This study was supported by a Merit Award from the U.S. Department of Veterans Affairs, and an NIH grant R01CA1385282522717 to RW.

1. إعداد المواد والكواشف <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمية كل بئر من زراعة الأنسجة تعامل وحة 6 جيدا بشكل مناسب لكل خط الخلية أو حالة قيد التحقيق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 2X مستنبت الخلايا عن طريق إذابة 1 غرام من مسحوق المتوسطة و 0.2 غرام من بيكربونات الصوديوم في دي المتأينة المياه إلى الحجم النهائي من 50 مل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمر هذه الوسيلة من خلال مرشح 0.2 ميكرون لتعقيم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة مكونات إضافية لازمة لثقافة طبيعية للخط الخلوي من الفائدة. على سبيل المثال، تنمو CMT خط 167 خلية في المتوسط ​​1640 RPMI تستكمل مع FBS 10٪ و 1٪ البنسلين / الستربتومايسين حل. المتوسط ​​الدافئة إلى 37 درجة مئوية في حمام الماء الساخن قبل استخدامها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1X خلية ثقافة المتوسط ​​بشكل منفصل كما تفعل لزراعة الخلايا العادية من خط خلية من الفائدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1٪ أجار النبيل بإضافة 1 غرام من أجار نبيلة إلى 100 مل من الماء منزوع الأيونات. ملاحظة: سوف نوبل أجار لا تذوب تماما مع الانفعالات وحدها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد0.6٪ نبيلة أجار عن طريق إضافة 0.6 غرام من أجار نبيلة إلى 100 مل من الماء دي المتأينة. كلا الحلول أجار ويمكن إجراء في 100 مل زجاجة الزجاج مع الأغطية محكمة السد للتخزين على المدى الطويل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الأوتوكلاف خلطات آغار النبيلة لتعقيم. هذه الخلطات يمكن إجراء في وقت مبكر وتخزينها في 4 درجات مئوية ولكن يجب أن يكون ساخنا مرة أخرى في وقت التجربة حتى يذوب تماما أجار. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحضير محلول كلوريد تترازوليوم نتروبلو بجعل 1 ملغ / مل محلول المخزون في برنامج تلفزيوني 1X (8 ز كلوريد الصوديوم، 0.2 غرام بوكل، 1.44 ز نا 2 هبو 4 و 0.24 غرام KH 2 PO 4 في H 2 O إلى الحجم النهائي من 1000 مل ). وسوف تستخدم هذه في نهاية التجربة وصمة عار على المستعمرات. </li></ol> 2. تصفيح من طبقة سفلية من آجار <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ترخي الغطاء على زجاجة من 1٪ أجار النبيل والميكروويف لمدة 1-2 دقيقة. في حين تسخين في الميكروويف، ومراقبة عن كثب الحل لتجنب غليان. مواصلة التدفئة، في حين خلط متقطع،حتى يذوب تماما أجار والحل واضح. ملاحظة: استخدم قفازات مقاومة للحرارة للتعامل مع قارورة بعد التسخين. الفشل في القيام بذلك قد يؤدي إلى حرق أو إصابة خطيرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع ذاب حل أجار وقبل تحسنت مستنبت 2X في دلو الجليد مملوءة ماء الصنبور الساخن (42 درجة مئوية). وضع أيضا أنبوب مخروطي 50 مل في حامل أنبوب في دلو الثلج مع الماء الساخن. دلو لنقل ثقافة خلية غطاء للخطوات اللاحقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للطبقة السفلية من أجار، سوف تحتاج 1.5 مل من مزيج من أجار والمتوسطة في بئر من لوحة 6 جيدا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لضمان وجود كمية كافية من هذا الخليط، وإعداد ما مجموعه 12 مل لكل لوحة 6 جيدا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نبدأ بإضافة 6 مل من مستنبت إلى 50 مل أنبوب مخروطي ثم 6 مل من 1٪ الحل أجار النبيل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عكس أنبوب مخروطي عدة مرات لخلط. سوف نعمل بخطى سريعة منع تصلب المبكر للأجار لينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع ما يقرب من 5.5 مل من الخليط في 5 مل بي المصليةpette. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السماح لفقاعات الهواء لترتفع إلى أعلى العمود ماصة قبل إيداع 1.5 مل من هذا الخليط في كل بئر. توخي الحذر لتجنب ترسب أي فقاعات الهواء في الآبار لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغطية لوحات والسماح خليط أجار ليصلب في درجة حرارة الغرفة، في الثقافة خلية غطاء محرك السيارة، لمدة 30 دقيقة. </li></ol> 3. طلاء الطبقة العليا من الخلايا التي تحتوي على آجار <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة وقد عززت الطبقة السفلى من أجار، يبدأ التحضير للطبقة العليا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أولا، من قبل خلايا الحصاد trypsinization وتمييع لهم 1: 5 في مستنبت (مثلا 1 مل من التربسين، إضافة 4 مل من المتوسط) في 15 مل أنبوب مخروطي الشكل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عد الخلايا وحساب عدد الخلايا اللازمة لكل بئر لإعداد تعليق خلية النهائي في هذا الوقت. وهذا العدد تختلف تبعا لنوع الخلية. استخدام 5000 خلية / كذلك نقطة انطلاق وتعديل حسب الحاجة. لذلك عدد الخلايا، وكنت إعداد تعليق خلية من 6667 خلية / مل (أي كل أهلا وسهلاسوف يحصل ل 0.75 مل من هذا التعليق و 0.75 مل من أجار لإجمالي حجم 1.5 مل. وسيتم أيضا تركيز خلايا تخفيفه 1: 2 لعدد الخلايا الكلي للنهائي 5000). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فإن حجم التعليق الخلية اللازمة لكل بئر من لوحة 6 جيدا مرة أخرى تكون 1.5 مل. إعداد تعليق خلية إضافي بقيمة 12 مل لكل لوحة 6 جيدا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تذوب 0.6٪ محلول أجار في الميكروويف على النحو الوارد أعلاه ووضعها في دلو الثلج التي تحتوي على الماء الساخن مع 50 مل أنبوب مخروطي الشكل في حامل أنبوب وتعليق خلية النهائي من الخطوة 3.3. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل دلو الثلج ذاب مع 0.6٪ أجار لغطاء محرك السيارة زراعة الخلايا لخطوات لاحقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مزيج 0.6٪ أجار وتعليق خلية في نسبة 1: 1، وإعداد إجمالي حجم 12 مل لكل لوحة 6 جيدا. سيطلب 1.5 مل لكل بئر ولكن خارج ينبغي أن تدلي على النحو الوارد أعلاه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة 6 مل من تعليق الخلية في أنبوب مخروطي 50 مل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ثم، تضاف 6 مل من 0.6٪ أجار للأنبوب. ملاحظة: يجب أن تكون درجة حرارة هذا الخليطأبقى حوالي 42 درجة مئوية لتفادي تصلب سابق لأوانه وتعظيم بقاء الخلية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العمل بسرعة، ماصة هذا الخليط 2-3x لتوزيع الخلايا، ثم وضع 5.5 مل من الخليط في 5 مل ماصة المصلية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يسمح أي فقاعات الهواء لترتفع إلى أعلى العمود ماصة قبل إيداع 1.5 مل من هذا الخليط في كل بئر. توخي الحذر لتجنب ترسب أي فقاعات الهواء في الآبار لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السماح للخليط خلية / أجار ليصلب في درجة حرارة الغرفة، في الثقافة خلية غطاء محرك السيارة، لمدة 30 دقيقة قبل ان يضع الى 37 درجة مئوية الثقافة ترطيب الخلية الحاضنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الوقت اللازم لتشكيل مستعمرة يختلف كاف لكل خط الخلية، عادة حوالي 21 يوما. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ينبغي الحفاظ على طبقة المتوسطة من النمو خلال الطبقة العليا من أجار لمنع جفاف. 100 ميكرولتر من المتوسط ​​أضاف مرتين أسبوعيا كافية لهذا الغرض. </li></ol> 4. تلطيخ لوحات وعد المستعمرات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> خلايا صمة عار وذلك بإضافة 200 _6؛ لتر من محلول كلوريد تترازوليوم نتروبلو لكل بئر واحتضان لوحات بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة هي ملطخة المستعمرات، والتقاط صور فوتوغرافية من الآبار باستخدام تصوير والاعتماد المستعمرات باستخدام برمجيات تحليل الصور. </li></ol>

<ol>
	<li>Puck, T. T., Marcus, P. I., Cieciura, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clonal+growth+of+mammalian+cells+in+vitro;+growth+characteristics+of+colonies+from+single+HeLa+cells+with+and+without+a+feeder+layer.">Clonal growth of mammalian cells in vitro; growth characteristics of colonies from single HeLa cells with and without a feeder layer.</a> J Exp Med. 103, 273-283 (1956).</li><li>Taddei, M. L., Giannoni, E., Fiaschi, T., Chiarugi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anoikis:+an+emerging+hallmark+in+health+and+diseases.">Anoikis: an emerging hallmark in health and diseases.</a> The Journal of pathology. 226, 380-393 (2012).</li><li>Wend, P., Holland, J. D., Ziebold, U., Birchmeier, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt+signaling+in+stem+and+cancer+stem+cells.">Wnt signaling in stem and cancer stem cells.</a> Semin Cell Dev Biol. 21, 855-863 (2010).</li><li>Reya, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+role+for+Wnt+signalling+in+self-renewal+of+haematopoietic+stem+cells.">A role for Wnt signalling in self-renewal of haematopoietic stem cells.</a> Nature. 423, 409-414 (2003).</li><li>Klaus, A., Birchmeier, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt+signalling+and+its+impact+on+development+and+cancer.">Wnt signalling and its impact on development and cancer.</a> Nat Rev Cancer. 8, 387-398 (2008).</li><li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt/beta-catenin+signaling+in+development+and+disease.">Wnt/beta-catenin signaling in development and disease.</a> Cell. 127, 469-480 (2006).</li><li>Takahashi-Yanaga, F., Kahn, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+Wnt+signaling:+can+we+safely+eradicate+cancer+stem+cells.">Targeting Wnt signaling: can we safely eradicate cancer stem cells.</a> Clin Cancer Res. 16, 3153-3162 (2010).</li><li>De, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt/Ca2++signaling+pathway:+a+brief+overview.">Wnt/Ca2+ signaling pathway: a brief overview.</a> Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 43, 745-756 (2011).</li><li>Tennis, M. A., Vanscoyk, M. M., Wilson, L. A., Kelley, N., Winn, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methylation+of+Wnt7a+is+modulated+by+DNMT1+and+cigarette+smoke+condensate+in+non-small+cell+lung+cancer).">Methylation of Wnt7a is modulated by DNMT1 and cigarette smoke condensate in non-small cell lung cancer).</a> PLoS One. 7, (2012).</li><li>Winn, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Restoration+of+Wnt-7a+expression+reverses+non-small+cell+lung+cancer+cellular+transformation+through+frizzled-9-mediated+growth+inhibition+and+promotion+of+cell+differentiation.">Restoration of Wnt-7a expression reverses non-small cell lung cancer cellular transformation through frizzled-9-mediated growth inhibition and promotion of cell differentiation.</a> J Biol Chem. 280, 19625-19634 (2005).</li><li>Winn, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumorigenic+effect+of+Wnt+7a+and+Fzd+9+in+non-small+cell+lung+cancer+cells+is+mediated+through+ERK-5-dependent+activation+of+peroxisome+proliferator-activated+receptor+gamma.">Antitumorigenic effect of Wnt 7a and Fzd 9 in non-small cell lung cancer cells is mediated through ERK-5-dependent activation of peroxisome proliferator-activated receptor gamma.</a> J Biol Chem. 281, 26943-26950 (2006).</li><li>Tennis, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sprouty-4+inhibits+transformed+cell+growth,+migration+and+invasion,+and+epithelial-mesenchymal+transition,+and+is+regulated+by+Wnt7A+through+PPARgamma+in+non-small+cell+lung+cancer.">Sprouty-4 inhibits transformed cell growth, migration and invasion, and epithelial-mesenchymal transition, and is regulated by Wnt7A through PPARgamma in non-small cell lung cancer.</a> Mol Cancer Res. 8, 833-843 (2010).</li><li>Steele, J. G., Rowlatt, C., Sandall, J. K., Franks, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+surface+properties+of+high-+and+low-metastatic+cell+lines+selected+from+a+spontaneous+mouse+lung+carcinoma.">Cell surface properties of high- and low-metastatic cell lines selected from a spontaneous mouse lung carcinoma.</a> Int J Cancer. 32, 769-779 (1983).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

تأكيدا من المختبر وظيفة الورم القمعية من البروتينات مما يشير أمر صعب. واحدة من فحوصات أكثر صرامة المتاحة لتحقيق هذه الخاصية هي لينة أجار تشكيل مستعمرة الفحص. هنا، ونحن قد يتضح لينة أجار الفحص تشكيل مستعمرة باستخدام سرطان الرئة خط الخلية الفئران overexpressing مستقر Wnt7a وFzd9 مقارنة الوالدين خط الخلية CMT167 لها. هناك العديد من النقاط الهامة التي يجب مراعاتها فيما يتعلق الفحص أجار لينة. الخطوة الأكثر أهمية في هذا الاختبار يتم طلاء الخلايا. يجب أن يكون عدد خلايا دقيقة، ويجب ألا يكون الحل أجار حار جدا. إذا لم يتم تشكيل المستعمرات، قد تعرض للتلف الخلايا بسبب إجهاد الحراري. في هذه الحالة، ينبغي تكرار الفحص، وأخذ الاحتياطات اللازمة للحفاظ على درجة حرارة أجار أقرب إلى 42 درجة مئوية وقت ممكن. بدلا من ذلك، يمكن مطلي عدد أكبر من الخلايا. وهناك قيود قليلة على فحص أجار لينة.واحد مثل هذا التقييد هو ان الامر يستغرق أسبوعين إلى ثلاثة أسابيع لاستكمالها. آخر هو أنه لا يسمح لاسترجاع الخلايا عند الانتهاء. إدخال تعديلات على هذه التقنية توظف الحلول المتخصصة أجار للسماح للخلايا أن تحصد لالحمض النووي أو البروتين عند اكتمال الفحص. طرق بديلة تستخدم أيضا صبغة فلوروميتريك للسماح لفحوصات إنتاجية عالية. مع ذلك، يبقى لينة أجار تشكيل مستعمرة الفحص التقليدي واحدا من أكثر الاختبارات صرامة لتأكيد نمو الخلايا مرسى مستقلة.

لينة أجار تشكيل مستعمرة الفحص هو أسلوب يستخدم على نطاق واسع لتقييم التحول الخلوي في المختبر. تاريخيا، تم استخدام فحص آخر، لفحص مولد الرمع، التي وصفها الصولجان وآخرون في عام 1956 لتقييم قدرة الخلايا على تكوين مستعمرات 1. في هذه التقنية، وفرقت الخلايا على لوحة الثقافة، وتنمو في وجود الخلايا المغذية &quot;أو المتوسطة مكيفة لتوفير عوامل النمو اللازمة. كان الحد من هذه التقنية أنها قدمت فقط المعلومات المتعلقة تشكيل مستعمرة. يتم منع الخلايا الطبيعية من النمو مرسى مستقل، نظرا لنوع معين من الموت أفكارك، ودعا anoikis 2. ومع ذلك، تحولت الخلايا لديها القدرة على النمو والانقسام من دون ملزم لالركيزة. للاستفادة من هذا المفهوم، طور الباحثون لينة أجار تشكيل مستعمرة الفحص. ومنذ ذلك الحين تم تعديل أجار لينة تشكيل مستعمرة الفحص، في السنوات الأخيرة، من أجل التصدي ليرة سوريةاحتياجات ecific. تباين واحد ينطوي على دمج صبغة فلوروميتريك للسماح الإنتاجية العالية مستعمرة العد. اختلاف آخر ينطوي استخدام الحل أجار متخصص للسماح للاسترجاع من خلايا قابلة للحياة بعد تشكيل مستعمرة عندما تكون هناك حاجة البروتين أو الحمض النووي العينات. في أجار لينة تشكيل مستعمرة الفحص التقليدي، وتزرع الخلايا في طبقة من أجار لينة مختلطة مع خلية ثقافة المتوسط ​​الذي يرتكز على طبقة أخرى من أجار لينة، ويخلط أيضا مع خلية ثقافة المتوسط، ولكن تحتوي على تركيز أعلى من أجار. هذا يمنع الخلايا من الانضمام إلى لوحة الثقافة، ولكن يسمح تحول الخلايا لتشكل مستعمرات مرئية. الأساس المنطقي وراء هذه التقنية هو أن الخلايا الطبيعية تعتمد على الخلية إلى خارج الخلية اتصال مصفوفة لتكون قادرة على النمو والانقسام. على العكس، تحول الخلايا لديها القدرة على النمو والانقسام بغض النظر عن البيئة المحيطة بهم. وبالتالي، كانت خلايا قادرة على تشكيل مستعمرات بطريقة مستقلة ج-مرسىonsidered أن تتحول ومسرطنة. الهدف العام من هذه الطريقة هو قياس هذه القدرة في الخلايا بطريقة شبه الكمية وصرامة. إشارات الطريق WNT أمر بالغ الأهمية في التطور الجنيني، وغالبا ما ينظم دي في تكون الأورام 3-6. هناك مسارات متعددة ترتبط مع إشارات WNT. مسار قانوني ينطوي على إشارات WNT وتنظيم النسخ الجيني المصب من خلال آثاره على coactivator النسخي بيتا كاتينين. Wnts أيضا إشارة من خلال عدة مسارات غير متعارف عليها، على سبيل المثال، في مسار مستو قطبية الخلية، والذي ينظم العناصر المتورطة في بنية هيكل الخلية 7، ومسار WNT الكالسيوم، الذي ينظم إطلاق الكالسيوم من الشبكة الإندوبلازمية 8. بروابط WNT تمارس أنشطتها من خلال ربط مستقبلات Frizzled. على الرغم من أن عدة Wnts وقد ثبت أن upregulated في سرطان الرئة، وقد تبين Wnt7a أن ينظم إلى أسفل في غير األصغرل خلية سرطان الرئة من خلال المروج مثيلة 9. Wnt7a تربط Fzd9 وبمثابة القامع الورم من خلال مسار غير متعارف عليه. استعادة WNT-7A وFZD-9 يمنع نمو خلايا غير صغيرة خلية سرطان الرئة 10. وتوسط آثار Wnt7a / Fzd9 من خلال تفعيل إرك-5، والذي بدوره، ينشط بيروكسية تنشيط مستقبلات ناشر γ (PPARγ) 11،12. هنا، وتبين لنا أن overexpression من Wnt7a وFzd9 النتائج في قمع النمو مرسى مستقل لسرطان الرئة خط الخلية الفئران. تم اشتقاق خلايا CMT167 الفئران من سرطان الرئة في C57BL / 13 الفئران lcrf وكانت ستابلي مع Wnt7A وFzd9. وقد أكد overexpression من Wnt7A وFzd9 بواسطة الكمي-PCR (Q-PCR) وظائف Wnt7A وFzd9 overexpression وأكد من خلال تفعيل المصب من PPARγ.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="573">
	<tbody>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:71px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Cancer Cell Line of Interest</td>
			<td style="width:71px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">10032302</td>
			<td>CMT-167 Cells</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Powdered RPMI 1640 Medium</td>
			<td style="width:71px;">Gibco</td>
			<td style="width:119px;">31800-089</td>
			<td style="width:167px;">Used to prepare 2X cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Liquid RPMI 1650 Medium</td>
			<td style="width:71px;">Cellgro</td>
			<td style="width:119px;">10-040-CV</td>
			<td style="width:167px;">Referred to as 1X cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td style="width:71px;">HyClone</td>
			<td style="width:119px;">SH30910.03</td>
			<td style="width:167px;">Used to supplement cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Penicillin/Streptomycin</td>
			<td style="width:71px;">CellGro</td>
			<td style="width:119px;">30-002-Cl</td>
			<td style="width:167px;">Used in cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">Difco Noble Agar</td>
			<td style="width:71px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">214230</td>
			<td style="width:167px;">Used to prepare 1.0% and 0.6% Agar.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Sodium Bicarbonate</td>
			<td style="width:71px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">BP-328-1</td>
			<td style="width:167px;">Used in 2X cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Trypsin</td>
			<td style="width:71px;">Cellgro</td>
			<td style="width:119px;">25-050-Cl</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Sterile Bottle-Top Filters</td>
			<td style="width:71px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">09-761-126</td>
			<td style="width:167px;">Used to sterile filter 2X medium.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Lipofectamine Reagent</td>
			<td style="width:71px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">18324-020</td>
			<td style="width:167px;">Used in PPAR-RE luciferase assay.</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">6-well Plates Tissue-culture Treated</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">37 degree C/5% CO2 Incubator</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Chemi-Doc Imager</td>
			<td style="width:71px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">Used to take pictures of colonies.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Quantity One Software</td>
			<td style="width:71px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">Used to count cell colonies.</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">15mL Conical Tubes</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">50mL Conical Tubes</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">250mL Erlenmeyer Flasks</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Microwave</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">5mL Serological Pipettes</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Pipette Aid</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Micropipette</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Hemacytometer w/ cover slip</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Pipette Tips</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Inverted Light Microscope</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Heat-Resistant Gloves</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Saran Wrap</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Ice Bucket</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the soft agar colony formation assay

Anchorage-independent growth is the ability of transformed cells to grow independently of a solid surface, and is a hallmark of carcinogenesis. The soft agar colony formation assay is a well-established method for characterizing this capability in vitro and is considered to be one of the most stringent tests for malignant transformation in cells. This assay also allows for semi-quantitative evaluation of this capability in response to various treatment conditions. Here, we will demonstrate the soft agar colony formation assay using a murine lung carcinoma cell line, CMT167, to demonstrate the tumor suppressive effects of two members of the Wnt signaling pathway, Wnt7A and Frizzled-9 (Fzd-9). Concurrent overexpression of Wnt7a and Fzd-9 caused an inhibition of colony formation in CMT167 cells. This shows that expression of Wnt7a ligand and its Frizzled-9 receptor is sufficient to suppress tumor growth in a murine lung carcinoma model.

التعبير عن Wnt7A وFzd9 في CMT167 خلايا فعال في قمع الورم كما هو موضح لدينا أجار لينة تشكيل مستعمرة الفحص. مبدئيا، استخدمنا Q-PCR لإظهار أن يتم التعبير عن Wnt7A وFzd9 مرنا في مستويات منخفضة في CMT167 الخلايا. أظهرت خلايا CMT167 مستويات منخفضة من الذاتية Wnt7A وFzd9 بالمقارنة مع MLE 12 الخلايا، والفئران الظهارية الرئة خط الخلية تتحول SV40 (الشكل 1). ثم نحن transfected CMT167 الخلايا مع اثنين من ناقلات overexpression فيروسات معربا عن يبني الإنسان من Wnt7A (LNCX-Wnt7A) وFzd9 (LPCX-Fzd9) لإنشاء خط الخلية مستقرة التي تعبر عن كل من Wnt7A وFzd9 (CMT LL Wnt7a / Fzd9). أكدنا التعبير عن Wnt7A وFzd9 التي كتبها Q-PCR في هذا الخط الخلية (الشكل 2). كما أظهرت عملنا السابق، PPARγ هو المستجيب المصب Wnt7A / Fzd9 الإشارات. مسارات الإشارات WNT متنوعة. لذا، يجب أن يكون التعبير السليم وتفعيل معين WNT والمستقبلة لها FZD الحميرالحوار الاقتصادي الاستراتيجي باستخدام المستجيب المصب ما هو معروف لتفعيلها من قبل الزوج WNT / FZD من الفائدة. لWnt7A وFzd9، تم اختيار PPARγ لهذا السبب. نحن transfected CMT167 خلايا overexpressing ناقلات الفارغة (LNCX / LPCX) أو Wnt7A / Fzd9 مع مراسل بناء luciferase المراسل تحتوي على عنصر استجابة PPARγ. أظهرنا أن لدينا / Fzd9 خط الخلية CMT167 LL Wnt7A كان تقريبا ستة أضعاف زيادة النشاط PPAR-RE (الشكل 3). أخيرا، وكما ذكرنا سابقا، لتأكيد النشاط ورم القامع للWnt7A وFzd9 في المختبر، أجرينا لينة أجار تشكيل مستعمرة الفحص. يعبرون عن CMT167 النواقل وWnt7A / Fzd9 معربا تم مطلي خطوط الخلايا مستقرة على لوحات أجار لينة وسمح لتشكيل المستعمرات لمدة يومين أو ثلاثة أسابيع. خلايا CMT167 LL Wnt7A / Fzd9 شكلت أقل بكثير المستعمرات بالمقارنة مع خلايا transfected ناقلات، مما يدل على وظيفة ورم القامع للWnt7A وFzd9 (الشكل 4). تم التقاط الصور من كل لوحات، وcolonieاحصي S باستخدام تصوير والتصوير البرامج. <img alt="الشكل 1" src="/files/ftp_upload/51998/51998fig1highres.jpg" /> الشكل 1: انخفض مستويات Wnt7A وFzd9 مرنا في الخلايا CMT167 مقارنة MLE 12 خلايا تم إجراء تحليل Q-PCR لتحديد مستويات مرنا من Wnt7a وFzd9 لتطبيع GAPDH. وتمت مقارنة مستويات في CME167 خلايا سرطان الرئة الفئران لتلك الموجودة في MLE 12 رئة الفئران الخلايا الظهارية، تحولت SV40، والتي كانت تطبيع 1.0. أظهرت خلايا CMT167 مستويات أقل من Wnt7a (A) وFzd9 (ب) مرنا مقارنة MLE 12 الخلايا. <img alt="الرقم 2" src="/files/ftp_upload/51998/51998fig2highres.jpg" /> الشكل 2: قدمت Wnt7A / Fzd9 overexpression مستقر يبني الإنسان overexpression من Wnt7a / Fzd9 في CMT167 LL Wnt7a / Fzd9 خط الخلية مستقرة باستخدام LN.<html> CX ناقلات فيروسات. تم تنفيذ Q-PCR لWnt7A وFzd9، وكانت مستويات مرنا لتطبيع GAPDH في خالي ناقلات الخلايا المصابة بالعدوى بالنقل وWnt7A / Fzd9 خلايا overexpressing. خلايا CMT167 LL Wnt7a / Fzd9 أعربت مستويات عالية من Wnt7a (A) وFzd9 (ب) مرنا. <img alt="الرقم 3" src="/files/ftp_upload/51998/51998fig3highres.jpg" /> ارتفعت CMT167 Wnt7a / Fzd9 overexpressing مستقر المعارض خط الخلية PPAR-RE نشاط المروج و transfected CMT167 LL Wnt7a / Fzd9 أو ناقلات الفارغة CMT167 LNCX / LPCX خلايا overexpressing مستقرة مع استجابة PPAR عنصر المروج luciferase المراسل البلازميد باستخدام كاشف Lipofectamine: الرقم 3. وكان كميا النشاط المروج مقارنة مع خلايا transfected ناقلات، حيث تم تطبيع نشاط المروج إلى 1.0. CMT167 LL Wnt7a / أظهرت Fzd9 خلايا overexpressing مستقرة بزيادة حوالي ستة أضعاف في PPAR نشاط المروج. _content &quot;FO: المحافظة على together.within صفحة =&quot; دائما &quot;&gt; <img alt="الرقم 4" src="/files/ftp_upload/51998/51998fig4highres.jpg" /> تم مطلي ينة آجار مستعمرة تشكيل الفحص لل، معربا عن ناقلات CMT167 LNCX / LPCX الخلايا وCMT167 LL Wnt7a / Fzd9 overexpressing خلايا CMT167 LNCX / LPCX الخلايا، معربا عن المتجهات وCMT167 LL Wnt7A / Fzd9 overexpressing الخلايا في الناعمة تشكيل مستعمرة أجار: الرقم 4. فحص في بروتوكول المذكورة أعلاه. CMT167 LL Wnt7A / أظهرت خلايا Fzd9 انخفاض ملحوظ في تشكيل مستعمرة. آبار تمثيلية تظهر المستعمرات لكل خط الخلية. الصورة الآبار هي تمثيلية من ثلاث تجارب مستقلة.

Watch this Scientific Journal Video about The Soft Agar Colony Formation Assay at JoVE.com

The Soft Agar Colony Formation Assay

The soft agar colony formation assay is a method used to confirm cellular anchorage-independent growth in vitro. The goal of this protocol is to illustrate a stringent method for the detection of the tumorigenic potential of transformed cells and the tumor suppressive effects of proteins on transformed cells.

تشكيل مستعمرة الفحص لينة آجار

Anchorage-independent growth is the ability of transformed cells to grow independently of a solid surface, and is a hallmark of carcinogenesis. The soft ...

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

111.1K Views.  University of Illinois at Chicago. The soft agar colony formation assay is a method used to confirm cellular anchorage-independent growth in vitro. The goal of this protocol is to illustrate a stringent method for the detection of the tumorigenic potential of transformed cells and the tumor suppressive effects of proteins on transformed cells.

Video: The Soft Agar Colony Formation Assay

Assay for Adhesion and Agar Invasion in S. cerevisiae

Yeasts are found in natural biofilms, where many microorganisms colonize surfaces. In artificial environments, such as surfaces of man-made objects, biofilms can reduce industrial productivity, destroy structures, and threaten human life. 1-3 On the other hand, harnessing the power of biofilms can help clean the environment and generate sustainable energy. 4-8
The ability of S. cerevisiae to colonize surfaces and participate in complex biofilms was mostly ignored until the rediscovery of the differentiation programs triggered by various signaling pathways and environmental cues in this organism. 9, 10 The continuing interest in using S. cerevisiae as a model organism to understand the interaction and convergence of signaling pathways, such as the Ras-PKA, Kss1 MAPK, and Hog1 osmolarity pathways, quickly placed S. cerevisiae in the junction of biofilm biology and signal transduction research. 11-20 To this end, differentiation of yeast cells into long, adhesive, pseudohyphal filaments became a convenient readout for the activation of signal transduction pathways upon various environmental changes. However, filamentation is a complex collection of phenotypes, which makes assaying for it as if it were a simple phenotype misleading. In the past decade, several assays were successfully adopted from bacterial biofilm studies to yeast research, such as MAT formation assays to measure colony spread on soft agar and crystal violet staining to quantitatively measure cell-surface adherence. 12, 21 However, there has been some confusion in assays developed to qualitatively assess the adhesive and invasive phenotypes of yeast in agar.
Here, we present a simple and reliable method for assessing the adhesive and invasive quality of yeast strains with easy-to-understand steps to isolate the adhesion assessment from invasion assessment. Our method, adopted from previous studies, 10, 16 involves growing cells in liquid media and plating on differential nutrient conditions for growth of large spots, which we then wash with water to assess adhesion and rub cells completely off the agar surface to assess invasion into the agar. We eliminate the need for streaking cells onto agar, which affects the invasion of cells into the agar. In general, we observed that haploid strains that invade agar are always adhesive, yet not all adhesive strains can invade agar medium. Our approach can be used in conjunction with other assays to carefully dissect the differentiation steps and requirements of yeast signal transduction, differentiation, quorum sensing, and biofilm formation.

We describe a qualitative assay for yeast adhesion and agar invasion as a measure of invasive and pseudohyphal differentiation. This simple assay can be used to assess the invasive phenotype of various mutants as well as the effects environmental cues and signaling pathways on yeast differentiation.

مقايسة للالتصاق وغزو آجار في البيرة س.

Yeasts are found in natural biofilms, where many microorganisms colonize surfaces. In artificial environments, such as surfaces of man-made objects, ...

Supported Planar Bilayers for the Formation of Study of Immunological Synapses and Kinapse

Supported planar bilayers are powerful tools that can be used to model the molecular interactions in an immunological synapse.   To mimic the interactions between lymphocytes and antigen presenting cells, we use Ni2+-chelating lipids to anchor recombinant cell adhesion and MHC proteins to the upper leaflet of a bilayer with poly-histidine tags. Planar bilayers are generated by preparing lipid, treating the glass surfaces where the bilayer will form, and then forming the bilayer in a specialized chamber containing a flow-cell where the lymphocytes will be added.  Then, bilayers are charged with Ni and his-tagged recombinant proteins are added.  Finally,  lymphocytes are injected into the flow cell and TIRF microscopy can be used to image synapse formation and the mechanisms that control T cell locomotion, sites of receptor sorting,  and sites of receptor degradation.

Supported planar bilayers are powerful tools that can be used to model the molecular interactions in an immunological synapse. Here, we show methods for anchoring cell adhesion proteins known to modulate synapse formation to the upper leaflet of the lipid bilyer and visualize synapse formation using TIRF microscopy.

مستو طبقات ثنائية لدعم تشكيل لدراسة نقاط الاشتباك العصبي والمناعي Kinapse

Supported planar bilayers are powerful tools that can be used to model the molecular interactions in an immunological synapse.   To mimic the interactions ...

Isolating Stem Cells from Soft Musculoskeletal Tissues

Adult stem cells have long been discussed in regards to their application in regenerative medicine. Adult stem cells have generated a great deal of excitement for treating injured and diseased tissues due to their impressive capabilities to undergo multi-lineage cell differentiation and their self-renewal ability. Most importantly, these qualities have made them advantageous for use in autologous cell transplantation therapies. The current protocol will introduce the readers to the modified preplate technique where soft tissues of the musculoskeletal system, e.g. tendon and muscle, are 1st enzymatically dissociated and then placed in collagen coated flasks with medium. The supernatant, which is composed of medium and the remaining floating cells, is serially transferred daily to new flasks. The stem cells are the slowest to adhere to the flasks which is usually takes 5-7 days (serial transfers or preplates) . By using this technique, adult stem cells present in these tissues can be easily harvested through fairly non-invasive procedures.

Isolating adult stem cells from musculoskeletal soft tissues based on the cell's adherence speed to flask.

عزل الخلايا الجذعية من أنسجة العظام والعضلات الناعمة

Adult stem cells have long been discussed in regards to their application in regenerative medicine. Adult stem cells have generated a great deal of ...

RhoC GTPase Activation Assay

RhoC GTPase has 91% homology to RhoA GTPase. Because of its prevalence in cells, many reagents and techniques for RhoA GTPase have been developed. However, RhoC GTPase is expressed in metastatic cancer cells at relatively low levels. Therefore, few RhoC-specific reagents have been developed. We have adapted a Rho activation assay to detect RhoC GTPase. This technique utilizes a GST-Rho binding domain fusion protein to pull out active RhoC GTPase. In addition, we can harvest total protein at the beginning of the assay to determine levels of total (GTP and GDP bound) RhoC GTPase. This allows for the determination of active versus total RhoC GTPase in the cell. Several commercial versions of this procedure have been developed however, the commercial kits are optimized for RhoA GTPase and typically do not work well for RhoC GTPase. Parts of the assay have been modified as well as development of a RhoC-specific antibody.

This protocol utilizes a pull down assay to determine the levels of active RhoC GTPase within cells.

RhoC الفحص GTPase التنشيط

RhoC GTPase has 91% homology to RhoA GTPase.  Because of its prevalence in cells, many reagents and techniques for RhoA GTPase have been developed.  ...

Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi

The two principal methods for studying fungal biodegradation of lignocellulosic plant tissues were developed for wood preservative testing (soil-block; agar-block). It is well-accepted that soil-block microcosms yield higher decay rates, fewer moisture issues, lower variability among studies, and higher thresholds of preservative toxicity. Soil-block testing is thus the more utilized technique and has been standardized by American Society for Testing and Materials (ASTM) (method D 1413-07). The soil-block design has drawbacks, however, using locally-variable soil sources and in limiting the control of nutrients external (exogenous) to the decaying tissues. These drawbacks have emerged as a problem in applying this method to other, increasingly popular research aims. These modern aims include degrading lignocellulosics for bioenergy research, testing bioremediation of co-metabolized toxics, evaluating oxidative mechanisms, and tracking translocated elements along hyphal networks. Soil-blocks do not lend enough control in these applications. A refined agar-block approach is necessary.
Here, we use the brown rot wood-degrading fungus Serpula lacrymans to degrade wood in agar-block microcosms, using deep Petri dishes with low-calcium agar. We test the role of exogenous gypsum on decay in a time-series, to demonstrate the utility and expected variability. Blocks from a single board rip (longitudinal cut) are conditioned, weighed, autoclaved, and introduced aseptically atop plastic mesh. Fungal inoculations are at each block face, with exogenous gypsum added at interfaces. Harvests are aseptic until the final destructive harvest. These microcosms are designed to avoid block contact with agar or Petri dish walls. Condensation is minimized during plate pours and during incubation. Finally, inoculum/gypsum/wood spacing is minimized but without allowing contact. These less technical aspects of agar-block design are also the most common causes of failure and the key source of variability among studies. Video publication is therefore useful in this case, and we demonstrate low-variability, high-quality results.

This video demonstrates a controlled environment approach to study degradation of lignocellulosic plant tissues by aerobic fungi. The ability to control nutrient sources and moisture is a key advantage of agar-block microcosms, but the approach often yields mixed success. We address critical pitfalls to yield reproducible, low-variability results.

آغار بلوك عوالم مصغرة لتحليل الأنسجة النباتية الخاضعة للرقابة من قبل الفطريات الهوائية

The two principal methods for studying fungal biodegradation of lignocellulosic plant tissues were developed for wood preservative testing (soil-block; ...

Yeast Colony Embedding Method

Patterning of different cell types in embryos is a key mechanism in metazoan development. Communities of microorganisms, such as colonies and biofilms also display patterns of cell types. For example, in the yeast S. cerevisiae, sporulated cells and pseudohyphal cells are not uniformly distributed in colonies. The functional importance of patterning and the molecular mechanisms that underlie these patterns are still poorly understood.
One challenge with respect to investigating patterns of cell types in fungal colonies is that unlike metazoan tissue, cells in colonies are relatively weakly attached to one another. In particular, fungal colonies do not contain the same extensive level of extracellular matrix found in most tissues . Here we report on a method for embedding and sectioning yeast colonies that reveals the interior patterns of cell types in these colonies. The method can be used to prepare thick sections (0.5 &mu;) useful for light microscopy and thin sections (0.1 &mu;) suitable for transmission electron microscopy. Asci and pseudohyphal cells can easily be distinguished from ovoid yeast cells by light microscopy , while the interior structure of these cells can be visualized by EM.
The method is based on surrounding colonies with agar, infiltrating them with Spurr's medium, and then sectioning. Colonies with a diameter in the range of 1-2 mm are suitable for this protocol. In addition to visualizing the interior of colonies, the method allows visualization of the region of the colony that invades the underlying agar.

A method for embedding yeast colonies allowing sectioning for light and electron microscopy. This protocol allows determination of the distribution of sporulated cells and pseudohyphal cells within colonies providing a new tool toward understanding the organization of cell types within a fungal community.

أسلوب الخميرة مستعمرة التضمين

Patterning of  different cell types in embryos is a key mechanism in metazoan development. Communities of microorganisms, such as colonies and biofilms ...

Clonogenic Assay: Adherent Cells

The clonogenic (or colony forming) assay has been established for more than 50 years; the original paper describing the technique was published in 19561. Apart from documenting the method, the initial landmark study generated the first radiation-dose response curve for X-ray irradiated mammalian (HeLa) cells in culture1. Basically, the clonogenic assay enables an assessment of the differences in reproductive viability (capacity of cells to produce progeny; i.e. a single cell to form a colony of 50 or more cells) between control untreated cells and cells that have undergone various treatments such as exposure to ionising radiation, various chemical compounds (e.g. cytotoxic agents) or in other cases genetic manipulation. The assay has become the most widely accepted technique in radiation biology and has been widely used for evaluating the radiation sensitivity of different cell lines. Further, the clonogenic assay is commonly used for monitoring the efficacy of radiation modifying compounds and for determining the effects of cytotoxic agents and other anti-cancer therapeutics on colony forming ability, in different cell lines. A typical clonogenic survival experiment using adherent cells lines involves three distinct components, 1) treatment of the cell monolayer in tissue culture flasks, 2) preparation of single cell suspensions and plating an appropriate number of cells in petri dishes and 3) fixing and staining colonies following a relevant incubation period, which could range from 1-3 weeks, depending on the cell line. Here we demonstrate the general procedure for performing the clonogenic assay with adherent cell lines with the use of an immortalized human keratinocyte cell line (FEP-1811)2. Also, our aims are to describe common features of clonogenic assays including calculation of the plating efficiency and survival fractions after exposure of cells to radiation, and to exemplify modification of radiation-response with the use of a natural antioxidant formulation.

The applicability of the clonogenic assay for evaluating reproductive viability has been established for more than 50 years. Here we demonstrate the general procedure for performing the clonogenic assay with adherent cells.

مولد الرمع الفحص : خلايا منتسب

The clonogenic (or colony forming) assay has been established for more than 50 years; the original paper describing the technique was published in 19561. ...

A Matrigel-Based Tube Formation Assay to Assess the Vasculogenic Activity of Tumor Cells

Over the past several decades, a tube formation assay using growth factor-reduced Matrigel has been typically employed to demonstrate the angiogenic activity of vascular endothelial cells in vitro1-5. However, recently growing evidence has shown that this assay is not limited to test vascular behavior for endothelial cells. Instead, it also has been used to test the ability of a number of tumor cells to develop a vascular phenotype6-8. This capability was consistent with their vasculogenic behavior identified in xenotransplanted animals, a process known as vasculogenic mimicry (VM)9. There is a multitude of evidence demonstrating that tumor cell-mediated VM plays a vital role in the tumor development, independent of endothelial cell angiogenesis6, 10-13. For example, tumor cells were found to participate in the blood perfused, vascular channel formation in tissue samples from melanoma and glioblastoma patients8, 10, 11. Here, we described this tubular network assay as a useful tool in evaluation of vasculogenic activity of tumor cells. We found that some tumor cell lines such as melanoma B16F1 cells, glioblastoma U87 cells, and breast cancer MDA-MB-435 cells are able to form vascular tubules; but some do not such as colon cancer HCT116 cells. Furthermore, this vascular phenotype is dependent on cell numbers plated on the Matrigel. Therefore, this assay may serve as powerful utility to screen the vascular potential of a variety of cell types including vascular cells, tumor cells as well as other cells.

A tube formation assay is used to evaluate vascular activity of tumor cells.

تشكيل الأنبوبة Matrigel القائم على الفحص لتقييم نشاط الخلايا السرطانية مكون للأوعية

Over the past several decades, a tube formation assay using growth factor-reduced Matrigel has been typically employed to demonstrate the angiogenic ...

A Quantitative Assay for Insulin-expressing Colony-forming Progenitors

The field of pancreatic stem and progenitor cell biology has been hampered by a lack of in vitro functional and quantitative assays that allow for the analysis of the single cell. Analyses of single progenitors are of critical importance because they provide definitive ways to unequivocally demonstrate the lineage potential of individual progenitors. Although methods have been devised to generate "pancreatospheres" in suspension culture from single cells, several limitations exist. First, it is time-consuming to perform single cell deposition for a large number of cells, which in turn commands large volumes of culture media and space. Second, numeration of the resulting pancreatospheres is labor-intensive, especially when the frequency of the pancreatosphere-initiating progenitors is low. Third, the pancreatosphere assay is not an efficient method to allow both the proliferation and differentiation of pancreatic progenitors in the same culture well, restricting the usefulness of the assay.
To overcome these limitations, a semi-solid media based colony assay for pancreatic progenitors has been developed and is presented in this report. This method takes advantage of an existing concept from the hematopoietic colony assay, in which methylcellulose is used to provide viscosity to the media, allowing the progenitor cells to stay in three-dimensional space as they undergo proliferation as well as differentiation. To enrich insulin-expressing colony-forming progenitors from a heterogeneous population, we utilized cells that express neurogenin (Ngn) 3, a pancreatic endocrine progenitor cell marker. Murine embryonic stem (ES) cell-derived Ngn3 expressing cells tagged with the enhanced green fluorescent protein reporter were sorted and as many as 25,000 cells per well were plated into low-attachment 24-well culture dishes. Each well contained 500 &mu;L of semi-solid media with the following major components: methylcellulose, Matrigel, nicotinamide, exendin-4, activin &beta;B, and conditioned media collected from murine ES cell-derived pancreatic-like cells. After 8 to 12 days of culture, insulin-expressing colonies with distinctive morphology were formed and could be further analyzed for pancreatic gene expression using quantitative RT-PCR and immunoflourescent staining to determine the lineage composition of each colony.
In summary, our colony assay allows easy detection and quantification of functional progenitors within a heterogeneous population of cells. In addition, the semi-solid media format allows uniform presentation of extracellular matrix components and growth factors to cells, enabling progenitors to proliferate and differentiate in vitro. This colony assay provides unique opportunities for mechanistic studies of pancreatic progenitor cells at the single cell level.

A three-dimensional clonogenic assay that allows pancreatic-like progenitors to differentiate into insulin-expressing colonies is described. This method takes advantage of semi-solid media containing methylcellulose, Matrigel and growth factors, in which single progenitors proliferate and differentiate in vitro, permitting quantification of the number of functional progenitors in a population.

والفحص الكمية للأنسولين ، معربا عن الأسلاف لتشكيل مستعمرة

The field of pancreatic stem and progenitor cell biology has been hampered by a lack of in vitro functional and quantitative assays that allow for the ...

A Semi-quantitative Approach to Assess Biofilm Formation Using Wrinkled Colony Development

Biofilms, or surface-attached communities of cells encapsulated in an extracellular matrix, represent a common lifestyle for many bacteria. Within a biofilm, bacterial cells often exhibit altered physiology, including enhanced resistance to antibiotics and other environmental stresses 1. Additionally, biofilms can play important roles in host-microbe interactions. Biofilms develop when bacteria transition from individual, planktonic cells to form complex, multi-cellular communities 2. In the laboratory, biofilms are studied by assessing the development of specific biofilm phenotypes. A common biofilm phenotype involves the formation of wrinkled or rugose bacterial colonies on solid agar media 3. Wrinkled colony formation provides a particularly simple and useful means to identify and characterize bacterial strains exhibiting altered biofilm phenotypes, and to investigate environmental conditions that impact biofilm formation. Wrinkled colony formation serves as an indicator of biofilm formation in a variety of bacteria, including both Gram-positive bacteria, such as Bacillus subtilis 4, and Gram-negative bacteria, such as Vibrio cholerae 5, Vibrio parahaemolyticus 6, Pseudomonas aeruginosa 7, and Vibrio fischeri 8.
The marine bacterium V. fischeri has become a model for biofilm formation due to the critical role of biofilms during host colonization: biofilms produced by V. fischeri promote its colonization of the Hawaiian bobtail squid Euprymna scolopes 8-10. Importantly, biofilm phenotypes observed in vitro correlate with the ability of V. fischeri cells to effectively colonize host animals: strains impaired for biofilm formation in vitro possess a colonization defect 9,11, while strains exhibiting increased biofilm phenotypes are enhanced for colonization 8,12. V. fischeri therefore provides a simple model system to assess the mechanisms by which bacteria regulate biofilm formation and how biofilms impact host colonization.
In this report, we describe a semi-quantitative method to assess biofilm formation using V. fischeri as a model system. This method involves the careful spotting of bacterial cultures at defined concentrations and volumes onto solid agar media; a spotted culture is synonymous to a single bacterial colony. This 'spotted culture' technique can be utilized to compare gross biofilm phenotypes at single, specified time-points (end-point assays), or to identify and characterize subtle biofilm phenotypes through time-course assays of biofilm development and measurements of the colony diameter, which is influenced by biofilm formation. Thus, this technique provides a semi-quantitative analysis of biofilm formation, permitting evaluation of the timing and patterning of wrinkled colony development and the relative size of the developing structure, characteristics that extend beyond the simple overall morphology.

We provide a simple, semi-quantitative method to investigate biofilm formation in vitro. This method takes advantage of the Zeiss stemi 2000-C Dissecting Microscope (with camera attachment) to monitor both the timing and pattern of biofilm formation, as assessed by the development of wrinkled colonies.

مقاربة شبه كمي لتقدير تشكيل بيوفيلم طريق تجعد التنمية مستعمرة

Biofilms, or surface-attached communities of cells encapsulated in an extracellular matrix, represent a common lifestyle for many bacteria. Within a ...