يهدف بروتوكول برنامج JUMPn إلى تسهيل التفسير البيولوجي لبيانات البروتينات الكمية. البرنامج قادر على تنظيم البروتين بأكمله في تسلسل هرمي للطبقات من مجموعات التعبير المشترك ووحدات تفاعل البروتين. والجدير بالذكر أن برنامج JUMPn يبسط تحليل تجميع التعبير المشترك ، وإثراء المسار ، واكتشاف وحدة PPI.
ويوفر واجهة سهلة الاستخدام وتصور تفاعلي للبيانات والشبكات. في حين أننا أثبتنا بنجاح تطبيق JUMPn في تحليل بيانات البروتيوم بالكامل ، فإن الطريقة قابلة للتمديد بسهولة إلى أنواع البيانات الأخرى ، بما في ذلك تحليل البروتيوميات الفوسفاتية وبيانات interactome من مطياف كتلة تنقية التقارب. لإعداد برنامج JUMPn ، قم بتنزيل شفرة المصدر من موقع الويب وقم بتثبيت البرنامج على محطة سطر الأوامر.
لتشغيل برنامج JUMPn، قم بتغيير الدليل الحالي إلى مجلد التنفيذ عن طريق كتابة تنفيذ القرص المضغوط "على المحطة الطرفية، ثم أدخل النص الموجود على المحطة الطرفية لتشغيل JUMPn على مستعرض ويب. في الصفحة الرئيسية ل JUMPn ، انقر فوق الزر "بدء التحليل" لبدء تحليل JUMPn ، ثم في الزاوية السفلية اليسرى من صفحة "بدء التحليل" ، انقر فوق الزر "تحميل بيانات بروتينية B-Cell Demo "لعرض إشعار بنجاح تحميل البيانات. في الزاوية السفلية اليمنى من الصفحة ، انقر فوق الزر "إرسال تحليل JUMPn" لبدء تشغيل العرض التوضيحي باستخدام المعلمات الافتراضية.
سيشير شريط التقدم إلى مسار التحليل. انتظر حتى يتم استيفاء شريط التقدم. بمجرد الانتهاء من تشغيل العرض التوضيحي ، سيظهر مربع حوار مع رسالة تشغيل النجاح والمسار المطلق إلى مجلد النتائج ، ثم انقر فوق علامة التبويب "متابعة إلى النتائج".
نظرا لأن صفحة الويب توجه نتائج مجموعة التعبير المشترك بواسطة خوارزمية WGCNA ، انقر فوق عرض النتائج "في نافذة الحوار للمتابعة. على يسار صفحة النتائج 1 صفحة WGCNA Output ، ابحث عن أنماط التعبير المشترك للبروتين واستخدم تحديد تنسيق التعبير "للتنقل بين تنسيقين شكليين. سيتم تحديد شكل Boxplot افتراضيا.
حدد علامة التبويب "الاتجاهات" لعرض مخطط الاتجاهات، حيث يمثل كل سطر وفرة البروتين الفردية عبر العينات. يمثل لون كل سطر مدى قرب نمط التعبير من إجماع مجموعة التعبير المشترك. على يسار صفحة إخراج WGCNA ، يمكن عرض خريطة الحرارة لإثراء أنطولوجيا المسار.
في الخريطة الحرارية ، سيتم عرض المسارات الأكثر ثراء لكل مجموعة معا. بعد ذلك، مرر لأسفل صفحة الويب لعرض نمط التعبير للبروتينات الفردية. استخدم المربع المنسدل، وحدد مجموعة التعبير المشترك لفحص البروتينات من كل مجموعة، ثم حدد بروتينا معينا في الجدول الذي سيتم فيه تحديث مخطط الشريط أسفل الجدول تلقائيا ليعكس وفرة البروتين فيه.
بالنسبة لأسماء بروتينات محددة، استخدم مربع البحث على الجانب الأيسر من الجدول. في وقت لاحق ، انظر إلى التفاعل بين البروتين والبروتين أو نتائج PPI من خلال النقر على النتائج صفحة 2 PPI Output"في الأعلى. للحصول على النتائج الخاصة بمجموعة تعبير مشترك معينة، انقر فوق علامة التبويب تحديد مجموعة التعبير المشترك".
سيتم تحديث شاشات عرض جميع لوحات الأشكال للمجموعة المحددة حديثا. في لوحة الشكل الأيمن، قم بعرض شبكات PPI لكتلة التعبير المشترك المحددة باستخدام المربع المنسدل تحديد حسب المجموعة وتمييز وحدات PPI الفردية داخل الشبكة، ثم انتقل إلى مربع تنسيق تخطيط الشبكة المحدد لتغيير تخطيط الشبكة. باستخدام الماوس ولوحة التعقب، قم بتكبير شبكة PPI أو تصغيرها لعرض أسماء الجينات لكل عقدة في الشبكة.
عند التكبير، حدد بروتينا معينا وانقر فوقه لتسليط الضوء على البروتين وجيرانه من الشبكة. في الشبكة، اسحب عقدة معينة لتغيير موضعها في التخطيط وإعادة تنظيم تخطيط الشبكة. في اللوحة اليمنى من صفحة نتائج PPI ، قم بدراسة معلومات مستوى الكتلة المشتركة للتعبير التي تساعد في تفسير نتائج PPI.
يمكن عرض نمط التعبير المشترك على الكتلة المحددة على شكل مخطط مربع بشكل افتراضي. حدد الاتجاهات"لإظهار مخطط الاتجاهات لنمط التعبير المشترك ثم اختيار مخطط شريط المسار لإظهار المسارات المثرية بشكل كبير لمجموعة التعبير المشترك مع مخطط دائرة المسار، قم بعرض المسارات المخصبة بشكل كبير لمجموعة التعبير المشترك في تنسيق مخطط الدائرة. لعرض النتائج على مستوى الوحدة النمطية الفردية لمؤشر أسعار المنتجين، قم بالتمرير لأسفل صفحة النتائج إلى صفحة ويب إخراج PPI وقم بتوسيع المربع المنسدل حدد الوحدة النمطية لتحديد وحدة PPI معينة للعرض.
عرض وحدة PPI على اللوحة اليسرى ، والتعامل مع عرض الشبكة كما هو موضح من قبل. في اللوحة اليسرى، اعرض نتائج إثراء أنطولوجيا المسار، ثم استخدم المربع المنسدل تحديد نمط التعليق التوضيحي للمسار وعلامة تبويب شريط التحديد لإظهار المزيد من المعلومات والعروض حول المسارات المثرية بشكل كبير لوحدة PPI المحددة. ضع علامة على مخطط الدائرة لإظهار المسارات المثرية بشكل كبير لوحدة PPI المحددة بتنسيق مخطط دائري واستخدام الخريطة الحرارية لإظهار المسارات المثرية بشكل كبير وأسماء الجينات المرتبطة بها.
انتقل إلى علامة التبويب "جدول" لعرض نتائج إثراء المسار التفصيلية، بما في ذلك اسم المسارات ومصطلحات الأنطولوجيا وأسماء الجينات وقيمة P بواسطة اختبار فيشر الدقيق. اتبع المسار المطلق المطبوع أعلى صفحات النتائج وابحث عن جدول بيانات المنشور. تم تطوير JUMPn باستخدام منصة R اللامعة للحصول على واجهة سهلة الاستخدام وتدمج ثلاث وحدات وظيفية رئيسية.
تحليل تجميع التعبير المشترك ، وتحليل إثراء المسار ، وتحليل شبكة PPI. بعد كل تحليل ، يتم تصور النتائج تلقائيا في موقعنا القابل للتعديل عبر وظائف القطعة R اللامعة ويمكن تنزيلها بسهولة كجداول نشر وتنسيق Microsoft Excel. لتحليل شبكة PPI ، تم تجميع شبكة PPI مركبة من خلال الجمع بين STRING و BioPlex وفي قواعد بيانات المراسلة الفورية على الويب.
تغطي شبكة PPI المدمجة النهائية أكثر من 20،000 جين بشري مع 1،100،000 حافة. يتم تضمين هذا التفاعل الشامل ونشره في حزمة مع برنامج JUMPn لتحليل PPI الحساس. يمكن استخدام النهج القائمة على الشبكة التي تستفيد من كل من التعبير المشترك وشبكات تفاعل البروتين كطريقة إضافية لاستنتاج النشاط في عوامل النسخ والكينازات.
