<html> 1. ثقافة الدم الحساء العلم بأنها &quot;ايجابية&quot; <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة زجاجة ثقافة الدم أشار المستمر من مجلس الوزراء رصد الحضانة ووضعه في خزانة السلامة البيولوجية. ملاحظة: يمكن أن تحتوي على زجاجات الكائنات الدقيقة الخطرة وتحتاج الاحتياطات العالمية التي ينبغي اتباعها. نظرا لخطر الهباء المعدية في أخذ العينات، ويجب أن يتم تنفيذ جميع إجراءات أخذ العينات في السلامة الأحيائية الدرجة الثانية مجلس الوزراء تدفق الصفحي. </li></ol> 2. غرام وصمة عار على استعداد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعد وصمة عار غرام من مرق أشار ثقافة الدم وفقا لبروتوكولات المؤسسية المحلية. ملاحظة: عندما يتم تحديد الكائنات السلبية الغرام على المجهر معالجة مرق ثقافة الدم وفقا للطريقة التالية. عندما يتم تحديد الكائنات موجبة الجرام، يتم تطبيق طريقة بديلة تستهدف تحديد الجزيئية الجينية وعلامات مقاومة للمرق (لم يتم تناولها في هذه المقالة) 13. </li></ol>ه &quot;&gt; 3. نقل الدم مأشر ثقافة مرق إلى مصل فصل أنبوب <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المزيج بلطف زجاجة ثقافة الدم عن طريق قلب 2-3X. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> داخل مجلس الوزراء للسلامة الأحيائية إرفاق حقنة 10 مل لجهاز نقل الدم السلامة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نعلق جهاز نقل الدم إلى زجاجة ثقافة الدم وسحب 5 مل من مرق في حقنة. نقل BC مرق يستنشق في أنبوب فصل المصل. </li></ol> 4. تركيز ثقافة الدم في مرق <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي لفصل أنبوب المصل في 1،250 x ج لمدة 15 دقيقة الذي يزيل كمية كبيرة من خلايا الدم الحمراء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نضح وتجاهل طاف باستخدام ماصة نقل معقمة والحرص على ترك حوالي 1 مل من معطف الشهباء مباشرة فوق واجهة هلام / السوائل. ملاحظة: تظهر الزجاجات الهوائية فصل واضح للخلايا الدم الحمراء في الجزء السفلي من الأنبوب مع واجهة هلام / السوائل التي تظهر على اللون الأبيض مبهمة. في المقابل، عندماتطبق على التحللي اللاهوائية مرق ثقافة الدم تظهر واجهة هلام / السوائل كلون أحمر عميق بسبب مكونات خلايا الدم الحمراء هي lysed تبقى معلقة في طاف. </li></ol> 5. كرر الطرد المركزي غسل خطوات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المزيج بلطف على 1 مل الأخير من السوائل معطف الشهباء فوق واجهة هلام مع ماصة معقمة ثم نقل وحدة التخزين بالكامل في أنبوب microcentrifuge 1.5 مل. أجهزة الطرد المركزي في أنبوب جديد في 288 x ج لمدة 30 ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل طاف باستخدام البلاستيك القابل للتصرف 1 مل ماصة نقل الى جديد 1.5 مل أنبوب microcentrifuge وتجاهل الأنبوب مع بيليه. ملاحظة: ومن المهم في هذه الخطوة التي يتم الحرص على تجنب نقل بيليه. هذا مهم بشكل خاص للعينة التي يجري تجهيزها من الزجاجة قبل الميلاد اللاهوائية، حيث لا يزال طاف المصطبغة وليس دائما ينظر بيليه بوضوح. </li></ol> 6. تحلل الخلايا المتبقية </p&gt; <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في العينة 18407 x ج لمدة 1 دقيقة ثم نضح (وتجاهل) طاف باستخدام ماصة غرامة نقل يميل إلى ترك السائل المتبقي أقل قدر ممكن دون تعطيل بيليه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> resuspend الكرية المتبقية في 1 مل من الدناز معقمة وريبونوكلياز المياه مجانا من pipetting صعودا وهبوطا. ملاحظة: ووصف بعض الكتاب على استخدام حلول الكحول بدلا من الماء المعقم لresuspend الكرية مما يجعل البكتيريا غير قادرة على البقاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي الحل معلق في 18407 x ج لمدة 1 دقيقة. </li></ol> 7. استخراج البروتينات البكتيرية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نضح وتجاهل طاف، مرة أخرى باستخدام الطموح مع ماصة غيض غرامة ضمان أكبر قدر ممكن السائل تتم إزالة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> resuspend وبيليه في 10 ميكرولتر حمض الفورميك (70٪ ت / ت). ملاحظة: حمض الفورميك يمكن أن يؤثر على الجسم إذا تم استنشاقه أو إذا كان يأتي في اتصال مع الجلد. عند إعداد أو التلاعب الحلول هو صecommended أن الموظفين استخدام مجلس الوزراء الدخان بالإضافة إلى معدات الحماية الشخصية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخلط جيدا باستخدام ماصة لضمان حل معلق متجانس. استخدام غيض ماصة لتعطيل جسديا بيليه قد يكون من الضروري لضمان التوصل إلى حل أكثر تجانسا. </li></ol> 8. إعداد MALDI-TOF الهدف بلايت <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تطعيم نظيفة لوحة الهدف MALDI-TOF مع 2 ميكرولتر من تعليق على استعداد لكل بقعة المستهدفة. 3 إعداد المواقع المستهدفة لكل عينة على التغلب على المشكلة عرضية من فشل يقرأ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح لوحة الهدف MALDI-TOF لتجف. ويمكن زيادة معدل التجفيف عن طريق وضع لوحة على حافة غطاء الدخان لتعظيم تدفق الهواء عبر لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تراكب كل بقعة المجففة مع 1 ميكرولتر من الحل مصفوفة (10 ملغ / مل α-سيانو-4-hydroxycinnamic حمض (HCCA)، و 50٪ أسيتونتريل، وحامض trifluoroacetic 2.5٪). ملاحظة: حل مصفوفة يمكن أن يؤثر على الجسم إذا تم استنشاقه أو إذا كان يأتي إلى حساب المشتركط م مع الجلد. عند إعداد أو التلاعب حلول فمن المستحسن أن يستخدم الموظفون خزانة الدخان بالإضافة إلى معدات الحماية الشخصية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح لوحة الهدف MALDI-TOF لتجف على حافة الدولاب الدخان كما هو موضح أعلاه. ضمان إعداد متجانسة يملأ كل من البقع الهدف على طبق من ذهب. </li></ol> 9. MALDI-TOF مكان الهدف اللوحة في مطياف الكتلة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدراج لوحة الهدف MALDI-TOF في مطياف الكتلة MALDI-TOF. ضمان لوحة يجلس مطاردة مع لوحات بنابض. ملاحظة: لا إدراج لوحة الهدف حتى جميع المواقع المستهدفة هي جافة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضمان الختم المطاطي نظيفة من الوبر والغبار والشعر للسماح يمكن أن تنشأ ظروف الفراغ المطلوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إغلاق مرحلة MALDI-TOF غطاء ثم اضغط على زر &quot;داخل / خارج&quot; على الجزء الأمامي من الصك. سوف الغطاء الآن قفل والسماح للفراغ من الضروري أن تنشأ. </li></ol> 10. MALDI-TOF MS Spectra اقتناء <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فتح MALDI Biotyping والبرمجيات FlexControl. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضمن برنامج الطباعة حدد &quot;تصنيف جديد&quot; من القائمة المنسدلة تحت عنوان &quot;ملف&quot;. اسم المشروع ثم حدد &quot;الجديدة&quot;. حدد &quot;التالي&quot; لاستكمال الإعداد ضمن برنامج الكتابة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضمن إطار برنامج مكافحة تحديد الرسم على الشاشة من لوحة الهدف. تسليط الضوء على بقع الهدف MALDI-TOF التي يتم استخدامها عن طريق تحريك الماوس فوق البقع تلقيح أثناء الضغط باستمرار على زر الماوس الأيسر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدم زر الماوس الأيمن فوق أي مكان على المناصب الهدف المحدد ثم حدد &quot;إضافة التحاليل&quot; من القائمة المنسدلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة ثقافة الدم التفاصيل التعرف إلى العمود &quot;معرف&quot; لكل من البقع الهدف وانقر على زر &quot;التالي&quot; عند اكتماله. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد التجارية &quot;التصنيف&quot; قاعدة بيانات الأطياف وحدد &quot;التالي&quot;. ملاحظة: لبوratories قد تستخدم إضافية في المنزل أو قواعد البيانات التجارية لزيادة عدد الأطياف المرجعية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على زر &quot;الانتهاء&quot; وسوف MALDI-TOF MS يبدأ توليد الأطياف. ملاحظة: كانت إعدادات MALDI-TOF حسب إعدادات تصنيع في (الوضع الخطي إيجابية، تردد 60 هرتز ليزر، و 20 كيلو فولت تسريع الجهد، 16.7 كيلو فولت IS2 الجهد، 170 NSEC تأخير استخراج، و2،000-20،137 م / ض المدى). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا فشل هذا البرنامج تحكم MALDI لتوليد قمم، واقتناء دليل الأطياف يمكن أداؤها (طريقة وليس وصفها). </li></ol> 11. تفسير تحليل آخر من MALDI-TOF MS العشرات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة يتم الحصول على أطياف وتحليل كاملة، حدد زر &quot;+&quot; بجانب تحديد الأنواع على برنامج الكتابة لتوسيع قائمة لتحديد هوية كل هدف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> دراسة أعلى 5 تحديد الهوية، مشيرا إلى إن أعلى 5 متشابهة. المتنافرة أعلى 5 أجناس مع عشرات ≥ 1.7 للهدف نفسهأثار بقعة إمكانية مرق مختلطة. ملاحظة: MALDI-TOF التكنولوجيا لديها حساسية ضعيفة للكشف عن مرق مختلطة. على سبيل المثال، عندما يحتوي مرق الأنواع المختلطة على درجة الثقة العالية يمكن تحديدها لمجرد واحدة من الأنواع المختلطة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما يلاحظ على درجة ≥ 2.0 لأعلى المباراة على بقعة المستهدفة، تقريرا الأنواع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما يتم ≥ أعلى الدرجات في بقعة الهدف 1.7، ولكن &lt;2.0، تقرير جنسا فقط. إذا معايير إضافية من ال 5 تحديد الهوية هي متطابقة، ثم يقدم تقريرا إلى مستوى الأنواع. </li></ol> 12. إزالة MALDI-TOF الهدف بلايت <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما تكون جميع الأطياف هي زر &quot;داخل / خارج&quot; على الجهاز MALDI-TOF الصحافة كاملة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فتح MALDI-TOF وحة الهدف وعاء وإزالة لوحة الهدف MALDI-TOF. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في حالة استخدام لوحة قابلة لإعادة الاستخدام الهدف MALDI-TOF، تنظيف جميع بقع الهدف باستخدام الكحول وتخزين وحة MALDI-TOF في RT مرة واحدة أنها نظيفة وجافة. </li></ol>

<ol>
	<li>Bearman, G. M., Wenzel, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteremias:+a+leading+cause+of+death.">Bacteremias: a leading cause of death.</a> Arch. Med. Res. 36 (6), 646-659 (2005).</li><li>Leibovici, L., Shraga, I., Drucker, M., Konigsberger, H., Samra, Z., Pitlik, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+benefit+of+appropriate+empirical+antibiotic+treatment+in+patients+with+bloodstream+infection.">The benefit of appropriate empirical antibiotic treatment in patients with bloodstream infection.</a> J. Intern. Med. 244 (5), 379-386 (1998).</li><li>Kumar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Duration+of+hypotension+before+initiation+of+effective+antimicrobial+therapy+is+the+critical+determinant+of+survival+in+human+septic+shock.">Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock.</a> Crit. Care Med. 34 (6), 1589-1596 (2006).</li><li>Munson, E. L., Diekema, D. J., Beekmann, S. E., Chapin, K. C., Doern, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+treatment+of+bloodstream+infection:+laboratory+reporting+and+antimicrobial+management.">Detection and treatment of bloodstream infection: laboratory reporting and antimicrobial management.</a> J. Clin. Microbiol. 41 (1), 495-497 (2003).</li><li>Clerc, O., Prod'hom, G., Vogne, C., Bizzini, A., Calandra, T., Greub, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+on+the+Clinical+Management+of+Patients+With+Gram-negative+Bacteremia:+A+Prospective+Observational+Study.">Impact of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry on the Clinical Management of Patients With Gram-negative Bacteremia: A Prospective Observational Study.</a> Clin. Infect. Dis. 56 (8), 1101-1107 (2013).</li><li>Dekker, J. P., Branda, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> MALDI-TOF Mass Spectrometry in the Clinical Microbiology Laboratory. Clinical Microbiology Newslette. 33 (12), 87-93 (2011).</li><li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ongoing+revolution+in+bacteriology:+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry.">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin. Infect. Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li><li>Neville, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utility+of+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry+following+introduction+for+routine+laboratory+bacterial+identification.">Utility of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry following introduction for routine laboratory bacterial identification.</a> J. Clin. Microbiol. 49 (8), 2980-2984 (2011).</li><li>Schmidt, V., Jarosch, A., M&#228;rz, P., Sander, C., Vacata, V., Kalka-Moll, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+in+positive+blood+culture+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry.">Rapid identification of bacteria in positive blood culture by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (3), 311-317 (2012).</li><li>March-Rossell&#243;, G. A., Mu&#241;oz-Moreno, M. F., de Urri&#233;s, M. C., Bratos-P&#233;rez, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+differential+centrifugation+protocol+and+validation+criterion+for+enhancing+mass+spectrometry+(MALDI-TOF)+results+in+microbial+identification+using+blood+culture+growth+bottles.">A differential centrifugation protocol and validation criterion for enhancing mass spectrometry (MALDI-TOF) results in microbial identification using blood culture growth bottles.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 32 (5), 699-704 (2012).</li><li>Christner, M., Rohde, H., Wolters, M., Sobottka, I., Wegscheider, K., Aepfelbacher, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+from+positive+blood+culture+bottles+by+use+of+matrix-assisted+laser+desorption-ionization+time+of+flight+mass+spectrometry+fingerprinting.">Rapid identification of bacteria from positive blood culture bottles by use of matrix-assisted laser desorption-ionization time of flight mass spectrometry fingerprinting.</a> J. Clin. Microbiol. 48 (5), 1584-1591 (2010).</li><li>Gray, T. J., Thomas, L., Olma, T., Iredell, J. R., Chen, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+Gram-negative+organisms+from+blood+culture+bottles+using+a+modified+extraction+method+and+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Rapid identification of Gram-negative organisms from blood culture bottles using a modified extraction method and MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 72 (2), 110-112 (2013).</li><li>Hazelton, B. J., Thomas, L. C., Unver, T., Iredell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+Gram-positive+pathogens+and+their+resistance+genes+from+positive+blood+culture+broth+using+a+multiplex+tandem+RT-PCR+assay.">Rapid identification of Gram-positive pathogens and their resistance genes from positive blood culture broth using a multiplex tandem RT-PCR assay.</a> J. Med. Microbiol. 62 (2), 223-2231 (2013).</li><li>Saffert, R. T., Cunningham, S. A., Mandrekar, J., Patel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+three+preparatory+methods+for+detection+of+bacteremia+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Comparison of three preparatory methods for detection of bacteremia by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 73 (1), 21-26 (2012).</li><li>Consoir, C., L&#246;rch, D., Schneider, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+identification+of+bacteria+from+charcoal-containing+blood+culture+bottles+using+matrix-assisted+laser+desorption/ionisation+time-of-flight+mass+spectrometry.">Direct identification of bacteria from charcoal-containing blood culture bottles using matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (10), 2843-2850 (2012).</li><li>Martiny, D., Dediste, A., Vandenberg, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+an+in-house+method+and+the+commercial+Sepsityper&#8482;+kit+for+bacterial+identification+directly+from+positive+blood+culture+broths+by+matrix-assisted+laser+desorption-ionisation+time-of-flight+mass+spectrometry.">Comparison of an in-house method and the commercial Sepsityper&#8482; kit for bacterial identification directly from positive blood culture broths by matrix-assisted laser desorption-ionisation time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (9), 2269-2281 (2012).</li><li>Moussaoui, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry+identifies+90%+of+bacteria+directly+from+blood+culture+vials.">Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry identifies 90% of bacteria directly from blood culture vials.</a> Clin Microbiol Infect. 16 (11), 1631-1638 (2010).</li><li>Novel, , et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=improved+sample+preparation+for+rapid,+direct+identification+from+positive+blood+cultures+using+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+time-of-flight+(MALDI-TOF)+mass+spectrometry.">improved sample preparation for rapid, direct identification from positive blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry.</a> J. Mol. Diagn. 13 (6), 701-706 (2011).</li><li>Fothergill, A., Kasinathan, V., Hyman, J., Walsh, J., Drake, T., Wang, Y. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+of+Bacteria+and+Yeasts+from+Positive-Blood-Culture+Bottles+by+Using+a+Lysis-Filtration+Method+and+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrum+Analysis+with+the+SARAMIS+Database.">Rapid Identification of Bacteria and Yeasts from Positive-Blood-Culture Bottles by Using a Lysis-Filtration Method and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrum Analysis with the SARAMIS Database.</a> J. Clin. Microbiol. 51 (3), 805-809 (2013).</li></ol>

يعلن الكتاب أنه ليس لديهم مصالح مالية المتنافسة.

من المهم عند تطبيق MALDI-TOF MS للثقافة مرق الدم الذي يتم تنفيذ الخطوات آخر الطرد المركزي مع الرعاية الكافية لا في التعديل مكونات فصلها. من المهم بصفة خاصة لإزالة مكونات ثقافة الدم والبروتينات الخلوية الإنسان، بما في ذلك الهيموغلوبين، والتي قد تنتج طفرات التدخل مع أطياف M...

<html> المرضى الذين يعانون من عدوى مجرى الدم (BSI) وذلك بسبب البكتيريا لا تزال لدينا عالية وفيات في المستشفى، وتتراوح 6-48٪ 1. تسليم المضادات الحيوية المناسبة المجرب يعزز البقاء على قيد الحياة وفي فرعية من المرضى الذين يعانون من التسمم الحاد، كل تأخير ساعة إلى العلاج المناسب يرتبط بقاء انخفضت 2،3. وفقا لذلك، هدفا رئيسيا من المختبر السريري للكشف بسرعة، وتحديد والتواصل وجود البكتيريا في الثقافات الدم لإبلاغ القرارات السريرية. وقد ثبت أن مختبر الميكروبيولوجيا ديها أكبر تأثير على العلاج المضادة للميكروبات في وقت الإبلاغ وصمة عار غرام 4 ومؤخرا، أظهرت دراسة وصفية ذلك الوقت الامتزاز بمساعدة الليزر مصفوفة / تأين مطياف الكتلة الطيران (TOF MALDI-MS) يقوم مباشرة على المرق ثقافة الدم تؤثر وصف في أكثر من ثلث BSI الناجم عن البكتيريا سالبة الجرام 5. &quot;jove_content&quot;&gt; وقد أدى التطوير التجاري لMALDI-TOF MS إلى أداة فعالة المختبر لتحديد الكائنات الدقيقة 6،7. والآن راسخة التكنولوجيا وتم دمجها في العديد من المختبرات لتحديد سريعة ودقيقة من الكائنات الدقيقة المعزولة على 6،8 وسائل الاعلام الصلبة. التطبيق المباشر للMALDI-TOF MS لثقافة الدم (BC) مرق التي أشار &quot;ايجابية&quot; للكائنات الدقيقة تناشد كل من الأطباء ومديري المختبرات بسبب القدرة على الحصول على تحديد وقت سابق من الكائنات الحية الدقيقة بتكلفة منخفضة. وقد المنفعة السريرية من التطبيق المباشر للMALDI-TOF MS لثقافة الدم مرق محدودة بسبب مجموعة واسعة من الحساسيات وحظ بالمقارنة مع الأساليب ثقافة المظهرية قياسية استنادا لتحديد الهوية، مع تقارير عن تحديد ناجحة من البكتيريا سالبة الجرام تتراوح 47-98،9 9-11٪. الاختلاف في حساسية المرجحتتعلق تكوين BC مرق، تركيز البكتيريا الأولية، والتباين في أساليب إعداد العينات فضلا عن مجموعة من الكائنات الحية سلبية الغرام التي واجهتها في دراسة السكان 9. مقارنة مع هذه البروتوكولات الأخرى المنشورة على الطريقة المعروضة هنا يتجنب استخدام الإيثانول، كلوريد الأمونيوم أو إضافية (غير المصفوفة) أسيتونتريل. ونتيجة لبيليه البكتيرية سوف تبقى قابلة للحياة (حتى نقطة استخراج البروتين) السماح لطرق الاختبار المظهري التعرض المحتملة ليتم تطبيقها مباشرة إلى هذه الكائنات في المرق. بالإضافة إلى ذلك، فقد تبين طريقة عرض لتكون رخيصة وموثوقة وسريعة مع تحديد البكتيرية المتوفرة في غضون 25 دقيقة من ثقافة الدم غرام النتائج وصمة عار، مع الحد الأدنى &#39;على يد&#39; الوقت 12. هذه طريقة بسيطة بروتوكول تدور تحلل في المنزل باستخدام استخراج حمض الفورميك تطبيقها مباشرة على إيجابية مرق ثقافة الدم لتحديد غرام ب سلبيacteria مع التكنولوجيا MALDI-TOF MS.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1319">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:275px;">BACTEC Plus Aerobic/F Medium</td>
			<td style="width:307px;">Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right" style="width:188px;">442192</td>
			<td style="width:551px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">BACTEC Lytic/10 Anaerobic /F Medium</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">442265</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">BACTEC Peds Plus Medium</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">442194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Vacutainer - Blood transfer device</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">364880</td>
			<td>Single use sampling device reducing the risk of needlestick injury</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Vacutainer SST 5.0mL, Advance plus</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">367954</td>
			<td>Serum separating tube</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Syringe 10 mL</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">302143</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Transfer pipette</td>
			<td>Samco, USA</td>
			<td>222-20S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Transfer pipette (fine tipped)</td>
			<td>Samco, USA</td>
			<td>232-20S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Microcentrifuge tube (2.0 mL)</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>0030.120.094</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sterile water (DNAse and RNAse free)</td>
			<td>Life Technologies, Carlsbad, California, USA</td>
			<td>10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>F0507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Matrix solution&#160;</td>
			<td>Bruker Daltonics, Bremen Germany</td>
			<td align="right">285074</td>
			<td>10 mg/ml &#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid, 50% acetonitrile, 2.5% trifluoroacetic acid</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Benchtop microflex LT MALDI-TOF MS</td>
			<td>Bruker Daltonics, Bremen Germany</td>
			<td></td>
			<td>Utilizing BioTyper 3.1 (Build 65) and FlexControl 3.3 (Build 99) software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rapid identification of gram negative bacteria from blood culture broth using maldi-tof mass spectrometry

دورا هاما في مختبر علم الأحياء المجهرية السريرية هو توفير التعرف السريع على البكتيريا المسببة للعدوى مجرى الدم. تحديد التقليدية يتطلب ثقافة فرعية من مرق أشار ثقافة الدم مع تحديد متاحة إلا بعد المستعمرات على أجار الصلبة قد نضجت. MALDI-TOF MS هو، طريقة سريعة يمكن الاعتماد عليها لتحديد غالبية البكتيريا ذات الصلة سريريا عندما يطبق على المستعمرات على وسائل الاعلام الصلبة. تطبيق MALDI-TOF MS مباشرة إلى ثقافة الدم مرق هو نهج جذابة كما أن لديها القدرة على تسريع تحديد الأنواع من البكتيريا وتحسين التدبير العلاجي السريري. ومع ذلك، مشكلة هامة للتغلب هو إزالة ما قبل التحليل بالتدخل راتنجات والبروتينات والهيموغلوبين الواردة في عينات الدم التي الثقافة، إن لم يكن إزالتها، وتتداخل مع MS الأطياف ويمكن أن يؤدي إلى تحديد درجات التمييز غير كافية أو منخفضة. بالإضافة إلى أنه من الضروري التركيز bacterالجيش العراقي لتطوير أطياف نوعية كافية. يصف الطريقة المعروضة تركيز، وتنقية، واستخراج البكتيريا سالبة الجرام السماح للتشخيص المبكر من البكتيريا من مرق أشار ثقافة الدم.

تتم مقارنة ولدت MALDI-TOF MS الأطياف لقاعدة البيانات المرجعية المتكاملة للأطياف. يتم تخصيص نقاط لوغاريتمي على الثقة من المباراة بين عزل واختبار قاعدة البيانات المرجعية يعزل، مع توصية من النتيجة ≥ 1.7 اللازمة لتحديد المستوى المحتمل لأجناس (الشكل 1) و≥ 2.0 لتحديد ال?...

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry at JoVE.com

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

تطبيق مصفوفة بمساعدة الليزر الامتزاز / التأين وقت الرحلة (MALDI-TOF) مطياف الكتلة (MS) مباشرة إلى ثقافة الدم مرق يعجل تحديد البكتيريا. طريقة عرض هو طريقة سريعة وموثوق بها لتحديد البكتيريا سالبة الجرام مباشرة من ثقافة الدم المرق.

التعرف السريع على البكتيريا سالبة الجرام من ثقافة الدم في مرق عن طريق MALDI-TOF الطيف الكتلي

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

rapid-identification-gram-negative-bacteria-from-blood-culture-broth

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

23.9K Views.  Westmead Hospital.  تطبيق مصفوفة بمساعدة الليزر الامتزاز / التأين وقت الرحلة (MALDI-TOF) مطياف الكتلة (MS) مباشرة إلى ثقافة الدم مرق يعجل تحديد البكتيريا. طريقة عرض هو طريقة سريعة وموثوق بها لتحديد البكتيريا سالبة الجرام مباشرة من ثقافة الدم المرق. 

Video: Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium. Because resistance to ampicillin and vancomycin in E. faecalis is still uncommon compared to resistance in E. faecium, the development of rapid tests allowing differentiation between enterococcal species is important for appropriate therapy and resistance surveillance. The E. faecalis OE PNA FISH assay (AdvanDx, Woburn, MA) uses species-specific peptide nucleic acid (PNA) probes in a fluorescence in situ hybridization format and offers a time to results of 1.5 hours and the potential of providing important information for species-specific treatment. Multicenter studies were performed to assess the performance of the 1.5 hour E. faecalis/OE PNA FISH procedure compared to the original 2.5 hour assay procedure and to standard bacteriology methods for the identification of enterococci directly from a positive blood culture bottle.

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

A rapid protocol for the direct identification of Enterococcus faecalis and other Enterococcus species from a positive blood culture using a Peptide Nucleic Acid fluorescent in situ hybridization assay (PNA FISH).

إجراء 1.5 ساعة لتحديد معوي أنواع الثقافات مباشرة من الدم

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Purification and Visualization of Lipopolysaccharide from Gram-negative Bacteria by Hot Aqueous-phenol Extraction

Lipopolysaccharide (LPS) is a major component of Gram-negative bacterial outer membranes. It is a tripartite molecule consisting of lipid A, which is embedded in the outer membrane, a core oligosaccharide and repeating O-antigen units that extend outward from the surface of the cell1, 2. LPS is an immunodominant molecule that is important for the virulence and pathogenesis of many bacterial species, including Pseudomonas aeruginosa, Salmonella species, and Escherichia coli3-5, and differences in LPS O-antigen composition form the basis for serotyping of strains. LPS is involved in attachment to host cells at the initiation of infection and provides protection from complement-mediated killing; strains that lack LPS can be attenuated for virulence6-8. For these reasons, it is important to visualize LPS, particularly from clinical isolates. Visualizing LPS banding patterns and recognition by specific antibodies can be useful tools to identify strain lineages and to characterize various mutants. 
In this report, we describe a hot aqueous-phenol method for the isolation and purification of LPS from Gram-negative bacterial cells. This protocol allows for the extraction of LPS away from nucleic acids and proteins that can interfere with visualization of LPS that occurs with shorter, less intensive extraction methods9. LPS prepared this way can be separated by sodium dodecyl sulfate (SDS)-polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and directly stained using carbohydrate/glycoprotein stains or standard silver staining methods. Many anti-sera to LPS contain antibodies that cross-react with outer membrane proteins or other antigenic targets that can hinder reactivity observed following Western immunoblot of SDS-PAGE-separated crude cell lysates. Protease treatment of crude cell lysates alone is not always an effective way of removing this background using this or other visualization methods. Further, extensive protease treatment in an attempt to remove this background can lead to poor quality LPS that is not well resolved by any of the aforementioned methods. For these reasons, we believe that the following protocol, adapted from Westpahl and Jann10, is ideal for LPS extraction.

We describe a modified hot aqueous-phenol extraction method for purifying lipopolysaccharide (LPS) from Gram-negative bacteria. Once extracted, the LPS can be subsequently analyzed by SDS-PAGE and visualized by direct staining or Western immunoblot.

تنقية والتصور من Lipopolysaccharide من البكتريا سالبة الجرام بواسطة استخراج مائي، الفينول الساخن

Lipopolysaccharide (LPS)  is a major component of Gram-negative bacterial outer membranes. It is a tripartite molecule consisting of  lipid A, which is ...

Detection of Bacteria Using Fluorogenic DNAzymes

Outbreaks linked to food-borne and hospital-acquired pathogens account for millions of deaths and hospitalizations as well as colossal economic losses each and every year. Prevention of such outbreaks and minimization of the impact of an ongoing epidemic place an ever-increasing demand for analytical methods that can accurately identify culprit pathogens at the earliest stage. Although there is a large array of effective methods for pathogen detection, none of them can satisfy all the following five premier requirements embodied for an ideal detection method: high specificity (detecting only the bacterium of interest), high sensitivity (capable of detecting as low as a single live bacterial cell), short time-to-results (minutes to hours), great operational simplicity (no need for lengthy sampling procedures and the use of specialized equipment), and cost effectiveness. For example, classical microbiological methods are highly specific but require a long time (days to weeks) to acquire a definitive result.1 PCR- and antibody-based techniques offer shorter waiting times (hours to days), but they require the use of expensive reagents and/or sophisticated equipment.2-4 Consequently, there is still a great demand for scientific research towards developing innovative bacterial detection methods that offer improved characteristics in one or more of the aforementioned requirements. Our laboratory is interested in examining the potential of DNAzymes as a novel class of molecular probes for biosensing applications including bacterial detection.5
DNAzymes (also known as deoxyribozymes or DNA enzymes) are man-made single-stranded DNA molecules with the capability of catalyzing chemical reactions.6-8 These molecules can be isolated from a vast random-sequence DNA pool (which contains as many as 1016 individual sequences) by a process known as "in vitro selection" or "SELEX" (systematic evolution of ligands by exponential enrichment).9-16 These special DNA molecules have been widely examined in recent years as molecular tools for biosensing applications.6-8
Our laboratory has established in vitro selection procedures for isolating RNA-cleaving fluorescent DNAzymes (RFDs; Fig. 1) and investigated the use of RFDs as analytical tools.17-29 RFDs catalyze the cleavage of a DNA-RNA chimeric substrate at a single ribonucleotide junction (R) that is flanked by a fluorophore (F) and a quencher (Q). The close proximity of F and Q renders the uncleaved substrate minimal fluorescence. However, the cleavage event leads to the separation of F and Q, which is accompanied by significant increase of fluorescence intensity.
More recently, we developed a method of isolating RFDs for bacterial detection.5 These special RFDs were isolated to "light up" in the presence of the crude extracellular mixture (CEM) left behind by a specific type of bacteria in their environment or in the media they are cultured (Fig. 1). The use of crude mixture circumvents the tedious process of purifying and identifying a suitable target from the microbe of interest for biosensor development (which could take months or years to complete). The use of extracellular targets means the assaying procedure is simple because there is no need for steps to obtain intracellular targets.
Using the above approach, we derived an RFD that cleaves its substrate (FS1; Fig. 2A) only in the presence of the CEM produced by E. coli (CEM-EC).5 This E. coli-sensing RFD, named RFD-EC1 (Fig. 2A), was found to be strictly responsive to CEM-EC but nonresponsive to CEMs from a host of other bacteria (Fig. 3).
Here we present the key experimental procedures for setting up E. coli detection assays using RFD-EC1 and representative results.

We have recently reported a novel approach for generating fluorogenic DNAzyme probes that can be applied to set up a simple, "mix-and-read" fluorescent assay for bacterial detection. These special DNA probes catalyze the cleavage of a chromophore-modified DNA-RNA chimeric substrate in the presence of crude extracellular mixture (CEM) produced by a specific bacterium, thereby translating bacterial detection into fluorescence signal generation. In this report we will describe key experimental procedures where a specific DNAzyme probe denoted "RFD-EC1" is employed for the detection of the model bacterium, Escherichia coli (E. coli).

الكشف عن البكتيريا عن طريق DNAzymes Fluorogenic

Outbreaks linked to food-borne and hospital-acquired pathogens account for millions of deaths and hospitalizations as well as colossal economic losses ...

Whole-cell MALDI-TOF Mass Spectrometry is an Accurate and Rapid Method to Analyze Different Modes of Macrophage Activation

MALDI-TOF is an extensively used mass spectrometry technique in chemistry and biochemistry. It has been also applied in medicine to identify molecules and biomarkers. Recently, it has been used in microbiology for the routine identification of bacteria grown from clinical samples, without preparation or fractionation steps. We and others have applied this whole-cell MALDI-TOF mass spectrometry technique successfully to eukaryotic cells. Current applications range from cell type identification to quality control assessment of cell culture and diagnostic applications. Here, we describe its use to explore the various polarization phenotypes of macrophages in response to cytokines or heat-killed bacteria. It allowed the identification of macrophage-specific fingerprints that are representative of the diversity of proteomic responses of macrophages. This application illustrates the accuracy and simplicity of the method. The protocol we described here may be useful for studying the immune host response in pathological conditions or may be extended to wider diagnostic applications.

This protocol describes the use of whole-cell MALDI-TOF mass spectrometry on eukaryotic cells. Here, we illustrate the accuracy of this technique by analyzing the multiple activation states of macrophages in response to their microenvironment.

خلية كاملة MALDI-TOF الطيف الكتلي هو الطريقة السريعة لدقة وتحليل أنماط مختلفة من تنشيط البلاعم

MALDI-TOF is an extensively used mass spectrometry technique in chemistry and biochemistry. It has been also applied in medicine to identify molecules and ...

Isolation of Double Negative &#945;&#946; T Cells from the Kidney

There is currently no standard protocol for the isolation of DN T cells from the non-lymphoid tissues despite their increasingly reported involvement in various immune responses. DN T cells are a unique immune cell type that has been implicated in regulating immune and autoimmune responses and tolerance to allotransplants1-6. DN T cells are, however, rare in peripheral blood and secondary lymphoid organs (spleen and lymph nodes), but are major residents of the normal kidney. Very little is known about their pathophysiologic function7 due to their paucity in the periphery. We recently described a comprehensive phenotypic and functional analysis of this population in the kidney8 in steady state and during ischemia reperfusion injury. Analysis of DN T cell function will be greatly enhanced by developing a protocol for their isolation from the kidney.
Here, we describe a novel protocol that allows isolation of highly pure ab CD4+ CD8+ T cells and DN T cells from the murine kidney. Briefly, we digest kidney tissue using collagenase and isolate kidney mononuclear cells (KMNC) by density gradient. This is followed by two steps to enrich hematopoietic T cells from 3% to 70% from KMNC. The first step consists of a positive selection of hematopoietic cells using a CD45+ isolation kit. In the second step, DN T cells are negatively isolated by removal of non-desired cells using CD4, CD8, and MHC class II monoclonal antibodies and CD1d &#945;-galcer tetramer. This strategy leads to a population of more than 90% pure DN T cells. Surface staining with the above mentioned antibodies followed by FACs analysis is used to confirm purity.

Isolation of Double Negative &amp;#945;&amp;#946; T Cells from the Kidney

DNabT cells are rare among peripheral T cells; however, they are abundant in certain non-lymphoid tissues. Difficulty of isolating DN T cells from non-lymphoid tissue hinders their functional analysis despite increasing recognized pathophysiologic significance. We describe a novel protocol for isolation of highly purified DN T cells from murine kidney.

عزل مزدوج السلبية خلايا T αβ من الكلى

There is currently no standard protocol for the isolation of DN T cells from the non-lymphoid tissues despite their increasingly reported involvement in ...

Preparation of a Blood Culture Pellet for Rapid Bacterial Identification and Antibiotic Susceptibility Testing

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a rapid identification of the infectious agent to guide optimal antibiotic treatment. The analysis of Gram stains from positive blood culture can be rapidly conducted and already significantly impact the antibiotic regimen. However, the accurate identification of the infectious agent is still required to establish the optimal targeted treatment. We present here a simple and fast bacterial pellet preparation from a positive blood culture that can be used as a sample for several essential downstream applications such as identification by MALDI-TOF MS, antibiotic susceptibility testing (AST) by disc diffusion assay or automated AST systems and by automated PCR-based diagnostic testing. The performance of these different identification and AST systems applied directly on the blood culture bacterial pellets is very similar to the performance normally obtained from isolated colonies grown on agar plates. Compared to conventional approaches, the rapid acquisition of a bacterial pellet significantly reduces the time to report both identification and AST. Thus, following blood culture positivity, identification by MALDI-TOF can be reported within less than 1 hr whereas results of AST by automated AST systems or disc diffusion assays within 8 to 18 hr, respectively. Similarly, the results of a rapid PCR-based assay can be communicated to the clinicians less than 2 hr following the report of a bacteremia. Together, these results demonstrate that the rapid preparation of a blood culture bacterial pellet has a significant impact on the identification and AST turnaround time and thus on the successful outcome of patients suffering from bloodstream infections.

A rapid bacterial pellet preparation from a positive blood culture can be used as a sample for applications such as identification by MALDI-TOF, Gram staining, antibiotic susceptibility testing and PCR-based test. The results can be rapidly communicated to clinicians to improve the outcome of patients suffering from bloodstream infections.

إعداد ثقافة بيليه الدم الجرثومي السريع لتحديد واختبار حساسية المضادات الحيوية

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a ...

A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobically

Antimicrobial susceptibility testing (AST) is performed to assess the in vitro activity of antimicrobial agents against various bacteria. The AST results, which are expressed as minimum inhibitory concentrations (MICs) are used in research for antimicrobial development and monitoring of resistance development and in the clinical setting for antimicrobial therapy guidance. Dalbavancin is a semi-synthetic lipoglycopeptide antimicrobial agent that was approved in May 2014 by the Food and Drug Administration (FDA) for the treatment of acute bacterial skin and skin structure infections caused by Gram-positive organisms. The advantage of dalbavancin over current anti-staphylococcal therapies is its long half-life, which allows for once-weekly dosing. Dalbavancin has activity against Staphylococcus aureus (including both methicillin-susceptible S. aureus [MSSA] and methicillin-resistant S. aureus [MRSA]), coagulase-negative staphylococci, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus anginosus group, &#946;-hemolytic streptococci and vancomycin susceptible enterococci. Similar to other recent lipoglycopeptide agents, optimization of CLSI and ISO broth susceptibility test methods includes the use of dimethyl sulfoxide (DMSO) as a solvent when preparing stock solutions and polysorbate 80 (P80) to alleviate adherence of the agent to plastic. Prior to the clinical studies and during the initial development of dalbavancin, susceptibility studies were not performed with the use of P-80 and MIC results tended to be 2-4 fold higher and similarly higher MIC results were obtained with the agar dilution susceptibility method. Dalbavancin was first included in CLSI broth microdilution methodology tables in 2005 and amended in 2006 to clarify use of DMSO and P-80. The broth microdilution (BMD) procedure shown here is specific to dalbavancin and is in accordance with the CLSI and ISO methods, with step-by-step detail and focus on the critical steps added for clarity.

A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobically

Here, we present a protocol for determination of dalbavancin susceptibility of clinically relevant Gram-positive bacteria using a broth microdilution reference methodology.

مرجع مرق الطريقة Microdilution لDalbavancin<em&gt; في المختبر</em&gt; حساسية اختبار من البكتيريا التي تنمو هوائيا

Antimicrobial susceptibility testing (AST) is performed to assess the in vitro activity of antimicrobial agents against various bacteria. The AST results, ...

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in immunocompromised patients. In most cases only few data, mostly published as case reports, are available which investigate the role of such pathogens as an infectious agent. Therefore, in order to clarify the pathogenic character of such microorganisms, it is necessary to conduct epidemiologic studies which include large numbers of these bacteria. The methods used in such a surveillance study have to meet the following criteria: the identification of the strains has to be accurate according to the valid nomenclature, they should be easy to handle (robustness), economical in routine diagnostics and they have to generate comparable results among different laboratories. Generally, there are three strategies for identifying bacterial strains in a routine setting: 1) phenotypic identification characterizing the biochemical and metabolic properties of the bacteria, 2) molecular techniques such as 16S rRNA gene sequencing and 3) mass spectrometry as a novel proteome based approach. Since mass spectrometry and molecular approaches are the most promising tools for identifying a large variety of bacterial species, these two methods are described. Advances, limitations and potential problems when using these techniques are discussed.

Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and molecular techniques (16S rRNA gene sequencing) permit the identification of rare bacterial pathogens in routine diagnostics. The goal of this protocol lies in the combination of both techniques which leads to more accurate and reliable data.

تحديد مسببات الأمراض البكتيرية النادرة التي 16S الريباسي جين تسلسل وMALDI-TOF MS

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

Culture of Macrophage Colony-stimulating Factor Differentiated Human Monocyte-derived Macrophages

A protocol is presented for cell culture of macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) differentiated human monocyte-derived macrophages. For initiation of experiments, fresh or frozen monocytes are cultured in flasks for 1 week with M-CSF to induce their differentiation into macrophages. Then, the macrophages can be harvested and seeded into culture wells at required cell densities for carrying out experiments. The use of defined numbers of macrophages rather than defined numbers of monocytes to initiate macrophage cultures for experiments yields macrophage cultures in which the desired cell density can be more consistently attained. Use of cryopreserved monocytes reduces dependency on donor availability and produces more homogeneous macrophage cultures.

A protocol is presented for cell culture of macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) differentiated human monocyte-derived macrophages. The protocol utilizes cryopreservation of monocytes coupled with their bulk differentiation into macrophages. Then harvested macrophages can then be seeded into culture wells at required cell densities for carrying out experiments.

ثقافة الضامة الوحيدات المستمدة-بلعم مستعمرة تحفيز عامل متباينة الإنسان

A protocol is presented for cell culture of macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) differentiated human monocyte-derived macrophages. For initiation ...

Dextran Enhances the Lentiviral Transduction Efficiency of Murine and Human Primary NK Cells

The efficient transduction of specific genes into natural killer (NK) cells has been a major challenge. Successful transductions are critical to defining the role of the gene of interest in the development, differentiation, and function of NK cells. Recent advances related to chimeric antigen receptors (CARs) in cancer immunotherapy accentuate the need for an efficient method to deliver exogenous genes to effector lymphocytes. The efficiencies of lentiviral-mediated gene transductions into primary human or mouse NK cells remain significantly low, which is a major limiting factor. Recent advances using cationic polymers, such as polybrene, show an improved gene transduction efficiency in T cells. However, these products failed to improve the transduction efficiencies of NK cells. This work shows that dextran, a branched glucan polysaccharide, significantly improves the transduction efficiency of human and mouse primary NK cells. This highly reproducible transduction methodology provides a competent tool for transducing human primary NK cells, which can vastly improve clinical gene delivery applications and thus NK cell-based cancer immunotherapy.

The goal of this study was to formulate technologies that allow for successful gene transduction in primary natural killer (NK) cells. The dextran-mediated lentiviral transduction of human or mouse primary NK cells results in higher gene expression efficiencies. This method of gene transduction will vastly improve NK cell genetic manipulation.

ديكستران يعزز كفاءة توصيل لينتيفيرال الخلايا ناغورني كاراباخ الابتدائي مورين والبشرية

The efficient transduction of specific genes into natural killer (NK) cells has been a major challenge. Successful transductions are critical to defining ...