للبدء ، قم بتنزيل مسار التحليل المضغوط من GitHub عن طريق كتابة الأمر في المحطة الطرفية. بعد التنزيل ، أدخل الأمر لفك ضغط الملف المضغوط. بمجرد اكتمال فك الضغط ، قم بإزالة الملف المضغوط وتغيير اسم المجلد غير المضغوط.
بعد ذلك، قم بتعيين أذونات قابلة للتنفيذ لجميع البرامج النصية shell في دليل العمل. من الخيارات المتاحة، حدد موقع البرنامج النصي المناسب لغلاف التثبيت. ابحث عن برنامج نصي باسم Script_01_Installation.sh.
افتح الجهاز واكتب echo SHELL للتحقق من الغلاف الافتراضي المستخدم في الطرف النشط. إذا لم يكن bash هو الغلاف الافتراضي ، فقم بتعيينه عن طريق كتابة chsh s في المحطة الطرفية. اكتب البرنامج النصي لتنزيل قائمة الانتظار السريعة في المحطة الطرفية، أو اسحب ملف البرنامج النصي إلى الوحدة الطرفية واضغط على Enter.
بعد تشغيل البرنامج النصي، تحقق من ملف السجل بحثا عن رسائل الخطأ. الآن ، أدخل البرنامج النصي للتشذيب في الجهاز وقم بتنفيذه. بعد ذلك ، اكتب البرنامج النصي لإنشاء فهرس bowtie2 في الجهاز وقم بتنفيذه.
أخيرا ، قم بتشغيل البرنامج النصي لتعيين bowtie2 واضغط على Enter. اكتب البرنامج النصي لتصفية وفرز bam في المحطة الطرفية وقم بتنفيذه. بعد ذلك ، قم بتحويل bam إلى تنسيقات BEDPE و BED و bedGraph عن طريق كتابة الأمر المناسب في الجهاز والضغط على enter.
قم بإجراء التسوية باستخدام طريقة SRPMC، ثم قم بتشغيل البرنامج النصي لتحليل حجم الإدراج. قم بإجراء مكالمة الذروة باستخدام أمر MACS في المحطة الطرفية. بعد ذلك ، اكتب الأمر لاستدعاء الذروة باستخدام SEACR واضغط على Enter.
قم بإنشاء ملفات BED الذروة باستخدام الأمر المناسب في المحطة الطرفية، ثم قم بتصفية القمم. بعد ذلك ، أدخل الأمر لدمج قمم MAKS. اكتب الأمر في المحطة الطرفية لدمج قمم SEACR.
قم بإنشاء مخطط ارتباط، وقم بتشغيل الأمر لتحليل المكون الأساسي في المحطة الطرفية. بعد ذلك، قم بإنشاء مخطط Venn يقارن بين الطرق المختلفة باستخدام الأمر المناسب. أدخل الأمر لإنشاء مخطط Venn للنسخ المتماثلة.
أخيرا ، قم بإنشاء خريطة حرارة مركز الذروة المركزة. بعد ذلك ، قم بإنشاء خريطة حرارة كاملة لمركز الذروة.
