小胞体を出た後、適切に折りたたまれ、組み立てられたタンパク質は、選択的に小胞にパッケージされます。これらの小胞は、微小管ベースのモータータンパク質によって輸送され、融合して小胞性の管状クラスターを形成し、その後、真核生物の膜内小器官であるゴルジ体に到着します。

ゴルジ体は、小胞体の生成物の主要な選別・発送ステーションです。新たに到着した小胞は、ゴルジ体のcシス面（小胞体に面した面）に入り、パンケーキ状の膜で囲まれた槽（シスターナ）の集合体を通って輸送されます。それぞれの槽には、ユニークな組成の酵素が含まれており、タンパク質の特定の修飾を行います。タンパク質がゴルジ網を通過する際、一部のタンパク質はリン酸化され、小胞体で付加された特定の糖鎖修飾が除去されます。その後、タンパク質はメディアル槽を通過し、そこでグリコシル化されて糖タンパク質を形成することがあります。トランス槽で修飾された後、タンパク質には細胞内での目的地を示すタグが与えられます。

分子タグに応じて、タンパク質は小胞にパッケージされ、リソソームや細胞膜など特定の場所に運ばれます。これらの小胞の膜上にある特定のマーカーによって、タンパク質は適切な細胞の場所にドッキングすることができます。また、ゴルジ体では膜のリン脂質が修飾されたり、多糖類が製造・分泌されたりします。

興味深いことに、ゴルジ体は細胞分裂の際に完全に分解され、再構築されます。以前は、ゴルジ装置は、タンパク質が徐々に移動する静的な構造と理解されていました。最近では、ゴルジ体の槽の集合体を、ネットワークのシス面からトランス面に向かってユニットとして進む、動的な構造と見なすようになっています。