., et al. Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin. BMC Plant Biol. 14, 370 (2014).
    29. Juretic, N., Hoen, D. R., Huynh, M. L., Harrison, P. M., Bureau, T. E. The evolutionary fate of MULE-mediated duplications of host gene fragments in rice. Genome Res. 15 (9), 1292-1297 (2005).
    30. Filichkin, S. A. Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana. Genome Res. 20 (1), 45-58 (2010).
    31. Quesada, V., Macknight, R., Dean, C., Simpson, G. G. Autoregulation of FCA pre-mRNA processing controls Arabidopsis flowering time. EMBO J. 22 (12), 3142-3152 (2003).
    32. Wong, D. C. J., Gutierrez, R. L., Gambetta, G. A., Castellarin, S. D. Genome-wide analysis of cis-regulatory element structure and discovery of motif-driven gene co-expression networks in grapevine. DNA Res. 24 (3), 311-326 (2017).
    33. Wong, D. C. J., Matus, J. T. Constructing Integrated Networks for Identifying New Secondary Metabolic Pathway Regulators in Grapevine: Recent Applications and Future Opportunities. Front. Plant Sci. 8, 505 (2017).

    Reprints and Permissions

    Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

    Request Permission

    Explore More Articles

    130 ATL E3 ubiquitin

    This article has been published

    Video Coming Soon

    JoVE Logo

    Privacy

    Terms of Use

    Policies

    Contact Us

    Recommend to library

    JoVE NEWSLETTERS

    Research

    Education

    Authors

    Librarians

    ABOUT JoVE

    Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved