大きなリボソームサブユニットは、翻訳に不可欠ないくつかの重要な構造を持っています。これには、ペプチド結合が形成される部位であるペプチジルトランスフェラーゼセンター(PTC)や、新生ポリペプチドが移動する大きな内部水で満たされたチューブが含まれます。この後者の構造はペプチド出口トンネルと呼ばれ、PTCから始まり、大きなリボソームサブユニットの本体に広がっています。翻訳中、新生ポリペプチド鎖が合成されると、ペプチド出口トンネルを通過します。その後、溶媒側に出現し、そこでペプチド鎖が折りたたまれてタンパク質になります。

23SリボソームRNAによって形成されるこのトンネルは、小さな疎水性パッチを含む大きな親水性表面を形成します。トンネルの寸法(約10 nm×1.5 nm)は、成長する非構造化ポリペプチド鎖、および溶媒分子に対応できます。ペプチド出口トンネルの内部は、どのペプチドにも相補的ではありません。したがって、ポリペプチド鎖は壁に「くっつかず」、簡単にスライドできます。出口トンネル内の十分なスペースがある場所に到達すると、新生ペプチド鎖は折り畳み始め、いくつかのαヘリックス領域を成功裏に形成する可能性があります。しかし、タンパク質のフォールディングの大部分は、ポリペプチドがリボソームを出ると起こります。