AQRNA-seq لقياس كمية الحمض النووي الريبي الصغير

يقوم تسلسل AQRNA برسم خرائط كمية للحمض النووي الريبي الصغير مثل microRNAs و tRNAs وشظايا tRNA في أي عينة من الخلايا أو الأنسجة تقريبا. يمكن استخدامه لتعيين بعض تعديلات tRNA المعروفة البالغ عددها 170 ، ولكن هناك طرق أخرى أكثر تحديدا لرسم الخرائط. يمكنك استخدام AQRNA-seq لاكتشاف المؤشرات الحيوية للمرض في RNome واستكشاف آليات ترجمة البروتين على مستوى الأنظمة.

لا تستطيع معظم طرق RNA-seq تحديد وفرة جزيئات الحمض النووي الريبي الفردية في العينة بدقة. يحدث هذا بسبب كل من الخصائص الهيكلية للحمض النووي الريبي ، مثل الهياكل الثانوية ، وتعديلات ما بعد النسخ ، وكذلك الكيمياء الحيوية لإعداد المكتبة مثل تحيزات الربط بألف ضعف التي تسببها النيوكليوتيدات الطرفية على الحمض النووي الريبي. تم تطوير AQRNA-seq للتغلب على العديد من التحديات التقنية والبيولوجية ، مما يحد من القياس الكمي الدقيق لوفرة الحمض النووي الريبي في العينة.

بالمقارنة مع الأمور الأخرى ، فإنه يحقق الخطية بين إعادة فرز ونسخ جزيئات الحمض النووي الريبي ، بدقة ، فإنه يحدد 75٪ من المكتبة المرجعية ، ويضغط 963 microRNAs بدقة مزدوجة. AQRNA-seq فريد من نوعه في توفير القياس الكمي المطلق للحمض النووي الريبي الصغير. وهذا يربط التسلسل التكراري مباشرة بعدد نسخ جزيء الحمض النووي الريبوزي (RNA) في العينة.

هذا المستوى من الدقة أمر بالغ الأهمية لمقارنة العشرات إلى المئات من tRNAs في العينة ، وهو على عكس تسلسل الحمض النووي الريبي الصغير العادي ، والذي يسمح فقط بالقياس الكمي النسبي عبر الظروف والعينات. لقد صممنا AQRNA-seq لتلبية الاحتياجات غير الملباة في فهم ترجمة البروتين. وجدنا أن الخلايا أعادت برمجة العشرات من تعديلات tRNA في عدد نسخ tRNAs المعدلة ، للسماح بالترجمة الانتقائية للحمض النووي الريبي المرسال المخصب بالكودونات المطابقة لتلك tRNAs.

يسمح لنا AQRNA-seq بتحديد التغيرات في تجمع tRNA كجزء من هذه الآلية. لقد استخدمناه على نطاق واسع للتحقق من صحة هذا النموذج الجديد لترجمة البروتين.