La gran subunidad ribosómica tiene varias estructuras importantes esenciales para la traducción. Estos incluyen el centro de peptidil transferasa (PTC), que es el sitio donde se forma el enlace peptídico, y un gran tubo interno lleno de agua a través del cual se mueve el polipéptido naciente. Esta última estructura se denomina túnel de salida de péptidos, y comienza en el PTC y se extiende por el cuerpo de la gran subunidad ribosómica. Durante la traducción, a medida que se sintetiza la cadena polipeptídica naciente, pasa a través del túnel de salida del péptido. A continuación, emerge en el lado del disolvente, donde la cadena peptídica se pliega posteriormente en una proteína.

Este túnel formado por el ARN ribosómico 23S crea una gran superficie hidrofílica, que contiene pequeños parches hidrofóbicos. Las dimensiones del túnel (aproximadamente 10 nm × 1,5 nm) pueden acomodar cadenas polipeptídicas no estructuradas en crecimiento, así como moléculas de solvente. El interior del túnel de salida del péptido no es complementario a ningún péptido. Por lo tanto, la cadena polipeptídica no se "pega" a las paredes y puede deslizarse fácilmente. Una vez que llega a un lugar en el túnel de salida donde hay suficiente espacio, la cadena peptídica naciente comienza a plegarse y puede formar con éxito algunas regiones α-helicoidales. Sin embargo, la mayor parte del plegamiento de proteínas ocurre una vez que el polipéptido sale del ribosoma.