当它们离开内质网（ER）时，正确折叠和组装的蛋白质被选择性地包装到囊泡中。这些囊泡通过基于微管的运动蛋白运输并融合在一起形成囊泡管状簇，随后到达高尔基体，形成一种通常具有独特的带状外观的真核内膜细胞器。

高尔基器械是内质网产品的主要分拣和调度站。新到达的囊泡进入高尔基体的顺式面，即面向ER的一侧，并通过一组薄饼状的膜封闭池进行运输。每个蓄水池都含有独特的酶组成，并进行特定的蛋白质修饰。随着蛋白质通过cis 高尔基体网络的进展，一些蛋白质磷酸化，并去除添加在内质网中的某些碳水化合物修饰。然后蛋白质通过内侧脑池，在那里它们可能被糖基化形成糖蛋白。在反式池中修饰后，蛋白质被赋予定义其细胞目的地的标签。

根据分子标记，蛋白质被包装成囊泡并被运输到特定的细胞位置，包括溶酶体和质膜。这些囊泡膜上的特殊标记使它们能够在适当的细胞位置停靠。此外，高尔基体中的膜磷脂可以被修饰，高尔基体可以制造和分泌一些多糖。

有趣的是，高尔基体在细胞分裂过程中完全分解和重组。以前，高尔基体被理解为一种静态结构，蛋白质通过这种结构逐渐移动。最近，科学家开始将高尔基池的集合视为动态结构，从网络的顺式向反式面推进。