CorrelationCalculator and Filigree: أدوات لتحليل الشبكة القائمة على البيانات لبيانات الأيض

تحليل بيانات الأيض هو عملية متعددة الخطوات تستفيد من العديد من أدوات البرامج المتخصصة. يمكن تقسيم تحليل البيانات هذا إلى ثلاث خطوات رئيسية ، معالجة البيانات ومراقبة الجودة ، والتحليل الإحصائي ، وتفسير البيانات البيولوجية. تم تصميم الأدوات الموضحة في هذا البروتوكول لتمكين الخطوة الأخيرة في التحليل.

في العقد الماضي ، برز الأيض كعلم شاذ بسبب التقدم في التقنيات التحليلية مثل كروماتوغرافيا الغاز - قياس الطيف الكتلي ، وقياس الطيف الكتلي للكروماتوغرافيا السائلة. تسمح هذه التقنيات بالقياسات المتزامنة لمئات إلى آلاف مستقلبات الجزيئات الصغيرة التي تخلق مجموعات بيانات معقدة متعددة الأبعاد. يمثل تحليل بيانات الأيض العديد من التحديات لنهج الإثراء القائمة على المسار.

أولا ، لا يمكن تعيين عدد كبير من المستقلبات على المسارات الأيضية. علاوة على ذلك ، فإن تغطية المسار لعملية التمثيل الغذائي الثانوي والدهون ليست كافية. ولذلك، هناك حاجة إلى نهج بديلة للتفسير البيولوجي للبيانات.

يمكن أن تساعد تقنيات تحليل الشبكة القائمة على البيانات في التغلب على التحديات المرتبطة بتحليل إثراء المسار القائم على المعرفة لبيانات الأيض. على سبيل المثال ، يمكن أن تساعد شبكات الارتباط في اشتقاق العلاقات بين كل من المستقلبات المعروفة وغير المعروفة ، وبالتالي يمكن أن تسهل التعليقات التوضيحية للمجهول.