المؤلفان بالشكر إلى مؤسسة إليسون الطبية لدعمهم. ونود أيضا أن نشكر أعضاء المختبر آبي Dernburg للحصول على المساعدة مع استخدام wormsorter.

1. الحصول على الثقافة المتزامنة من النشء الحيوانات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنمو الديدان على عدة لوحات NGM المصنف مع OP50-1 E. البكتيريا القولونية (10X تتركز من ثقافة مشبعة) حتى وصلت إلى العديد من الديدان مرحلة حامل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> علاج الحيوانات مع الحل حامل البيض الإعدادية للحصول على الثقافة متزامنة (البيض). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> البيض وحة على عدة 60 ملم لوحات NGM المصنف مع 10x المركزة OP50-1 في كثافة حوالي 150-200 بيضة / لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لوحات عند 25 درجة مئوية لمدة 2 يوم (حتى وصلت الديدان إلى L4 - يونغ مرحلة الكبار). </li></ol> 2. إعداد الزائفة الزنجارية لوحات واصابة الديدان <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في يوم من البيض الإعدادية (الخطوة 1.1) تطعيم ثقافة PA14 :: GFP في 2 مل من وسائل الإعلام التي تحتوي على B ريفامبيسين الملك في تركيز النهائي من 100 ميكروغرام / مل. احتضان الثقافة في 37 درجة مئوية مع الإثارة O / N. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لوحة للPA14 :: GFP طريق مسدودتلح على العديد من لوحات القتل البطيء (SKP) حسب الحاجة للمقايسة. على كل 150 ملم SKP طبق بتري ماصة 75-100 ميكرولتر الثقافة المشبعة وموزعة بالتساوي باستخدام رش زجاجية معقمة. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية لمدة 20-24 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة لوحات من الحاضنة، والسماح لهم لتبرد لRT (~ 20 دقيقة). باستخدام العازلة M9، وغسل الديدان من الخطوة 1.4 على PA14 :: لوحات GFP في حجم الحد الأدنى من السائل. عند استخدام 150 مم لوحات، وعدة مئات من الديدان يمكن وضعها على لوحة واحدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لوحات عند 25 درجة مئوية لمدة 18-21 ساعة. لP. الزنجارية تتعرض الديدان الشباب البالغين، وهذا هو الوقت نافذة عرض التوزيع الأمثل للالمستعمرة ضد الحيوانات noncolonized. </li></ol> 3. إعداد Wormsorter قبل تنفيذ نموذج هذا النوع، تأكد من أن الجهاز يعمل بشكل صحيح. ويمكن الحصول على التفاصيل في http://www.unionbio.com/support/documents.aspx؟id=43، وعشروترد أدناه البريد الخطوات الأساسية. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعيين ضغط صمام غمد إلى حوالي 5 رطل (4.5-5.5 المدى). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للتحقق من أن السائل غمد معدل التدفق المناسب، ووضع أنبوب 15 مل المخروطية تحت موزع، بدوره على صمام غمد، وإيقاف صمام فارز. عقد أنبوب تحت موزع لمدة 60 ثانية. يجب أن تكون وحدة التخزين في أنبوب مل 9-10. إذا كان خارج هذا النطاق، وضبط ضغط صمام غمد وفقا لذلك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لضمان أن السائل سوف غمد معدل التدفق (مجموعة كما في الخطوة 3.2) تسمح الفرز دقيقة، واختبار معدل الفرز باستخدام الجسيمات 40 ميكرون التحكم: </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إيقاف صمام غمد. إضافة حوالي 25 مل من السيطرة حل الجسيمات إلى الخزان. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدوره على صمام غمد، وصمام العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> على برامج الكمبيوتر، انتقل إلى &quot;مراقبة الوضع الجسيمات&quot; وانقر عليه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تأكد من أن معدل تدفق الجسيمات هي جسيمات ~ 5-8 / ثانية، مع TOF (وقت الرحلة) تقارب العرضللجسيمات، 40 ميكرومتر. مثل هذا TOF يشير إلى أن واحدة 40 ميكرون الكائن فقط يمر في كل مرة. إذا كانت القيم هي خارج هذا النطاق، وضبط الإعدادات (بعد توجيهات أعلاه) وفقا لذلك. </li></ol> 4. الفرز المستعمرة مقابل Noncolonized الديدان <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام M9، وغسل الديدان في أنابيب مخروطية 15 مل. تسمح الديدان البالغة لتنزل الى قاع الأنبوب عن طريق الجاذبية وإزالة طاف. ملء الأنبوب مع M9 الطازجة. كرر هذه العملية 3-4X. هذا يزيل نسبة كبيرة من اليرقات وكذلك البكتيريا الزائدة ويستغرق حوالي 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة الديدان إلى الخزان wormsorter مع بقضيب صغير خلط بلطف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط كسب إشارة أولية عن طريق تعيين PMT الأخضر إلى 600 والأحمر والأصفر PMT إلى 200. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ستبدأ بالحصول على بيانات لضبط الإعدادات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تهدف لمعدل النوع من الأحداث 25-30 (الديدان) في الثانية. إذا كان معدل عدد مرتفع جدا، ويخفف من الديدان في الخزان مع M9 وفقا لذلك. إذا كان معدل هوس منخفضة، وإضافة المزيد من الديدان في حجم صغير من M9. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كانت التجربة يتطلب فصل صارمة للغاية من المستعمرة ضد الديدان noncolonized، تعيين &quot;الاختيار صدفة&quot; إلى &quot;نقية&quot;. وهذا يضمن أنه في حال حدوث كائنين قريبة جدا من بعضها البعض أو في نفس قطرة، وآلة ترفض الانخفاض بدلا من جمع مثل هذه المعلومات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لفرز السكان من الاهتمام، ووضع البوابات حول محاور مشيرا إلى حجم (للحصول على الديدان البالغة) وكثافة مضان (أي ارتفاع للاستعمار، وانخفاض لnoncolonized). يجب تحديد قيم مضان النابضة تجريبيا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع لوحة متعددة جيدا أو طبق بتري تحت موزع لجمع الديدان ثم فتح صمام نوع لبدء الفرز الديدان. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع عدد صغير من السكان من الحيوانات للتحقق تحت المجهر أن عدد السكان هو فرز السكان من الاهتمام. إن لم يكن، وضبط المعلمات النابضة وفقا لذلك والاستمرار في جمع العينات. </li></ol>

<ol>
	<li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Techniques+for+analysis,+sorting,+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system.">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Mol. Biol. , 275-286 (2006).</li><li>Dupuy, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+analysis+of+in+vivo+spatiotemporal+promoteractivity+in+Caenorhabditis+elegans.">Genome-scale analysis of in vivo spatiotemporal promoteractivity in Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Biotechnol. 25, 663-668 (2007).</li><li>Squiban, B., Belougne, J., Ewbank, J., Zugasti, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+Automated+High-throughput+Genome-wide+RNAi+Screens+in+elegans.">Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in elegans.</a> J. Vis. Exp. (60), (2012).</li><li>Doitsidou, M., Flames, N., Lee, A. C., Boyanov, A., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+screening+for+mutants+affecting+dopaminergic-neuron+specification+in+C.+elegans.">Automated screening for mutants affecting dopaminergic-neuron specification in C. elegans.</a> Nat. Methods. 5, 869-872 (2008).</li><li>Pujol, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+innate+immune+responses+to+infection+and+wounding+in+the+C.+elegans+epidermis.">Distinct innate immune responses to infection and wounding in the C. elegans epidermis.</a> Curr. Biol. 18, 481-489 (2008).</li><li>Medzhitov, R., Janeway, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+immune+recognition:+mechanisms+and+pathways.">Innate immune recognition: mechanisms and pathways.</a> Immunol. Rev. 173, 89-97 (2000).</li><li>Matzinger, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tolerance,+danger,+and+the+extended+family.">Tolerance, danger, and the extended family.</a> Annu. Rev. Immunol. 12, 991-1045 (1994).</li><li>Mariathasan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryopyrin+activates+the+inflammasome+in+response+to+toxins+and+ATP.">Cryopyrin activates the inflammasome in response to toxins and ATP.</a> Nature. 440, 228-232 (2006).</li><li>Melo, J. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inactivation+of+conserved+C.+elegans+genes+engages+pathogen-+and+xenobiotic-associated+defenses.">Inactivation of conserved C. elegans genes engages pathogen- and xenobiotic-associated defenses.</a> Cell. 149, 452-466 (2012).</li><li>Chen, G. Y., Nunez, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sterile+inflammation:+sensing+and+reacting+to+damage.">Sterile inflammation: sensing and reacting to damage.</a> Nat. Rev. Immunol. 10, 826-837 (2010).</li><li>Tenor, J. L., Aballay, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+Toll-like+receptor+is+required+for+Caenorhabditis+elegans+innate+immunity.">A conserved Toll-like receptor is required for Caenorhabditis elegans innate immunity.</a> EMBO Rep. 9, 103-109 (2008).</li><li>Pujol, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reverse+genetic+analysis+of+components+of+the+Toll+signaling+pathway+in+Caenorhabditis+elegans.">A reverse genetic analysis of components of the Toll signaling pathway in Caenorhabditis elegans.</a> Curr. Biol. 11, 809-821 (2001).</li><li>McEwan, D. L., Kirienko, N. V., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+translational+inhibition+by+Pseudomonas+aeruginosa+Exotoxin+A+Triggers+an+immune+response+in+Caenorhabditis+elegans.">Host translational inhibition by Pseudomonas aeruginosa Exotoxin A Triggers an immune response in Caenorhabditis elegans.</a> Cell Host Microbe. 11, 364-374 (2012).</li><li>Dunbar, T. L., Yan, Z., Balla, K. M., Smelkinson, M. G., Troemel, E. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+detects+pathogen-induced+translational+inhibition+to+activate+immune+signaling.">C. elegans detects pathogen-induced translational inhibition to activate immune signaling.</a> Cell Host Microbe. 11, 375-386 (2012).</li><li>Irazoqui, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+pathogenesis+and+host+responses+during+infection+of+C.+elegans+by+P.+aeruginosa+and+S.+aureus.">Distinct pathogenesis and host responses during infection of C. elegans by P. aeruginosa and S. aureus.</a> PLoS Pathog. 6, (2010).</li><li>Pukkila-Worley, R., Ausubel, F. M., Mylonakis, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+albicans+infection+of+Caenorhabditis+elegans+induces+antifungal+immune+defenses.">Candida albicans infection of Caenorhabditis elegans induces antifungal immune defenses.</a> PLoS Pathog. , (2011).</li><li>Shapira, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+role+for+a+GATA+transcription+factor+in+regulating+epithelial+innate+immune+responses.">A conserved role for a GATA transcription factor in regulating epithelial innate immune responses.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 14086-14091 (2006).</li><li>Troemel, E. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p38+MAPK+regulates+expression+of+immune+response+genes+and+contributes+to+longevity+in+C.+elegans.">p38 MAPK regulates expression of immune response genes and contributes to longevity in C. elegans.</a> PLoS Genet. , 183 (2006).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissociation+of+immune+responses+from+pathogen+colonization+supports+pattern+recognition+in+C.+elegans.">Dissociation of immune responses from pathogen colonization supports pattern recognition in C. elegans.</a> PLoS One. , 7 (2012).</li><li>Jakobsen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+alkaloid+compound+harmane+increases+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans+during+bacterial+infection,+by+modulating+the+nematode's+innate+immune+response.">The alkaloid compound harmane increases the lifespan of Caenorhabditis elegans during bacterial infection, by modulating the nematode's innate immune response.</a> PLoS One. 8, (2013).</li><li>Portal-Celhay, C., Bradley, E. R., Blaser, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+intestinal+bacterial+proliferation+in+regulation+of+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Control of intestinal bacterial proliferation in regulation of lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Microbiol. 12, 49 (2012).</li><li>Troemel, E. R., Felix, M. A., Whiteman, N. K., Barriere, A., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microsporidia+are+natural+intracellular+parasites+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Microsporidia are natural intracellular parasites of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Biol. 6, 2736-2752 (2008).</li><li>Montalvo-Katz, S., Huang, H., Appel, M. D., Berg, M., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Association+with+soil+bacteria+enhances+p38-dependent+infection+resistance+in+Caenorhabditis+elegans.">Association with soil bacteria enhances p38-dependent infection resistance in Caenorhabditis elegans.</a> Infect. Immun. 18, 514-520 (2013).</li></ol>

والكتاب ليس لديهم ما يكشف.

طريقة وصفنا يستفيد من وضع العلامات الفلورية الكيانات خارج دودة، لمتابعة التفاعلات بين دودة وبيئته. في حالة نقدم، واستند على الفصل وسم الممرض وكان يعمل لالديدان منفصلة مع الممرض الحمل الثقيل من تلك مع عدم وجود (أو الضوء) حمولة. العثور على لاحقة تحليل التعبير الجيني لا...

التلقائي الفرز الدودة يشبه إلى حد كبير نظام مراقبة الأصول الميدانية، وتعمل من خلال قياس إشارة الفلورسنت في دودة (شريطة عادة عن طريق التعبير المعدلة وراثيا من البروتينات مراسل) لأنها تمر في أنبوب تقويمها، مما يتيح إعادة توجيه إما إلى أنبوب جمع / جيد أو إلى حاوية النفايات وفقا لالنابضة المعلمات التي وضعتها الباحثة 1. وwormsorter يمكن أن تسهل البحث في نواح كثيرة؛ مثال على توظيفها كأداة تحليلية هو دراسة أنماط الزمانية المكانية التي تلت النشاط المروج لما يقرب من 1،000 الجينات 2. ومع ذلك، فإن الاستخدام الرئيسي للwormsorter في شاشات الجينية، وبعد الهدف مستويات التعبير الجيني أو توطين بروتين فلوري على طول محور الدودة 3-5. هنا، نحن تصف تطبيق جديد لwormsorter، في أعقاب الاستعمار من دودة من قبل الممرض الموسومة fluorescently. مع هذا كأداة ركزنا على العلاقة بين pathogأون الاستعمار / تحميل والاستجابة المناعية، للحصول على أفكار جديدة في الآليات المسؤولة عن الشروع في الاستجابات المناعية في دودة. في جميع الكائنات الحية تقريبا درست حتى الآن، الشروع في الاستجابات المناعية الفطرية لمسببات الأمراض الميكروبية يتوقف على الاعتراف أنماط الجزيئية المرتبطة الممرض (PAMPs)، و / أو الخطر / الضرر المرتبط أنماط الجزيئية (DAMPs) 6،7. وتشمل الثانية، وكلاهما صدر الجزيئات (مثل ATP 8)، والبروتينات تغييرها أو علامات أخرى من العمليات الخلوية تغير 9،10؛ الهياكل الميكروبية يتم حفظها الأولى التي تشمل مكونات جدار الخلية الجرثومية، سوط منها، أو طبقة ثنائية الدهن 6 منه. يتم التعرف على كلا النوعين من الإشارات من البروتينات تسمى مستقبلات التعرف على الأنماط (خنازير)، التي تقوم عليها محددة وملزمة من جزيء نمط تفعيل سلسلة من الأحداث التي أدت إلى استجابة واقية. C. وقد ايليجانس مفيدة للغاية باعتبارها tractaنموذج بلي لتشريح مختلف جوانب التفاعلات المضيف الممرض، ولكن الشيء الوحيد الذي لا يمكن فهمه جيدا هو كيف يتم البدء الاستجابات المناعية في دودة. وقد تبين أن أيا من المستقبلات المفترضة التي هي orthologous لمستقبلات التعرف على الأنماط (خنازير) في الكائنات الحية الأخرى لربط PAMPs، والعديد من orthologs من خنازير أن تقوم بدور محوري لالاستجابات المناعية في الكائنات الحية الأخرى تظهر مساهمة محدودة من المستغرب أن الاستجابات دودة الممرض والمقاومة. على سبيل المثال، الرقم مستقبلات ذبابة الفاكهة، وهو أمر ضروري لمقاومة مسببات الأمراض إيجابية الجرام، تتمثل في C. ايليجانس من قبل homolog الوحيد، تول-1، مما يسهم في الحماية من غرام سلبي السالمونيلا التيفية الفأرية الممرض 11، ولكن ليس من سلبية الغرام، ومسببات الأمراض أو إيجابية أخرى اختبار 11،12. هذه الملاحظات، جنبا إلى جنب مع بيانات تشير إلى أن الاستجابات المناعية يمكن أن يتسبب من خلال تعطيل البروتين الخلوي الترجمة حكما أدى بعض تشير إلى أن C. ايليجانس في المقام الأول بالكشف عن DAMPs 9،13،14. ومع ذلك، تشير التقارير التي تصف قدرة مسببات الأمراض القتلى للحث على الاستجابات المناعية التي PAMP ملزمة يجوز لها دور هام في التعرف على العوامل المسببة للأمراض في C. ايليجانس 15،16. العمل السابق مع التركيز على الاستجابات المناعية في سن متطابقة وراثيا متزامنة C. ايليجانس السكان، تظاهر تقلب فردية كبيرة في استعمار الامعاء من البكتيريا سلبية الغرام الممرض الزائفة الزنجارية. ومع ذلك، وتعامل دراسات النسخي هؤلاء السكان المستعمر بنسب مختلفة، واحدة كيان 17،18. الاستفادة من هذا التباين، وضعنا بروتوكولا مع التركيز على wormsorter الآلي لفصل السكان المستعمر بشكل مختلف من انواع معينة ايليجانس تتعرض ل، معربا عن GFP P. الزنجارية. دراسة التعبير الجيني في السكان المستعمر بشكل مختلف، القوات الجويةتقييم litated للعلاقة بين الحمل الممرض (والأضرار المرتبطة بها) والاستجابات المناعية، وقدمت رؤى جديدة حول التعرف على العوامل المسببة للأمراض في C. ايليجانس 19. أدناه ونحن تصف البروتوكول، والتي يمكن تطبيقها لفرز المصابين الديدان الممرض أي fluorescently المسمى. إلى المستخدمين المحتملين تجدر الإشارة إلى أن عدد الديدان المطلوب تسويتها يعتمد على طبيعة التحليلات والبروتوكولات اللاحقة في الاستخدام. على سبيل المثال، في حالة تحليل ميكروأري التعبير الجيني،&gt; سيطلب 1،000 الديدان للحصول على ما يكفي من الحمض النووي الريبي، إذا تم استخدام البروتوكولات القياسية، ولكن ~ 100 الديدان يكفي إذا استخدمت التضخيم، مما يسمح بسرعة جمع المواد وبالتالي تقليل الإجهاد ل الديدان.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="927">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:261px;">M9 Buffer</td>
			<td style="width:139px;">Prepared in house</td>
			<td style="width:527px;">Recipe at wormbook.org</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rifampicin&#160;</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>R3501</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Egg prep solution&#160;</td>
			<td>Prepared in house</td>
			<td>50ml water ; 40ml bleach ; 10ml of 10N Sodium Hydroxide&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NGM plates&#160;</td>
			<td>Prepared in house</td>
			<td>Recipe at wormbook.org</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SKP plates</td>
			<td>Prepared in house</td>
			<td>Recipe same as NGM only 0.35% peptone instead of 0.25%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Control test particles&#160;</td>
			<td>Union Biometrica&#160;</td>
			<td>310-5071-001</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated separation of c. elegans variably colonized by a bacterial pathogen

وwormsorter أداة مماثلة لآلة نظام مراقبة الأصول الميدانية التي يتم استخدامها في دراسات ايليجانس انواع معينة، وعادة لفرز الديدان على أساس التعبير عن مراسل الفلورسنت. هنا، نسلط الضوء على استخدام بديل من هذا الصك، لفرز الديدان وفقا لدرجة الاستعمار من قبل الممرض، معربا عن GFP. يسمح لنا هذا الاستخدام الجديد لمعالجة العلاقة بين الاستعمار من الأمعاء دودة وتحريض الاستجابات المناعية. في حين C. وقد تم توثيق ايليجانس الاستجابات المناعية لمسببات الأمراض المختلفة، فإنه لا يزال غير معروف ما يبدأ بها. الاحتمالات الرئيسيان (والتي لا يستبعد بعضها بعضا) هي الاعتراف أنماط الجزيئية المرتبطة الممرض، والكشف عن الأضرار الناجمة عن العدوى. التفريق بين الاحتمالين، يجب أن تنفصل التعرض لمسببات المرض من الأضرار التي يتسبب بها. لتمكين wormsorter فصل الديدان التي كانت مستعمرة على نطاق واسع من قبل الغرام نالممرض egative الزائفة الزنجارية، مع الضرر المحتمل الناجم عن الحمل الممرض، من الديدان التي تعرضت بالمثل، ولكن لا، أو هامشيا، المستعمر. واستخدمت هؤلاء السكان متميزة لتقييم العلاقة بين الممرض الحمل وتحريض الاستجابات المناعية النسخي. وتشير النتائج إلى أن اثنين وفصلها، ودعم إمكانية الاعتراف الممرض.

عندما يقابل عمر، متطابقة وراثيا C. ويتعرض ايليجانس إلى P. الزنجارية، ويلاحظ توزيع واسعة في مستويات الاستعمار (الشكل 1A). مع مساعدة من بروتوكول الموصوفة هنا فصل كفاءة noncolonized من الديدان المستعمر لا يمكن أن يتحقق (الشكل 1B). على عكس الديدان no...

Watch this Scientific Journal Video about Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen at JoVE.com

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

وwormsorter يسهل شاشات الوراثية في انواع معينة ايليجانس عن طريق الفرز الديدان وفقا لتعبير عن صحفيين الفلورسنت. هنا، نحن تصف استخدام جديدة: الفرز وفقا لاستعمار من قبل الممرض، معربا عن GFP، ونحن نوظف ذلك لدراسة دور غير مفهومة الاعتراف الممرض في الشروع في الاستجابات المناعية.

الفصل الآلي لل<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; المستعمرة بنسب مختلفة من قبل الممرض الجرثومي

The wormsorter is an instrument analogous to a FACS machine that is used in studies of Caenorhabditis elegans, typically to sort worms based on expression ...

automated-separation-c-elegans-variably-colonized-bacterial

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

8.3K Views.  University of California, Berkeley.  وwormsorter يسهل شاشات الوراثية في انواع معينة ايليجانس عن طريق الفرز الديدان وفقا لتعبير عن صحفيين الفلورسنت. هنا، نحن تصف استخدام جديدة: الفرز وفقا لاستعمار من قبل الممرض، معربا عن GFP، ونحن نوظف ذلك لدراسة دور غير مفهومة الاعتراف الممرض ?...

Video: Automated Separation of C. elegans Variably Colonized by a Bacterial Pathogen

Invasion of Human Cells by a Bacterial Pathogen

Here we will describe how we study the invasion of human endothelial cells by bacterial pathogen Staphylococcus aureus . The general protocol can be applied to the study of cell invasion by virtually any culturable bacterium. The stages at which specific aspects of invasion can be studied, such as the role of actin rearrangement or caveolae, will be highlighted. Host cells are grown in flasks and when ready for use are seeded into 24-well plates containing Thermanox coverslips. Using coverslips allows subsequent removal of the cells from the wells to reduce interference from serum proteins deposited onto the sides of the wells (to which S. aureus would attach). Bacteria are grown to the required density and washed to remove any secreted proteins (e.g. toxins). Coverslips with confluent layers of endothelial cells are transferred to new 24-well plates containing fresh culture medium before the addition of bacteria. Bacteria and cells are then incubated together for the required amount of time in 5% CO2 at 37&deg;C. For S. aureus this is typically between 15-90 minutes. Thermanox coverslips are removed from each well and dip-washed in PBS to remove unattached bacteria. If total associated bacteria (adherent and internalised) are to be quantified, coverslips are then placed in a fresh well containing 0.5% Triton X-100 in PBS. Gentle pipetting leads to complete cell lysis and bacteria are enumerated by serial dilution and plating onto agar. If the number of bacteria that have invaded the cells is needed, coverslips are added to wells containing 500 &mu;l tissue culture medium supplemented with gentamicin and incubation continued for 1 h, which will kill all external bacteria. Coverslips can then be washed, cells lysed and bacteria enumerated by plating onto agar as described above. If the experiment requires direct visualisation, coverslips can be fixed and stained for light, fluorescence or confocal microscopy or prepared for electron microscopy.

A general protocol for the study of invasion of host cells by a bacterial pathogen, focusing on Staphylococcus aureus and human endothelial cells.

غزو ​​الخلايا البشرية من قبل الممرض الجرثومي

Here we will describe how we study the invasion of human endothelial cells by bacterial pathogen Staphylococcus aureus . The general protocol can be ...

One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures

Bloodstream infections are associated with high mortality rates because of the probable manifestation of sepsis, severe sepsis and septic shock1. Therefore, rapid administration of adequate antibiotic therapy is of foremost importance in the treatment of bloodstream infections. The critical element in this process is timing, heavily dependent on the results of bacterial identification and antibiotic susceptibility testing. Both of these parameters are routinely obtained by culture-based testing, which is time-consuming and takes on average 24-48 hours2, 4. The aim of the study was to develop DNA-based assays for rapid identification of bloodstream infections, as well as rapid antimicrobial susceptibility testing. The first assay is a eubacterial 16S rDNA-based real-time PCR assay complemented with species- or genus-specific probes5. Using these probes, Gram-negative bacteria including Pseudomonas spp., Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli as well as Gram-positive bacteria including Staphylococcus spp., Staphylococcus aureus, Enterococcus spp., Streptococcus spp., and Streptococcus pneumoniae could be distinguished. Using this multiprobe assay, a first identification of the causative micro-organism was given after 2 h.
Secondly, we developed a semi-molecular assay for antibiotic susceptibility testing of S. aureus, Enterococcus spp. and (facultative) aerobe Gram-negative rods6. This assay was based on a study in which PCR was used to measure the growth of bacteria7. Bacteria harvested directly from blood cultures are incubated for 6 h with a selection of antibiotics, and following a Sybr Green-based real-time PCR assay determines inhibition of growth. The combination of these two methods could direct the choice of a suitable antibiotic therapy on the same day (Figure 1). In conclusion, molecular analysis of both identification and antibiotic susceptibility offers a faster alternative for pathogen detection and could improve the diagnosis of bloodstream infections.

The design of a straightforward one-day workflow scheme for bacterial pathogen diagnostics enables the rapid recognition of bloodstream infections. The inclusion of eight clinically relevant bacterial targets and their antibiotic resistance profiles offers the clinician an initial insight on the same day, which can lead to more adequate therapy.

في يوم واحد خطة سير العمل للكشف عن مسببات الأمراض البكتيرية ومضادات الميكروبات اختبار المقاومة من زرع الدم

Bloodstream infections are associated with high mortality rates because of the probable manifestation of sepsis, severe sepsis and septic shock1. ...

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

Ticks are found worldwide and afflict humans with many tick-borne illnesses. Ticks are vectors for pathogens that cause Lyme disease and tick-borne relapsing fever (Borrelia spp.), Rocky Mountain Spotted fever (Rickettsia rickettsii), ehrlichiosis (Ehrlichia chaffeensis and E. equi), anaplasmosis (Anaplasma phagocytophilum), encephalitis (tick-borne encephalitis virus), babesiosis (Babesia spp.), Colorado tick fever (Coltivirus), and tularemia (Francisella tularensis) 1-8. To be properly transmitted into the host these infectious agents differentially regulate gene expression, interact with tick proteins, and migrate through the tick 3,9-13. For example, the Lyme disease agent, Borrelia burgdorferi, adapts through differential gene expression to the feast and famine stages of the tick's enzootic cycle 14,15. Furthermore, as an Ixodes tick consumes a bloodmeal Borrelia replicate and migrate from the midgut into the hemocoel, where they travel to the salivary glands and are transmitted into the host with the expelled saliva 9,16-19.
As a tick feeds the host typically responds with a strong hemostatic and innate immune response 11,13,20-22. Despite these host responses, I. scapularis can feed for several days because tick saliva contains proteins that are immunomodulatory, lytic agents, anticoagulants, and fibrinolysins to aid the tick feeding 3,11,20,21,23. The immunomodulatory activities possessed by tick saliva or salivary gland extract (SGE) facilitate transmission, proliferation, and dissemination of numerous tick-borne pathogens 3,20,24-27. To further understand how tick-borne infectious agents cause disease it is essential to dissect actively feeding ticks and collect tick saliva. This video protocol demonstrates dissection techniques for the collection of hemolymph and the removal of salivary glands from actively feeding I. scapularis nymphs after 48 and 72 hours post mouse placement. We also demonstrate saliva collection from an adult female I. scapularis tick.

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

The collection of infected tick hemolymph, salivary glands, and saliva is important to study how tick-borne pathogens cause disease. In this protocol we demonstrate how to collect hemolymph and salivary glands from feeding Ixodes scapularis nymphs. We also demonstrate saliva collection from female I. scapularis adults.

اللعاب، الغدد اللعابية، وجمع اللمف الدموي من القراد اللبود الكتفي

Ticks are found worldwide and afflict humans with many tick-borne illnesses. Ticks are vectors for pathogens that cause Lyme disease and tick-borne ...

Visualization of Bacterial Toxin Induced Responses Using Live Cell Fluorescence Microscopy

Bacterial toxins bind to cholesterol in membranes, forming pores that allow for leakage of cellular contents and influx of materials from the external environment. The cell can either recover from this insult, which requires active membrane repair processes, or else die depending on the amount of toxin exposure and cell type1. In addition, these toxins induce strong inflammatory responses in infected hosts through activation of immune cells, including macrophages, which produce an array of pro-inflammatory cytokines2. Many Gram positive bacteria produce cholesterol binding toxins which have been shown to contribute to their virulence through largely uncharacterized mechanisms.
Morphologic changes in the plasma membrane of cells exposed to these toxins include their sequestration into cholesterol-enriched surface protrusions, which can be shed into the extracellular space, suggesting an intrinsic cellular defense mechanism3,4. This process occurs on all cells in the absence of metabolic activity, and can be visualized using EM after chemical fixation4. In immune cells such as macrophages that mediate inflammation in response to toxin exposure, induced membrane vesicles are suggested to contain cytokines of the IL-1 family and may be responsible both for shedding toxin and disseminating these pro-inflammatory cytokines5,6,7. A link between IL-1&beta; release and a specific type of cell death, termed pyroptosis has been suggested, as both are caspase-1 dependent processes8. To sort out the complexities of this macrophage response, which includes toxin binding, shedding of membrane vesicles, cytokine release, and potentially cell death, we have developed labeling techniques and fluorescence microscopy methods that allow for real time visualization of toxin-cell interactions, including measurements of dysfunction and death (Figure 1). Use of live cell imaging is necessary due to limitations in other techniques. Biochemical approaches cannot resolve effects occurring in individual cells, while flow cytometry does not offer high resolution, real-time visualization of individual cells. The methods described here can be applied to kinetic analysis of responses induced by other stimuli involving complex phenotypic changes in cells.

Methods for purifying the cholesterol binding toxin streptolysin O from recombinant E. coli and visualization of toxin binding to live eukaryotic cells are described. Localized delivery of toxin induces rapid and complex changes in targeted cells revealing novel aspects of toxin biology.

تصور الردود السم البكتيري المستحثة عن طريق لايف مضان المجهري الخليوي

Bacterial toxins bind to cholesterol in membranes, forming pores that allow for leakage of cellular contents and influx of materials from the external ...

Imaging InlC Secretion to Investigate Cellular Infection by the Bacterial Pathogen Listeria monocytogenes

Bacterial intracellular pathogens can be conceived as molecular tools to dissect cellular signaling cascades due to their capacity to exquisitely manipulate and subvert cell functions which are required for the infection of host target tissues. Among these bacterial pathogens, Listeria monocytogenes is a Gram positive microorganism that has been used as a paradigm for intracellular parasitism in the characterization of cellular immune responses, and which has played instrumental roles in the discovery of molecular pathways controlling cytoskeletal and membrane trafficking dynamics. In this article, we describe a robust microscopical assay for the detection of late cellular infection stages of L. monocytogenes based on the fluorescent labeling of InlC, a secreted bacterial protein which accumulates in the cytoplasm of infected cells; this assay can be coupled to automated high-throughput small interfering RNA screens in order to characterize cellular signaling pathways involved in the up- or down-regulation of infection.

Imaging InlC Secretion to Investigate Cellular Infection by the Bacterial Pathogen Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenes is a Gram positive bacterial pathogen frequently used as a major model for the study of intracellular parasitism. Imaging late L. monocytogenes infection stages within the context of small-interfering RNA screens allows for the global study of cellular pathways required for bacterial infection of target host cells.

التصوير InlC إفراز المعنية بالتحقيق في العدوى البكتيرية الخلوية من قبل الممرض<em&gt; المستوحدة الليستيريا</em

Bacterial intracellular  pathogens can be conceived as molecular tools to dissect cellular signaling  cascades due to their capacity to exquisitely ...

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence factors, which can subvert and manipulate key host functions. The study of host/pathogen interactions is therefore extremely important to understand bacterial infections and develop alternative strategies to counter infectious diseases. This approach however, requires the development of new high-throughput assays for the unbiased, automated identification and characterization of bacterial virulence determinants. Here, we describe a method for the generation of a GFP-tagged mutant library by transposon mutagenesis and the development of high-content screening approaches for the simultaneous identification of multiple transposon-associated phenotypes. Our working model is the intracellular bacterial pathogen Coxiellaburnetii, the etiological agent of the zoonosis Q fever, which is associated with severe outbreaks with a consequent health and economic burden. The obligate intracellular nature of this pathogen has, until recently, severely hampered the identification of bacterial factors involved in host pathogen interactions, making of Coxiella the ideal model for the implementation of high-throughput/high-content approaches.

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Coxiella burnetii is an obligate intracellular Gram-negative bacterium responsible for the zoonotic disease Q fever. Here we describe methods for the generation of Coxiella fluorescent transposon mutants as well as the automated identification and analysis of the resulting internalization, replication and cytotoxic phenotypes.

جيل ومتعدد المظهري فحص عالية المحتوى من<em&gt; الكوكسيلا البورنيتية</em&gt; المسوخ ينقول

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence ...

Unravelling the Function of a Bacterial Effector from a Non-cultivable Plant Pathogen Using a Yeast Two-hybrid Screen

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria have evolved different strategies to manipulate their host metabolism for their own benefit. This bacterial manipulation is often coupled with severe symptom development or the death of the affected plants. Determining the specific bacterial molecules responsible for the host manipulation has become an important field in microbiological research. After the identification of these bacterial molecules, called &#34;effectors,&#34; it is important to elucidate their function. A straightforward approach to determine the function of an effector is to identify its proteinaceous binding partner in its natural host via a yeast two-hybrid (Y2H) screen. Normally the host harbors numerous potential binding partners that cannot be predicted sufficiently by any in silico algorithm. It is thus the best choice to perform a screen with the hypothetical effector against a whole library of expressed host proteins. It is especially challenging if the causative agent is uncultivable like phytoplasma. This protocol provides step-by-step instructions for DNA purification from a phytoplasma-infected woody host plant, the amplification of the potential effector, and the subsequent identification of the plant&#39;s molecular interaction partner with a Y2H screen. Even though Y2H screens are commonly used, there is a trend to outsource this technique to biotech companies that offer the Y2H service at a cost. This protocol provides instructions on how to perform a Y2H in any decently equipped molecular biology laboratory using standard lab techniques.

Bacterial effector proteins are important for establishing successful infections. This protocol describes the experimental identification of proteinaceous binding partners of a bacterial effector protein in its natural plant host. Identifying these effector interactions via yeast two-hybrid screens has become an important tool in unravelling molecular pathogenicity strategies.

التكشف وظيفة من المستجيب البكتيرية من مسببات الأمراض النباتية غير الصالحة للزراعة باستخدام الخميرة شاشة ثنائية مختلطة

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria ...

Enrichment of Bacterial Lipoproteins and Preparation of N-terminal Lipopeptides for Structural Determination by Mass Spectrometry

Lipoproteins are important constituents of the bacterial cell envelope and potent activators of the mammalian innate immune response. Despite their significance to both cell physiology and immunology, much remains to be discovered about novel lipoprotein forms, how they are synthesized, and the effect of the various forms on host immunity. To enable thorough studies on lipoproteins, this protocol describes a method for bacterial lipoprotein enrichment and preparation of N-terminal tryptic lipopeptides for structural determination by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Expanding on an established Triton X-114 phase partitioning method for lipoprotein extraction and enrichment from the bacterial cell membrane, the protocol includes additional steps to remove non-lipoprotein contaminants, increasing lipoprotein yield and purity. Since lipoproteins are commonly used in Toll-like receptor (TLR) assays, it is critical to first characterize the N-terminal structure by MALDI-TOF MS. Herein, a method is presented to isolate concentrated hydrophobic peptides enriched in N-terminal lipopeptides suitable for direct analysis by MALDI-TOF MS/MS. Lipoproteins that have been separated by Sodium Dodecyl Sulfate Poly-Acrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) are transferred to a nitrocellulose membrane, digested in situ with trypsin, sequentially washed to remove polar tryptic peptides, and finally eluted with chloroform-methanol. When coupled with MS of the more polar trypsinized peptides from wash solutions, this method provides the ability to both identify the lipoprotein and characterize its N-terminus in a single experiment. Intentional sodium adduct formation can also be employed as a tool to promote more structurally informative fragmentation spectra. Ultimately, enrichment of lipoproteins and determination of their N-terminal structures will permit more extensive studies on this ubiquitous class of bacterial proteins.

The enrichment of bacterial lipoproteins using a non-ionic surfactant phase partitioning method is described for direct use in TLR assays or other applications. Further steps are detailed to prepare N-terminal tryptic lipopeptides for structural characterization by mass spectrometry.

الإثراء من البروتينات الدهنية البكتيرية وإعداد ليبوبيبتيديس الطرفي ن للتصميم الهيكلي بالطيف الكتلي

Lipoproteins are important constituents of the bacterial cell envelope and potent activators of the mammalian innate immune response. Despite their ...

A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem

The number of new drugs identified by traditional, in vitro screens has waned, reducing the success of this approach in the search for new weapons to combat multiple drug resistance. This has led to the conclusion that researchers do not only need to find new drugs, but also need to develop new ways of finding them. Amongst the most promising candidate methods are whole-organism, in vivo assays that use high-throughput, phenotypic readouts and hosts that range from Caenorhabditis elegans to Danio rerio. These hosts have several powerful advantages, including dramatic reductions in false positive hits, as compounds that are toxic to the host and/or biounavailable are typically dropped in the initial screen, prior to costly follow up.
Here we show how our assay has been used to interrogate host variation in the well-documented C. elegans&#8212;Pseudomonas aeruginosa liquid killing pathosystem. We also demonstrate several extensions of this well-worked out technique. For example, we are able to carry out high-throughput genetic screens using RNAi in 24- or 96-well plate formats to query host factors in this host-pathogen interaction. Using this assay, whole genome screens can be completed in only a few months, which can dramatically simplify the task of identifying drug targets, potentially without the need for laborious biochemical purification approaches.
We also report here a variation of our method that substitutes the gram-positive bacterium Enterococcus faecalis for the gram-negative pathogen P. aeruginosa. Much as is the case for P. aeruginosa, killing by E. faecalis is time-dependent. Unlike previous C. elegans&#8212;E. faecalis assays, our assay for E. faecalis does not require preinfection, improving its safety profile and reducing the chances of contaminating liquid-handling equipment. The assay is highly robust, showing ~95% death rates 96 h post infection.

A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem

Here we describe a protocol that is an adaptable, whole host, high-content screening tool that can be utilized to study host-pathogen interactions and be used for drug discovery.

الفائق، والمحتوى السامي، المستندة إلى سائل C. ايليجانس باثوسيستيم

The number of new drugs identified by traditional, in vitro screens has waned, reducing the success of this approach in the search for new weapons to ...

Automated Behavioral Analysis of Large C. elegans Populations Using a Wide Field-of-view Tracking Platform

Caenorhabditis elegans is a well-established animal model in biomedical research, widely employed in functional genomics and ageing studies. To assess the health and fitness of the animals under study, one typically relies on motility readouts, such as the measurement of the number of body bends or the speed of movement. These measurements usually involve manual counting, making it challenging to obtain good statistical significance, as time and labor constraints often limit the number of animals in each experiment to 25 or less. Since high statistical power is necessary to obtain reproducible results and limit false positive and negative results when weak phenotypic effects are investigated, efforts have recently been made to develop automated protocols focused on increasing the sensitivity of motility detection and multi-parametric behavioral profiling. In order to extend the limit of detection to the level needed to capture the small phenotypic changes that are often crucial in genetic studies and drug discovery, we describe here a technological development that enables the study of up to 5,000 individual animals simultaneously, increasing the statistical power of the measurements by about 1,000-fold compared to manual assays and about 100-fold compared to other available automated methods.

Automated Behavioral Analysis of Large C. elegans Populations Using a Wide Field-of-view Tracking Platform

We describe protocols for using the wide field-of-view nematode tracking platform (WF-NTP), which enables high-throughput phenotypic characterization of large populations of Caenorhabditis elegans. These protocols can be used to characterize subtle behavioral changes in mutant strains or in response to pharmacological treatment in a highly scalable fashion.

الآلي التحليل السلوكي لكبير C. ايليجانس السكان استخدام واسعة مجال-من-عرض "تتبع النظام الأساسي"

Caenorhabditis elegans is a well-established animal model in biomedical research, widely employed in functional genomics and ageing studies. To assess the ...