大核糖体亚基具有翻译所必需的几个重要结构。这些包括肽基转移酶中心 (PTC) - 这是形成肽键的部位 - 和一个大型的内部充满水的管子,新生的多肽通过该管移动。后一种结构称为肽出口隧道,它从 PTC 开始,跨越大核糖体亚基的主体。在翻译过程中,随着新生多肽链的合成,它会穿过肽出口隧道。然后它在溶剂侧出现,肽链随后折叠成蛋白质。
这个由 23S 核糖体 RNA 形成的隧道会产生一个大的亲水表面,其中包含微小的疏水斑块。隧道的尺寸(约 10 nm × 1.5 nm)可以容纳生长的非结构化多肽链以及溶剂分子。肽出口通道的内部不与任何肽互补。因此,多肽链不会"粘"在壁上,很容易滑过。一旦它到达出口隧道中具有足够空间的位置,新生的肽链就会开始折叠,并可能成功形成一些α螺旋区域。然而,一旦多肽离开核糖体,就会发生大部分蛋白质折叠。
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