JUMPn 소프트웨어의 프로토콜은 정량적 프로테오믹스 데이터의 생물학적 해석을 용이하게 하는 것을 목표로 한다. 이 소프트웨어는 전체 단백질을 공동 발현 클러스터 및 단백질 상호 작용 모듈의 계층 계층 구조로 구성 할 수 있습니다. 특히 JUMPn 소프트웨어는 공동 발현 클러스터링, 경로 농축 및 PPI 모듈 감지 분석을 간소화합니다.
사용자 친화적 인 인터페이스와 데이터 및 네트워크의 대화 형 시각화를 제공합니다. 우리는 전체 프로테옴 데이터 분석에서 JUMPn의 적용을 성공적으로 입증했지만,이 방법은 친화성 정제 질량 분광법에서 포스포 프로테오믹스 분석 및 상호 작용 데이터를 포함한 다른 데이터 유형으로 쉽게 확장 할 수 있습니다. JUMPn 소프트웨어를 설정하려면 웹 사이트에서 소스 코드를 다운로드하고 명령 줄 터미널에 소프트웨어를 설치하십시오.
JUMPn 소프트웨어를 시작하려면 터미널에 cd execution"을 입력하여 현재 디렉토리를 실행 폴더로 변경 한 다음 터미널의 텍스트를 입력하여 웹 브라우저에서 JUMPn을 시작하십시오. JUMPn 홈페이지에서 분석 시작"버튼을 클릭하여 JUMPn 분석을 시작한 다음 분석 시작"페이지의 왼쪽 하단에서 데모 B 셀 프로테오믹 데이터 업로드"버튼을 클릭하여 데이터 업로드 성공 알림을 봅니다. 페이지의 오른쪽 하단에서 JUMPn 분석 제출"버튼을 클릭하여 기본 매개 변수를 사용하여 데모 실행을 시작하십시오.
진행률 표시줄은 분석 과정을 나타냅니다. 진행률 표시 줄이 완료 될 때까지 기다리십시오. 데모 실행이 완료되면 성공 실행 메시지와 결과 폴더의 절대 경로가있는 대화 상자가 나타난 다음 결과로 계속"탭을 클릭하십시오.
웹 페이지가 WGCNA 알고리즘에 의한 공동 표현식 클러스터 결과를 안내할 때 대화 창에서 결과 보기"를 클릭하여 계속합니다. 결과 페이지 1 WGCNA 출력 페이지의 왼쪽에서 단백질 공동 발현 패턴을 찾고 발현 형식 선택"을 사용하여 두 그림 형식 사이를 탐색합니다. 상자 그림 그림이 기본적으로 선택됩니다.
Trends"탭을 선택하여 추세 플롯을 표시하고, 각 줄은 샘플 간의 개별 단백질 풍부도를 나타냅니다. 각 줄의 색상은 표현식 패턴이 공동 표현 클러스터 합의에 얼마나 가까운지를 나타냅니다. WGCNA 출력 페이지 오른쪽에는 Pathway Ontology Enrichment Heatmap"을 볼 수 있습니다.
히트맵에서는 각 클러스터에 대해 가장 보강된 경로가 함께 표시됩니다. 그런 다음 웹 페이지를 아래로 스크롤하여 개별 단백질의 발현 패턴을 봅니다. 드롭 다운 상자를 사용하여 공동 발현 클러스터를 선택하여 각 클러스터의 단백질을 검사 한 다음 표 아래의 막대 플롯이 단백질 풍부도를 반영하도록 자동으로 업데이트 될 테이블에서 특정 단백질을 선택하십시오.
특정 단백질 이름의 경우 테이블 오른쪽에 있는 검색" 상자를 사용합니다. 나중에 상단의 결과 페이지 2 PPI 출력"을 클릭하여 단백질과 단백질 상호 작용 또는 PPI 결과를 살펴보십시오. 특정 공동 발현 클러스터에 대한 결과를 얻으려면 공동 발현 클러스터 선택"탭을 클릭하십시오.
모든 그림 패널의 디스플레이가 새로 선택한 클러스터에 대해 업데이트됩니다. 왼쪽 그림 패널에서 그룹별 선택 드롭다운 상자를 사용하고 네트워크 내의 개별 PPI 모듈을 강조 표시하여 선택한 공동 표현식 클러스터의 PPI 네트워크를 본 다음 선택한 네트워크 레이아웃 형식 상자로 이동하여 네트워크 레이아웃을 변경합니다. 마우스와 트랙패드를 사용하여 PPI 네트워크를 확대 또는 축소하여 네트워크에 있는 각 노드의 유전자 이름을 확인합니다.
확대할 때 특정 단백질을 선택하고 클릭하여 단백질과 네트워크 이웃을 강조 표시합니다. 네트워크에서 특정 노드를 드래그하여 레이아웃에서 위치를 변경하고 네트워크 레이아웃을 재구성합니다. PPI 결과 페이지의 오른쪽 패널에서 PPI 결과의 해석을 지원하는 공동 발현 클러스터 수준 정보를 연구합니다.
선택한 클러스터의 공동 표현식 패턴은 기본적으로 상자 그림으로 볼 수 있습니다. 추세"를 선택하여 공동 발현 패턴에 대한 추세 플롯을 표시한 다음 경로 막대 플롯을 선택하여 경로 원 플롯과 공동 발현 클러스터에 대해 상당히 풍부한 경로를 표시하고, 원형 플롯 형식으로 공동 발현 클러스터에 대해 상당히 풍부해진 경로를 봅니다. 개별 PPI 모듈 수준에서 결과를 보려면 결과 페이지를 아래로 스크롤하여 PPI 출력 웹 페이지로 이동하고 모듈 선택 드롭다운 상자를 확장하여 표시할 특정 PPI 모듈을 선택합니다.
왼쪽 패널에서 PPI 모듈을보고 이전에 설명한대로 네트워크 디스플레이를 조작하십시오. 오른쪽 패널에서 경로 온톨로지 보강 결과를 본 다음 경로 주석 스타일 선택" 드롭다운 상자 및 막대 그림 탭을 사용하여 선택한 PPI 모듈에 대해 상당히 보강된 경로에 대한 자세한 정보와 표시를 표시합니다. 틱 서클 플롯은 선택된 PPI 모듈에 대해 상당히 풍부한 경로를 원 플롯의 형식으로 표시하고 히트 맵을 사용하여 상당히 풍부한 경로 및 관련 유전자 이름을 표시합니다.
Table"탭으로 이동하여 경로의 이름, 온톨로지 용어, 유전자 이름 및 피셔의 정확한 테스트에 의한 P 값을 포함한 자세한 경로 농축 결과를 표시합니다. 결과 페이지 상단에 인쇄된 절대 경로를 따라 출판 스프레드시트 테이블을 찾습니다. JUMPn은 사용자 친화적 인 인터페이스를위한 R shiny 플랫폼으로 개발되었으며 세 가지 주요 기능 모듈을 통합합니다.
공동발현 클러스터링 분석, 경로 농축 분석 및 PPI 네트워크 분석. 각 분석 결과가 자동으로 R shiny 위젯 기능을 통해 조정 가능한 상태로 시각화되고 출판 테이블 및 Microsoft Excel 형식으로 쉽게 다운로드 할 수 있습니다. PPI 네트워크 분석을 위해, 복합 PPI 네트워크는 STRING, BioPlex 및 웹 IM 데이터베이스를 결합하여 컴파일되었다.
최종 병합 된 PPI 네트워크는 1, 100, 000 개의 가장자리를 가진 20, 000 개 이상의 인간 유전자를 포함합니다. 이 포괄적 인 상호 작용은 민감한 PPI 분석을 위해 JUMPn 소프트웨어와 함께 번들로 포함되고 게시됩니다. 공동발현 및 단백질 상호작용 네트워크 둘 다를 활용하는 네트워크 기반 접근법은 전사 인자 및 키나아제에서의 활성의 추론을 위한 추가의 방법으로서 사용될 수 있다.
