نشكر السيد ماير للحصول على المشورة ؛ الأكاديمية الكرواتية للعلوم والفنون ، وأكاديمية برلين براندنبورج للعلوم لتقديم الدعم اللوجستي والعلمي ، وصندوق الابتكار الرئاسي لمعهد ماكس بلانك للحصول على الدعم المالي. كان مدعوما من قبل JMG الزمالة الدولية NSF ما بعد الدكتوراه (OISE - 0754461). وتودع في قاعدة بيانات تسلسل النوكليوتيدات EBI مع أرقام الانضمام : نندرتل 1 (Feldhofer 1) FM865407 ، نندرتل 2 (Feldhofer 2) FM865408 ، Sidron FM865409 1253 ، Vindija 33.25 FM865410 ، Mezmaiskaya 1 FM865411

وقد استخدم هذا الأسلوب في البحث عنها في <a href="http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/325/5938/318">بريغز وآخرون ، علم 325 (5938). 318-321 (2009)</a> . الكواشف اللازمة : <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> AmpliTaq البلمرة الذهب الحمض النووي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10X PCR GeneAmp الاحتياطي الثاني </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 2 MgCl 25mM </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> dNTP المزيج ، 25 مم كل </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جيش صرب البوسنة ، و 10 ملغ مل - 1 في المياه </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> البيولوجيا الجزيئية في الصف المياه </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> EB العازلة (المتوفرة مع مجموعة MinElute تنقية PCR) و 10 ملي تريس حمض الهيدروكلوريك ، ودرجة الحموضة 8.5 </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> MinElute أدوات تنقية PCR </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> M - 270 streptavidin Dynabeads </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 2X وتجليد واغسل (BW) العازلة (2 M كلوريد الصوديوم ، و 10 ملي تريس - CL ، 1 ملم EDTA ، ودرجة الحموضة 8.0 ، 0.2 ٪ توين 20) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 1X وتجليد واغسل (BW) العازلة (2X 2X BindWash العازلة المخفف في الماء) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اغسل الساخنة (الأب) العازلة (2.5mM MgCl ، 1X طق الذهب العازلة ، 0.1 ٪ توين 20) </li></ul> للحصول على معلومات تتعلق بالشركة المصنعة غير القياسية الكواشف والمعدات انظر الجدول في وقت لاحق. 1) مكتبة التضخيم <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> القالب الحمض النووي هنا هو 454 مكتبة على استعداد من مصدر نسخ الحمض النووي منخفضة كما هو موضح في عدد (رولاند وHofreiter ، 2007a ، 2007b) و (Maricic وPääbo ، 2009). لتضخيم مكتبة بأكملها ، وإعداد المزيج PCR التالية : <table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> الكاشف </td><td> في رد فعل ميكرولتر </td></tr><tr><td> ماء </td><td> 45 </td></tr><tr><td> 10X جين الأمبير PCR العازلة الثاني </td><td> 10 </td></tr><tr><td> MgCl 2 (25mM) </td><td> 10 </td></tr><tr><td> BSA (10 ملغ / مل) </td><td> 2 </td></tr><tr><td> dNTPs (25 مم لكل منهما) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 454 emPCR FWD primer/10uM </td><td> 3 </td></tr><tr><td> 454 primer/10uM emPCR رفس </td><td> 3 </td></tr><tr><td> AmpliTaq بوليميريز الحمض النووي الذهب (5 U / ميكرولتر) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 454 قالب الحمض النووي المكتبة </td><td> 25 </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 100 </td></tr></tbody></table></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام البرنامج PCR التالية في cycler الحرارية لتضخيم دورات 14 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 درجة مئوية 12min </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 درجة مئوية 30S </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 60 درجة مئوية (درجة الحرارة المرغوبة أو الصلب) 1 دقيقة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 ° C 1 دقيقة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انتقل إلى 2 (× 13) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 ° C 5min </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 درجة مئوية ∞ </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنقية رد فعل أكثر من عمود الدوران Qiagen MinElute وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. أزل في 50 EB العازلة ميكرولتر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد كمية المنتج تنقية تضخيم فضلا عن قسامة من المكتبة unamplified مع qPCR (ماير وآخرون ، 2007). إذا كان المنتج قد تضخمت أكثر من 1 10 12 X نسخ لكل المجاهدين ، والحد من كمية القالب في خطوة تمهيدية لضمان تمديد التالية التي تمت إضافتها لا يزيد عن 2 X 10 12 نسخة منها إلى رد فعل التمهيدي تمديدها. </li></ol> 2) ملحق التمهيدي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحضير مزيج الرئيسي للعدد المطلوب من ردود الفعل. <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> الكاشف </td><td> في رد فعل ميكرولتر </td></tr><tr><td> ماء </td><td> 45 </td></tr><tr><td> 10X جين الأمبير PCR العازلة الثاني </td><td> 10 </td></tr><tr><td> MgCl 2 (25mM) </td><td> 10 </td></tr><tr><td> BSA (10 ملغ / مل) </td><td> 2 </td></tr><tr><td> dNTPs (25 مم لكل منهما) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 454 emPCR FWD primer/10uM </td><td> 3 </td></tr><tr><td> 454 primer/10uM emPCR رفس </td><td> 3 </td></tr><tr><td> AmpliTaq بوليميريز الحمض النووي الذهب (5 U / ميكرولتر) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 454 قالب الحمض النووي المكتبة </td><td> 25 </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 100 </td></tr></tbody></table></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تشغيل البرنامج التالي في Thermocycler للتفاعل التمهيدي تمديد واحد : <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 درجة مئوية 12min </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 60 درجة مئوية (أو الصلب الخاص PEC التمهيدي مؤقت إذا كان مختلفا) 1 دقيقة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 ° C 5 دقائق </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 درجة مئوية إلى الأبد! خطوة حاسمة احتفظ رد فعل بعد التمديد في 72 درجة مئوية. ثم مباشرة أو ماصة 150ul PBI PB العازلة لتنقية MinElute QIAGEN في الأنابيب قبل إزالة من كتلة الحرارة. هذا مهم لتجنب غير محددة التمهيدي الصلب والاستيلاء على الخليط يبرد. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنقية رد فعل أكثر من عمود الدوران Qiagen MinElute ، وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. أزل في 50 EB ميكرولتر. </li></ol> 3) لقطة ملحق المنتج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend حل سهم M - 270 التي vortexing الخرز. إخراج 25 حبة تعليق ميكرولتر لكل عينة. تغسل حبات مرتين مع BW 500ul العازلة 2X وresuspend العازلة في 25 ميكرولتر 2xBW لكل عينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 25 شطافة ميكرولتر من الخطوة 2.3 إلى 25 حبة تعليق ميكرولتر من الخطوة 3.1. المزيج ثم تدوير : 15 دقائق في درجة حرارة الغرفة. وأوصت : الحفاظ على ما تبقى من المجاهدين 5 شطافة من الخطوة 2.3 لqPCR الكمي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الخليط كله لأنبوب 1.5ml الطازجة (وهذا يساعد على خفض المرحل من شظايا المكتبة غير المستهدفة). بيليه وطاف به في مجمع الجسيمات المغناطيسية (MPC) وتجاهل طاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل 5 مرات مع العازلة 500 1xBW ميكرولتر (يغسل العديد من مساعدة لإزالة الخلفية قدر ممكن). بعد الخطوة غسل الماضي ، وتدور باستمرار لفترة وجيزة ، وإزالة آثار الماضي وطاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 500μl 1X الساخن اغسل (الأب) العازلة. يهز لمدة 2 دقيقة على 65 درجة مئوية (أو 5C فوق تيم التمهيدي PEC) على كتلة الحرارية. إزالة طاف بسرعة بعد ذلك ، للحد من التبريد. (هذه الخطوة لإزالة شظايا الخلفية لا يزال يرتبط مع الاشعال PEC ولكن ليس في الواقع على تمديد خلال خطوة التمديد). إزالة آخر آثار طاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend الكرية حبة العازلة في 30 EB ميكرولتر. نقل الخليط كله لأنبوب 1.5ml الطازجة (وهذا يساعد على خفض المرحل من شظايا المكتبة غير المستهدفة). في احتضان 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق في cycler الحراري للشطف. لجنة السياسة النقدية في مكان وإزالة طاف ، مع الحرص على ترك وراء الخرز. </li></ol> 4) لقطة التضخيم المنتج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحضير مزيج PCR الرئيسي للعدد المطلوب من العينات. <table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> الكاشف </td><td> في رد فعل ميكرولتر </td></tr><tr><td> ماء </td><td> 45 </td></tr><tr><td> 10X جين الأمبير PCR العازلة الثاني </td><td> 10 </td></tr><tr><td> MgCl 2 (25mM) </td><td> 10 </td></tr><tr><td> BSA (10 ملغ / مل) </td><td> 2 </td></tr><tr><td> dNTPs (25 مم لكل منهما) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 454 emPCR FWD primer/10uM </td><td> 3 </td></tr><tr><td> 454 primer/10uM emPCR رفس </td><td> 3 </td></tr><tr><td> AmpliTaq بوليميريز الحمض النووي الذهب (5 U / ميكرولتر) </td><td> 1 </td></tr><tr><td> Eluted التقاط المنتج </td><td> 25 </td></tr><tr><td> مجموع </td><td> 100 </td></tr></tbody></table></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام البرنامج PCR التالية في cycler الحرارية لتضخيم دورات (14) : <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 درجة مئوية 12min </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 درجة مئوية 30S </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 60 درجة مئوية (درجة الحرارة المرغوبة أو الصلب) 1 دقيقة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 ° C 1 دقيقة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انتقل إلى 2 (× 13) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 72 ° C 5min </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 درجة مئوية ∞ </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنقية رد فعل على عمود MinElute Qiagen تدور السيليكا وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. أزل العازلة في 50 EB ميكرولتر. يمكن أن تكون المنتجات المستخدمة حاليا إما عن الجولة الثانية من التقاط الصور ، بدءا من الخطوة 2.1 ، أو دخلت مباشرة في البروتوكول 454 PCR مستحلب ، على التسلسل. </li></ol> ممثل النتائج : فمن المستحسن عند البدء مع بروتوكول PEC لأداء رد الفعل الأول على التقاط حيث كمية صغيرة من الإيجابية تحكم تسلسل المستهدفين (على سبيل المثال منتج PCR ~ 100bp -- 1 بيكوغرام يكفي بسهولة) وتخلط مع العادي وأوصت تضخيم كمية 454 قالب مكتبة (راجع الخطوة 2.1) ، ويتم تنفيذ التقاط مع التمهيدي PEC واحد تهدف إلى الاستيلاء على مراقبة المنتج إيجابية. يمكن استخدامها إذا تم تنفيذ هذا رد فعل السيطرة ، سواء كانت إيجابية مع qPCR التحكم الخاصة و 454 محول أزواج محددة التمهيدي لقياس كمية من &#39;هدف السيطرة&quot; في مقابل الخلفية في رد فعل التمهيدي تمديد المنقى (1.3) ، التمهيدي المنتج التمديد (2.3 ) والمنتج eluted التقاط حبة (3.6). في هذه الطريقة ، يمكن كل من فعالية إزالة الخلفية (&quot;خصوصية&quot;) وكفاءة الاسترداد المستهدفة (&quot;حساسية&quot;) في ظروف تجريبية الخاص تقاس مباشرة. ناجح PEC بروتوكول ديه عادة الخصائص التالية -- الحساسية (تقاس كمية هدف السيطرة من خلال الإبقاء على البروتوكول) : المبلغ الإجمالي المستهدف من التحكم في المنتج eluted التقاط حبة (3.6) = ~ 1-20 ٪ من مجموع المبلغ في تنقية التمهيدي رد فعل ملحق (2.3). الخلفية (التي تقاس 454 emPCR الزوج التمهيدي) : المبلغ الإجمالي للخلفية في التقاط حبة eluted المنتج (3.6) &lt;0.01 ٪ من مجموع المبلغ في تنقية التمهيدي رد فعل ملحق (2.3). إذا كان هناك أقل من 1 ٪ من الهدف المتبقية في المنتج النهائي ، قد يكون خطوة التمديد التمهيدي ناجحة ، وينبغي التحقيق فيها. إذا كان هناك أكثر بكثير من 0.01 ٪ من الخلفية المتبقية في المنتجات النهائية ، قد يكون تم تنفيذ الخطوات غسل غير صحيح ويجب التحقيق فيها.

<ol>
	<li>Briggs, A. W., Good, J. M., Green, R. E., Krause, J., Maricic, T., Stenzel, U., Lalueza-Fox, C., Rudan, P., Brajkovic, D., Kucan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+retrieval+and+analysis+of+five+Neandertal+mtDNA+genomes.">Targeted retrieval and analysis of five Neandertal mtDNA genomes.</a> Science. 325 (5938), 318-321 (2009).</li><li>Rohland, N., Hofreiter, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+and+optimization+of+ancient+DNA+extraction.">Comparison and optimization of ancient DNA extraction.</a> Biotechniques. 42 (3), 343-352 (2007).</li><li>Rohland, N., Hofreiter, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ancient+DNA+extraction+from+bones+and+teeth.">Ancient DNA extraction from bones and teeth.</a> Nat Protoc. 2 (7), 1756-1762 (2007).</li><li>Maricic, T., P&#228;&#228;bo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+454+sequencing+library+preparation+from+small+amounts+of+DNA+permits+sequence+determination+of+both+DNA+strands.">Optimization of 454 sequencing library preparation from small amounts of DNA permits sequence determination of both DNA strands.</a> Biotechniques. 46 (1), 51-57 (2009).</li><li>Meyer, M., AW, B. r. i. g. g. s., Maricic, T., Hober, B., Hoffner, B., Krause, J., Weihmann, A., Paabo, S., Hofreiter, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+micrograms+to+picograms:+quantitative+PCR+reduces+the+material+demands+of+high-throughput+sequencing.">From micrograms to picograms: quantitative PCR reduces the material demands of high-throughput sequencing.</a> Nucleic Acids Res. 36 (1), e5-e5 (2007).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

الأسلوب PEC بسيطة وسريعة وحساسة ومحددة. ولذلك فإننا نتصور أن الكتاب تطبيقات متعددة خارج الحمض النووي القديم ، مثل الاستيلاء على أجزاء صغيرة من الحمض النووي الريبي RNA مكتبة والاستجواب من التباين الهيكلي في عينة مجمعة او اعتقال 16S (أو مواضع أخرى) التنوع من عينة metagenomic. نقطة واحدة عن ذكره هو أن حساسية التقاط يصبح أقل حيث أن عدد أجهزة الاشعال PEC في زيادة التفاعل المتعدد الالتقاط. وبالتالي لا PEC مثاليا للقبض على المناطق التقاط كبيرة جدا (مثل megabase أو أكثر) ، ولكن بشكل جيد للغاية يناسب للقبض على المناطق المستهدفة صغيرة أو حتى مواقف العديد من الأفراد من الحزب الوطني الاسكتلندي بطريقة سريعة.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>AmpliTaq Gold polymerase with GeneAmp PCR buffer II and MgCl2</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Applied Biosystems</td>
<td>N8080241</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAGEN MinElute PCR purification kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28004</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>M-270 streptavidin beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>653.05</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tween-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>P2287</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DynaMag-2 magnetic particle separator</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>120.02D</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

primer extension capture: targeted sequence retrieval from heavily degraded dna sources

نقدم وسيلة لاسترجاع تسلسل الحمض النووي المستهدف من مصادر الحمض النووي التي تتدهور بشكل كبير وتلوث جرثومي مع الحمض النووي ، كما هي الحال في العظام القديمة. الأسلوب يقلل بدرجة كبيرة من الدمار ومطالب عينة التسلسل النسبي لتوجيه PCR أو نهج التسلسل طلقات نارية. استخدمنا هذا الأسلوب لإعادة بناء كاملة الميتوكوندريا الحمض النووي (و mtDNA) الجينوم خمسة Neandertals من جميع أنحاء نطاقها الجغرافي. كان التنوع الجيني للو mtDNA Neandertals أواخر ثلاث مرات تقريبا أقل من البشر الحديثة المعاصرة. جنبا إلى جنب مع تحليل تطور البروتين و mtDNA ، وهذه البيانات تشير إلى أنه على المدى الطويل حجم السكان الفعلي Neandertals كان أصغر من أن البشر والقردة العليا الحديثة موجودة.

Watch this Scientific Journal Video about Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources at JoVE.com

Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources

نقدم وسيلة لاسترجاع الحمض النووي المستهدف القديمة تسلسل ، والذي كنا لإعادة بناء كامل الجينوم الميتوكوندريا من خمسة أفراد نندرتل. المقارنة بين هذه المتتاليات مع البشر يومنا هذا قد يوحي بأن Neandertals مدة طويلة انخفاض حجم السكان فعالة.

التمهيدي لقطة فرعي : استرجاع المستهدفة تسلسل الحمض النووي من مصادر المتدهورة بالديون

We present a method of targeted DNA sequence retrieval from DNA sources which are heavily degraded and contaminated with microbial DNA, as is typical of ...

primer-extension-capture-targeted-sequence-retrieval-from-heavily

Research

JoVE Journal

Biology

20.1K Views.  Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig. نقدم وسيلة لاسترجاع الحمض النووي المستهدف القديمة تسلسل ، والذي كنا لإعادة بناء كامل الجينوم الميتوكوندريا من خمسة أفراد نندرتل. المقارنة بين هذه المتتاليات مع البشر يومنا هذا قد يوحي بأن Neandertals مدة طويلة انخفاض حجم السكان فعالة.

Video: Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources

Retrieval of Mouse Oocytes

To date, only a few studies have reported successful manipulations of Peromyscus embryogenesis or reproductive biology.  Together with the Peromyscus Genetic Stock Center (http://stkctr.biol.sc.edu), we are characterizing the salient differences needed to develop this system.  A primary goal has been to optimize oocyte/early embryo retrieval.

This protocol illustrates the technique for extracting oocytes or early-stage fertilized embryos from the oviduct of mice. The ability to identify the infindibulum and insert a blunt end needle into it is essential to correctly performing the procedure.

استرجاع البويضات ماوس

To date, only a few studies have reported successful manipulations of Peromyscus embryogenesis or reproductive biology.  Together with the Peromyscus ...

Proboscis Extension Response (PER) Assay in Drosophila

Proboscis extension response (PER) is a taste behavior assay that has been used in flies as well as in honeybees.
On the surface of the fly's mouth (labellum), there are hair-like structures called sensilla which houses taste neurons. When an attractive substance makes contact to the labellum, the fly extends its proboscis to consume the material. Proboscis Extension Response (PER) assay measures this taste behavior response, and it is a useful method to learn about food preferences in a single fly. Solutions of various sugars, such as sucrose, glucose and fructose, are very attractive to the fly. The effect of aversive substances can also be tested as reduction of PER when mixed in a sweet solution.Despite the simplicity of the basic procedure, there are many things that can prevent it from working. One of the factors that requires attention is the fly's responsive state. The required starvation time to bring the fly to the proper responsive state varies drastically from 36 to 72 hours. We established a series of controls to evaluate the fly's state and which allows screening out of non-responsive or hyper-responsive individual animals. Another important factor is the impact level and the position of the contact to the labellum, which would be difficult to describe by words. This video presentation demonstrates all these together with several other improvements that would increase the reproducibility of this method.

Proboscis Extension Response PER Assay in Drosophila

Proboscis extension response or PER is a taste behavior assay that has been used in flies as well as in honeybees. When the proboscis makes contact with an attractive substance, the fly extends its proboscis to consume the substance. Solutions of various sugars are very attractive to the fly.

خرطوم ملحق مواجهتها (PER) الفحص في ذبابة الفاكهة

Proboscis extension response (PER) is a taste behavior assay that has been used in flies as well as in honeybees.
On the surface of the fly's mouth ...

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

عزل الحمض النووي الجينوم من الذيول ماوس

Primer-Free Aptamer Selection Using A Random DNA Library

Aptamers are highly structured oligonucleotides (DNA or RNA) that can bind to targets with affinities comparable to antibodies 1. They are identified through an in vitro selection process called Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX) to recognize a wide variety of targets, from small molecules to proteins and other macromolecules 2-4. Aptamers have properties that are well suited for in vivo diagnostic and/or therapeutic applications: Besides good specificity and affinity, they are easily synthesized, survive more rigorous processing conditions, they are poorly immunogenic, and their relatively small size can result in facile penetration of tissues.
Aptamers that are identified through the standard SELEX process usually comprise ~80 nucleotides (nt), since they are typically selected from nucleic acid libraries with ~40 nt long randomized regions plus fixed primer sites of ~20 nt on each side. The fixed primer sequences thus can comprise nearly ~50% of the library sequences, and therefore may positively or negatively compromise identification of aptamers in the selection process 3, although bioinformatics approaches suggest that the fixed sequences do not contribute significantly to aptamer structure after selection 5. To address these potential problems, primer sequences have been blocked by complementary oligonucleotides or switched to different sequences midway during the rounds of SELEX 6, or they have been trimmed to 6-9 nt 7, 8. Wen and Gray 9 designed a primer-free genomic SELEX method, in which the primer sequences were completely removed from the library before selection and were then regenerated to allow amplification of the selected genomic fragments. However, to employ the technique, a unique genomic library has to be constructed, which possesses limited diversity, and regeneration after rounds of selection relies on a linear reamplification step. Alternatively, efforts to circumvent problems caused by fixed primer sequences using high efficiency partitioning are met with problems regarding PCR amplification 10.
We have developed a primer-free (PF) selection method that significantly simplifies SELEX procedures and effectively eliminates primer-interference problems 11, 12. The protocols work in a straightforward manner. The central random region of the library is purified without extraneous flanking sequences and is bound to a suitable target (for example to a purified protein or complex mixtures such as cell lines). Then the bound sequences are obtained, reunited with flanking sequences, and re-amplified to generate selected sub-libraries. As an example, here we selected aptamers to S100B, a protein marker for melanoma. Binding assays showed Kd s in the 10-7 - 10-8 M range after a few rounds of selection, and we demonstrate that the aptamers function effectively in a sandwich binding format.

SELEX protocols comprise multiple rounds of selection, each of which require regeneration of bound ligands, which in turn require fixed primer sequences flanking the random library regions. These fixed primer sequences can interfere with the selection process (false positives and negatives). Here we present a primer-free protocol.

خالية من التحديد التمهيدي Aptamer باستخدام مكتبة DNA عشوائية

Aptamers are highly structured oligonucleotides (DNA or RNA) that can bind to targets with affinities comparable to antibodies 1. They are identified ...

Streamlined Purification of Plasmid DNA From Prokaryotic Cultures

We describe the complete process of AcroPrep Advance Filter Plates for 96 plasmid preparations, starting from prokaryotic culture and ending with high purity DNA. Based on multi-well filtration for bacterial lysate clearance and DNA purification, this method creates a streamlined process for plasmid preparation. Filter plates containing silica-based media can easily be processed by vacuum filtration or centrifuge to yield appreciable quantities of plasmid DNA. Quantitative analyses determine the purified plasmid DNA is consistently of high quality with average OD260/280 ratios of 1.97. Overall, plasmid yields offer more pure DNA for downstream applications, such as sequencing and cloning. This streamlined method of using AcroPrep Advance Filter Plates allows for manual, semi-automated or fully-automated processing.

This protocol is a cost effective alternative for efficient parallel clarification and plasmid DNA purification from E. coli cultures. The AcroPrep Advance process starts with an optimized lysate clarification filter plate followed by purification on a high binding capacity DNA binding filter plate.

تبسيط تنقية DNA البلازميد من ثقافات بروكاريوتيك

We describe the complete process of AcroPrep Advance Filter Plates for 96 plasmid preparations, starting from prokaryotic culture and ending with high ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in their nucleotide composition and consist of a complex mosaic of sequence patterns. These patterns include so-called Mid-Range Inhomogeneity (MRI) regions -- sequences 30-10000 nucleotides in length that are enriched by a particular base or combination of bases (e.g. (G+T)-rich, purine-rich, etc.). MRI regions are associated with unusual (non-B-form) DNA structures that are often involved in regulation of gene expression, recombination, and other genetic processes (Fedorova &amp; Fedorov 2010). The existence of a strong fixation bias within MRI regions against mutations that tend to reduce their sequence inhomogeneity additionally supports the functionality and importance of these genomic sequences (Prakash et al. 2009).
Here we demonstrate a freely available Internet resource -- the Genomic MRI program package -- designed for computational analysis of genomic sequences in order to find and characterize various MRI patterns within them (Bechtel et al. 2008). This package also allows generation of randomized sequences with various properties and level of correspondence to the natural input DNA sequences. The main goal of this resource is to facilitate examination of vast regions of non-coding DNA that are still scarcely investigated and await thorough exploration and recognition.

We present a public computational web site for the analysis of genomic sequences. It detects DNA sequence patterns with various non-random nucleotide compositions. This resource also generates randomized sequences with diverse levels of complexity.

الجينومية MRI -- وهو من الموارد العامة للدراسة أنماط تسلسل الحمض النووي داخل الجينوم

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction of high-quality, high molecular weight (HMW) community DNA. However, environmental mat samples often pose difficulties to obtaining large concentrations of high-quality, HMW DNA. Hypersaline microbial mats contain high amounts of extracellular polymeric substances (EPS)1 and salts that may inhibit downstream applications of extracted DNA. Direct and harsh methods are often used in DNA extraction from refractory samples. These methods are typically used because the EPS in mats, an adhesive matrix, binds DNA2,3 during direct lysis. As a result of harsher extraction methods, DNA becomes fragmented into small sizes4,5,6.
The DNA thus becomes inappropriate for large-insert vector cloning. In order to circumvent these limitations, we report an improved methodology to extract HMW DNA of good quality and quantity from hypersaline microbial mats. We employed an indirect method involving the separation of microbial cells from the background mat matrix through blending and differential centrifugation. A combination of mechanical and chemical procedures was used to extract and purify DNA from the extracted microbial cells. Our protocol yields approximately 2 &mu;g of HMW DNA (35-50 kb) per gram of mat sample, with an A260/280 ratio of 1.6. Furthermore, amplification of 16S rRNA genes7 suggests that the protocol is able to minimize or eliminate any inhibitory effects of contaminants. Our results provide an appropriate methodology for the extraction of HMW DNA from microbial mats for functional metagenomic studies and may be applicable to other environmental samples from which DNA extraction is challenging.

We provide an improved protocol for extracting high molecular weight DNA from hypersaline microbial mats. Microbial cells are separated from the mat matrix prior to DNA extraction and purification. This enhances the concentrations, quality, and size of the DNA. The protocol may be used for other refractory samples.

استخراج الحمض النووي عالية الوزن الجزيئي من ماتس الميكروبية

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene expression, maintenance of genome integrity, parental imprinting, X-chromosome inactivation, regulation of development, aging, and cancer1. Recently, the presence of an oxidized 5-mC, 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC), was discovered in mammalian cells, in particular in embryonic stem (ES) cells and neuronal cells2-4. 5-hmC is generated by oxidation of 5-mC catalyzed by TET family iron (II)/&alpha;-ketoglutarate-dependent dioxygenases2, 3. 5-hmC is proposed to be involved in the maintenance of embryonic stem (mES) cell, normal hematopoiesis and malignancies, and zygote development2, 5-10. To better understand the function of 5-hmC, a reliable and straightforward sequencing system is essential. Traditional bisulfite sequencing cannot distinguish 5-hmC from 5-mC11. To unravel the biology of 5-hmC, we have developed a highly efficient and selective chemical approach to label and capture 5-hmC, taking advantage of a bacteriophage enzyme that adds a glucose moiety to 5-hmC specifically12.
Here we describe a straightforward two-step procedure for selective chemical labeling of 5-hmC. In the first labeling step, 5-hmC in genomic DNA is labeled with a 6-azide-glucose catalyzed by &beta;-GT, a glucosyltransferase from T4 bacteriophage, in a way that transfers the 6-azide-glucose to 5-hmC from the modified cofactor, UDP-6-N3-Glc (6-N3UDPG). In the second step, biotinylation, a disulfide biotin linker is attached to the azide group by click chemistry. Both steps are highly specific and efficient, leading to complete labeling regardless of the abundance of 5-hmC in genomic regions and giving extremely low background. Following biotinylation of 5-hmC, the 5-hmC-containing DNA fragments are then selectively captured using streptavidin beads in a density-independent manner. The resulting 5-hmC-enriched DNA fragments could be used for downstream analyses, including next-generation sequencing.
Our selective labeling and capture protocol confers high sensitivity, applicable to any source of genomic DNA with variable/diverse 5-hmC abundances. Although the main purpose of this protocol is its downstream application (i.e., next-generation sequencing to map out the 5-hmC distribution in genome), it is compatible with single-molecule, real-time SMRT (DNA) sequencing, which is capable of delivering single-base resolution sequencing of 5-hmC.

Described is a two-step labeling process using &beta;-glucosyltransferase (&beta;-GT) to transfer an azide-glucose to 5-hmC, followed by click chemistry to transfer a biotin linker for easy and density-independent enrichment. This efficient and specific labeling method enables enrichment of 5-hmC with extremely low background and high-throughput epigenomic mapping via next-generation sequencing.

انتقائية لقطة من hydroxymethylcytosine-5 من الحمض النووي الجيني

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the development of diverse techniques to visualize individual RNA transcripts in single living cells. One promising technique that has recently been described utilizes an oligonucleotide-based optical probe, ratiometric bimolecular beacon (RBMB), to detect RNA transcripts that were engineered to contain at least four tandem repeats of the RBMB target sequence in the 3&#8217;-untranslated region. RBMBs are specifically designed to emit a bright fluorescent signal upon hybridization to complementary RNA, but otherwise remain quenched. The use of a synthetic probe in this approach allows photostable, red-shifted, and highly emissive organic dyes to be used for imaging. Binding of multiple RBMBs to the engineered RNA transcripts results in discrete fluorescence spots when viewed under a wide-field fluorescent microscope. Consequently, the movement of individual RNA transcripts can be readily visualized in real-time by taking a time series of fluorescent images. Here we describe the preparation and purification of RBMBs, delivery into cells by microporation and live-cell imaging of single RNA transcripts.

Ratiometric bimolecular beacons (RBMBs) can be used to image single engineered RNA transcripts in living cells. Here, we describe the preparation and purification of RBMBs, delivery of RBMBs into cells by microporation and fluorescent imaging of single RNA transcripts in real-time.

التصوير في الوقت الحقيقي من واحدة المهندسة رنا النصوص في الخلايا الحية عن طريق Ratiometric ثنائي الجزيء منارات

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

Fluorescence based primer extension (FPE) is a molecular method to determine transcriptional starting points or processing sites of RNA molecules. This is achieved by reverse transcription of the RNA of interest using specific fluorescently labeled primers and subsequent analysis of the resulting cDNA fragments by denaturing polyacrylamide gel electrophoresis. Simultaneously, a traditional Sanger sequencing reaction is run on the gel to map the ends of the cDNA fragments to their exact corresponding bases. In contrast to 5&#39;-RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends), where the product must be cloned and multiple candidates sequenced, the bulk of cDNA fragments generated by primer extension can be simultaneously detected in one gel run. In addition, the whole procedure (from reverse transcription to final analysis of the results) can be completed in one working day. By using fluorescently labeled primers, the use of hazardous radioactive isotope labeled reagents can be avoided and processing times are reduced as products can be detected during the electrophoresis procedure.
In the following protocol, we describe an in vivo fluorescent primer extension method to reliably and rapidly detect the 5&#39; ends of RNAs to deduce transcriptional starting points and RNA processing sites (e.g., by toxin-antitoxin system components) in S. aureus, E. coli and other bacteria.

Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

We here describe a fluorescence based primer extension method to determine transcriptional starting points from bacterial transcripts and RNA processing in vivo using an automated gel sequencer.

مضان استنادا تمديد التمهيدي تقنية لتحديد ما الترانسكربتي المنطلقات ومواقع الشق من RNases<em&gt; في فيفو</em

Fluorescence based primer extension (FPE) is a molecular method to determine transcriptional starting points or processing sites of RNA molecules. This is ...