在真核细胞中，转录的起始是一个复杂的过程，需要某些 DNA 元件和蛋白质成分之间的细致协调。

除了 RNA 聚合酶 II 和转录因子外，其他调节因子也参与转录起始过程中的基因表达调控。

增强子序列就是这样一种转录控制元件，它可以独立于它们与启动子的距离而发挥其作用。

它们是大约 50 到 200 个碱基对的调节 DNA 片段，包含基因调节蛋白的多个结合位点，称为转录激活剂。

转录激活剂是由两个结构域组成的模块化蛋白质，一个 DNA 结合结构域和一个激活结构域。

DNA 结合结构域将蛋白质锚定到特定的增强子序列上，而激活结构域与转录机制的不同元件相互作用以刺激转录。

然而，激活剂和转录机制之间的这种相互作用需要存在称为介质的多亚基复合物。

介质中结构灵活的蛋白质网络将信号从激活剂传递到 RNA 聚合酶 II 和转录因子，这导致连接基因的转录上调，否则该基因只能在基础水平转录。

与激活剂相反，阻遏蛋白通过抑制转录来调节基因表达。

活性抑制因子包含与一般转录因子相互作用的功能域，以干扰它们与 DNA 的结合。

另一种阻遏蛋白类型在转录起始位点附近结合，阻断 RNA 聚合酶或一般转录因子与启动子的相互作用。

第三种类型的阻遏蛋白与激活剂竞争与增强子的结合。

总体而言，多种不同转录调节蛋白的联合作用负责胚胎发育和细胞分化过程中的基因表达控制。